pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-7161 |
Genomic Coordinates | chr6: 158609707 - 158609790 |
Description | Homo sapiens miR-7161 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-7161-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 1| UAAAGACUGUAGAGGCAACUGGU |23 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | AFF1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AF4, MLLT2, PBM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | AF4/FMR2 family member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001166693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_005935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on AFF1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of AFF1 (miRNA target sites are highlighted) |
>AFF1|NM_001166693|3'UTR 1 TGGAGCCCCAGGTTGATTCAATGCCTTGGGAACTATTTTTGCACATTGGAAGCCTCAAAAACAGTCCAGACGTTTGTTTC 81 ATCAGGACACCAAACTCTAAAAAAGAAGCACCACGAGATGGCCAGGACATTTGTCCACTTAAACTCTCAACAACAGTGTG 161 ATCATTGGTTGGACACTGTGGTTATGCAGAAGCAGAGATGAGGAGGCTGGCCCCAGAGATGATCTTGCCCTTCCTAACTA 241 AAGGACAGAAGTGCAATTTAGCTTAAATGGGTGTATGAATGGTCTAGAAACATTTCTATTTTTTTTTTAAACCAGCAGGA 321 TACAAGTTGCAAATGAAATGAGGAGAAACAGTTTCAACTCTGAAAGTGAATTTCACGTCATCTCAGTAGCCACGCTAGTC 401 CATTCCCAGAAGGAAATTTTTTTTTTTAACAATGACTTTTGGTAAAGGGTTTTGTGGATGATTTTTTTTCTTTTGAGTTT 481 TGGGAGAAATATTTGTTTAGTAACTTCTAATGGCCATCTGTAAACCATAAGTAATGAAGGACTCCACTGTGCCCCACTTT 561 CTGCCAATGAACAGTGGCTTGATAATACCAAGTATTGTTGTAATTTATAAAATTGAAGGCAACCCCCGCTCCTGCCGCCC 641 CCAATCTCCCCATTGCCTAGAGCGCTGCACATTGACCCCAGCTCTGACTTCTCATTACTGTGCTGAAAGTCAGCCCACGT 721 CGGAGCGGTGAGGAGGAGCCACAGCACATGGGGTGCCACCTCGAGGTCTGCACAGGAGGACTTGGCGCTGCCATTTCCTA 801 CCCCTGCCATTTCCCACCCCTGCTTCAGCGAAAGGGACTCTCTAACAGGGCAGTCACTGTTGACTCTATTCTGAATTTCC 881 TCCCTTGGGGAAGAAGGGAACCAACATTTATACCTGACCAGATGGCTAAAGTGCTTTTAAAGTTTTGTTTAAGTAGAGCT 961 GGAATTTGAGGTGCTGATCTGTGGTCTACAGTTATGTGGTAACTCATGTTGTCCAGCCAACTCAGAGTTTCGTCAGTGAA 1041 CAAGAAACATGAAATCTGCTTCTTAGAGAGGCTATATTTTTCTGCTACAAATATTTTATATTTATAGCAAAACTAGACTT 1121 TCAGAGTCCTTGATTGTCTAGGGGAAGTTAACTCCCTGAGAGGATGTAGAGATTTGGGGTGGTTGATTAGACTTTTGAAA 1201 AACTCATCACCACATGCCTTCACTCCAGAGTGTTCTCAGCTAGATTTGATTTGGTTGAGGAGGAACTGTGGCCCTCCGTA 1281 AGTTATTGCCATAGTGTATGCATTAAACCAAGTCCATTTTGAATGACCTAAAATGAAGTAACACAATCAGAAATCCCATG 1361 TGCCCATAAGCACAGATTTTTCTTTTTCATTGAAACTTTAAAGGTTATTATTGGAAACATTACTTTGAGTGCAGTGTTTT 1441 TAAAAGCCAATTCTTTTTTATCCCTTTTAGAAGTAGAATTTGCACACTTACTACAATTGAGGAGTGTCATCTCTATAACT 1521 TTTTCTCCGCCTTTGTCCCATTCTGCCCCTGTACATGTTTCCTACCAAGCATGTTTCACATTTTCCTATTAGTGGAGGAG 1601 GGAGAACCATATTTATTTATAATGAAGACATCTAAGATCCCTATGATGAATGCAGGAACTCTCTTGGTAGTTTGTAAATA 1681 CACAAAGGGATGTGTCGAGGGATGGGAGCGATGCTTATCTCTCACAGTGTGAGTGGTCTGTGTGAGGCTGTTCCTTCAGT 1761 TTCTTCTCCAGACTGTTCTTTGGTTGTCACTAAGTCAGAGGTCTGGTCCCTCATGTTTAGGTGAAAGCCAGAGAATGACA 1841 GCTGTAGTCATATCTGAGCATAAGACCTTGATGTGTGATTCCTGATGACCGGTTTCATTTATTCATGTTATAAAGCAAAG 1921 CCCTGGTCCTTTTTAAACTACTAGTTTTAAAAACCTGTGTTAAATGAACAGTAATTGCCTGGTAGGTTTGGTGTGTGTGT 2001 AGCATTGTGTGTCCATCTGTTATATGTAAAGGACAAGGCACCAGAATCAGGCTTTATTTCGATATTGAAGATGTTATTTA 2081 ACATCTTTCTTTTTTCCTTACTCCCTTAGCCATCCCCTCCCCTTTTGTCCTATCATTCCCTAGAACAAGCCACCTGTCAA 2161 TTGTGAAGGGTTGTGTTCTTTATGGCAGGTTCTATGCAGATTGTGCCAGAGCATGTGCGTGTTCTGTTGGCAAGCCACAG 2241 TGCTCCCTTGACTGAAGACATTTCCAGGTAGATTTCTCAGCCAGCTCTAAAACAGATTGCTTTTTCAGTGGCCTTACTCT 2321 TTGTGGGTTTTTTTTTTTTTCTCTGAACTTGATATAAAGATTTTATTTGTCCCTTGAAAAAGTAACAAATGTGCATAGAT 2401 CAATTTGTACTACTTTGGTCATTGGATATTTCTGATCCTTATTGCATTGTACCTAAAGGAGAGTAACTAATGGTAACCTT 2481 TTTAATAGAGTATGTGAAAGGTAGTGGCTGATGAATCCTTAACGTTCATAGGGTCTTTTTGCTGTTACGGTTGTATATAG 2561 AGGTCTGAAGGATTTTTAAAATGATTTGCACTTTTTCACTGCATGCTTACAATTCCCAAAGGCAAAATCTGTACTGAGGT 2641 AGATCATTTGAAAGGGCTAGATTATAAAATTAAGCCTTAGAGTATGGAAAGTTCTTATAACAATAATAGTACACACTTCA 2721 GAGTAAGACAAATGCAAAGCATCTTAAGGAGTGAAAATAGAGTGTAAATCTTGCCTTTGGCACTACAAGGTGTGTGTGTG 2801 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTTAGTAGGAAATGGAAGAACACTGTTTTATTTTTTAAAGTGTTTAATGTTTCTGTCC 2881 TTTCTGTGAATTATTGAATTTAAGAGCCCTGCTAAATAATGAAAAAACACTTTACTAAAATTTATCAAATTATACTGGGT 2961 TCGGATTGTGAAAACATTGGCCACCTAGTAGCAGTGGTGAGGAGTGGGAGGGCCCAGCAAGCATTTATCAGAAATAGAAT 3041 CACAATAGGAGGAGAATTTGACTGTCTGATATTATGATTTGATTACAATACTGAATGGGAAAAGTATCTAATATTTTGTA 3121 ACAAAAAGACCTTCATATTATCTGTTTTGACCAAAATATGTAGCTATTTCCCTTACACAGATTGGACCGCACTTATCTCC 3201 CTTGTCCTGTATCCTTTAATTTCAGGTCTCAGGATGTTTAGAAAGCTAAAACCCCCTACCCCTTTCTGGCTGAAAACTTG 3281 CCTTATTTGGTATCTTACACATTAATGTTACTAGCATCAGGAGCTTACTGTTTTATTATGATTCATCTTCAGTAATTTTT 3361 AGAAGCAAGAAGAAAGCCATTGTGTCCTCTACAATTAACAAAACTTATCTCTGATATACAAAGGGATATAAATATATACA 3441 CTTAAATAGAGAAAAAGAGGTTGATTGAATTGTGCCTTTGAGTGAACCCAGTTTTTAAATACCGCTGTGTTTGTTTCGCC 3521 ATGGCTTCAGGGATGCTACATGGCTCTTGCACCTTTTACTCCTCTGCTTTATGAAGTTTGAGTTGTATTTGTGCATCTTA 3601 AAGTAGGTTGAGGCTTGAGGCTGGGCTTTCGGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTTGTACT 3681 TAAACCTGCTTGCTTCCTACCACAGATTCTTTATTTTCCCAAACACTACAAAAAAACTTTTAAAACTTTGCCATTTCATC 3761 TGTTTACACTCTTTGCCACTGATTAGCAGTATTTAAATCTTGCAAGAATATTTTGTGCTTTCTTTAGAAACACAAGAGTA 3841 TAGATTTTTCTCACTGAAAAGTGAGAGTTACGCATTGCAGCCATGAAGGGATGCTAGGATCAATTATGGCAGTACCTTTT 3921 TTCCCCTCCTGTTCTTGAGCCAGTTGTCTCTTTTGTTTTGGGTCCCACTTAGGATTAATGGATGTAAGGTATTTTCCTGT 4001 GCCTTTATTTTGTGTCATTCTATTGGAAGGAGGTGTAACGGCAGAATAGCATCGTGTTGGGGGTTTTCCTTCAAACACTG 4081 CAAGTGATATTGCCACCATGTGAACCTCAAATATGCAATCCAGTTGTGTTGGTTTCTCGGTGACTTGGAGTGTTCATCTC 4161 TTCATGAATTGTGAGCACTGACCATGTTCTTCAGTTCTTAATTATGGTGAGTTGACAAATACCAACTACTGCTTTTCTTT 4241 AGGTGGCTATAAATTTCTTACTGTCAGGAGGAAATGACATTATATTCTGTTCCACTGAACGTCAGAGATCAGCAGGCACT 4321 GTACTGGGTAGAGAAGTGCCTATACTTCTCTACCTAAGAGGGCAGGAGGGAAACCCTACAGCTCCTTGTGAGCCTATATA 4401 TTAGTATATCGGCCTGGAGAGGACAAGGGAATAAGACCACTCATAGTGAGGCTGGCCAAGCTGCACTGGTCGGACCAGGC 4481 AGTGGCTGACCTAAGGAAGACAACTTGCTTTGCTTAAAAGTAGATTTTTTAAGCAATGCTTAACACAGGCAGCATTCACC 4561 TTTGTTCAGGCCATCGACATGTATTGTTAAAATTACTGCATATCCCCCTCAGATATCAAGTATACACTGTTCATGTTGGG 4641 GTTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTACGCACGCATGTGTCCCAAATCTTGTTTTAATTTTTTTTTTCTGAATGTGATCAT 4721 GTTTTGGATGATACCTGAGCAGGGTTGCCTTTTTTTTATTTATTACCATTATATATTATATTATATTATATTATATATTT 4801 TTTGCTTTCTTATAACTTTGGAGGAAAGTCAAATCTTGGTATTATTAAAATTGTTTTAAAAAGGAGTAAATTTTCCAGTT 4881 GATAAATGAAAATCACTGGCCTATGTTTAATAAGTTTTTCTTTAATTACTGTGGAATAACGTGCCAGCTATCATCAACAC 4961 AATGATTTTGTACATAGGGTAGGGAAGCAGTGATGCTCTCAATGGGAAGATGTGCAACACAAATTAAGGGGAACTCCATG 5041 TATTTTACCTACTTCAGCAATGGAACTGCAACTTGGGGCTTTGTGAATAAAATTTAGCTGCCTTGTATAGTCGTTTGAAA 5121 GAATATGTGATCTGTGAGAGAATTATAGTTTTTTTTTAGAAGAAAAATCTGCAAAAGATCTTTCCAAAGACAATGTGCCA 5201 CAGATCTTTTGTTCTCTGTAATGAGGATTAATTGCTGTTTAAACAAAAATGTAATTGTTCATCTTTAAATTCTTTCCTTT 5281 TCATAAGAGGATCAAGCTGTAAAAAAACAAAAAAATTAATAAAAATTTCGAGAAATCATTGGGGTTGAATCCAAAAAAAA 5361 AAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084044. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep3
HITS-CLIP data was present in GSM1084045. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep3
HITS-CLIP data was present in GSM1084046. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep4
HITS-CLIP data was present in GSM1084047. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep4
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084067. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084068. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084079. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084082. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084083. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084044 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | ACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084045 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084046 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | ACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM1084047 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1084067 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | ACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM1084068 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | CUACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM1084069 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 10 for dataset GSM1084079 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 11 for dataset GSM1084082 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 12 for dataset GSM1084083 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000395146.4 | 3UTR | UACAAGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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94 hsa-miR-7161-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT131193 | INCENP | inner centromere protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT318016 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT405275 | ZNF678 | zinc finger protein 678 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442570 | CCDC59 | coiled-coil domain containing 59 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442611 | CRIPT | CXXC repeat containing interactor of PDZ3 domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444013 | GOLGA8H | golgin A8 family member H | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444024 | GOLGA8M | golgin A8 family member M | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444339 | GOLGA6L4 | golgin A6 family-like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444611 | GOLGA6L10 | golgin A6 family-like 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446342 | MAN1A2 | mannosidase alpha class 1A member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446558 | GOLGA8J | golgin A8 family member J | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447671 | PACSIN2 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447975 | MSH6 | mutS homolog 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448895 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448936 | CHD7 | chromodomain helicase DNA binding protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449414 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450291 | ADH5 | alcohol dehydrogenase 5 (class III), chi polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454877 | PCNA | proliferating cell nuclear antigen | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT456615 | SFMBT2 | Scm like with four mbt domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462108 | TMEM214 | transmembrane protein 214 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471923 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT474437 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476600 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480573 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483890 | IL20RB | interleukin 20 receptor subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT493363 | KIF5B | kinesin family member 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494934 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495915 | CLDN1 | claudin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501574 | PLEKHF2 | pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT502193 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT502928 | CDC42SE1 | CDC42 small effector 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506393 | NUCKS1 | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506570 | MNX1 | motor neuron and pancreas homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT509478 | GNL3L | G protein nucleolar 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT518537 | FLCN | folliculin | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT519577 | ZNFX1 | zinc finger NFX1-type containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524088 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524146 | LDHD | lactate dehydrogenase D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524659 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT526324 | UGT2A1 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A1 complex locus | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526566 | UGT2A2 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526612 | ZNF780A | zinc finger protein 780A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526889 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527115 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528023 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529589 | TMEM220 | transmembrane protein 220 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532797 | STYK1 | serine/threonine/tyrosine kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537099 | GPC6 | glypican 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539070 | ATP6V1C1 | ATPase H+ transporting V1 subunit C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545495 | DAPK2 | death associated protein kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545814 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT553533 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT557285 | HIST2H2BE | histone cluster 2 H2B family member e | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559552 | ARGLU1 | arginine and glutamate rich 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT561069 | EIF4A3 | eukaryotic translation initiation factor 4A3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561710 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561995 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565896 | NHS | NHS actin remodeling regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567333 | HMGB1 | high mobility group box 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568042 | CLDN12 | claudin 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568315 | BAG4 | BCL2 associated athanogene 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570677 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571047 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571359 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571935 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572786 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573936 | CNTNAP2 | contactin associated protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576962 | Anxa4 | annexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT608297 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613342 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613529 | ANAPC7 | anaphase promoting complex subunit 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614705 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616658 | ORAI1 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624731 | ANXA4 | annexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT626525 | TSC1 | TSC complex subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627647 | SCN1A | sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637423 | EPB41L3 | erythrocyte membrane protein band 4.1 like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641059 | TCP11L1 | t-complex 11 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT645591 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646455 | ZNF705A | zinc finger protein 705A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656454 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676551 | TMPPE | transmembrane protein with metallophosphoesterase domain | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT682720 | KIAA1456 | KIAA1456 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698307 | TMEM2 | transmembrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701906 | MMGT1 | membrane magnesium transporter 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702228 | LONRF3 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708642 | UBE2W | ubiquitin conjugating enzyme E2 W | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709326 | HMBOX1 | homeobox containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711400 | RANBP2 | RAN binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712130 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT714226 | ARMC10 | armadillo repeat containing 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716914 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723060 | FGD6 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723846 | MN1 | MN1 proto-oncogene, transcriptional regulator | ![]() |
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2 | 2 |