Gene Symbol |
PTPN11
|
Synonyms |
BPTP3, CFC, JMML, METCDS, NS1, PTP-1D, PTP2C, SH-PTP2, SH-PTP3, SHP2 |
Description |
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11 |
Transcript |
NM_002834
|
Expression |
|
Putative miRNA Targets on PTPN11 |
|
3'UTR of PTPN11 (miRNA target sites are highlighted) |
>PTPN11|NM_002834|3'UTR
1 GAAAACCTGCCAAAACTTCAGCACAGAAATAGATGTGGACTTTCACCCTCTCCCTAAAAAGATCAAGAACAGACGCAAGA
81 AAGTTTATGTGAAGACAGAATTTGGATTTGGAAGGCTTGCAATGTGGTTGACTACCTTTTGATAAGCAAAATTTGAAACC
161 ATTTAAAGACCACTGTATTTTAACTCAACAATACCTGCTTCCCAATTACTCATTTCCTCAGATAAGAAGAAATCATCTCT
241 ACAATGTAGACAACATTATATTTTATAGAATTTGTTTGAAATTGAGGAAGCAGTTAAATTGTGCGCTGTATTTTGCAGAT
321 TATGGGGATTCAAATTCTAGTAATAGGCTTTTTTATTTTTATTTTTATACCCTTAACCAGTTTAATTTTTTTTTTCCTCA
401 TTGTTGGGGATGATGAGAAGAAATGATTTGGGAAAATTAAGTAACAACGACCTAGAAAAGTGAGAACAATCTCATTTACC
481 ATCATGTATCCAGTAGTGGATAATTCATTTTGATGGCTTCTATTTTTGGCCAAATGAGAATTAAGCCAGTGCCTGAGACT
561 GTCAGAAGTTGACCTTTGCACTGGCATTAAAGAGTCATAGAAAAAGAATCATGGATATTTATGAATTAAGGTAAGAGGTG
641 TGGCTTTTTTTTTTTTCTTTTTTCCAGCCGTTGACCAATTATAGTTCGGCTGTTGACTGAGAAGTTTGTGGTGGGAAAAC
721 GTTTGCCATATTTTCTTTGCATTTGAATAATTGTCTTGTACTTAGAAAAAAGGCGTCTATGAATGACCAGTGTTTTTGGT
801 CGCCAAATGTTGCTGACAAACTTATCCCAAAACTTTAGTGGCTTAAAAAAACCTGCCCCCAACTGTTAGTCAATCTGAGC
881 TGGGCTCAGCTGGGCTGTTCTTCTGCCAGCCTGCAGGTGGCCACTCATGTGGTCAGCAGGTCGGCGGAGAGACTGGGATG
961 GCTGGGCTTCTCTCTCTGCCTGCAGTCCTGAGTCTCTCCTTCTTCGTGTAGTCTCTTTCAGTGGCCTGGCTGGCAGGGTA
1041 GCTAGACCTCTCACATGCAGCTCAGAGCTCCCAAGAGCTCAAAAGCAGAAATGGCCAGGCCTTCTGAAAACTTAAGTCCA
1121 GAATTGTCACAGTGTCCCTTCTACTTCCCTCTATTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT
1201 G GTTTTTTCTAATCAGAAGAAAGCTGGGGTATGCCCTCTACTTACTAAACAAGTCACAAGCCCAGCTCAGATTCAAGAAA
1281 AGGGTGTGAAGTAGAGGTGCAGTTAAGTGGGGGGCCACTAGTCTAACAGACGGTCACAACCAGTGCCATGGAAAACCAAG
1361 GATATTAGCAAAAGCAGAAGTTGCTAGTGACCTTGGGAAGCCGAAGCTGCTTACAGTAGCTGGGACAAGCTGAAAGTCAG
1441 ACTAAGAAATAAAGAGAGGGCCTTCAAGAAGCTTCCTGAATGATTTCTGCTAGCCCTGAGCCTATTTTTGGAACCAGCAC
1521 TTGGGGAAACTGATCTTGTGAGGATGGATGTGTTTAGGGACACAGGGCTTTTGAGAGCAGCACCACCCCACTGGGGCATC
1601 CCCAGACTTGGGAAACGTGACTCTTTCTTAATGCCACTGGGTTTTAGTCAGGCCACAGTGAGAAGGAACAGCCCTAACAG
1681 GCCTCCAGCCAGGTTGAATGAGCTCATTTTTGTTGTAGCCAACCAGTAAGATTTGCTAATGTTCTACATTAAGTGCCTTC
1761 TCCAAAGACATCCCTCTTTGCCTCATATGTTGAATCATCCAGTGCGGATATTTCAATGAAAATATCATTGGTTGACTTTT
1841 GTGATGGTAATAATGCTATGGCATCTTTGCCATGAAGTTGTGGCCTCCTTGGATTCTTCTGACTTTGGCTTCTGAAAGGA
1921 AGGCCTAGATCCAGCCCTGGTGGTAGTTCCTTTCTGAGGTCTCTCAGTCCCTTGAGACTTTGGGGTAGTTTGGCTGCCAT
2001 TCTCACTGACAAAATGTATATCAGCCCCCACCTCCACCCCCCAATATTCCTTGAACTTTGAATTGCTTCAGAACACAGGT
2081 GTGGCCTGAAGGTATTCCCTTATTAGGGAAGTGTCACTGCTGTCTTCTAGTCAAACTTGTAAAGAAAAAGATTCCAGTTC
2161 AGTATTTGCAGCAAGAAGCTTGAATGCTGTTCTTTTTATCGCATTGTTACATCGACTCATTCTCCATTTTGCTTTGGTTT
2241 TGTCTTGACTTGACTTGACTTTGGGGGTAAAGTCTTTCACCAGCACACAAGAGTTTGATTGTACAAATATATCTTCTGCA
2321 TTAACATCTCTGCCTGTTGCTTAAGATCAGTTGCTTTTATACTCAGAATGGAAATACCTGATCTTGGCTAGTTTTGTTAT
2401 AAGATATTGATTTCATTTAGATTTCCCTCCACGAGGTCAGCAAACTATCATGTTCTTATGTAAACTTAGGCCAAGGCCAG
2481 AGTTATCATAGTCCCTAGGTTGCTACGGCTTATCATGTGCTTGGTAAAAGGTGATCGCAGGTTCTCAGACGAGTTTACTT
2561 TACATGAGATGGAATCAGGCAGAGAGGCTGGGATGATGGAGAAAGCTCGAGGTGAAGTTTTAAAAAAAAAGTTGTGGAAA
2641 GGAAAGTTCCAAAGAGGTGGTTTCTGAGGAAGTCAGAGCGCCCAGGGCCAGAGCAGTCAGTAATGGGTGAATGAGGTTGT
2721 TTGGAAAGTCGGTGTGACAGACACATGGATGCCATCTACTTCTAGGTTGCTGGTGGGTATTAAATATGCACAATATTCCA
2801 TAGCTCACTGAGGATTTTAAAATTATAAGCATAGGATTTTATATTTTGGGGTGAAAGAATTATCTGGCACATTAGGTATT
2881 GGAGTTTAAAAAAAAAGCCAAATTTCACAGTCTTAATAACTTTTTTTAAAAAAAACTAAAAGGCGCTTCATGTCCAGTGT
2961 GTGGCCCTTCTGAAACTTATGGTCATCTCTCCCACTGAAACCAAGGTCTTTTCAAATGTGGCTAAATGGGGATGAGGAGA
3041 CACGGGTAGGACTTTCTTGGTGTGTGTGCATTCTTTAAAGAGCCAAGTTGCTTCGGGGAAACAGCCAGGAAAATGGTCAA
3121 GATTATTTTTAGAGGTTATTTTATTGGGGATTTTAAGAACTAATAACATCTTGAGTTATTTTTAATTCAGGGGGATGTGG
3201 AAAGGTTTGCAATTGTCAAGTGTTTTGTTGTAGCTTAGTATCCATAAGGGAAACTTAGACTATAGACATAACTACAAAGC
3281 CAGTGCAGCTTTTGTTTTCTGTATGTTGTTGGGGGATCAACTTTCACACATAGCAAGCACATGGCCTCCCTGATGTCAGG
3361 ATGCCTTTGTTAGGATCTGTATTTGCCCTTAATTTTGTTGAAATCTTTTTTCCTTCTTCCTCTTGAAAAGTTCCAAAATA
3441 TAGTTTATTGTATCTTTCATCACTAAAAATTTGTTCCTTTTTCACTATGGGCAGTTCACACAAGGCAAAAACTATTGAAC
3521 AGTTGGTTTTAGTGTGTTGTATAACTTTGCTGTATATCAAACTAATTTTGACAAGTTTTCATCCTAAGCCTCAAATCATG
3601 TAATTAATAATTTGCCTGTTTATTTATGACCTAATTGTGATTCTTTTATTAATAAAAGCTAATGGGAAAAGGATCCCTGA
3681 TTAAGCTGATGACTAGACCTACAATTAATTTTCCTGCAGTATATGAAGTATTGTACCAGAGTATTAAAAGATATGTAATA
3761 TTTTATTGATAAATCTATCCTTTAAAAGGAATACGTTTTAGGATGTCATCATTTTGATGTGAATCATGTAAATGTTGATA
3841 ATATGCTGTTTATTATACATTTAGTGTTTCAAGAGATTCACTTAATTGCCTTTTTGCCCACGTATATTATGTAGTCTATT
3921 TGCAACTGTTCTTAAAAAAATGACATTAAAAGAATAGTTTATGTAGAGAAACATTAGTGGATGTTAATTGTCTCCCCACC
4001 TATATTTATGGGTGTTAGCGCAACTGCTTTGCTAGTTGCAAAGCTGTATTATCAGAGTAAAAGTGTATTTGTAAACTGTA
4081 TGGGAACTAAAAATTAGGAATAAAACCATTTTCTTATATGATGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
ID |
Duplex structure |
Position |
Score |
MFE |
1
|
miRNA 3' accaCGUUUUCAUUAAC------ACCAAAAa 5'
|||||| |||| |||||||
Target 5' caagGCAAAAACTATTGAACAGTTGGTTTTa 3'
|
3501 - 3531
|
163.00 |
-10.10 |
2
|
miRNA 3' accAC-GUUUUCAUUAACACCAAAAa 5'
|| ::| : |:|| |||||||
Target 5' tgaTGATGATGATGATGATGGTTTTt 3'
|
1182 - 1207
|
154.00 |
-7.80 |
3
|
miRNA 3' acCACGUUUUCAUU-AA--------CACCAAAaa 5'
||| |||:| || || |||||||
Target 5' ttGTGGAAAGGAAAGTTCCAAAGAGGTGGTTTct 3'
|
2632 - 2665
|
145.00 |
-13.50 |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
SNPs in gene 3'UTRs |
|