pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4265 |
Genomic Coordinates | chr2: 109141490 - 109141588 |
Description | Homo sapiens miR-4265 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4265 | ||||||||||||||||||
Sequence | 71| CUGUGGGCUCAGCUCUGGG |89 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ID4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | IDB4, bHLHb27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | inhibitor of DNA binding 4, HLH protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ID4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ID4 (miRNA target sites are highlighted) |
>ID4|NM_001546|3'UTR 1 GCCGCGCTGTCCAGGTGTGCGGCCGCCTGAGCCCGAGCCAGGAGCACTAGAGAGGGAGGGGGAAGAGCAGAAGTTAGAGA 81 AAAAAAGCCACCGGAGGAAAGGAAAAAACATCGGCCAACCTAGAAACGTTTTCATTCGTCATTCCAAGAGAGAGAGAGGA 161 AAGAAAAATACAACTTTCATTCTTTCTTTGCACGTTCATAAACATTCTACATACGTATTCTCTTTTGTCTCTTCATTTAT 241 AACTGCTGTGAATTGTACATTTCTGTGTTTTTTGGAGGTGCAGTTAAACTTTTAAGCTTAAGTGTGACAGGACTGATAAA 321 TAGAAGATCAAGAGTAGATCCGACTTTAGAAGCCTACTTTGTGACCAAGGAGCTCAATTTTTGTTTTGAAGCTTTACTAA 401 TCTACCAGAGCATTGTAGATATTTTTTTTTTACATCTATTGTTTAAAATAGATGATTATAACGGGGCAGAGAACTTTCTT 481 TTCTCTGCAAGAATGTTACATATTGTATAGATAAATGAGTGACATTTCATACCATGTATATATAGAGATGTTCTATAAGT 561 GTGAGAAAGTATATGCTTTAATAGATACTGTAATTATAAGATATTTTTAATTAAATATTTTTTTGTAAATATTATGTGTG 641 TGTTTTTTTTTAATCTATGGGAATATTTCTTTTGGAAAATCATTTTTCAGCTCAATTACAGAGCTCTTGATATCTTGAAT 721 GTCTTTTCTGTTTGGCCTGGCTCTTAATTTGCTTTTGTTTTGCCCAGTATAGACTCGGAAGTAACAGTTATAGCTAGTGG 801 TCTTGCATGATTGCATGAGATGTTTAATCACAAATTAAACTTGTTCTGAGTCCATTCAAATGTGTTTTTTTAAATGTAGA 881 TTGAAATCTTTGTATTTGAAGCATACATGTTGAAAATACACCTTATCAGTTTTTAAGTACAGGGTTTTATAGTGTAATAT 961 ATACAGAGTAAGTGTTTGTTTTTGTTTTTCAACTGAGGTCAAAATGGATTCTGAATGATTTTGCATATGGGATGAGGAAA 1041 TGCTTGGATCCTTAAGGAGTTTACGAAATCTGCTGTTTTATCAAAGTGAAAAAAAATTGCTTATTACTCTTCATTTTACA 1121 CTAAAGCTTAATGTCACTAAGTTTCATGTCTGTACAGATTATTTAAATCATGGAAATGAAAAAAATGTTCTCTGCTTGCT 1201 ACCAAAGGACAAACTCTTGGAAATGAACACTTTCTGCTTTCCTTCCTCCAAAGAATTAATAGGCAACAGTGGGAGAAAAA 1281 AAAGGCATAATGGCAAATCCTTCAAGCAGGGATAAAAGTCGATCTTCAAACATTAACTTAAGCAGACCAAAAATTCTGAT 1361 GACCGCATCTAGATTATTTTTTTATAAAAATGATTTTCACTATAGCTATGTTACGCTAAGCTACTGTCCAATCTCTTGTG 1441 ATGTGTAACTTTTACATGTGAATATTAAAGTAGATTTCTCTGTCTTGTACTGTGATTTCTGGTCTCATTTCTTTAAAACC 1521 TTACTCTTATTTTTCTTTTAAGGCTCTTTTTTCTCCTTAAGGAAGGTAATATTTTCTAGGTTAGATAGGACTATCAGGGT 1601 TTGTGAACATTATGCATTTAATGTTATGGGTACTTTACACACAAGTTAGATGGAATTTTTAGAGTGAAAGAATTAAGTAG 1681 GATTTAATTGGGTGCTTTGTAAATAGTCAACTGTGTGTATAACGTGGTCTGTTTGATTTTTAAAAGGAAAGGATTTGTTT 1761 CAGATTATACAAGAATAAAAGTATTATAGACCCAAGGGACTTCTTATGAGGTCAAATTCAGATATTTATATGAATATGAA 1841 ATACCATGGTCCCTAGTAGTCAGTTGAAGTGGCAATGTCTAAACAGAAATGAACAAAACTAATGCTAGCAGGTTAAAATC 1921 AATCAAAATGTTTAAAAATTGATTCTGTCCTCAGCATGTTATTTCCTCAGCTCTGATAATTTACTGGTCTTGAGTATTTT 2001 GAGAATTTGATGTTGAACGTTATAAAGTCAAAGAACTGCTTGTTTAGATGAGGTTTATTTTTATTTTTGATATTATTCAT 2081 TCTTGTCACACATCAAGAAGAAAACACTAGAGTGCTGCTGGAATTCCAAATCTGAAGAATTCTAACGACTGCATTCTTTG 2161 TTATTAAAAAGGGCACAATCCTTCCTTTTTATTTGGCAGTTTAATTTCAGTAGGAAGCATGTCACATGTGCACTGTTGGT 2241 TAGAATTATGCATCTGTCATGCCTGACTGCTGAACCCTACCTAAGCCTTTTGGCGCAGTTTAAAACTTATACTGGTGGAC 2321 TGTGAACCTCAAAACAAATGGGTATTTTTGGGTTTTGAGGATAGATGTTACTCCTTAAAGTTTGTATTTGGGGCATGAAA 2401 AACTACTGAAAGAAGAAAAGTGCTACAGATACTACATTTCAAAGAGTTGGCATTTTCCCTTTGGCCACTCAAGCAGCATT 2481 TGATGTATCTAAAGAAACAAAGTCATTGTTTATTTTTTAAAAAATTATATGCAGTTGTACAAGATACTACATTCCATTGA 2561 AATGTTGGCTATGTCCTAACCAGGCAACCAGATAACAAAAACATTTTGAGTCTTTTATCTAGGTAGTTCTAATTATTCAG 2641 CTACTTAGTTTAACAAAGGAAAATATCCTGACTTCTCTCATTTCATTTGTAGACTTTTCATTGTATAGGCACAACCAAAG 2721 AGTCAGACTGGTTTAAAACTCCAGAAGGAAAAAAAGTATCCCACACAGTGGATGTTGTTTCTAAGAATGCTACAAAATCC 2801 TGACATCTCAGACATCTCAATGTTAAAGGAAGAAAAAAAATACCTTTTCATTTCAAAGAACTAATATACTTTGATATTGT 2881 GTAAACCTTACTCAAGTTTATTGTCAAGCTTTAACTGCCTTTTTAGAACTTTTTAAAATTTCGAGCCCACAAATCTATTG 2961 TATTAGTTGCCTTCTATAACAATAAATCTTCACTGAGCAAAAGGCAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545213. RNA binding protein: AGO2. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545213 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000378700.3 | 3UTR | UUUUAAAAUUUCGAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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47 hsa-miR-4265 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT061451 | NEK7 | NIMA related kinase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT121365 | RNF4 | ring finger protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT184855 | FLVCR1 | feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458214 | SHMT2 | serine hydroxymethyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468493 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470574 | POTEM | POTE ankyrin domain family member M | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470604 | POTEG | POTE ankyrin domain family member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470897 | PLIN3 | perilipin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484480 | SLC9A1 | solute carrier family 9 member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486669 | WDR81 | WD repeat domain 81 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490907 | STRN4 | striatin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493426 | KCNK3 | potassium two pore domain channel subfamily K member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504168 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT510345 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT514287 | FXYD5 | FXYD domain containing ion transport regulator 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520125 | WSB1 | WD repeat and SOCS box containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522065 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530484 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536055 | MCFD2 | multiple coagulation factor deficiency 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546050 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549084 | C5orf51 | chromosome 5 open reading frame 51 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT551250 | NLRP9 | NLR family pyrin domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559432 | ARSJ | arylsulfatase family member J | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565560 | SMAD5 | SMAD family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566348 | POLDIP2 | DNA polymerase delta interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572109 | DNAJC24 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572646 | ID4 | inhibitor of DNA binding 4, HLH protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608936 | SATB1 | SATB homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610608 | ARHGAP18 | Rho GTPase activating protein 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612582 | SYNGAP1 | synaptic Ras GTPase activating protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT628951 | UBE2D4 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D4 (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631030 | ZNF878 | zinc finger protein 878 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633020 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633252 | ZNF581 | zinc finger protein 581 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637165 | TMEM50A | transmembrane protein 50A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637264 | KLHL12 | kelch like family member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641366 | RABGEF1 | RAB guanine nucleotide exchange factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653808 | SIN3A | SIN3 transcription regulator family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663202 | DARS2 | aspartyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694269 | ZNF529 | zinc finger protein 529 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT708318 | NT5C | 5', 3'-nucleotidase, cytosolic | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710038 | POLL | DNA polymerase lambda | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717092 | PXDC1 | PX domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721739 | SDK2 | sidekick cell adhesion molecule 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721877 | TMPRSS6 | transmembrane protease, serine 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723340 | SCRT1 | scratch family transcriptional repressor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725561 | CPT1A | carnitine palmitoyltransferase 1A | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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