pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-371b |
Genomic Coordinates | chr19: 53787677 - 53787742 |
Description | Homo sapiens miR-371b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-371b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 43| AAGUGCCCCCACAGUUUGAGUGC |65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | NUDT16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | nudix hydrolase 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_152395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001171906 , NM_001171905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on NUDT16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of NUDT16 (miRNA target sites are highlighted) |
>NUDT16|NM_152395|3'UTR 1 AGGCAGCCCTCCATGGACCCATGAAAACTGAGATGAGGACCTTGGTACTAGGGAGGGAGGGAAGGACGTGGGAATGTTTT 81 CTTATTGGATCTGAGAGATGATACATGATACCAGATGAAAAGAAGGAGAAGTGTGTACCATATGTTTTGAGCAGAGGACC 161 CTCCAACTTATGGCATCAGGGGCAAAAAGTCACAGCTTATCCCAGGCACCCTGGCAGGTTCTCAGAGCCTGCCTCCTCCC 241 TGTTTATATGCGTACAGCCTGGTAACCCCCAGGCATGCAAATATACAATCTGTAACAACACACAGCCTGACACCTTCCCC 321 TGGTCATGTCCAGTTTAACCTTGAAGTGGCATTTGTCACACTACCCTGGTCCCTGATTGCAAGGAGCTTCTGAAGCAAGG 401 GTGAATCCTTCCCACACTCCTCCATGGTTGCCCTCCAGGGTCTAGCCCAGCCTATTTGTTAGGGAGGATAGAGAAACAGA 481 GCACCCCCTGTGCTTTCTGAAAATAGACTTGCTCTTGTCTTGAGTGGTGACCAAAGCAGTTGGCTCTTAAAAGGTGGGAG 561 AGCAGCCCAACCAATCCCCAATCCTTTTCTTCTGAAACTGAGCAGGAAGGGTAAGGAAGTGGCTAGGTCTCCTTGGACTG 641 AGCATGGACATGAGTCCTGTGAGGACTGGTGTCTCTCCTCTAGAGCTTTCATCTTTGGGATGCCTGAGACTCCGAGACTA 721 TCAGAAGGGAATTGACCCACCCCAGTCTAGCACCACCCTGCCTTCACTTCATCTACATAAAGGTGGTATAAAAACATAGA 801 CTGGAGGAGGTAATCCATGGAGAGAGAAAAAGAAGAGGGCTCAGGACAAGGCCCTGAGGAGGCCCAATCCTAAAAGTTTG 881 GGCAGAGGGAACCAGGCACGTTAAAGAAGACAGAAAGCGGACTATGCAGAGTGCTTGTGAGGGTTTCACTAAAACAGAGG 961 CAAAACTGTCCATTGAATTCAGTAACATGAAGTGTTTGATGACTATGATGGCAGCAGTTTCAGGAAGGGCGGTATGGAAG 1041 GCAGGCTGTACTGGTTGAGTGAATGGAAAGTTGGGGAGTAGAACGTGTGAGAAGTTGGCCTTCAAGGGGCTCAGGTTAAT 1121 AATAGAGAGCTATGGAGTCAAGGCATGTTTAAGATGGGAGGTAGAGCATGCCAATATTGATGGCAACAGTCAAGATGGTG 1201 TGATGAGAGAGATGGGAGGGGCACAAAGAGGAGGACCCCTGAAGGAGCAGAGTCCATGAGAAAGAAGGAGGGATGGGACC 1281 TTTGTAGGAAGAGACACAGTCCTGCAGCCTCATATGGCTCAATAAAACAGAAAGGGGCAAGTATAGAAGATTAGGATGAC 1361 TAAATTAATGGGGAAATGATGAAGGAGTTTGAATCTCTTCTTTGTGAAATGAAGTGAGACTATCAGCTAGTTGTGGGTGG 1441 AGTGTGTTCTCAGAAGGTATGAAGTAGATGTTTTCCTAGGTGTTGGAAAACAGGTTGATTAAGGCAACAGCAGAAGGGCA 1521 GGGCAAGGCTGAGCTCTGAGATGGTCAGTTTAGAGTAGGATGCTGGGCACTCAGGTGTGTGTGTGTTGAGTGGGGCTCTG 1601 CACACACCTGTCTTCCCCTCATCAGGATTCAGGAGCTGGGATGGGTACACTTACTGCAGTGTTGGGGTTTTGCCAGGGAA 1681 GTAAAAGGAGTTGAGAGAAAGATGGGTCAGTTCAGAAGACATACACAGGAGAAATTGTAGTGATGAAATGTGCAGTCTAA 1761 GGTTTAATCTGACCAAGAAATTGGAATTGAAAACAGGAGGTGACTAGGGAGGGATTAGGAAATTAGAGGTCTTGACAAGA 1841 TAGAAACTCCAGCATGGTGAGGGGTTGGGCAGGGAGGTATATTTGAGCCAGACAGGAGTGCTTTGGAAATTGAGAGGTGG 1921 AGCAATCTCAGGTAAAGGCAAAATAGAGGGTATGACCTGGGGTTGCTGGCCAGAGCCAGGGAGGAGCCTTAAGAAGTGAA 2001 ATCTAGGGTTGGCGAGGCTGGAGGGCAGGGTGAGCCTCCACATGGGTGCTGAAGCAAGAAACCGACAGATGTTGAGGAGA 2081 ATGGTGTGACCTAGGAGTCAGCATCCTTGGTGAACAAGAGGAGTGGCCACAAGGCCAGTGGCACCTGCCAGAGGGGAAAG 2161 CAGGCATGACAGGATAGCATCTCCCAGGTGAGAGCCTTTTGAGGAAGGGAGGGTGGGCAGTGGTCTGGAAGCTTGATGCA 2241 GAGCAGTGTGGGTCCCACTGGCAGCCCTTGGTCTTAGAAGAATGGGAGTACCCAGTGGGGGAGCAGCTGTACAATGAGGT 2321 AGACTCCTAGAGGTTAATTATCATCTCCTAATCTTACCCTGACCCTTTTGTCAAACGTTATCTAGATTAAACCTCAGTAT 2401 AGGCAGGCTGCAGGAAATGGACATTCCAGTGGCCCCTGGGGTTCCAGCCTGTAGCAGCTTCATCTGTGCTTTGTGCACTT 2481 GGTTCTCAGTCATCTCTGCAAGGGACCCTGACGCCTGGGAGATCAGAGCCACTGACCCTTTATGGCACTGCTAACAGACC 2561 CCTTCCCTCAGGTAATTCTGGATCCAGAACTCATTATGGGATGTAATCCAGGTCAACACTAATACCACTTGGAAGGTTCC 2641 GCTCTGTCTCACTCTGCTTGAGTATCCCACTGATCAGTCTCTCAGTGCCTGCCTACTGGGCAGCTCATCTGTCCACTTAT 2721 TCGTATTAAATTTGCTTTTTATTTAGGTCTCTGGAGATGGTTGCGTGGGGAAGAGCCCATGACTTTCCTATATGATCCCT 2801 TGAACATACTCTCCAAGTCAGTAGATTACCTCTCAGGCAGCCTTCATAAAAGTGTTTCACTGTACTGGGGTTTGTGTTCA 2881 TCTCACTCACATAGACAGTCTCTGGGTAGGCAGGTGGGGGGTGATACAAGTTCACACTCTGTGTTTCTCCTCCTGTTAGC 2961 CATTCCCACCCTGCTGATGTTTAAGGAAAGCCAGGGATGATGACCCACTTAAGCTTTCCTTGGCCTTGTTAAGTCCAATC 3041 ATCTGGGGCAGGAAGAAGAGAAATGCTCATTGCAATCTTTGACCCCCACTAACTGCTGTGGTGACTTTGACCCAAGCCCT 3121 TGACCTCCTTTTCCTTATCTGAAATGTTGCTGTGATTCCTGTGGTGAGATCAGATGAGGCAGCACTTGGGATAAGCTTGC 3201 AGAGATGCATTGAGCGGTATGAAAGTACAGGATGCTATGTACTTTCCTGCTTCACAGCACATTTTGTTTCTTGCAAGGTG 3281 AGTGGCCCAGCCGCCTCTCCACAAACACGTGTTTCTGCCTTTCTCAGCATAATCAGCAAGATGTTCCCACTTCTCAGCAT 3361 TGCACTTTTCTGCTGGTGCAGAATAAAAACACTTTGAGCCCCACCCTGTCCTGAGACAAAGTCCTCTGTGGTCACTTGGC 3441 ATATGGCAAAGCTGCTGCTGTGGGCTGGAACATTTGAGGCAACAGTGACTTCCTCCTTTCCTAGTTACCGGAACCCTTAG 3521 AGCTGGGAGCCGGCCAGTGAAACAGACAAGGGGAGGGGAAGAGAAGAGGGAAGGCATGTTTCCTATATGAGTTTCAGTTT 3601 GTTGCACAGAAATGTTTTTGAAACCTTTATCTCCAATAGAATCACAAACGGGTGTCAGAGAGTCAAAACTAGAGGAAAAA 3681 GTTTAGTCTGTAAACAAATCATTAGATGGCATCAGAATTTGAACCAAAGTAAAAGATGCTGGACCTTGGCACTTATCAGA 3761 GAAGTATAGAAGAGCCAGGTAGGGGATTTTATTTACAACATGTTCAATTCTGAGGAAGAGGAGTATGGGCAGGGCAGAGG 3841 AAAAAGGAAAAATGGGAAACCCCCATGGACTTAGGGCCCCCACAAAGAGAAACCATGTGCCTTCTCCCCACTTCCCTTCT 3921 GGCTTGGGCAAATGAGGCTCCCTTTAGGGGTAGAGGTACTCTACAGGGGCTATGTTCCCTTTAGGGGTAGAGGTAGTCTA 4001 CAGGGGCCAGCTGGGCAGAGATGAAATCTTGCAAAGGAACCCTTCTTACACTCGAAAAGCAAGAATAGCAAAGGGACTTT 4081 GGGAAGGACATAAAACAAGAAAAGGAAGCTCCTCACCAACAGCTCCCAGATGGAGGGAGTTTGTGTGTCTAGCATTTTCA 4161 CCAAAGTGCTGCTCATCCTGATGCACAGATGCAGATTGGAGCTGCTGCCTGTGCCCTCACCATGGGTATGTACCCACCAC 4241 AGGCATTCCCAGGTGATGCGGGGGCAGAGGATTCCCTCTTTCCACTCAGGATAACAACCCCTCGATGGGGTTTTCAACAA 4321 GTATAGAAAGCTCCTGGACTCAGCCAAGACCCTCACCTACAGTCCCAGTCCTCCCACCTTCTTCAGGTCTCTAGAAGACA 4401 GAACTGATGGGTTTACAACATCCTATTATCCAGCACTAGTCCTAGGTTGTGGATGTAGGGAAAGGCCAGGTAAACAAGGA 4481 AGGGAGAACAGGTGAATGACCCCAATTGTTTGAAACCAAAAGAGCAGAATTGCCCCTAATTGATTTAAGTAAACAGCAAG 4561 TAACATAGGTCTGTTAAATAGAAGAGGATGTGAGCACCAGATGCACGTGATAAAGACCATGCTCTGGAAGATTCATTCCA 4641 AGGAGTAGAAGTGGTATTTACTCAGGGCATTTAAGGAGAGCAGGGACTCTGAAATGAGGTGAGAGAAAAGATAAGACATG 4721 CAGGAACAGCTGGCAACACCAAGAAAGAATTTAAGGAGAGGGATCTCTCTGTTAGAGAACTTAACATTACCCTAGGAACA 4801 GCAAGAGCATCATCAGCCCCAGGAAAATCTACCTCTGATATGGAGACCAGGCTTAAGAAAATCCCCTAGAACCCAGAGAA 4881 AAAGTGCAAAACAAGGAAAATGGCCAAAGAGAATATCATAGATACAGAGATCAGACAATGAGAATCCAGAGTCTTGTTAA 4961 GTGATAGAAGGAAAATACTAACAGAACACATGTAACAGGAACAACATTTTAGAGGAAACAGGACAAAAACTTCCCTAAAC 5041 TCAAGATACTACACCAGAAGTGGGCAGTACTCACTATGTTCAGGGGAACAAAAAGATAAAAACTAAAAAGCATCAGACTG 5121 TTTTTTGTGTGAAGGAAATTTGTAAGGTAGGAGAATTAGGTCACTTACTACAGCACAAATTGCATGTCTATCTAAATTGA 5201 CGTTTAAGTGCAAAAGCATGGATATTACTCATGCAGTTTTACTGGAAAACCATACAGATGTTTTTCAGGAATGTACAGAA 5281 TGAATCAAAGGAAATAACTGATCGACAGGAAAACTGTAGGAAATTTGTGGGCTGGCTGTGAGGCAGTGGCTCCTATTATG 5361 TACAATTTTAGTGCTAAGTACTGTGTTAATGATGGCTATCAAACAATATGTTAACATCTGAAAGGAAATATGTATATTGA 5441 GCATAATAAATATTTTATAAATAACAATAAATCATTTGATTTTATGCTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084046. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep4
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084066. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084067. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084068. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084073. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084075. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084076. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep1_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084077. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084078. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084080. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084082. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084083. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084046 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | ACUCAGGUGUGUGUGUGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1084066 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1084067 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1084068 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM1084069 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM1084073 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | ACUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 10 for dataset GSM1084075 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 11 for dataset GSM1084076 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep1_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 12 for dataset GSM1084077 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 13 for dataset GSM1084078 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | ACUCAGGUGUGUGUGUGUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 14 for dataset GSM1084082 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 15 for dataset GSM1084083 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000359850.3 | 3UTR | CUCAGGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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42 hsa-miR-371b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT055410 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT065883 | GDF11 | growth differentiation factor 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT183507 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT277106 | CDCA8 | cell division cycle associated 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT300592 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441361 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442692 | COX15 | COX15, cytochrome c oxidase assembly homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443388 | CHML | CHM like, Rab escort protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443571 | EVX2 | even-skipped homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443671 | FLT1 | fms related tyrosine kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465524 | PRICKLE4 | prickle planar cell polarity protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492169 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496992 | TMEM231 | transmembrane protein 231 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509012 | FBXO6 | F-box protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509766 | NCAPD2 | non-SMC condensin I complex subunit D2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514033 | BNIP2 | BCL2 interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524995 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT529899 | C1orf64 | steroid receptor associated and regulated protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530045 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534479 | SAR1B | secretion associated Ras related GTPase 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535065 | PPP2R5D | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'delta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT539151 | AREL1 | apoptosis resistant E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540937 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546360 | SYNM | synemin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553436 | TPM3 | tropomyosin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556278 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564092 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568376 | ATXN1 | ataxin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572255 | ANKRD52 | ankyrin repeat domain 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572453 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610741 | NUDT16 | nudix hydrolase 16 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT622754 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627220 | ZC3H12B | zinc finger CCCH-type containing 12B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629555 | SPN | sialophorin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT640288 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT651922 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684290 | CDK9 | cyclin dependent kinase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700230 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702748 | IGFBP3 | insulin like growth factor binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711110 | TBC1D21 | TBC1 domain family member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716402 | SEPT5 | septin 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT723677 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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