pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6767 |
Genomic Coordinates | chr16: 2445392 - 2445457 |
Description | Homo sapiens miR-6767 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6767-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 45| CCACGUGCUUCUCUUUCCGCAG |66 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SLFN5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | schlafen family member 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_144975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SLFN5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SLFN5 (miRNA target sites are highlighted) |
>SLFN5|NM_144975|3'UTR 1 CAGGAAACCCAAGCCTAAGAAACAATTAAGTGGTTCTCATCTCTAATTAACTGTGAAACCATTTAATCCAAACATGTAAG 81 CACACACTCACTTATTAAGTCACATACTTTTCTAGGTGCTGGGGATTGAGAACGAATCGATGTAAGATTCCTCCTTTAGG 161 GCAGAGACAGACCACTGACAAATACACAGATAGACAAGGAATTTCCCATGGTAAAAAGGGATATCAGTAATTAGAGGACC 241 GTGAGACTCAGAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCACGTGCACATGTGTGTAGGTA 321 GATGGAGGGGGTGATTATTTTGGGTGGTCAGGGAAGTGCTCAGTGAGGGAAGAACTTGTCATGAGAATCTCTGAGCGTGC 401 CAGGCAGACTCGGATATTTTTATAAATTTTTAACATGGCCACTTGCAGAAGAGCTTGAATGGGACGTGCAGCGAGAATGT 481 GAAGGATGGAGCAGGTAGCTCATCTGGCCTTGTAGGTGCCGGGAACGGGCAAGACATGTTTTGAAATGTAAGATCACAGA 561 CTGTTTTTTGCAAGACCACATTATATTACTTTATTATTTTCTGCTTTTTCTTTTAACGACATTAGTGTTTTTGATCACTA 641 TATTTTAAAATGCTTTTTGTGAGCCTTTTGGTTATGTGGAATCTGTTCCTTAGCTCTGATTTTTTATTCTTATGGAGCGT 721 CTTAGGTTACTACATGAAGGTAAGACTGCCACAGTCCCCCAGGGAGGCACACTGTGTTTTACTGATTGATTTGAAGATGA 801 TAGAGAGCCTAGGGGGATGAGTCTATTGGACTCAAAGGTTACATTTTGTTTTTCCATTTAATTTAATAATCAACAAAACG 881 ACAAAGTCAGTTTAATATCTTTCTTCTGCTGAGTCTTCAGGATGTTAGCTAGTCTTTCAAAAGCCATTGCTACAAAAGTG 961 CAAATTTCTCATTTCCTGTGGGTCTCTAGAAACTCTCTCAATATTTAAAGCCAAACAAATCCATCTTTTCTGAGAGACAG 1041 AAACTAAAAAATTCAGAGTTAATTCACTATTAAAAACAGCAAGGCCCTGCTATTTCCCAAGAATAAAGAAATTTAAAATT 1121 CTCATTGTAAGAAGTATGAACTTGAAGCTAGAATTGGTTTATTTCTGGCAGCTACTTACAATATTAAGAACTTTACTTTT 1201 TAAATTTGAGACAATTTCACAGGAAAGCAAGAAATTAGTCTATTGTGAAATGTTTTTACAACTAACTTGGAATATACTGC 1281 AAATCACTAGTAAGTAGAGACACATTTAAGATAAAATGATTAATAAAACAATTGGTAATTCTGAATAAGGATCTGAATAA 1361 ATCCAGATCACAGACTGTTCCTTTACCAATATGTAAAAGAATGTGCAAAATTAGTAAAAATATACCCAAAAATTTACCAG 1441 CAACAGAGAAGCAAAGAATGGAGTTCAACCTTACACTATAAACATCTAATAGATATGTATGAAAATTTAAAAACTAGAAA 1521 AGGTTGGGCATGGTGGCTCATGCTTGTGATCCCAGGACTTTAGGAGGCCAAGGTGGGAGGATTGTTTGAGCCCAGGAGTT 1601 CAAGACCAGCTTGAGCAATATAGTGAGACCCTGTCTCTACAAAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAATAAATAAATAA 1681 AATTAGCTGGGAATGGTGATGCACACCTGGAGTCCTAGCTACTCAGAAGGCTGAGGCAGGACGATCACTTGACCTCAGAA 1761 GTCTGAGGTTACAGTGAGCTATGATCATACCAGTGCACTCCAGTCTGGGTGACAGAACAAGACCCTGTCTCCAAAAATTA 1841 AATAAATAAAACAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | MDA-MB-231 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1395170. RNA binding protein: AGO. Condition:MDA-MB-231 AGO HITS-CLIP Replicate 2
... - Pillai MM; Gillen AE; Yamamoto TM; Kline E; et al., 2014, Breast cancer research and treatment. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Pillai MM; Gillen AE; Yamamoto TM; Kline E; et al. - Breast cancer research and treatment, 2014
miRNAs regulate the expression of genes in both normal physiology and disease. While miRNAs have been demonstrated to play a pivotal role in aspects of cancer biology, these reports have generally focused on the regulation of single genes. Such single-gene approaches have significant limitations, relying on miRNA expression levels and heuristic predictions of mRNA-binding sites. This results in only circumstantial evidence of miRNA-target interaction and typically leads to large numbers of false positive predictions. Here, we used a genome-wide approach (high-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation, HITS-CLIP) to define direct miRNA-mRNA interactions in three breast cancer subtypes (estrogen receptor positive, Her2 amplified, and triple negative). Focusing on steroid receptor signaling, we identified two novel regulators of the ER pathway (miR-9-5p and miR-193a/b-3p), which together target multiple genes involved in ER signaling. Moreover, this approach enabled the definition of miR-9-5p as a global regulator of steroid receptor signaling in breast cancer. We show that miRNA targets and networks defined by HITS-CLIP under physiologic conditions are predictive of patient outcomes and provide global insight into miRNA regulation in breast cancer.
LinkOut: [PMID: 24906430]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1395170 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | MDA-MB-231 / MDA-MB-231 AGO HITS-CLIP Replicate 2 |
Location of target site | ENST00000299977.4 | 3UTR | GUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCGCGCGCGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24906430 / GSE57855 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1013110 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | hMSC / hMSC-replicate-1 |
Location of target site | ENST00000299977.4 | 3UTR | AGAGGACCGUGAGACUCAGAGAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCGCGCGCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24038734 / GSE41272 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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42 hsa-miR-6767-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT066671 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442663 | GLRA2 | glycine receptor alpha 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457038 | S1PR3 | sphingosine-1-phosphate receptor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487824 | HIST1H2AH | histone cluster 1 H2A family member h | 2 | 6 | ||||||||
MIRT500161 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | 2 | 8 | ||||||||
MIRT505924 | RCAN3 | RCAN family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT529861 | GPR173 | G protein-coupled receptor 173 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569240 | SUSD1 | sushi domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575091 | Slc1a5 | solute carrier family 1 (neutral amino acid transporter), member 5 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT575972 | Slfn5 | schlafen 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT606881 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT607097 | SLFN5 | schlafen family member 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT607990 | NSUN3 | NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT608479 | RRP36 | ribosomal RNA processing 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610984 | GNA14 | G protein subunit alpha 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612308 | WDR37 | WD repeat domain 37 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612777 | MATN1 | matrilin 1, cartilage matrix protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615030 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615500 | MPP2 | membrane palmitoylated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618026 | ELFN1 | extracellular leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618763 | HS6ST3 | heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621458 | STX1B | syntaxin 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622221 | SLC36A1 | solute carrier family 36 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628784 | TMEM154 | transmembrane protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632385 | SNAPC3 | small nuclear RNA activating complex polypeptide 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652751 | TFAM | transcription factor A, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661806 | NUP85 | nucleoporin 85 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663148 | RD3 | retinal degeneration 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663867 | MUC20 | mucin 20, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664448 | CCDC108 | cilia and flagella associated protein 65 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669932 | LRPAP1 | LDL receptor related protein associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670303 | RBBP4 | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672171 | FAM174B | family with sequence similarity 174 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672280 | SHE | Src homology 2 domain containing E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678057 | RPL7L1 | ribosomal protein L7 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679781 | GOLGA2 | golgin A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683451 | ACOT2 | acyl-CoA thioesterase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684218 | C9orf64 | chromosome 9 open reading frame 64 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690932 | RAD51 | RAD51 recombinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692944 | EXOSC2 | exosome component 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700401 | RAB13 | RAB13, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724462 | PRKX | protein kinase, X-linked | 2 | 2 |