pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2115 |
Genomic Coordinates | chr3: 48316360 - 48316459 |
Description | Homo sapiens miR-2115 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2115-3p | |||||||||
Sequence | 58| CAUCAGAAUUCAUGGAGGCUAG |79 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | 454 | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | AFF1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AF4, MLLT2, PBM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | AF4/FMR2 family member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001166693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_005935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on AFF1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of AFF1 (miRNA target sites are highlighted) |
>AFF1|NM_001166693|3'UTR 1 TGGAGCCCCAGGTTGATTCAATGCCTTGGGAACTATTTTTGCACATTGGAAGCCTCAAAAACAGTCCAGACGTTTGTTTC 81 ATCAGGACACCAAACTCTAAAAAAGAAGCACCACGAGATGGCCAGGACATTTGTCCACTTAAACTCTCAACAACAGTGTG 161 ATCATTGGTTGGACACTGTGGTTATGCAGAAGCAGAGATGAGGAGGCTGGCCCCAGAGATGATCTTGCCCTTCCTAACTA 241 AAGGACAGAAGTGCAATTTAGCTTAAATGGGTGTATGAATGGTCTAGAAACATTTCTATTTTTTTTTTAAACCAGCAGGA 321 TACAAGTTGCAAATGAAATGAGGAGAAACAGTTTCAACTCTGAAAGTGAATTTCACGTCATCTCAGTAGCCACGCTAGTC 401 CATTCCCAGAAGGAAATTTTTTTTTTTAACAATGACTTTTGGTAAAGGGTTTTGTGGATGATTTTTTTTCTTTTGAGTTT 481 TGGGAGAAATATTTGTTTAGTAACTTCTAATGGCCATCTGTAAACCATAAGTAATGAAGGACTCCACTGTGCCCCACTTT 561 CTGCCAATGAACAGTGGCTTGATAATACCAAGTATTGTTGTAATTTATAAAATTGAAGGCAACCCCCGCTCCTGCCGCCC 641 CCAATCTCCCCATTGCCTAGAGCGCTGCACATTGACCCCAGCTCTGACTTCTCATTACTGTGCTGAAAGTCAGCCCACGT 721 CGGAGCGGTGAGGAGGAGCCACAGCACATGGGGTGCCACCTCGAGGTCTGCACAGGAGGACTTGGCGCTGCCATTTCCTA 801 CCCCTGCCATTTCCCACCCCTGCTTCAGCGAAAGGGACTCTCTAACAGGGCAGTCACTGTTGACTCTATTCTGAATTTCC 881 TCCCTTGGGGAAGAAGGGAACCAACATTTATACCTGACCAGATGGCTAAAGTGCTTTTAAAGTTTTGTTTAAGTAGAGCT 961 GGAATTTGAGGTGCTGATCTGTGGTCTACAGTTATGTGGTAACTCATGTTGTCCAGCCAACTCAGAGTTTCGTCAGTGAA 1041 CAAGAAACATGAAATCTGCTTCTTAGAGAGGCTATATTTTTCTGCTACAAATATTTTATATTTATAGCAAAACTAGACTT 1121 TCAGAGTCCTTGATTGTCTAGGGGAAGTTAACTCCCTGAGAGGATGTAGAGATTTGGGGTGGTTGATTAGACTTTTGAAA 1201 AACTCATCACCACATGCCTTCACTCCAGAGTGTTCTCAGCTAGATTTGATTTGGTTGAGGAGGAACTGTGGCCCTCCGTA 1281 AGTTATTGCCATAGTGTATGCATTAAACCAAGTCCATTTTGAATGACCTAAAATGAAGTAACACAATCAGAAATCCCATG 1361 TGCCCATAAGCACAGATTTTTCTTTTTCATTGAAACTTTAAAGGTTATTATTGGAAACATTACTTTGAGTGCAGTGTTTT 1441 TAAAAGCCAATTCTTTTTTATCCCTTTTAGAAGTAGAATTTGCACACTTACTACAATTGAGGAGTGTCATCTCTATAACT 1521 TTTTCTCCGCCTTTGTCCCATTCTGCCCCTGTACATGTTTCCTACCAAGCATGTTTCACATTTTCCTATTAGTGGAGGAG 1601 GGAGAACCATATTTATTTATAATGAAGACATCTAAGATCCCTATGATGAATGCAGGAACTCTCTTGGTAGTTTGTAAATA 1681 CACAAAGGGATGTGTCGAGGGATGGGAGCGATGCTTATCTCTCACAGTGTGAGTGGTCTGTGTGAGGCTGTTCCTTCAGT 1761 TTCTTCTCCAGACTGTTCTTTGGTTGTCACTAAGTCAGAGGTCTGGTCCCTCATGTTTAGGTGAAAGCCAGAGAATGACA 1841 GCTGTAGTCATATCTGAGCATAAGACCTTGATGTGTGATTCCTGATGACCGGTTTCATTTATTCATGTTATAAAGCAAAG 1921 CCCTGGTCCTTTTTAAACTACTAGTTTTAAAAACCTGTGTTAAATGAACAGTAATTGCCTGGTAGGTTTGGTGTGTGTGT 2001 AGCATTGTGTGTCCATCTGTTATATGTAAAGGACAAGGCACCAGAATCAGGCTTTATTTCGATATTGAAGATGTTATTTA 2081 ACATCTTTCTTTTTTCCTTACTCCCTTAGCCATCCCCTCCCCTTTTGTCCTATCATTCCCTAGAACAAGCCACCTGTCAA 2161 TTGTGAAGGGTTGTGTTCTTTATGGCAGGTTCTATGCAGATTGTGCCAGAGCATGTGCGTGTTCTGTTGGCAAGCCACAG 2241 TGCTCCCTTGACTGAAGACATTTCCAGGTAGATTTCTCAGCCAGCTCTAAAACAGATTGCTTTTTCAGTGGCCTTACTCT 2321 TTGTGGGTTTTTTTTTTTTTCTCTGAACTTGATATAAAGATTTTATTTGTCCCTTGAAAAAGTAACAAATGTGCATAGAT 2401 CAATTTGTACTACTTTGGTCATTGGATATTTCTGATCCTTATTGCATTGTACCTAAAGGAGAGTAACTAATGGTAACCTT 2481 TTTAATAGAGTATGTGAAAGGTAGTGGCTGATGAATCCTTAACGTTCATAGGGTCTTTTTGCTGTTACGGTTGTATATAG 2561 AGGTCTGAAGGATTTTTAAAATGATTTGCACTTTTTCACTGCATGCTTACAATTCCCAAAGGCAAAATCTGTACTGAGGT 2641 AGATCATTTGAAAGGGCTAGATTATAAAATTAAGCCTTAGAGTATGGAAAGTTCTTATAACAATAATAGTACACACTTCA 2721 GAGTAAGACAAATGCAAAGCATCTTAAGGAGTGAAAATAGAGTGTAAATCTTGCCTTTGGCACTACAAGGTGTGTGTGTG 2801 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTTAGTAGGAAATGGAAGAACACTGTTTTATTTTTTAAAGTGTTTAATGTTTCTGTCC 2881 TTTCTGTGAATTATTGAATTTAAGAGCCCTGCTAAATAATGAAAAAACACTTTACTAAAATTTATCAAATTATACTGGGT 2961 TCGGATTGTGAAAACATTGGCCACCTAGTAGCAGTGGTGAGGAGTGGGAGGGCCCAGCAAGCATTTATCAGAAATAGAAT 3041 CACAATAGGAGGAGAATTTGACTGTCTGATATTATGATTTGATTACAATACTGAATGGGAAAAGTATCTAATATTTTGTA 3121 ACAAAAAGACCTTCATATTATCTGTTTTGACCAAAATATGTAGCTATTTCCCTTACACAGATTGGACCGCACTTATCTCC 3201 CTTGTCCTGTATCCTTTAATTTCAGGTCTCAGGATGTTTAGAAAGCTAAAACCCCCTACCCCTTTCTGGCTGAAAACTTG 3281 CCTTATTTGGTATCTTACACATTAATGTTACTAGCATCAGGAGCTTACTGTTTTATTATGATTCATCTTCAGTAATTTTT 3361 AGAAGCAAGAAGAAAGCCATTGTGTCCTCTACAATTAACAAAACTTATCTCTGATATACAAAGGGATATAAATATATACA 3441 CTTAAATAGAGAAAAAGAGGTTGATTGAATTGTGCCTTTGAGTGAACCCAGTTTTTAAATACCGCTGTGTTTGTTTCGCC 3521 ATGGCTTCAGGGATGCTACATGGCTCTTGCACCTTTTACTCCTCTGCTTTATGAAGTTTGAGTTGTATTTGTGCATCTTA 3601 AAGTAGGTTGAGGCTTGAGGCTGGGCTTTCGGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTTGTACT 3681 TAAACCTGCTTGCTTCCTACCACAGATTCTTTATTTTCCCAAACACTACAAAAAAACTTTTAAAACTTTGCCATTTCATC 3761 TGTTTACACTCTTTGCCACTGATTAGCAGTATTTAAATCTTGCAAGAATATTTTGTGCTTTCTTTAGAAACACAAGAGTA 3841 TAGATTTTTCTCACTGAAAAGTGAGAGTTACGCATTGCAGCCATGAAGGGATGCTAGGATCAATTATGGCAGTACCTTTT 3921 TTCCCCTCCTGTTCTTGAGCCAGTTGTCTCTTTTGTTTTGGGTCCCACTTAGGATTAATGGATGTAAGGTATTTTCCTGT 4001 GCCTTTATTTTGTGTCATTCTATTGGAAGGAGGTGTAACGGCAGAATAGCATCGTGTTGGGGGTTTTCCTTCAAACACTG 4081 CAAGTGATATTGCCACCATGTGAACCTCAAATATGCAATCCAGTTGTGTTGGTTTCTCGGTGACTTGGAGTGTTCATCTC 4161 TTCATGAATTGTGAGCACTGACCATGTTCTTCAGTTCTTAATTATGGTGAGTTGACAAATACCAACTACTGCTTTTCTTT 4241 AGGTGGCTATAAATTTCTTACTGTCAGGAGGAAATGACATTATATTCTGTTCCACTGAACGTCAGAGATCAGCAGGCACT 4321 GTACTGGGTAGAGAAGTGCCTATACTTCTCTACCTAAGAGGGCAGGAGGGAAACCCTACAGCTCCTTGTGAGCCTATATA 4401 TTAGTATATCGGCCTGGAGAGGACAAGGGAATAAGACCACTCATAGTGAGGCTGGCCAAGCTGCACTGGTCGGACCAGGC 4481 AGTGGCTGACCTAAGGAAGACAACTTGCTTTGCTTAAAAGTAGATTTTTTAAGCAATGCTTAACACAGGCAGCATTCACC 4561 TTTGTTCAGGCCATCGACATGTATTGTTAAAATTACTGCATATCCCCCTCAGATATCAAGTATACACTGTTCATGTTGGG 4641 GTTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTACGCACGCATGTGTCCCAAATCTTGTTTTAATTTTTTTTTTCTGAATGTGATCAT 4721 GTTTTGGATGATACCTGAGCAGGGTTGCCTTTTTTTTATTTATTACCATTATATATTATATTATATTATATTATATATTT 4801 TTTGCTTTCTTATAACTTTGGAGGAAAGTCAAATCTTGGTATTATTAAAATTGTTTTAAAAAGGAGTAAATTTTCCAGTT 4881 GATAAATGAAAATCACTGGCCTATGTTTAATAAGTTTTTCTTTAATTACTGTGGAATAACGTGCCAGCTATCATCAACAC 4961 AATGATTTTGTACATAGGGTAGGGAAGCAGTGATGCTCTCAATGGGAAGATGTGCAACACAAATTAAGGGGAACTCCATG 5041 TATTTTACCTACTTCAGCAATGGAACTGCAACTTGGGGCTTTGTGAATAAAATTTAGCTGCCTTGTATAGTCGTTTGAAA 5121 GAATATGTGATCTGTGAGAGAATTATAGTTTTTTTTTAGAAGAAAAATCTGCAAAAGATCTTTCCAAAGACAATGTGCCA 5201 CAGATCTTTTGTTCTCTGTAATGAGGATTAATTGCTGTTTAAACAAAAATGTAATTGTTCATCTTTAAATTCTTTCCTTT 5281 TCATAAGAGGATCAAGCTGTAAAAAAACAAAAAAATTAATAAAAATTTCGAGAAATCATTGGGGTTGAATCCAAAAAAAA 5361 AAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545213. RNA binding protein: AGO2. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in ERX177599. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_1
PAR-CLIP data was present in ERX177603. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_5
PAR-CLIP data was present in ERX177611. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_3_1
PAR-CLIP data was present in ERX177615. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_3_5
PAR-CLIP data was present in ERX177618. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_3_8
PAR-CLIP data was present in ERX177623. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_4_1
PAR-CLIP data was present in ERX177627. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_4_5
PAR-CLIP data was present in ERX177630. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_4_8
PAR-CLIP data was present in ERX177605. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_2_7
PAR-CLIP data was present in ERX177606. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_2_8
PAR-CLIP data was present in ERX177629. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_4_7
PAR-CLIP data was present in ERX177633. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_4_11
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Prostate Tissue |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRX1760583. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP_A
PAR-CLIP data was present in SRX1760591. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP_B
PAR-CLIP data was present in SRX1760632. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-22RV1_C
PAR-CLIP data was present in SRX1760639. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP-MDV_A
PAR-CLIP data was present in SRX1760641. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP-MDV_B
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545213 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | AGGAGAAUUUGACUGUCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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80 hsa-miR-2115-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT057089 | DDIT4 | DNA damage inducible transcript 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT071216 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT226901 | RAD23B | RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT235961 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT294569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT321046 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT359666 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT366451 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT405375 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441794 | TCEAL5 | transcription elongation factor A like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443295 | TCEAL3 | transcription elongation factor A like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455275 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458523 | C5orf22 | chromosome 5 open reading frame 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464960 | TWIST1 | twist family bHLH transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466848 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469252 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469825 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT470047 | PTGFRN | prostaglandin F2 receptor inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471420 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472024 | NPM1 | nucleophosmin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484156 | CENPN | centromere protein N | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485490 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490462 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493069 | MTCH1 | mitochondrial carrier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493573 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT494919 | NDUFC2-KCTD14 | NDUFC2-KCTD14 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500439 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500931 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501551 | POC1B-GALNT4 | POC1B-GALNT4 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501809 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT502415 | GALNT4 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506504 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507861 | CCNE2 | cyclin E2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT510511 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT516073 | RAB42 | RAB42, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519030 | KYNU | kynureninase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT521762 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522898 | KCNJ3 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT527370 | MGARP | mitochondria localized glutamic acid rich protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530691 | C8orf46 | chromosome 8 open reading frame 46 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530867 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531832 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT533035 | ZBTB5 | zinc finger and BTB domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533165 | WIPF2 | WAS/WASL interacting protein family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533464 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534331 | SHCBP1 | SHC binding and spindle associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539372 | ADSS | adenylosuccinate synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT545951 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553283 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553532 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT556480 | LIPA | lipase A, lysosomal acid type | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556975 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557697 | GATA6 | GATA binding protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558901 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559224 | BLMH | bleomycin hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559827 | SLPI | secretory leukocyte peptidase inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563435 | SLC3A2 | solute carrier family 3 member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569270 | PCDH11X | protocadherin 11 X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571386 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572567 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610400 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611058 | ZNF621 | zinc finger protein 621 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635118 | TMEM233 | transmembrane protein 233 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641617 | DEFB118 | defensin beta 118 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642146 | CHORDC1 | cysteine and histidine rich domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647295 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648155 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652780 | TENM3 | teneurin transmembrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657356 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658718 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662441 | RALGAPA1 | Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665302 | ZBTB38 | zinc finger and BTB domain containing 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699898 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700921 | PDS5A | PDS5 cohesin associated factor A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700992 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707397 | DCAF4L1 | DDB1 and CUL4 associated factor 4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711895 | INSIG2 | insulin induced gene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712072 | XRCC5 | X-ray repair cross complementing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716121 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT724470 | SMAD2 | SMAD family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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