pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4446 |
Genomic Coordinates | chr3: 113594876 - 113594942 |
Description | Homo sapiens miR-4446 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4446-5p | ||||||
Sequence | 8| AUUUCCCUGCCAUUCCCUUGGC |29 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FAM227A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | family with sequence similarity 227 member A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001013647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FAM227A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FAM227A (miRNA target sites are highlighted) |
>FAM227A|NM_001013647|3'UTR 1 GGAGCTCCACAACCTAGAACCAGGAAGCGCCTACAGAATCCGTGATATTTCTGCTACGAGGTGGAGTGGAACAAGAAAAT 81 AAGAAAATTGTGGCCAAAGACAGAAATAGGAATCATGATTTCTCCATAGGGGAAGGATTCCGTTGTAGTTTTTCCTAGGC 161 TGAGTGAAAAGCAGGAGTAGAGAGTTGGTGCTTGGGTCACTACATTTATTCATAGATTTACTCTTTCAGTATTTTATTAC 241 GTGCATGCTGGTAAGTATGTTACAAATATGACCTCATACAAAGGTAAAACTTTCATACCAGCCGTATGAAGTAGGGATTA 321 TCCACTGCATTTTACGCAGCAGCAAGCCCAGGTTTAGAAAGGTTTCCGAAGTTCTCTGCTGTAGACACTGGGTAATTAAC 401 AGTAGATAAGACACAGTCCCTGTTCTCAAGGGAGTCACCATCTGGTAGAGGGAAGACAGATGTATCAACACATTAAATGC 481 TGTAAGTATTGGACAGAGGAAAAAGAGAAAAGTGTTGTGAGGGAAAAGGAAAATGGGCCTAGAGGAGTGCAATTTTTTGT 561 AACAAGCTTTGTGGAACTATTAATTTGATAATTTGATAGGCGCTTCTATTATGCTGCCTCTGAACCTTTGCCTCCTGCTC 641 CTCTAACCACTGGGATTGCCAGCCTATTTCCAATATGCCCTCTTTCTGCCTGGCAAACATCTTGTCTTTTCTAAACTCAG 721 CCCAGGGACATGACATCTGTAATGTGTTTCTGTGTGACTCCCAGGCTTCTGCCTTCTTAACCTCTCACCTTCCAGCTCAT 801 TTGAGTGAATCTTTGTCCAAGAATTGAGAGAAACTTTATAGGTAAAGCATGCACATGTTGTCTGATTTAATCTAAAATAG 881 AAATAAGAAAACAAAAAATAATACTGCAACTAGGGACACATTTAGTCACTCCCAGTTCATGAGACAAGGAATAGTAAAGT 961 TCATTCCTACCATAGCAAAAGTCAGGATTTAAATGTAAATTAATTTTTTTAATTAAAAAATTTTAAATTAGGCCAGGCGT 1041 GGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGTGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCATCCTG 1121 GCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGATGTTGTGGCGGGCACCTGTAATCCCAGCTA 1201 CTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCGTTGGAACCCAGGTGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACCATGCTATTGCACTCC 1281 AGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAATTTTTTTTAATTAATTTTAACTAAATTAAATTTTTTAGAG 1361 GCAGACTCTCAGTCTGTTGTCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCAGTCATAGCTCACTGCAACCTCAAATTCCTGGGCTGAA 1441 GCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGACTACAGGTATGCCACCATGTCTGGCTAATTTTTAAAGAAATTTT 1521 TTTGTAGAGATGGGATCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCTTCAAGTAATCCTCCTGCCTTGTCCTT 1601 CCAAAGCACTGGGATTCTAAGTGTGAGCCACCACACCTGGCCTGGAGTATCTAATATTGTATAACATAATAATAGTAATC 1681 ATAGGTGATGTCATTTATTGAGTACTTAGTATGTGCTGAGTGCTCTGCTAAGTCTGGTTTAGACATTATCTCAGTTAACC 1761 TTCCTGGTGTCCCCCAAGATGGATATTGTTACCTCCATTTTCTCCTAGGAAGAAACGGACTTGGGGGGGATGATTAGGTA 1841 TTTGCTAGATGTCTATTCTGTACCATCCCTGCACTAGGCCCTGTGAATACAGAGATAAATAAAGACACAGTCCCTGACCT 1921 TATGGGGCTCACAATCTGGAAAAAAGAGAAGGATGTGTAAACCAATAAATGCATTAATGCTCCGATAGAAAGCTGCGTGG 2001 AATCTGAGAAAAACCAAGGCAGATGAAGCCAGTGTGCCAGCAGCCCTTTGGGACAGAAGATATTTCACTGAGGGGCACAG 2081 GCACAGGGGTTGGTTTGCCAAAGGACCAGCAGCTGGGCTGAAGGGCATAGGTTTTATCATTTGAGCTTCAAGGCACAAGG 2161 CAGTGACCTGGTCTGTGCTAGAACAGTTCACCTGTCACAGCCAAGAGGAAAGAAATGGTGCAGATGGCTGTTTGCCCAAA 2241 CCAAGCAGCAGATAAGCAGATCTTGGGAAATGTAGCTCATCCCTCAGACACACATCTTTACTTGAATCCTGAGTAGAACT 2321 CTAGGTGACCCCCTTGGAGGCTATTACTCATGTAAAAGGGGATGAAGGAAAGGTAAGAGAGAAGGAGCTTAGGCTTTGGC 2401 ATGAGAAAATTTGGGCCTTTGAATCCCTGCCCTGCTTCACCATATGGATGTGTGACTCAGCATAGTAGCTGTGCATCTTG 2481 ACCTTTCTGAACGTGCTTTCTTGACTGCAGAAAGGGAATGCCTGCCTAGGAGGGTTGTTGTGAGGATTAGATGAGATAAT 2561 TTGTGCAAAGTTCTTGGCACAGTACTTTTCACTTTGTAATTGCCACAAGCTGTTATTGTTGTTATTGCTGTTATAAAGTG 2641 TACTCTTCTTGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCGCCTGAGG 2721 TCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACGTGGCGAAACTCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCACAAT 2801 GGCAGGTGCCTGTAACCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGTGGAGGATGCAGTGA 2881 GCTGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGTAACAAGAGTGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAGT 2961 CTTCTGAAACCAGAACGTGTGAGCACCTGCCGAGTACAAGGCACCATGTGGGGCAGATAAGCAGAACACTCTCTCACCTT 3041 CCCTTTACTACCCCAGCCACTGTCAACTCTTCATTTGCAGTTTCTCTAGGAACCACACTTTCCTATTTCTGGATCTTTTG 3121 TCTGTTGCTGCTTCTGGACCTGAAAATGCCTTCTCCTCCCTCCTCTTTGTTAACTGCCAACATCACTAATTCCTGCTCTT 3201 CCTCCAGGACCCCGCTTAGACGTCCCTCATCTTGGGAGCCTTCCCTAATATACCAGGAGCAAGGTAGGCACAAGTGCTCC 3281 ACTGCATTATGCTCCAACAGCATTCTGTGCCATCCCATTATGGCAGCAGTTACCATAGTAGATTGGAATTGCCTGTCTAC 3361 CTATCCACCGCTACTATTAGCCCCCATACAGCAAGAAGGTCTCCTTATTTTCTAAGCCCAGGACAAACTGCATTTCTGTC 3441 TGTCAGGACCATTTGTTGCACAGTCCAAGATCATCCCTGCATGGACCCTTTCCAGAAATGACTGAGGACTCAGAGTTGTA 3521 GCCTCTCAGGATGTTAAATATGAAGAAACCTGTCTCTGCCCTTTGTAAACATTAGAAGGGAAAATTATGGGGAAGAATTA 3601 TTTGCCCTTTATAAGGGAAGCGGGGTAGAGCATCAAAGGGAACTAACATTTAAAAAGCATTTGCTGTAATGTGGGATAAA 3681 GCAAATGAGTAATTGTATGATATTCTAATTCTGTCATTCCCAGTGTTGCTGAAAACCCATACTCTCAGCATGGAAGAAGA 3761 TAAATTCAGATGTTAAACTAGAAGAGATGAAGTTAAAATCCTATAGTCCTGATTTTGAATTGCTTATGAATTGATGATGA 3841 AATGTATGTTTTAGAACATACAGTTTCCTGAAGAACAGGAGGGATAGCTGGAGAGGGGATAGGAGGGAAGCTGGAAGGGG 3921 TTACAAAGAGGCCCAAATAAACTTTTGGGGGTGACAGATATGTCTACTATCTTGATTGTGGTGAATGGCTCATGGGTGTA 4001 TACACACCTAAATACACTTTAAATGTGTGCAGTTTCTCATATGTCAATTATACTTCGATAAAGCTTTGTTAAAAAACGAA 4081 CAGGCCAGGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCCAAGGCAAGAGGATTGCTTGAGGCCAGGAGT 4161 TTGAGACCAAACAGGACAACATAGTGAGACCTTGCCTCTACAAAAACATAAAAAATTAGTCCGATGTGGTAGTGCATACC 4241 TATAGTCCTAGCTACTAGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCGCTTGAGCCTGGGAGCTTAAGGCTGCCATGAGCTGTGATTG 4321 TGCTACTAGACTCAGCCTGGATGATAGAGCAAGACTGTGTCTGGGAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGAGCCAGGTGCGGTG 4401 GCTAACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATTGCCTGAGACCAGTAGTTTGAGACCAGCCTGAC 4481 CAACATGGCGAAATCCTGTCTCTACTCAAAATGCAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCAGCTGCCTGTAGTCCCGGGTACTC 4561 GCAAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAAGCGGAGGTTACAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGC 4641 CTGGACAACACAGTGAGACTCTGTCTCAAAAATATGTGTATATATTTCCTAAAACTCTGTCCACTGAAATGACCTAGAAA 4721 TAAAGACTGACCCGGCAGCAGTGACCCAGACTGTGGTCTTGAAATACTATTTGCCCTAAAAGGATCTAGGGATCCTTGAA 4801 GAAATGATCAGTTCCAGGTCTAGGGCAGGAAAATCATGAGACCTGAAACATCTTATCACACTTAACACCAAGGAAGCTAT 4881 CAAAGACAAGGATCCTGTCAGAAAGACTTGGGAGCAAACTTAGAGACAATCCCATTAGCTAAAAGAGAGGACCATTTGGG 4961 CATTAATAATAATTGCCATATTTGAAGCACGTCAAACGTGTTCTCACCTGTAAGTTCATATTGTGACTTTTAAAAAACGG 5041 ATTGGTGTCTGGACGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAG 5121 GAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAAATCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATCAGCCAGGCGTGGTGGTGCA 5201 TGCCTGGAATCCTAGCTATTCGGGAGGCCGAGACACAAGAATCACTTGAACTTGGGAGGCGGAGGTTACAGTGAGCTGAG 5281 ATCGCACCACTGCACTCCAGCCTAGGTGATGGAGTGAGACTGTCTCAAAGATAAAAAAGGAAAGGGGAAAGGAGGAAACT 5361 AATTGGATACTAGGAAACTTCCTCATTATTTTGAAAATTGGTAAGTAAATGAATAAGCATTTATCATGCCATTCCCATAT 5441 GAACTGTATTACCAGGTAACCAAATAGTAGTGGAACAGAAACTTGTCTTTAGAAACAATCCACCTAATAAATTCAGAAAT 5521 AATGATAGACTTAAAATATCACCATTTTGAAACCCCTAATGAATTAATGGATCTAGGTTGATTATCCATGGCTGCTTACA 5601 TCACAAAAGACAAACAGCTATTAAATGCCTTTTGATACTAGACCATAAGACCACCTATCAAATAGTCTTACAAATAAGTA 5681 AACTTGAATGTGATCTGAACTCTAGATCCAACCACCATAACAGGAAATACAGAGGATGGGGACATCATGGCAAATGGTAA 5761 ATGACACCTAGGGGATGCAATCAGCAAAATCCAGGCCATGGAAAACTCCAGGGCAAATGACTTCATTTTTTTCAACAAAT 5841 AAGTTTCAAGGGAAAAAGAGAGGGGGAATATATAGATTAAAAGAGACTTAAAAGAGGACATCGGTTGCCGAGCATGGTGG 5921 CCCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTAGGAGGCCAAGGTGGAAGAACCCCTAGAGCCCAGGAGGTGAGACCAAACCGGGTA 6001 ACATAGTGAGACCTTGTCTCTACAAAAAAAGTAAAAATTAGCAGAGCAAGGTGGCATACGCCTGTAGTCCTAGCTACTTG 6081 GGAGGCTGACGTGGGAGAATTGCTTAAGCCTGGGAGTTGGAGGGTGCAGTGAGCTATGATCATGCCACTGCACACTCCAG 6161 CCTAGGTGACAGAATGAGACCACATCTCTAAAAAGAAAAAAAAAAGACATCAATCAATTACAACATGTGGACATTATTTG 6241 GATCCCATTGAAACAAAATGTGGCATTTATGAGACAAATGGATATCTGAATCTTAAATATTTTATATATAAAATTATTCT 6321 AGGCGTGATAATAGCATTATGGTTATATTTTTTAAAGAGTTATCACATTTTAGAGATATATACTGAAATATTCACAGATG 6401 GAATTACAAGATTTATGGAATTTGTACTCAAATAATATGGGAGAGAGAAAGTGGATGGAGGTATAGGTGAAACAAGATTG 6481 ACCATGTGTTGAAAATTGTTGAAGATGGGTGATGGGAATATTATACTGTTTTACTTTTGTGCATATTTGATTTTAGCCAT 6561 AATTTTTAAAATTAAAGGCATCTACCATGGACACTTCTAAGCATATTTTACACACTTTCATTGTGGTCTCACTAAAGCCC 6641 TGTGAATGAGGTACAATTTCCCCCATTTTCAAATTGAGGCTCTTCTTGTTTAAAGCACCATTACTCCTGGCTTGGGACTT 6721 CTGTTATACAATATTCTCCTAGCATTCTCTTTGCCCTTTCTCTTGCCCCTCCAATCAGTTCTCCACACAGGAGCCCACAT 6801 ACTTCATGTGTATTAACCCATTTAATTCTCACAACTCAGCGCCGATATTATTCTTGGTTTTCAGATACCGAAACTCAGGC 6881 ACAGAGAGGTTAAATAATTTTCCCAAGACCACACAGCTAGTGAATGGCTGAAGTGTGCTCTATGTCTGGCTTAGTTGCTG 6961 CTCCTATGTGTACTTATGACAGGAAAATAAAGTCAAGATATGAATATACAAGCCTGCCATATAGTGGTTTAGCATGTCAG 7041 TTAAGAGCATGGTCACTGGAGCCAGACTGTGAGCCTCAGGCAAGTTACTTAACCTCCTGGTGCCCCAGTTCCATCGTGTA 7121 AATAGGGGTGATAATTGTTGTGCCTCATGGTGTCTGTGTGAGGAGTGGATGCATGAATCTGTGGGAGGCACTTAGAACAG 7201 TGCCTGACACATGGTAAGTGCAGCATGTACTGGCTATCATGATCATTATTGGGTGTTCAACAAATACTCGTTCCTTTTGG 7281 CCTCTCTCCTTTAATTTTGAAATTAAAATCCTCCACCAGAACCACTTGCAGTTCCCCAAATAAGCCTCTGTGTTCCTTCT 7361 GCCTTTCCCGCCCTGCCCGATTGACAAATCCTCACTGATCCAGCCCCAAGCTAAGGGCCACCATCCCCGCAACCCCAGAG 7441 AGAGCCTCTGCTTGGTTCCCAGCTGCATGTCTAATCCCTCTCATCCTGCCTTGTGTGGTGATTATCTCTTTCTGCATTGT 7521 CTTCTCTACTAGACTCATGGCTCCTTGAGGGCAGGTACCTACCTGTCTTTATATCCAGCAGAGACGTGGAATTGAGCAGT 7601 GTTGAATAAATGCTAGTAAAATAAACTGTCATAGCAAGCCTCTCTTGGACACCTATGTGCTGAAGTTAAAAAGTTTTTCA 7681 AATTTGGACTGAAAAAATGAGAAAGCCCAAAATGACTATTAAATATACATGTATGTGTGTGTATACATACACACAGTCAT 7761 GCACCACGTAACGATGTTTCAGTCAGCAGCTGACTGAATATATGACGGTGGTCCCATAAGATTATAATGGAACTAAACAA 7841 TTCCTATCACCTAGCGACTCTTAGCCTTCGTAATGTCATAGCGTAACGCATTAGTCACGTGTTTGTGGTGATGTTGGTGT 7921 GAACAAATGTACTGTGTTGCCTGCCAGTCATATAAAATATAGTACACAATACTGGGGTAATGGTAATAAATGACTGTTAC 8001 TGGTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in Chi_ControlB_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell Control B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084044. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep3
HITS-CLIP data was present in GSM1084066. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084080. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084081. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_SantaCruzAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_ControlB_2A8_130_50 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell Control B |
Location of target site | ENST00000535113.1 | 3UTR | CUGGGAAAAAAAAAAAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084044 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell lin |