pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-371b |
Genomic Coordinates | chr19: 53787677 - 53787742 |
Description | Homo sapiens miR-371b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-371b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 43| AAGUGCCCCCACAGUUUGAGUGC |65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ANKRD52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ANKRD33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ankyrin repeat domain 52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_173595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ANKRD52 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ANKRD52 (miRNA target sites are highlighted) |
>ANKRD52|NM_173595|3'UTR 1 CCCCCTCCAGTGTCCCTCCCCCGCCGGTGGCTTGATATCTAATTCTATTTATTTAGAAAAAGTCTAAACATTTAGGGCAC 81 TTTAAAGGAGAACACGACTGGGTGGAGGGGGCGGAGGGGAAGGAAGCCCTGGGGAGCAGCTGCTCACCCCTTTGCCACAC 161 CATCTTGGCCTGGCAGGGGTCTGGGACTGACAGGGAGCACCCCAGGCCCTTGGTACCCCCAGGGCGACCCCTTCTGCCAA 241 GTGTCCCAAAATGATTGCTAAATGCCTGGCTCCCCCACTCTTTGACTCCATCTCTTGGTTCCCTCTTTCTGCTGCCAGCT 321 CCCCCGACTCTTCCCTGGGGACTCCTCTCTGTGTCCCCCTTCTCCCCTGCCCCTACTGCCAGGCAGATCCCCTCTTCTTC 401 CATACCCATCACTGCCTCCCTGCTCGGCCGGTCCCTCCATCCCCGCAGCAGTGAGAAGCCTTAATTTCTGGTACTGTGTG 481 AGCACTCTGGGGGTGTCCCCCTCCCCCCTTCAGGGGCAGCTAGAGGATGAGGGGGGAGGATATTTAGCACTGGGGCCTGG 561 AGCTTTTTCCCCACTTCTGTACCCTATCACCCCTAAAGTTCAAATGCAAAACACTTGAAGCAGCAACTACTGTACCTGGG 641 CCCCAATCCTGCACTCTCCCCTGGCTCCTCATATGCAAATCAAGGGCTGGTTCTGCCCCCACAGCCTGCCCCCTCCCCAT 721 TCCCTCCCACTCCTAGCCTGGCCCCTAACCACGCACTTTAACCTTGCTTCTTTCTTTTATCTTCTTTTGGGAGGGCAGAG 801 CCTGTGGTCATTCCTGCCCTGGCTCTCCTTCCCTTGAACTTTGAGGCTTGTCATGAATTTTTAAGTAAGCGTTTTATCCT 881 TTAGGGGAAGAAACAAATTAATTTCCTGCCCATTTCAAAACCACAGCCCTAGTATGTCCACTGTGTTTCAGGCATGTGTT 961 TGCATGTATATGGAGGGAGGGACCATGTTCTTCCTCCTGTGCCGCCAAGCCCATAGTTTATCTGTGCTCCCTATCTGCCT 1041 CCACCTTCCGTTATGTCCAAGAGTACCCACTGCCCCAGTCACTCCTGATCTGAAGCCAAAGATGGTAGGAGGGGCAGGGC 1121 CGACAAGGGACCGTGGCTACTCGGGACCCAGGCTTCCCCTCCAGTGTGAGGAAGAAGCTCTGACCTAGAGAGAGATGAAT 1201 AGGTACTGGGGCTTGGTCCCTGCCTTCCCAGCAGGGAGGAAAGATGGGATTGAGCTGGGGGCTGCACTGATAAGATTTCT 1281 AAAGTCGCACCCCAAAAGCCAAACTGGGCTGGAGTGAAGAGGGGGCAGTTTTCTCTCTAAATGTAGCATTGAATTTGGCC 1361 CTGGTCCCTTTAAGTGCTCTGTCCACCCATCTCCTAGTGCAGCCTCCTGGACAGTTGGACCCACTCCTGCAGCCCAGTGT 1441 TCCCTTCCTCACACTCAATACCTCAGCCAGGGGCCAAGACACAGAACTTGAATAGAGGTCATGCCCCCTCCGCCCCCACA 1521 CTGCATCCTTGCCCAGTTTGGCTGCCATCAGTATTGTCCCCTGAGAACTGGACAGGCTTCGTTTACACAGTACAGGGTCT 1601 CCCCTGAGGGGGGATCCTTCAGCCTCCCTCCCCTACTCAAGTTTGCTTTATTCACAGTCTTACCCATCTTTTAGTTGTAT 1681 ACCCTGAATGTCTTGCCACCCTTGTCAAGGGTGGGCTGAGGGGAGGGGGGCGTCCCAGGGACCCCCTCCCTCCCCAACGG 1761 ATACCTTTAACCATACCTCATGCTGGTTTCCAGAAGCCTGGGGTGTTGTCCAAGTCCTTATCTTTTCATGGTCCCTTTTG 1841 ATCCCCTGTCTCTCTGTGTTTTGCTTCTCCCAACCCTCAGTTCCTAAATCATTTCAAGGCTTCCAAATGACCATTATTGA 1921 TGAGAAGGATTGTGCAGCTTTTAGTTTTTATTTTTATTTTCAAAGCCAAAGGGCCTTGTGACGCCCCTCTTGCCCACCTC 2001 CCTCCACACCGTGTCCTCCCCTATATGACAATCAATGTGACCTCTCTTAAGGGCTGCAGCCCCCATCCCCAACCCTGCTG 2081 GCTCTGCAAAGCTTGCCTTCCCTTCAATTCTCTCTCCTGAAATCTTCCCATTCCACCCCCTCCCTCTCATCTTGGTGCTG 2161 GGAATTAGGTGGTGGGGGGCAAGGGGAGTGAGAAGATGGGTCCTCCAGAGAGAACTTGCCGGGTGTGAGTCGTGTTCTCC 2241 TTTCGTGATGTTTGGTGATGGCGGGAAGCGTCTGAGTGTCAGAGCCCCGTTGTCTTGCTAGATGAGATTTCTGGGGGCTG 2321 TCTGCGCCCTGCTGCCCTCAGCGCACTGTCAGCAGTGCTGGGAGGTGGTGGGGAGTCCTCTGTCCCTCCATATGTGGCTG 2401 TGAGGAAGCCTGGGGGACAAGCAGCCTCCTCTCCTTATGCCAAAGGAAACCCCACGCCCCACCCTGGGCTCCCCAGCCCT 2481 AGTGTTTTTTGAAGCATTTTGACCATTCTCATGGCCACTGCATATTTATTTTAATGTTAAGATTTTTTTTAAACCTCTTT 2561 GACTTAAACGGGTGTGGAGAAGTAAAACAGGCAGAATGCCCCCCAGTCTTCATGGGGGAGGGCGGGGAGGGAACAGCGCC 2641 TTCCCTTTGCCCTCCCCCTCCCCCCTCTCCCCACCGCAGCCCTAAAGCACTTGCTTCAAGTAATAAGCACTTTTGTGAAA 2721 AGGCCTATTTTAAGCGAGGACCCTGGGAGCAGCCCCAGGTCCCAGCAAAGGAAACAGAGCGAGGGCGACATAGGAGACAG 2801 GGAAACAGACGTGTGAATCAGAGGGTGAGATGGAAAGAGCCAGTTTTTAGTTTCTGATTTTGGGGGAGCTATTTCTGATT 2881 GGGCGGTGGCTCTGGTAGGGTCATATACTATCCTTCAGAAAAACGAATGGCACAAACCGTGGGTCCCAGGAAGGACCAGC 2961 AGACCCGGGTCACTGCCACTGTCCACTGAGACTGACGGGCCACCTCCCCTGCCCCGTGGCCCCCTGAGCCATAGGACTGC 3041 TGAAAACCACTGAATGTACAGCCCAGGTTGGGGTGGGGAGCAGCCCCTGGGGGAGGGGGCTTCTCCTTTTGTTTGGTGCT 3121 GTGGGGCGTGGGAGAGAAAAGACTGAGGGACTGCCACCCCACGTAGATGTGTTTCTTGGGGTGGAGGGGCTGAGGAGGGC 3201 CTACCTCCCTCTCCAACCCCAGCCATGGCCCCTCTTCCTTCCTCACCCCTATCCGTTTTGACTGTAAGTCCAGCTCACCT 3281 TTGCCTTCAATATGTAACCAAAGGAAAACTCAATACTGTTTCCACCACTGTCTGCCCACCCGAGCACCTTCTTACTCCCT 3361 GGACCTAGAAGGGGAGAAGAGGCTGGAGGTGGGGTGGATGGGGCCAGAGTGAACGGTTCTACAGCTGTATCCCCAGAACC 3441 TCCTCCAGGGTCTTGGAAGGAGTCCTGAGAGGTGGGATTGGGGCCGGGCTGGCAGGGCTGAGTTTGCGCACTGTGTATCT 3521 TATGCACATGAGTGTTTTTGTCTAAATGACTCCAGTGACTGCTCCAGCGGGGAGGCCCCTTCCTCCTTCCCTCTCAGCCA 3601 TTTCTCACCCACTTCCCATACCCAGTGTTCATCCCCTACCTCCCCTTCCCACCGCAAAGGAAAATAGCCTTACAGACCCT 3681 AGCCCAGAAACCCTACTCCTGGGGCAAACCAGTATGGGCCCCCATCCCGCCTAGTTTGAACCCTACCTTTTAAGAAGGAG 3761 GGATAAGGAACAAAGCAGCCCCTTCCCCTCTAATTGTGGTGGCTCCAGCCTTCTGCAGCCTTGACCCAGGTTGGGCAAGG 3841 GCGGAGGTGAGGAATCTTTGAGGACCAAGCCCAGTGGTCTGGGAATCGGGAGGTAGAGAGGGAAGGGTCTGCCTTGGGGG 3921 CTCCCTCCTCCCAACCCAACCCCTAGAGAAGCGACCAAATCCCAGAGATGGGGTGAAGCTGGGGTGGGGAGGGTCTGCTC 4001 TTTGAATTACTTGAAGGTACTGACTCCAAGGCTGCTGTTGCCCACTTAGGTGTGAGGGGGACACTGTCACTGCATTTGGG 4081 AGGGCAGAGGGTGGCGGGTAACCAGAGGATCCACCTTGGCCCTCACCCACTCCTGCTAGGCCCTTTCCCTGGGGAATCTG 4161 GAAGCCTGACTTTGCCCCCAGGGAAGTTGGGGACCGCCTTCCCTCCCTTCTCCACCTCTCACTCTGGGCACCCTCTCCAA 4241 TTGCACTAAAGTAGCTGTTGTGCCAGTCTGCCCCCCACAAGGGGGGAGGTCTCTGCTTCCAGTCTTCTTCCCCCGCTGCC 4321 TCCGCTCCCACCCTGGACAATCTCCTTGTTTCCCTTGTGTTCCTGGATAGCTCAGCTTTGTATGTGTGTTTGGGGGGTGG 4401 GGGTGGGTTCTGGCTTGAGTGGGTTTGGCAGGGGTTTGGGAAGGGTTAGGGGAGGATGGAGGATGAAGTCTCCTACCCCC 4481 TTCTCCAGCTCCAGGCCACAGAAGCCTGGGAAGGGAGGGTGCCTACTCTCGCTGCTGTGTGTCTTGCAGATGTGCCAAAA 4561 TGGGGGTGGGTGGGAGGGGAGGGTGCCTGGCAGAGCAGCCCCTGGGGTGGCTCTCTCAAAGCAATATAGTTCCCCTGCGG 4641 GGGACAGCAAGACAGGGGAGAGGGTTGGGGTGGGGACCTGGGGGTTCCCCATGTACAGCTATGTATATTCAGGGGTGTTC 4721 TCCGTCTGGTACCCGCTGTGGGCATCTATGTGTGTGTGAACCTCCCCTTCCCCATGCCCTGCATGACCTGTGATGCTGCA 4801 GACACCACCATCCTGTGTGCAGGTGTGTGTTGGGGGGCACGGAGGGGCATGTTCCATGTCCTGTTGCACCCTCCACCCTG 4881 TGACCCATGTACTCGGTTGTAGGAAGTAAAGAGAACTGAGCACAATTCACTGGATTCTAGTGGAATCTTTCTCTAAGCAA 4961 TTTTCCCATTCCTGCCTCTCCCTGCCCCGGAACCACCTGTGGTGCTAGTGTTGGGATCGGGGGCGTTTAACGCTGGTGGG 5041 CAGCAATAAGGGGCAGATGTGCCCAGATGCCTGCATCCCCAGGGTGCCGAGGGCAGCAGGAAAAAGTGGGGACCTCGGTG 5121 CATTTGCCCCACCCCTCCCCTCCCTGGGCTAAAGCACAATGTTCTCCCCGCAGATTAATGACCCTGCACCCTCCAGGCCC 5201 CTACTCACATCCTCCCCCAACCGGCTTCGGGTCCTCCCACCACACTCTGGTTTTCTATGCTGTTTTGGTGCAAGTACAAC 5281 TGTCGTAGTCATGGCTTTGGGATGGGTTCTGTTTATTAAAATCCTATTGCTCCTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545214. RNA binding protein: AGO3. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545214 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO3 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000267116.7 | 3UTR | UCUAAACAUUUAGGGCACUUUAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
42 hsa-miR-371b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055410 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 6 | ||||||||
MIRT065883 | GDF11 | growth differentiation factor 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT183507 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT277106 | CDCA8 | cell division cycle associated 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT300592 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441361 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442692 | COX15 | COX15, cytochrome c oxidase assembly homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443388 | CHML | CHM like, Rab escort protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443571 | EVX2 | even-skipped homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443671 | FLT1 | fms related tyrosine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465524 | PRICKLE4 | prickle planar cell polarity protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492169 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496992 | TMEM231 | transmembrane protein 231 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509012 | FBXO6 | F-box protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509766 | NCAPD2 | non-SMC condensin I complex subunit D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514033 | BNIP2 | BCL2 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524995 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT529899 | C1orf64 | steroid receptor associated and regulated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530045 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534479 | SAR1B | secretion associated Ras related GTPase 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535065 | PPP2R5D | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'delta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT539151 | AREL1 | apoptosis resistant E3 ubiquitin protein ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540937 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546360 | SYNM | synemin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553436 | TPM3 | tropomyosin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556278 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564092 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568376 | ATXN1 | ataxin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572255 | ANKRD52 | ankyrin repeat domain 52 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572453 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610741 | NUDT16 | nudix hydrolase 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622754 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627220 | ZC3H12B | zinc finger CCCH-type containing 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629555 | SPN | sialophorin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640288 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651922 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684290 | CDK9 | cyclin dependent kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700230 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702748 | IGFBP3 | insulin like growth factor binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711110 | TBC1D21 | TBC1 domain family member 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716402 | SEPT5 | septin 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723677 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|