pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2115 |
Genomic Coordinates | chr3: 48316360 - 48316459 |
Description | Homo sapiens miR-2115 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2115-3p | |||||||||
Sequence | 58| CAUCAGAAUUCAUGGAGGCUAG |79 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | 454 | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | AR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AIS, AR8, DHTR, HUMARA, HYSP1, KD, NR3C4, SBMA, SMAX1, TFM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | androgen receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001011645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on AR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of AR (miRNA target sites are highlighted) |
>AR|NM_000044|3'UTR 1 AGCATTGGAAACCCTATTTCCCCACCCCAGCTCATGCCCCCTTTCAGATGTCTTCTGCCTGTTATAACTCTGCACTACTC 81 CTCTGCAGTGCCTTGGGGAATTTCCTCTATTGATGTACAGTCTGTCATGAACATGTTCCTGAATTCTATTTGCTGGGCTT 161 TTTTTTTCTCTTTCTCTCCTTTCTTTTTCTTCTTCCCTCCCTATCTAACCCTCCCATGGCACCTTCAGACTTTGCTTCCC 241 ATTGTGGCTCCTATCTGTGTTTTGAATGGTGTTGTATGCCTTTAAATCTGTGATGATCCTCATATGGCCCAGTGTCAAGT 321 TGTGCTTGTTTACAGCACTACTCTGTGCCAGCCACACAAACGTTTACTTATCTTATGCCACGGGAAGTTTAGAGAGCTAA 401 GATTATCTGGGGAAATCAAAACAAAAACAAGCAAACAAAAAAAAAAAGCAAAAACAAAACAAAAAATAAGCCAAAAAACC 481 TTGCTAGTGTTTTTTCCTCAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATACGTACATACATACACACATACATACAAACATATA 561 GAAATCCCCAAAGAGGCCAATAGTGACGAGAAGGTGAAAATTGCAGGCCCATGGGGAGTTACTGATTTTTTCATCTCCTC 641 CCTCCACGGGAGACTTTATTTTCTGCCAATGGCTATTGCCATTAGAGGGCAGAGTGACCCCAGAGCTGAGTTGGGCAGGG 721 GGGTGGACAGAGAGGAGAGGACAAGGAGGGCAATGGAGCATCAGTACCTGCCCACAGCCTTGGTCCCTGGGGGCTAGACT 801 GCTCAACTGTGGAGCAATTCATTATACTGAAAATGTGCTTGTTGTTGAAAATTTGTCTGCATGTTAATGCCTCACCCCCA 881 AACCCTTTTCTCTCTCACTCTCTGCCTCCAACTTCAGATTGACTTTCAATAGTTTTTCTAAGACCTTTGAACTGAATGTT 961 CTCTTCAGCCAAAACTTGGCGACTTCCACAGAAAAGTCTGACCACTGAGAAGAAGGAGAGCAGAGATTTAACCCTTTGTA 1041 AGGCCCCATTTGGATCCAGGTCTGCTTTCTCATGTGTGAGTCAGGGAGGAGCTGGAGCCAGAGGAGAAGAAAATGATAGC 1121 TTGGCTGTTCTCCTGCTTAGGACACTGACTGAATAGTTAAACTCTCACTGCCACTACCTTTTCCCCACCTTTAAAAGACC 1201 TGAATGAAGTTTTCTGCCAAACTCCGTGAAGCCACAAGCACCTTATGTCCTCCCTTCAGTGTTTTGTGGGCCTGAATTTC 1281 ATCACACTGCATTTCAGCCATGGTCATCAAGCCTGTTTGCTTCTTTTGGGCATGTTCACAGATTCTCTGTTAAGAGCCCC 1361 CACCACCAAGAAGGTTAGCAGGCCAACAGCTCTGACATCTATCTGTAGATGCCAGTAGTCACAAAGATTTCTTACCAACT 1441 CTCAGATCGCTGGAGCCCTTAGACAAACTGGAAAGAAGGCATCAAAGGGATCAGGCAAGCTGGGCGTCTTGCCCTTGTCC 1521 CCCAGAGATGATACCCTCCCAGCAAGTGGAGAAGTTCTCACTTCCTTCTTTAGAGCAGCTAAAGGGGCTACCCAGATCAG 1601 GGTTGAAGAGAAAACTCAATTACCAGGGTGGGAAGAATGAAGGCACTAGAACCAGAAACCCTGCAAATGCTCTTCTTGTC 1681 ACCCAGCATATCCACCTGCAGAAGTCATGAGAAGAGAGAAGGAACAAAGAGGAGACTCTGACTACTGAATTAAAATCTTC 1761 AGCGGCAAAGCCTAAAGCCAGATGGACACCATCTGGTGAGTTTACTCATCATCCTCCTCTGCTGCTGATTCTGGGCTCTG 1841 ACATTGCCCATACTCACTCAGATTCCCCACCTTTGTTGCTGCCTCTTAGTCAGAGGGAGGCCAAACCATTGAGACTTTCT 1921 ACAGAACCATGGCTTCTTTCGGAAAGGTCTGGTTGGTGTGGCTCCAATACTTTGCCACCCATGAACTCAGGGTGTGCCCT 2001 GGGACACTGGTTTTATATAGTCTTTTGGCACACCTGTGTTCTGTTGACTTCGTTCTTCAAGCCCAAGTGCAAGGGAAAAT 2081 GTCCACCTACTTTCTCATCTTGGCCTCTGCCTCCTTACTTAGCTCTTAATCTCATCTGTTGAACTCAAGAAATCAAGGGC 2161 CAGTCATCAAGCTGCCCATTTTAATTGATTCACTCTGTTTGTTGAGAGGATAGTTTCTGAGTGACATGATATGATCCACA 2241 AGGGTTTCCTTCCCTGATTTCTGCATTGATATTAATAGCCAAACGAACTTCAAAACAGCTTTAAATAACAAGGGAGAGGG 2321 GAACCTAAGATGAGTAATATGCCAATCCAAGACTGCTGGAGAAAACTAAAGCTGACAGGTTCCCTTTTTGGGGTGGGATA 2401 GACATGTTCTGGTTTTCTTTATTATTACACAATCTGGCTCATGTACAGGATCACTTTTAGCTGTTTTAAACAGAAAAAAA 2481 TATCCACCACTCTTTTCAGTTACACTAGGTTACATTTTAATAGGTCCTTTACATCTGTTTTGGAATGATTTTCATCTTTT 2561 GTGATACACAGATTGAATTATATCATTTTCATATCTCTCCTTGTAAATACTAGAAGCTCTCCTTTACATTTCTCTATCAA 2641 ATTTTTCATCTTTATGGGTTTCCCAATTGTGACTCTTGTCTTCATGAATATATGTTTTTCATTTGCAAAAGCCAAAAATC 2721 AGTGAAACAGCAGTGTAATTAAAAGCAACAACTGGATTACTCCAAATTTCCAAATGACAAAACTAGGGAAAAATAGCCTA 2801 CACAAGCCTTTAGGCCTACTCTTTCTGTGCTTGGGTTTGAGTGAACAAAGGAGATTTTAGCTTGGCTCTGTTCTCCCATG 2881 GATGAAAGGAGGAGGATTTTTTTTTTCTTTTGGCCATTGATGTTCTAGCCAATGTAATTGACAGAAGTCTCATTTTGCAT 2961 GCGCTCTGCTCTACAAACAGAGTTGGTATGGTTGGTATACTGTACTCACCTGTGAGGGACTGGCCACTCAGACCCACTTA 3041 GCTGGTGAGCTAGAAGATGAGGATCACTCACTGGAAAAGTCACAAGGACCATCTCCAAACAAGTTGGCAGTGCTCGATGT 3121 GGACGAAGAGTGAGGAAGAGAAAAAGAAGGAGCACCAGGGAGAAGGCTCCGTCTGTGCTGGGCAGCAGACAGCTGCCAGG 3201 ATCACGAACTCTGTAGTCAAAGAAAAGAGTCGTGTGGCAGTTTCAGCTCTCGTTCATTGGGCAGCTCGCCTAGGCCCAGC 3281 CTCTGAGCTGACATGGGAGTTGTTGGATTCTTTGTTTCATAGCTTTTTCTATGCCATAGGCAATATTGTTGTTCTTGGAA 3361 AGTTTATTATTTTTTTAACTCCCTTACTCTGAGAAAGGGATATTTTGAAGGACTGTCATATATCTTTGAAAAAAGAAAAT 3441 CTGTAATACATATATTTTTATGTATGTTCACTGGCACTAAAAAATATAGAGAGCTTCATTCTGTCCTTTGGGTAGTTGCT 3521 GAGGTAATTGTCCAGGTTGAAAAATAATGTGCTGATGCTAGAGTCCCTCTCTGTCCATACTCTACTTCTAAATACATATA 3601 GGCATACATAGCAAGTTTTATTTGACTTGTACTTTAAGAGAAAATATGTCCACCATCCACATGATGCACAAATGAGCTAA 3681 CATTGAGCTTCAAGTAGCTTCTAAGTGTTTGTTTCATTAGGCACAGCACAGATGTGGCCTTTCCCCCCTTCTCTCCCTTG 3761 ATATCTGGCAGGGCATAAAGGCCCAGGCCACTTCCTCTGCCCCTTCCCAGCCCTGCACCAAAGCTGCATTTCAGGAGACT 3841 CTCTCCAGACAGCCCAGTAACTACCCGAGCATGGCCCCTGCATAGCCCTGGAAAAATAAGAGGCTGACTGTCTACGAATT 3921 ATCTTGTGCCAGTTGCCCAGGTGAGAGGGCACTGGGCCAAGGGAGTGGTTTTCATGTTTGACCCACTACAAGGGGTCATG 4001 GGAATCAGGAATGCCAAAGCACCAGATCAAATCCAAAACTTAAAGTCAAAATAAGCCATTCAGCATGTTCAGTTTCTTGG 4081 AAAAGGAAGTTTCTACCCCTGATGCCTTTGTAGGCAGATCTGTTCTCACCATTAATCTTTTTGAAAATCTTTTAAAGCAG 4161 TTTTTAAAAAGAGAGATGAAAGCATCACATTATATAACCAAAGATTACATTGTACCTGCTAAGATACCAAAATTCATAAG 4241 GGCAGGGGGGGAGCAAGCATTAGTGCCTCTTTGATAAGCTGTCCAAAGACAGACTAAAGGACTCTGCTGGTGACTGACTT 4321 ATAAGAGCTTTGTGGGTTTTTTTTTCCCTAATAATATACATGTTTAGAAGAATTGAAAATAATTTCGGGAAAATGGGATT 4401 ATGGGTCCTTCACTAAGTGATTTTATAAGCAGAACTGGCTTTCCTTTTCTCTAGTAGTTGCTGAGCAAATTGTTGAAGCT 4481 CCATCATTGCATGGTTGGAAATGGAGCTGTTCTTAGCCACTGTGTTTGCTAGTGCCCATGTTAGCTTATCTGAAGATGTG 4561 AAACCCTTGCTGATAAGGGAGCATTTAAAGTACTAGATTTTGCACTAGAGGGACAGCAGGCAGAAATCCTTATTTCTGCC 4641 CACTTTGGATGGCACAAAAAGTTATCTGCAGTTGAAGGCAGAAAGTTGAAATACATTGTAAATGAATATTTGTATCCATG 4721 TTTCAAAATTGAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTGTGTGTGTGTGTTCTGATAGCTTT 4801 AACTTTCTCTGCATCTTTATATTTGGTTCCAGATCACACCTGATGCCATGTACTTGTGAGAGAGGATGCAGTTTTGTTTT 4881 GGAAGCTCTCTCAGAACAAACAAGACACCTGGATTGATCAGTTAACTAAAAGTTTTCTCCCCTATTGGGTTTGACCCACA 4961 GGTCCTGTGAAGGAGCAGAGGGATAAAAAGAGTAGAGGACATGATACATTGTACTTTACTAGTTCAAGACAGATGAATGT 5041 GGAAAGCATAAAAACTCAATGGAACTGACTGAGATTTACCACAGGGAAGGCCCAAACTTGGGGCCAAAAGCCTACCCAAG 5121 TGATTGACCAGTGGCCCCCTAATGGGACCTGAGCTGTTGGAAGAAGAGAACTGTTCCTTGGTCTTCACCATCCTTGTGAG 5201 AGAAGGGCAGTTTCCTGCATTGGAACCTGGAGCAAGCGCTCTATCTTTCACACAAATTCCCTCACCTGAGATTGAGGTGC 5281 TCTTGTTACTGGGTGTCTGTGTGCTGTAATTCTGGTTTTGGATATGTTCTGTAAAGATTTTGACAAATGAAAATGTGTTT 5361 TTCTCTGTTAAAACTTGTCAGAGTACTAGAAGTTGTATCTCTGTAGGTGCAGGTCCATTTCTGCCCACAGGTAGGGTGTT 5441 TTTCTTTGATTAAGAGATTGACACTTCTGTTGCCTAGGACCTCCCAACTCAACCATTTCTAGGTGAAGGCAGAAAAATCC 5521 ACATTAGTTACTCCTCTTCAGACATTTCAGCTGAGATAACAAATCTTTTGGAATTTTTTCACCCATAGAAAGAGTGGTAG 5601 ATATTTGAATTTAGCAGGTGGAGTTTCATAGTAAAAACAGCTTTTGACTCAGCTTTGATTTATCCTCATTTGATTTGGCC 5681 AGAAAGTAGGTAATATGCATTGATTGGCTTCTGATTCCAATTCAGTATAGCAAGGTGCTAGGTTTTTTCCTTTCCCCACC 5761 TGTCTCTTAGCCTGGGGAATTAAATGAGAAGCCTTAGAATGGGTGGCCCTTGTGACCTGAAACACTTCCCACATAAGCTA 5841 CTTAACAAGATTGTCATGGAGCTGCAGATTCCATTGCCCACCAAAGACTAGAACACACACATATCCATACACCAAAGGAA 5921 AGACAATTCTGAAATGCTGTTTCTCTGGTGGTTCCCTCTCTGGCTGCTGCCTCACAGTATGGGAACCTGTACTCTGCAGA 6001 GGTGACAGGCCAGATTTGCATTATCTCACAACCTTAGCCCTTGGTGCTAACTGTCCTACAGTGAAGTGCCTGGGGGGTTG 6081 TCCTATCCCATAAGCCACTTGGATGCTGACAGCAGCCACCATCAGAATGACCCACGCAAAAAAAAGAAAAAAAAAATTAA 6161 AAAGTCCCCTCACAACCCAGTGACACCTTTCTGCTTTCCTCTAGACTGGAACATTGATTAGGGAGTGCCTCAGACATGAC 6241 ATTCTTGTGCTGTCCTTGGAATTAATCTGGCAGCAGGAGGGAGCAGACTATGTAAACAGAGATAAAAATTAATTTTCAAT 6321 ATTGAAGGAAAAAAGAAATAAGAAGAGAGAGAGAAAGAAAGCATCACACAAAGATTTTCTTAAAAGAAACAATTTTGCTT 6401 GAAATCTCTTTAGATGGGGCTCATTTCTCACGGTGGCACTTGGCCTCCACTGGGCAGCAGGACCAGCTCCAAGCGCTAGT 6481 GTTCTGTTCTCTTTTTGTAATCTTGGAATCTTTTGTTGCTCTAAATACAATTAAAAATGGCAGAAACTTGTTTGTTGGAC 6561 TACATGTGTGACTTTGGGTCTGTCTCTGCCTCTGCTTTCAGAAATGTCATCCATTGTGTAAAATATTGGCTTACTGGTCT 6641 GCCAGCTAAAACTTGGCCACATCCCCTGTTATGGCTGCAGGATCGAGTTATTGTTAACAAAGAGACCCAAGAAAAGCTGC 6721 TAATGTCCTCTTATCATTGTTGTTAATTTGTTAAAACATAAAGAAATCTAAAATTTCAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084044. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep3
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084072. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep1_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084073. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084076. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep1_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084077. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084078. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084079. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084082. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084083. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084044 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | UAUAGUGUGUGUGUGUGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084069 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM1084072 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep1_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | UAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1084073 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | UAUAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1084076 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep1_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1084077 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | UAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM1084078 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM1084079 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 10 for dataset GSM1084082 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 11 for dataset GSM1084083 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000374690.3 | 3UTR | AUAUAGUGUGUGUGUGUGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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80 hsa-miR-2115-3p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT057089 | DDIT4 | DNA damage inducible transcript 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT071216 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT226901 | RAD23B | RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT235961 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT294569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT321046 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT359666 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT366451 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT405375 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441794 | TCEAL5 | transcription elongation factor A like 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT443295 | TCEAL3 | transcription elongation factor A like 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455275 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT458523 | C5orf22 | chromosome 5 open reading frame 22 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464960 | TWIST1 | twist family bHLH transcription factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT466848 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT469252 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT469825 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT470047 | PTGFRN | prostaglandin F2 receptor inhibitor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT471420 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT472024 | NPM1 | nucleophosmin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT484156 | CENPN | centromere protein N | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT485490 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490462 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT493069 | MTCH1 | mitochondrial carrier 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT493573 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT494919 | NDUFC2-KCTD14 | NDUFC2-KCTD14 readthrough | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT500439 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT500931 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT501551 | POC1B-GALNT4 | POC1B-GALNT4 readthrough | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT501809 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT502415 | GALNT4 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT506504 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT507861 | CCNE2 | cyclin E2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT510511 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT516073 | RAB42 | RAB42, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT519030 | KYNU | kynureninase | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT521762 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT522898 | KCNJ3 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT527370 | MGARP | mitochondria localized glutamic acid rich protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT530691 | C8orf46 | chromosome 8 open reading frame 46 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT530867 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531832 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT533035 | ZBTB5 | zinc finger and BTB domain containing 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533165 | WIPF2 | WAS/WASL interacting protein family member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533464 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT534331 | SHCBP1 | SHC binding and spindle associated 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539372 | ADSS | adenylosuccinate synthase | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT545951 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553283 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553532 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT556480 | LIPA | lipase A, lysosomal acid type | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT556975 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT557697 | GATA6 | GATA binding protein 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT558901 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT559224 | BLMH | bleomycin hydrolase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT559827 | SLPI | secretory leukocyte peptidase inhibitor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT563435 | SLC3A2 | solute carrier family 3 member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT569270 | PCDH11X | protocadherin 11 X-linked | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571386 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT572567 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT610400 | AR | androgen receptor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT611058 | ZNF621 | zinc finger protein 621 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT635118 | TMEM233 | transmembrane protein 233 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT641617 | DEFB118 | defensin beta 118 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT642146 | CHORDC1 | cysteine and histidine rich domain containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT647295 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT648155 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT652780 | TENM3 | teneurin transmembrane protein 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT657356 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT658718 | ELN | elastin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT662441 | RALGAPA1 | Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT665302 | ZBTB38 | zinc finger and BTB domain containing 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699898 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT700921 | PDS5A | PDS5 cohesin associated factor A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT700992 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT707397 | DCAF4L1 | DDB1 and CUL4 associated factor 4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711895 | INSIG2 | insulin induced gene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712072 | XRCC5 | X-ray repair cross complementing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716121 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT724470 | SMAD2 | SMAD family member 2 | ![]() |
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2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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