pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-412 |
Genomic Coordinates | chr14: 101065447 - 101065537 |
Synonyms | MIRN412, hsa-mir-412, MIR412 |
Description | Homo sapiens miR-412 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-412-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 54| ACUUCACCUGGUCCACUAGCCGU |76 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZNF326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ZAN75, ZIRD, Zfp326, dJ871E2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_182976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_182975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF326 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF326 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF326|NM_182976|3'UTR 1 ATATAAGGTATTAGATTTAAAAGGAGCTTTACATTTCGGTTCTAATGTAAAAAAGGGTAAGAAATTTAATAGCTTAAAAT 81 ATGAATTAACACCCATGTTGCATGCATTCCACATATTAAAATTTGTTTTATATAATTTCTAAATGTTTAACATTTGTTTA 161 ATAAAATGAAGGCAAAACTATTTTAGTTTAGTTTTTATAGCTACCAGACTTAGATCCGATAAATTGTTTGTATAATTTTT 241 AAGCTTAATTTTTATTACTTTATTGGTGTTAAGGATAACAAATGTGTATTGTTAGTATATCTATTCTAATCATTTTATCT 321 TAAATGCTGCTCTTGGGAGTGAATATTCAAGTGTGCATCAATTTTTTGAATACTTACCCTGGAAGATATAAACTGGGCAA 401 GTATTTTGTGCTCTGTGTATTTTTTTACTGCATTAGACATTGAATAGTAATTTGCGTTAAGATACGCTTAAAGGCTCTTT 481 GTGACCATGTTTCCCTTTGTAGCAATAAAATGTTTTTTACGAAAACTTTCTCCCTGGATTAGCAGTTTAAATGAAACAGA 561 GTTCATCAATGAAATGAGTATTTAAAATAAAAATTTGCCTTAATGTATCAGTTCAGCTCACAAGTATTTTAAGATGATTG 641 AGAAGACTTGAATTAAAGAAAAAAAAATTCTCAATCATATTTTTAAAATATAAGACTAAAATTGTTTTTAAAACACATTT 721 CAAATAGAAGTGAGTTTGAACTGACCTTATTTATACTCTTTTTAAGTTTGTTCCTTTTCCCTGTGCCTGTGTCAAATCTT 801 CAAGTCTTGCTGAAAATACATTTGATACAAAGTTTTCTGTAGTTGTGTTAGTTCTTTTGTCATGTCTGTTTTTGGCTGAA 881 GAACCAAGAAGCAGACTTTTCTTTTAAAAGAATTATTTCTCTTTCAAATATTTCTATCCTTTTTAAAAAATTCCTTTTTA 961 TGGCTTATATACCTACATATTTAAAAAGAGAACATGAGCTTGATAGAGGATCTATTCTTAAATAATTTATTTTCAAACAA 1041 CCGTCTATGTCACTAAAAAGTAGTGCTCTTATTTTTTTCAATCTTTACTGTGGCCTCTTTTGAGAGTAGGGTCCGTAGTT 1121 TTTTTTTTTTTTCTTTTTTGGGACAGGGTTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGTAGCCTCAACCTCCTGGGCT 1201 CAAGCGATCCTCCAACTTAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTGTTAAGTGTGAGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTAGTT 1281 TTTGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTTGTCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGACCTGTCTGTCTTGGCCTC 1361 CCACAGTGCTGGGATTGCAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCATAGGGGGCTGTATTTCAGTGAAATTAGAAAAGTTTTGA 1441 GGCATCGAATGGATAAATGGATGGATATATCAAATTGTAAGGTATTAAGTGGGTGAATGTATGGACATTTGTAGAATCCC 1521 ACAGATAATTTATCTTTTTGTGTAAAATAAGGCTTTTAAAACTAGACTTTCTGAACCAATACAGTTTTTTTTTTTTGAGG 1601 TGAACTAGGTTTGCCTAGCTTTAAGCTAGCAATATCTGATAGATACTTGCATCTAATTTTAGGGATTTGGTGCCAAATAA 1681 GAGAAGGGTAGTTGAAGACTAGATAAATTTGGATACTATCTAGGAGTCTGTATTTACTTAGCAGGCTTTTGAAAGCCGTT 1761 TTGCTTAGGAGTTCAAATTTTAAGGATAATAGGACTTGTTACCCTCTTATTTCTCCTTTATTTTTAAAAATATTTGTGGA 1841 AGGGCTAAGGTAAAAGAATAATAAATTCCTCTAGGTTATTAGTATTTGGTTCTTCTGATACTAAGCTGAGTGATTTTTTT 1921 TAAAACAATGTCTCTGGTAGTCTGATTGAGATATGAAACTTTTGGGAAGAAAACCATTATGTAACAAGAATCCTATGTAA 2001 CAACTGGGTAAATGTTTTAGAATGAGAGATAGGAAAGAACATCTAAATAGTACTTTTTTGTGGGACGCATGAGCCTTTAT 2081 ACAGCCTAGCTAATTTGCAAGGTAATGATAAATAAAAGTGTATTTTGTTACTGTGCTTAATTCAGAAATTCAAATTCATG 2161 TATTTCCTATTGGATAATTTGTAGGCGGGCAGTTTACTTTATAGTCAGGTTAGTTTTTGTGATCCTTAGTGTTTATATTT 2241 GCATTGCTTTTGTAATAAGGATGTATATAAGATCTTAAACGCCTTTCAACTTCTGTTTTCAAGTATCACTTGTTTTCTCT 2321 ATTACAAAGTGAGATACATAGTTCTAAATAACCAAAGAAATTTATTTATAACCTACACAGTTGTTTCAGCTCCATGCCTA 2401 GGGACTATCCTGTATTATTCGCTTTTTATCACTTTCTACCTACAGTCTACCAAAAAGTCTGTCTGTTCTACTTCCAAAAT 2481 TTATCTGCCGACTCTTCTACCTCCACTGCAACCAACCCAGTTCAAGTCATGATAATTTCTTGTTAACTAATCTTGATTCC 2561 ACCCTTACCATGATAGATTCAGTTTTCTACACAAGTATAAGCTTTTAAAAATGTAATTCAGATGATGTTAATCTCATGCT 2641 TTTTTTTTTTTTGTACCTATACAGTTAGAACTCCTTATCATGTTGATCAGACTGGCCTAGCTTTACAACTTTATATCATA 2721 TACCATTCTTACCAGCCATAATGGCCTTTTGTTACTTTTTTGATGAGTTCTTTCCTACAAAGACCTTTGCATTTTCTTAT 2801 TCTATAGCCTATACCCATCAGCTTTCCTTGGCTGATTCTTCATCCTTCAGGTCACCTTAAATGTTAGAAAAGGGGAGTAG 2881 TTCTAAAATGTTTGTAGAAACGAGGATTTGGGGGTACCAACCTAGATTTTACTAGAGCATATTCTTTGGAGGTGTTCTTT 2961 TTTTCTACTTTTTTTTTTTTTTTCTTTAGGTTCTGTCTTTGTCATGCAGGCTGGAATTCAGTGGCACGATCATGGCTTAC 3041 TGCAGCTTTGACCTCCTGGGCTCAAGCGGTCGTCCCGCCTTAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGACGTGCACCATCA 3121 CACTCAGCTAATATTTTTTTTGTAGAGATGGGGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGACACAAGCAG 3201 TCCTCCCACCTCAGCTTCCCAAAGTGCTAGAATTACAGGCATGAGCCACCACGCCTATCCTGGAGGTGATATATTTTTAA 3281 CAAATATCTCACATGATTTTGAAGGTAGTGGTCAGTGATTGCACTTTGAGGACATTCATAGGGCCCTCATACAAATTTCT 3361 GGTGCCTGTAACTCTTCCCCTATCAAGGCAGGAGTTTCCGCCCTTTTGAATATAAACATAGGTTTGGGGGATTCTTCATA 3441 ATACTTTCTGAAAGCACTGGAATCTATAACAGACCTGTGGGAGTCAGAAAATGGGGACTTTTCCCCCCTCATTTAATACT 3521 TACAACTATATTGGTAAGTTAGTAGGAGTAGTAATTTTCCCATATAATAAGCCCACTCTTGTACATGTAGAAACAGAGAA 3601 AAGAACTACAAAGGTAAATGTTAGTGCATGTTGAAATGTATTTAAGAACTCTGTTTTTGTTGGCAAGATTGTTCTTATTG 3681 TAGAAGTGGATATTATCAGATTATTTTAGATGTTATTCAACATTTGATTTATTTACCAAATTGTCCTTACTTTGAATATA 3761 AGCAAACTTTTTTATTGTGGTAAAGTATACATAGCATAAAATTACCATTCTAATCATTTTTTAATGTACCATTTAGTGGC 3841 ATTAATTACAAGCAACCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACATAGCCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTTCAGTGGCACTA 3921 TCTCAGCTCACTGCAATCTCTGCTTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTGTGCCTCAGCCCTCCCGAGTAACTGGGATTACAGG 4001 CACACACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAATAGAGATGGGGTTTCATTATATTGGTTAGGTTGGTCTTGA 4081 ACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACCGCGTCTGGCATA 4161 CAAACTTTTGATTACAGTTTGACACCTGTTGATGGACAGAAAATGGAGTAACCGTCCAGGCAGGAATGTTCTAGTCTGTG 4241 TGACAGTTACAGTTCATTTTATAAATAAACAATTGACTTTTTTTGGTAGTTATGGTCCCTACCCTCAGTGCTGTATCTCT 4321 ATTTGGTATTCAAACAAATCCAGGGAATCTGCAAGGCTGAAGGGCAGATTCTTGGCAATGGTAAATTCAGTAGGTCCTGC 4401 CACCATTTGAGGCCTCCTCGGAGACAGCCATACTAGTCTAATCTCTTCTTGACTTTCCCTTCTTCTTTCCCAGTCCTCTA 4481 ATTCCCAGAGGTCTGTTGTGAATTCTAATGCTTTCAGAAAATATTACGGAGAATCCCACAATGATAAAATTTCCCAGTTT 4561 TTGTTTTAAAACAAAGTTGAAAAATATTATATTAGGGGTCAGGGTGAGGTGCTGTTGATGGTGACAGATGGCCCCCTTGG 4641 CGACAGGGAAGTATGAAATAGCATGGAGTGTGGAAGGGTACTATGGGTAGCTTATTTATTAGATCAGTATAAAGTATAGA 4721 TTTAAGAGAGTTAGATTAAAATGGCATGCTTGATTCAAGTCATTAAATTCTAAAGTTCTATTAAAATTGTAGAGGAGATA 4801 CAATAATACAAATTTCAGCAATAAGGATAGATTTATAATCACACTAGGAAGACAAGAAGGGTGCTGTGAAATATTTCTAG 4881 AAGATACAAAACAAGGAATTAGATCTTGGTGAAACCAAGAGAGCCAAGGAACTGACAGCCACATGCCGATGATAATTAAA 4961 GAATTACCTCCAGTTGTAGAGACAGCTCTGAGATGGGGTGTCTGTAGTGTGCTAAGCCAGATTTTTGAAGGACTAGATAG 5041 TTATTCTGGTCTCTGACTCAGAGCTGCTGGTCCACAGAATTCCTCTAAGCTAAAGCTGTAACACAATTTGATGTTTGCCA 5121 AATAAGGTGAGACTCACAGAGTATATGTGCAGAGCATATAATGCAGAGCATACAAATAGGGGCCATCGAAGTGTGGCAAT 5201 GCCCTAGGTATATTGTGATTACCACAAGGAGCTTTATTCCTCATACTTAGAAAACAAGCACACAAAGAAAAATCTGCCAG 5281 CTGTCTATTTCCCAATTTTCCTTCTGACTGTTCCTTTCTCCTTCCTCACACAATTAAAATGCTAGGTTTCCTGTAATCGC 5361 AATCTTCAGGGAATTTTTCACTCAAGCCCAGAAAATAAACTCCAGATAATGATACTGAGAAATTTATTGGTTGGAAAACT 5441 GCTATCTACAGGCCTTCCACTACCTATTTCTTAGTAGATTTTACATTTTTAAAGGGTTGTAGAACACCAAAACAATATAT 5521 GACAGATACTGTGTTTGGGCCTTAAAGCCTACCCTTTATATAAAAAGTTTGTTGACTCCTAGGCTCTCATTTGCAAGTAG 5601 ACAAATGAGAAACAGCAAATATTTAAGGAAAAGAGCAACATGAAAAATACACAGCAAACTTAACAAGCAGAAAGAATTCC 5681 TGGGGAAACAATTCAGGGGGAAAAAATGACCAAGTATAATTAGTATTATATGGAATAATAATTACTACTACTTATAATAG 5761 TTTCATATGTAATCCTCATCATATTATATGTCATAATCTTCAAATATTTTAGAGGTTATTGTACTAATTTTAAAAATGCA 5841 AGTTGCTATAAAGAAGTATCTTGGAAATAAACAGTTGTGAAAATAAACTCTGTTTTAGGCTGATTAGTTGAATAAACATG 5921 GCTGAGAATCAAATTACTGAGCTAGAATTTTGAGCTGAAGATACTTCCAGAGCTTACAAGAAAAGATAAAAAAGATGGAA 6001 GTTACAGTAAAAGACATAGATGTATCTCTTAAAGACATAGAAAACCCAGAACACCATCTGTTTAAAAATTAAACTTCATG 6081 AGATTAAGAGCCATATGTATAGAGAATTCACCATTGAATACCCTGCATATATCACAGTGCCAGGTAAATACTATGCAATA 6161 AATATTTTTGAATGTATGTATGTATGTTACAGTATAAATATATAGAGGAGTTCCAGAAAGTGAAAAAAGAAGTGAAGAAT 6241 AGGAAAAAAAAAAAAATCTTCTGATGAAAGATTCATATTAGAAGTCTCCAGTGCTGAGCAAAAACAATGAAAAAGTCATG 6321 CAGGATGAATACTGACAAAATATGTGTAATCCCAAGCTTAGAAAAATCTCAAAATGTCTAAAGAGAAACAGTGTACCTAT 6401 AAGGGGAAAAGAATCACATTGGTCTCAGACTTGTCATCTGTTCGTTGGAGTGCTACAACATACTGCTATTTTTGAAGTTC 6481 TGAGGGAGAACTGTTTTGAATTTAGACTTCTATCTTGAGTGAAACTGTCAAGAGTAAGGGCACAGCAAGGACATTCTACC 6561 AATTTTAGAACATGCAAGGATTTCAGAAATTAACTCATAAAACACAACCTGCACGGCATGGTATCAAATTATGTAAAGAA 6641 AAACTTGGTAAACAAGAAATTGTCAAATTTATAATCATAGCTACGTATTTGAACACAGCGCTTAGAAATTGTCAGATAAA 6721 GAGTTCAAAATAGAGGAAACATTTTGAATTATATAGTGCACAAATTTTAATAGCTATAGAATATTTGTTTTCAAATGCCA 6801 TGAAAAAATGACCATGAAGCAAAAACCACAATATTTTTTTGTTTGTTGATAGGTAGGAATTCAGGGTCCATCCTGTCATC 6881 ACAATGCAATGAAACAAAAAATTAGCAAGTGGATAGCAATAAATCAATTTTTAAAAATCAGACAAAAGAAAACACTGTCC 6961 TTGTAATGCTTGCATTTAAAAGGAAATAAAAACTTATGAAAGAGAATCTTTATTTTATTTAAGCAGTTCTAGATTATACA 7041 AAATGTTGAAACATCTCAATTTGGTCTCTGAGGCTAGCATAATCCTTATTCCAGAAAATTGTTCATCAAAGATAGCTATA 7121 GACCAGTCTCACTTACGAACAAATGTAATTTGTTGAAACTGGTCATGTTGAAAAAACATGACCAATTAAATATCCCAAAA 7201 TAATGTGTCATGGTAGAGTAGGGTTTATCTGAAAACTGCAACATGACGATTATGTAACTCAATCCTTTAGGAAATTTATT 7281 ACTTTAACTTAAAAAAAAATACCATAAGCTTGATAGATGCTCGAAAAACATTTCCTAAGATTGAACACATTCCAGATTTA 7361 AATTTTTCAGGCTGAGAATAGAATAAAGCCTTTGTAACTTGGCTAAGGACTAGGAAGGTCTTCCAGAAAGCTTCATCAAA 7441 CATCTGCATTCAAGTCAGGATTAAGACAATAATGACTGTTGCCTATGCAACAATCATTTAACCCTAAGAAATAGAAGTAT 7521 TAGGAAGAGAAAACATAGTCCTTATTTTGAGCAGTGTGATTGTAGAGACAAACATCCAAGAGAAACAGTTGAAAAACTAT 7601 TAGAAATGACAAAAGGTAGTTTTGTTTAATAGTTCACCATGAAAATCTGTACTATATAGAAAATCTGTATATAGAATATA 7681 GCATTGGCCAATTGGAAATGTAATTTGAAAATCCCATTTGCAGCAAAACTTGGAACTGTATACTGTCTAAGAATAAACAA 7761 TGGGAAAAATGCAAAATCCTTATGAGGAAAATGATACATTTTAATGGAGGAAATAAAATGCCTGAATAAAAAAAAAAAAA 7841 AA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084079. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000370447.3 | 3UTR | AAGUGAAAAAAGAAGUGAAGAAUAGGAAAAAAAAAAAAAUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084069 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000370447.3 | 3UTR | AAGUGAAAAAAGAAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084079 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000370447.3 | 3UTR | AAGUGAAAAAAGAAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||
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138 hsa-miR-412-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT005780 | ACVR1C | activin A receptor type 1C | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT062013 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT345112 | ATXN7L3 | ataxin 7 like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT383735 | EDEM3 | ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT396956 | CELF1 | CUGBP Elav-like family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT439280 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439313 | VAT1 | vesicle amine transport 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439375 | TUBA1A | tubulin alpha 1a | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439418 | TMOD1 | tropomodulin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439503 | SURF4 | surfeit 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439563 | SON | SON DNA binding protein | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439598 | SLC3A2 | solute carrier family 3 member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439670 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439767 | RMND5A | required for meiotic nuclear division 5 homolog A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439922 | PPL | periplakin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439947 | PLEKHA6 | pleckstrin homology domain containing A6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439952 | PLCB4 | phospholipase C beta 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439961 | PKD1 | polycystin 1, transient receptor potential channel interacting | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440005 | PEG3 | paternally expressed 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440061 | OSBPL8 | oxysterol binding protein like 8 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440166 | MYH14 | myosin heavy chain 14 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440276 | MAPK8IP1 | mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440437 | IPO13 | importin 13 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440441 | INTS3 | integrator complex subunit 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440448 | INS | insulin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440461 | IGF2R | insulin like growth factor 2 receptor | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440472 | IARS | isoleucyl-tRNA synthetase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440530 | GUCY1A3 | guanylate cyclase 1 soluble subunit alpha | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440542 | GOLGA2 | golgin A2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440569 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440608 | FTSJD2 | cap methyltransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440750 | EEF1A2 | eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440781 | DOT1L | DOT1 like histone lysine methyltransferase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440804 | DNAJA4 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440867 | CSDE1 | cold shock domain containing E1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440890 | CPEB4 | cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440917 | COL1A1 | collagen type I alpha 1 chain | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440967 | CDH22 | cadherin 22 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440968 | CDH2 | cadherin 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441024 | CALR | calreticulin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441278 | ACTB | actin beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT448421 | TNFAIP3 | TNF alpha induced protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462833 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465062 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476050 | GRSF1 | G-rich RNA sequence binding factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485318 | MZT1 | mitotic spindle organizing protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT493584 | HNRNPA1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT494567 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497393 | RALY | RALY heterogeneous nuclear ribonucleoprotein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503250 | ZNF257 | zinc finger protein 257 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT503656 | ZNF138 | zinc finger protein 138 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT505882 | RNF219 | ring finger protein 219 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507525 | DSTN | destrin, actin depolymerizing factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT510663 | TMBIM6 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT514682 | ZNF701 | zinc finger protein 701 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT515370 | ZNF208 | zinc finger protein 208 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT525237 | KCNJ12 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527963 | MTAP | methylthioadenosine phosphorylase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528482 | STAMBPL1 | STAM binding protein like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529909 | C1orf64 | steroid receptor associated and regulated protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT531558 | SRD5A1 | steroid 5 alpha-reductase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532234 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT532480 | HOXA13 | homeobox A13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535544 | P2RY2 | purinergic receptor P2Y2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT547311 | NR1D2 | nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 |