pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3670-1 |
Genomic Coordinates | chr16: 14907717 - 14907781 |
Description | Homo sapiens miR-3670-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-2 |
Genomic Coordinates | chr16: 16306370 - 16306434 |
Description | Homo sapiens miR-3670-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-3 |
Genomic Coordinates | chr16: 18405698 - 18405762 |
Description | Homo sapiens miR-3670-3 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-4 |
Genomic Coordinates | chr16: 18488301 - 18488365 |
Description | Homo sapiens miR-3670-4 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |
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Mature miRNA | hsa-miR-3670 |
Sequence | 40| AGAGCUCACAGCUGUCCUUCUCUA |63 |
Evidence | Experimental |
Experiments | Illumina |
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | KLF13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BTEB3, FKLF2, NSLP1, RFLAT-1, RFLAT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Kruppel like factor 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KLF13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KLF13 (miRNA target sites are highlighted) |
>KLF13|NM_015995|3'UTR 1 GCCCGCCACAGCCATGAGCAGCCGCTCCCACCCCCTCGTGAGTCCCTGGCCTTTCCTTTTGTAATAAGAAAGAAGAGAGA 81 GAACTTGATGCAAAGTCCACGAAAAAACAATTTTTTTCACCTCAGGTGTCAAAGTAAATTTGTTAAAAAAACAAAAAAAA 161 CACAAAAATTTCAAAAAACACCACCCACCAAATTGCACAATAGATACACCCACAAAGTTGAGATTCAGCGTTGTTGAACC 241 CCCTTTCTCAGGGATGGACACGTTTCACGAGGTCAGTGAGGACACCCCTTCCTGCCGCCTTACTCTGTACATAGATTTGC 321 ACTCTGGAGTTTTCTGTTAGGTTCGGGAACACGCTGGGGACAGAGCAGGCCAGCCAGTCTGGTGGAGCTCAGCGTCTGGC 401 TGGCTGGCCAGCCTGTGGGTCTGTTGGGAGCAGATGTGCTCACTGACGTTTGTGCCTCCAGGGCAGATTCCTAAGCAGCT 481 GGCCTGACCTCTTCCTGCCCAGCCCCCAACCCAGTCTCTGGCCTCTGCCCAACGAGCCTGGCTGGGCTTGCAACGCAGCT 561 GATTCTGAGACAGGCCCCTGCAGAGGGATGCCTTAAAGCTGTCCCTGGCTGGAGGAGCACTCCACCTTGGGGATAGTGGA 641 GGGGGCCTTCAGCCCTCTGCACCCTGCCTGCCTCACACCCCGCCTTCAGGAGCCCTCTCCTACGGCGCTAGGGAGCACTG 721 GAAGCAGAGATGCCAGCCCTGGCTGAGCGTAGCACTGCACCGTCCGACCTCCGAGGCAGGGGCCGGGGTCACACCTGCCA 801 GGACTCCGCTTCTCCGTGTCCCAGCAGAAGGCATGCAGGACCCTGTCACTACTATACCTGGGCCTCTGATGGGGAATTCT 881 GGTCTTCTAAAAAGATGTTAGAAATTCCTGGTGGCACATCCAGTTCCGAGTTTGCCCGCACGGGCACTTTTGTTGGAAAC 961 AGTGGGCAGGTCATGGGGCCTCCTCATCAGAGGGTCTGTGTGAGCGGCTGTGCATGTGGCAGCGCACCATGCTTCACAGA 1041 GACCATTCTGTAGCAAGAGACCGGAACATTGTGACTTGGACCTTTTCAGGAGTGGCGCGGATGTTACAGGAAATGCTGTC 1121 GGAGAGCGCGCATTCTATTTCCTCCGCAGGGAATGCCAGATAGAAAGTTGCGGGCAACACTTTTCTCAGACCCACCATGT 1201 CCCCAACTCAGACTTAGCAAACCTCCAGCCTCTCCGTTTCCCCTGGACTCCTCCTCCCTTTTCCTCCTGCTTCTCCTTGT 1281 CCTGCCTGGAGGCTCCAGGCCACACCCAGCTGGTGGGGCTGCTCCAGTGCCCCATCACCGGCCTTCTCCTGGCAGGAGAG 1361 GAGGAGCAGAGAGCTGGGTCCTGGGCTGGGATTCGAGCCCTGGGCGGGGGTCAGTCAAGCCGTGGTCCAGCAAACTCCTC 1441 TGCAGATGGCTGGAGTGTTGACCCAGGCTTGTGGCCCAGGTATCACCTTCCCTTCCTCCTGAGAGTTGAGGCCTGTAAAT 1521 ACAAGGGCCCAGGACAGAGTGTGTGCGTGCGTGTGGGTGTGTGCGCGCGTGAGCACACACGCGTGTGTTGGGGGGGGTGG 1601 GGGGATTGGGGTGGACTCAGGGTATCTTGCCAGAGATACCTGTTTTGATGAGTACCTATTTTGATGCAAAGGAACGGCCC 1681 TGGGACCTCAGAGGGCCACAGATGGGCTTCCTGGGCCTAGCGTGCCTTGGTTGTGGCCATCCTGCTTCTACTCAGCCCTG 1761 CCATGCTATGGGGTGCAGCACAAACCCAGGACCCAGGCCTAGCCACTGCCCACAGCTGATGGTCACTGTTTTGGCTGGCT 1841 CCAGAGTGGACAGGTACGCTCTGTCCACAGCAGCTGCTCAGGCACAGTATGCCGTCAGGTGCCCGCTTCTTACCACTGTG 1921 TGTCAGCTGGGATTGGCCGACAGCGTGGTGGTGACTTCTAGGTAGACCGATGGACCCTAAATTGGGCAGTGGCATTGTTT 2001 CTGCTGTGGTGGGAACTGGCAGGGAGAGGGTCACCTCCACTCTGGTTGGATGCGGAGCTGGTCCCTCTGGCTGCCATGCT 2081 GTGTTGGGGCTCTCTGACCTCCCTGCTTGCATTGGGTCTGGGAGAGAGAGTGGAATATTTGGTAGGGACCTTGACAGAAG 2161 AGAGCCCTGGGTGCTTGTGGTGCAAAGATCTTCATGCCCAGTTCCAAAGTGAGGTCCCTCCCAAAGTTGTTTTCGTGTGA 2241 GGCAGAGAAAGCCACACTCTGAATACATTTTATGTCTCAGGAATTCACATTCCAGGTTCAGGAATTTTATTCCAAAGTCC 2321 TTTGGTGCACTCACCGTCCACCGTTCCCCAAGGCAGGGAGAGGGAGTGGCCCGTCCCTGGGAGGCTGGCAAAGTGCTCTC 2401 CAGGGAGGGGTCAGACGTCCTTGTGATCTGCCCAGGGTGTCACGGAAGGAGATTTTCTAGCTCCACATCTGTCTGCACAT 2481 AGGAAGGAAAAGATAGGACTCTAAACCTAGTCATCTTGGAATAAAAAGAAGAGCTGGTTTGTTTTAGAGCAGGGCGGGGG 2561 GTGGGGGAGGGAAGCGGGTGTTGGCTGTTTCCAAAGAGAGCACTTAATTTAATTTTTCCTTTAAATGACCCAGGGCTGTT 2641 CCGTCTGATAGATGGAAGGGTAACATTGCCTTAAAACAGAAATATGCAGGCGTTGGCTATTTTTGGCATAAGAGCGTGTC 2721 TTCATTCCCAAAGTGGTTCTCGTTTAATGGCAGGGTGCGGTCCTTAGGCCCCGGCCTGGACTGGGAAATGGGGGTAGGGC 2801 ACCAGGAGAGAAATCCTCCTGGGTACTCCTGGCCAGACCCTCCTGAATCATCTGCGGCTTAAACTCATCTCGCTTGAAGG 2881 GCAGGGAGAAACCCATGAATCTCAGGCACGGTTCACAGGGGTCCTCAAGGGCAGGTTTCCATTTCATCATGAAGTGAGGG 2961 ACTCCTGTGGAAGAGGGTGGTGGGCCTTGGAACGCTGCCTCCACTGAGGCGGGCACACAAGGCGGACCCTCCTGAAACAG 3041 CCTCCATTTTCTTCAAACATGCAGAATGTTTTCCCAGACTGCGTCTATTTCAGGGTCTTCCATTTTTGTGGTTTATGGCC 3121 ATGCTTGCCAGTTTTGGTGGGGTTGAGGAACCCATAGGACTCATAGAAATAATAGTGAAAACTCAAACCCTTATTTTGGG 3201 ACTTCAGTTCTCGTGGTCCATAGGGGCAGAGATGTCAAAGTGAAGGTTGCCTGAGTGAAGGGAGAGTTCCCCTATAAAAG 3281 GCCTAAAATTGATCTGGGGCTCAGCCATCAAGGGGCTGGTGTTGCTCCTGTCCCAGACAAGGAAGCCCCTCTTTACATCA 3361 GCCATATTAGGGGAACGGTTGTCAGCTCCCCAAATGCCTACTGGATCCTACAGCCATACAGGAAAACAGACGGACACAGC 3441 CCTTTCCTTAAAGAGCCCTGGGGTCCTGTCCTGCAGGATGCTGCATAGGAATGGGCAGAGATGTCCTGGATGGGAACATG 3521 GTCCTGGAGGTGCCCTACCTGCATCCTGCTGCACCCCCACCCACGACACTCGAGTGCAAGATCGCCTCACTCCTAACCCT 3601 GACTTTATTCCCAGGCCCCACACCGAGGCAGGTGCAGGATTCGCCATGGTGCAGCCTCCGGGTACAAACATCTGAGGCAC 3681 TGGCGATCCCAGTCCTTGCAGCACCCTGAACACAGCTCAGACCAGTGAGGGGTGATTCAGAGGTGGGGATGGGCAGAGAG 3761 GGCTGGCCACTCTGCCTCAGGACTTGACCTCAAGTGTTCTGTCTCCCCACCCGGTGTGTCCAGAAGACCAGCCTCTTTCT 3841 TGCCAGAAGCAGGTGCTAAGATGGACTGCACAGGGTCCCGGCACTCCCTCGGGACCCATTCAGGATCTCAGCTGGGCAGG 3921 GGTGCCACCCAACAGGAAGATGTGATCTGAGCAATAGTGTGGCCTTGTTTCTCCGCTTCTGGTTGTGGCTGTGTGTACAG 4001 GGCTACCTATTTTGACTTCTGACAGGTGTCACTGATTTTCTTTCCCCCATTTAAAAAAGGTCATTTAGTCAAAGACACAG 4081 TGCTAGAGGTTTAAAGGGTGTAATGTGTTGGTCACATCACAACCAGTAAGAAACGCTTGGTAGGTTATCCACATCTTTTG 4161 CTGACTGTTTCCATATACAATTCTGGTCACCATATTTTCCAAAGCTAAAATCTGAGGCGTGGGCTGATGGTTTTTGAAAT 4241 CAGGATTACCCCAGGAAGAACCAGGTCCTATTACTAATTTTCCTGATTCTGAGGCTCTGAAGGCTTGTCTGAGACACATT 4321 CCGGAGACCTTTGTACCAGAACTTGGATGCATAGTCCACCTTACTACTGATACACGCCTGAGCACCCTTTAGGGCGAGGC 4401 GCCGCCTCCTGCCTGCTGTCCTGTCCCTCAGCATCAGAAGAGTTGAATTCAGCAGGAGACGGGAGCCCGGTGTCCATGAG 4481 GGAAGAGGGGTCGCGCTTGGTTTCTACTGACCCCCATGAAGATTTCAGACTTGCAGTGCGGCCACCTGGCCCTGCCCTGC 4561 CTCTCTCTTTCTCATACAGCTTTAAAACTTTACTACTTTTATTTAAAAATGAACTGGATGGGAGAGAAGTAGCGTCCCCT 4641 ACCCTACAAGTCACACATTCCGGGGAGGGGGGTGGGGGGTGGAGGCAGGAAGTCATGGGGGTGGGGGTGGGAGCACGGGA 4721 ACAGCTTTCTTAAGGCCTCAGGGTCCTGTTTTCCCTGGCCTCTTCTAGAGGGCCCGTGGACAGGTCGCAGTGCGTGCTTA 4801 TTTGGAAACCAGGTGTGTGAGCCGAATGCCTGCCAGGCCATGCACTCAGCAGAGGAGCCCTTGTACCTGGCTGCCCTGAG 4881 AGGAGCAAGAGGCCACCTCCCATGTGGCTCTAGACACCACGTGGGCTCATTAGCCCCAGCGTCTGTGCCGGCTCCAGGTG 4961 CCTGCCTCTGGGTGTGTGAGTGGGAGACTTTGCTCCCTGGCCTCATCCTAGAGAGGCCCCTGGTGCCTAGTGCTGAGGCC 5041 TCTGGGGCTGGAAAGCCTCAGCAGAAAGGAGGCACTACTGAGCAACTATGCATTGTCATTGTCGGGTTTGGGGCTTTCGG 5121 TGGTTCCTTGGTGACTGGGAATTGCTTGTGTGCATGTGTTGGGTGCATGCTTCCGGGTCTCAGCTGCCCCAGGCCCGCAC 5201 AGGCAACCCCTTCCCATCCAAAGCCATTGGTGGAGCTTCTCTGGAATCATTTGCCAAAAGCCCAAGGCAGAATCCAAGGG 5281 TCCAAGACCATTTCCATGGAGCTCATGTTTTTCTTTTCTGTAGGAACTTTTTTTTAACCAGCACCCACCATAATTCCGAA 5361 GGCCACGTTTCATCTTTCCTGGATCACTACAGTGAAGTATTACAGTTGTACAGTTCCCAGTCTGGCCTTGGCTTGCTCGG 5441 ATAAAACTTTGTATGTATTTTGTATGGCATAGATTCTATATTGTAATGATGTCCTATGCAAAAAGAAAAATTAACGAAAT 5521 TGTAAATTTTATTGTTTTAACGTGTATGCATGTTTAGTGACGTTTACATTTTGAAATAAAATTTATGATTCATTATTTTA 5601 AAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545214. RNA binding protein: AGO3. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545215. RNA binding protein: AGO4. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_015995 | 3UTR | CAUUUCCAUGGAGCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545214 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO3 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000307145.3 | 3UTR | UCAGCGUCUGGCUGGCUGGCCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM545215 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO4 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000307145.3 | 3UTR | UCAGCGUCUGGCUGGCUGGCCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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40 hsa-miR-3670 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT094967 | SEPT8 | septin 8 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT115520 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164547 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246182 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT255139 | SMYD1 | SET and MYND domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441534 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444547 | UBE2D3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449681 | CDR1 | cerebellar degeneration related protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450035 | LEPROTL1 | leptin receptor overlapping transcript like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466801 | SUPT16H | SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468269 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470394 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480056 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480581 | BUB3 | BUB3, mitotic checkpoint protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489189 | KIF21B | kinesin family member 21B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497178 | ZBTB40 | zinc finger and BTB domain containing 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527654 | CD300E | CD300e molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529853 | TMEM105 | transmembrane protein 105 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530037 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533264 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534022 | STXBP4 | syntaxin binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537345 | FKBP15 | FK506 binding protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556604 | LDOC1L | retrotransposon Gag like 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559945 | TRMT112 | tRNA methyltransferase subunit 11-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569744 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570637 | KLF13 | Kruppel like factor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573064 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622727 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626726 | TRIM65 | tripartite motif containing 65 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631824 | TMEM154 | transmembrane protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638040 | SHPK | sedoheptulokinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644096 | SIAH3 | siah E3 ubiquitin protein ligase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652233 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665387 | WIZ | widely interspaced zinc finger motifs | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703560 | FGFR1OP | FGFR1 oncogene partner | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713310 | SNRNP25 | small nuclear ribonucleoprotein U11/U12 subunit 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717645 | HLX | H2.0 like homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722259 | POLQ | DNA polymerase theta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723863 | CD209 | CD209 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724656 | PXDN | peroxidasin | 2 | 2 |