pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1303 |
Genomic Coordinates | chr5: 154685776 - 154685861 |
Synonyms | MIRN1303, hsa-mir-1303, MIR1303 |
Description | Homo sapiens miR-1303 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 52| UUUAGAGACGGGGUCUUGCUCU |73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TAOK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KFC-B, MAP3K16, MARKK, PSK-2, PSK2, TAO1, hKFC-B, hTAOK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | TAO kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TAOK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TAOK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TAOK1|NM_020791|3'UTR 1 CTTAATAATTGAGAGTGGCAATTCCGCTGGAGCTGTCTGCCAAAAGAAACTGCCTACAGACATCATCACAGCAGCCTCCT 81 CACTTGGGTACTACAGTGTGGAAGCTGAGTGCATATGGTATATTTTATTCATTTTTGTAAAGCGTTCTGTTTTGTGTTTA 161 CTAATTGGGATGTCATAGTACTTGGCTGCCGGGTTTGTTTGTTTTTGGGGAAATTTTGAAAAGTGGAGTTGATATTAAAA 241 ATAAATGTGTATGTGTGTACATATATATACACACACATACACATATATTATGCATGTGGTGAAAAGAATTGGCTAGATAG 321 GGGATTTTTCTGAACACTGCAAAAATAGAACGTAGCAAAATGGCTTCAGTTATCACTTTTGGGTGTCTGTATCCTAAGAA 401 GTTTCTGAAAAGATCTAAAGCCTTTTTATCCCATATCCCAAATTCTTATGAGCCACTCACAGCAGGCAGCATATGTTGAA 481 ATAAGTTATTACTGGTACACACCTGCATTGCCTCACCAGTGTATTTATTTGTTATTAAATTGATCTGACTTCTCAGCCTC 561 ATTTGGACTAAAAAAAGAAAGCAGAAATCCATGAACACATTGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGAAATCC 641 ATGAACACTAAAGGACTTCATTGATTTTTTCAGAGAGTAGAAAACAACTTAGTTTTTCTTTTTTCCTGAATGCGTCATAG 721 GCTTGTGAGTGATTTTTGTCCATTCAATTGTGCCTTCTTTGTATTATGATAAGATGGGGGTACTTAAGGAGATCACAAGT 801 TGTGTGAGGATTGCATTAACAAACCTATGAGCCTTCAATGGGGAAGACCAGAAGGGTGAGAGGGGCCCTGAAAGTTCATA 881 TGGTGGGTATGTCCCGCAGCAGAGTGAGGAGATGAAGCTTACGTGTCCTGACGTTTTGTTGCTTATACTGTGATATCTCA 961 TCCTAGCTAAGCTCTATAATGCCCAAGACCCCAAACAGTACTTTTACTTTGTTTGTACAAAAACAAAGACATATAGCCAA 1041 TACAAATCAAATGCCGGAGGTGTTTGATGCCATATTTGCAAATTGCCATCTATTGAAATTCTCGTCACACTACATAGACA 1121 TAATTGTTATCTCCTTTTGGCTTATGTGATTTTCTGTTTACAAGTAGAATAGCCAATTATTTAAATGTTTAGTTGCCACA 1201 GTGAACCAGGAGTCACTGAGCCAATGACTTTACCAGCTGCTGACTAATCTTCATCACCACTGTAGATTTTGCTGCATGTG 1281 CAGGTCCTCTATTTTTAATTGCTGTTTTCGTTGCTGCAGTACTTTACAAACTTCTAGTTCGTTGAGACTTAGTGACCATT 1361 TGGCATCAAGTTAACATCACACAATAGGAAACACCACTTCCACAAGTCTCAAGCCTCAGTGCTAAAGTACTACTGAAAAG 1441 GAACTAGGAAGTTTGGCCAATTAAAAAAAAAAAGTAAAATAAGTTATAGTGGTCAGGGAATCTCTTGACGAAAGCTAACT 1521 CTTATTTTTCAGGGGGCACATGTTTTGTTTTGTTATGTTTTGTTGTACAATGAAGGATGAACCCAATGCTAAAAAGTCAG 1601 TTATTTTCTTGGTTTTCCATTTCTTGTATATAAATTGTGTTGGAGGTGGGTAGGAAGCTGTGAGTATGACTTGAAGAAAA 1681 ATATCCTTTTCAGTGACAAATCAGAGTTTCTTACAAGTTATTGTCCTGCTCCCTTCCAAGTTGTCTTGAAGAATCCTTGC 1761 TGCTAACTCTGGATCCTGCTTTTCCTATAGTCAGAGGGCTCCAAGGTAGAACTCTCTAAGTCCCTCTCAATGGCACTCTT 1841 TGCCTAGACCAAACTAATGACCAAACAGTAATCAATCTATCACTGTTGAAGTCCTGGTTTTCTCAACCAAATTTTAAGTC 1921 TTTCCCAGGTATGTCAGTCGAGTTGCCATGAATCCTCACCTGTAGGAGTTTCTGGGATTCATTTTAAGGAAACTGGAAGA 2001 AAATTAATGTTTTAATGTAAATGTTTTTAAAACCAAGATCACCATAGAGTTCACACAAAATTTTAGGCAGTGTTTCAAGA 2081 AGCACTCTTATGTGTTGTTCTTTCAGCCCATGCTCCAGGTCACCGGTTTTTAGGTAAACATGACATGACATGTACTTGTA 2161 ATATCAGTGAAAGGGGCTTTTAGTCGTCTCAGTATCTTTTTTGCATTCAGGTATTATAGCGTTTCCAACAAATTGAGAAA 2241 TTACTTATTTGGTGTAAAATGACGAGAGAGCTTTAGAATTTAATAAAATGTCAAAAATACAATTTGATACCCTTAAAAAT 2321 TATTCATAGATCTGGCTGCTCTGTACTACTGGATGGGTGGAATAGGGAAGCAGATCACTTTTGCATACAAAAACTCTTTC 2401 AAACCCAAAATATTATTGGTGGTACATTTTAAAGTCCAATTGTGGACTTAAATTAGTCAAATTGAGAGTTACTGAGTCCA 2481 TTCAGATCTCCAGTAGGGTTTTGTATCTAATGTATTTGGCCACCAGTTTTACATGTAGGTCATGACTATACCTGGATTTT 2561 ATCATTAAGTTAACTTTAAAGTATATACAGTTTGCAAAAAATGATTCAAATTAATTGGTTTGTATATGTTTGTGAGATCT 2641 AGCTTCTGAGGAATCTCATACATAGTAGGAACCATCATAGAGTAAAGCTTGTAGCAGAAAAATTGGAAGGGTTTTGAGAT 2721 ATCCTAGAGAAAGAGCAAGCACTTTCTGAATCAGTGGGGAAATATCAATATTTGATCAAATTAACACTACCTCCTTCCCA 2801 GTGTTGGTGTTCACTCACTATATGTCTTTAAGAAAATTAAAACTATGGAAAATTTGTCTAGCATATCAGAAGTTGTAAAT 2881 GCTATATCTGGTATCCAGAGGCTGGCTGTAAAAAGTTCCTTGGGGTCACTCTATCTCACATTTTTTTTGGTTAGCATTTT 2961 AAAAATGCAAAGCCACATACTTTGAAATATATTATTCCAAATTGAGCTCCCTTCCCTTTGCACATATTTTTTCCTCCCCT 3041 TATTGAAGTCAGCTCTAACCCCAAATTCTAGTATCCAAAAGTATTTTTATTTGTATAATGCTATCTGAAAAATGTGTTTA 3121 TATTATATTTTCAGAGCTGCAATTCTTATTCGCCATTTCAATACCTAGAGATAGAGAGTCTTGTATTTGAAGCCACACAC 3201 ACTGGTGTAATATGCTTAGTACTCTAGGTCAAGGATTTGTTGGTAAATGGAACATTTTAGCATAGTCATGATTTTTGGTT 3281 GCCTAGACATCAGGTAAACATTCAGTACACTAAAGAAACTATCCTGGACACTCCCTCCTGCTTCCACCAATTTTTTTCTC 3361 ACCCCCTTTTCAAAAATTGAAAACTCTATGAGTGTCTTTTTGAGACCATAAAGCAGACTTTAGTAACTTTCTATTTCTGT 3441 AAGTACTAAATGTCTGGCATTTTAAACTTTTGTAGAATACATTATGTTGGACACTGGAATAATACTATTTATTTTCACCT 3521 GTGAAAAATGACTTCATTGTACTTGAAACACCTCCTTTGCATTTCTCCATTTGTGCCATTCACTAGTGGAAATAAATTGT 3601 ATTATACCATGATCTACTGGCTTTTTAAAACTGTATTAAATATGCACATTTTTGGTATAGCTATTATCATTTGTATGTAT 3681 ATATTGTATATACATATGAGTGTCTGTATGTGTGTATAGATGGATGGATGTAACTCATACTGTACATTTCCATCAGGGCA 3761 CTTAAAAGTTCTGTTATTTTTGTTTGGTTTTGTTATTTCAGTCCTCAGTTAAGGCAAGAATGCATGTGTTTCTTAAGAAT 3841 GAGTACTCTGCGTTGATGTTTATGAGAAGGTGGTCATTAGATGCAGTCTTTTCCTTTTTAATCCCCTCTTAGCACTTCTG 3921 TGAGTGGAGAGGACATTAAGTAAAATTTGGAATCATAAGTTGCAATGCAGTAAAATGGTGCTGGGGAAGGAGCCAGTTAG 4001 TGTTTCTGTGAGTTTGTGTTGTGATGCAATAAGAGATAAGTAATGCAGAGAGAAATGAACCATGGAAAGTAAGAACACTG 4081 ATGGTGATTCCTCTGCAAAGATGATAAGAAAAAGAACCAATAAATCACACAATCTTTATGTGCTTTCTATATGTATTTCT 4161 TAGTAGTGATACCATTGATCCTCTTACTTTTTTTACTCCATTAATACTAATAATTATATACTTTGCTGAGGATCAAAACA 4241 GCCAAGAAAGGAATTACTGCTAAAGCATCTAAGATTCTCCTGAACTGTAAAATCAACAGGAAATGGCCACTGGGAGAGAA 4321 GGATTTGGTATTGGGTGAGGGGCTTTCTCCCTTTACCTGCCTCTTCTTGCTTGCTAATAGTAAGTTCTTTGTGCACCTTC 4401 CACCACTTCTGAGCCACTACTATTCAAGTAGAGATTTGCCCCAACACATTAACTTTTTCCTTGGAGATTTATATGGTCCT 4481 GCATTTTGTCCTGTGCTCACAATGTGAAGTGTCTTCTGTATTCAAATCAAAAAATAATATATTTAAGGTATATAAGTGTG 4561 AATCTCCTATAATGATGGAAGAAGAGGTTCTCTTGTCTTAGATAGAAAAGAGCCTTCTCCAAGAGCAATGTCAAAACTTG 4641 GGCTGTCATCTTTGAGCTGTTTACCAAAATACAGACCATTATTGAAGAAAAACAAATTATCTATTTTGTTTTCCCCCATC 4721 TAACATGATAGTGCCCCCAACCAGGTTGTAGCATTGCCTTTTAAAAGAGACTCACTCACTCTTAGTTTTTAAGAACTGGA 4801 AATTTCCCATCCTCAGATCCCTTAAAGGATGAAGAGTTGGCTGTACACTTAGCGGACTTGCCTCTTGTATGCAAGGACTA 4881 CTGATTGAAGTCTGTTTTGCTGTGTCTGGTTATGTTGTCTGCACTTTTATGAAATCACTACAATAGGTCTGCATTGGAAA 4961 TGACTATTAATTTGTAAAGAAGTAAGTTTTATTAAACACTGTCTAGAAAAAGAAAGTGAAGCTGAGAACTCTTCCTTTAT 5041 TGTGCATTTATATTTTCTGCTGAATTCCGGTAGTTCCCTTTAAAGTCATGTTGACTAATGTTTTCCTCCTTGTTTGTATT 5121 CAGATTTCCAAAATTTCACTCATACAAGGGAAGAGACTCCATTTAGCTTAACGGTAGTCTTTAGATCATAAGAAATATAT 5201 AAATTAGTATGCACCTTATCTGCCTGTTGTGGGTTTCTTAAACTTGCACTTCCTACCCACCCAAAGATAGATATCCTTTA 5281 AAGAAAATAAAGGCAGAGAATTAAAACTGGGGAGCCATTTACTATGTCACCATCACTGTTAACTGTTTCCCAGCAATCTA 5361 AACTTTTTGAAGTTTCAGAGGTGTATTTTTTTTTTGTATATATGTCTGTGTGATTGTATTGTTTTGTTTCTAAATATACA 5441 AGGAATTCTTTAAATAGAGAAAAAGGTTAATCCTCACTGAAACACCAGGATGCCCACTGGATATACTAATCTGAACATCT 5521 GTAGGTAGTTTGTCATGAAAAAGTGGAGAGAAGATGAGACTTTTGAATGAATGAAAAAGGGTATCTTGATACCCAGAATT 5601 CCCCCCAAAGTACGGGTAATTCAACCTGCACAGTTTTCTTTCACTCAAAGTGTTCAGCACTTGTGAGTGAAAAATCATGT 5681 AATTATCTGTAAATATGTAGCTAACAAATTGACCTAGTTTCTGTATTTTTTTGTTTTTGTACTAAAGTTTATAGGTCTGT 5761 GCCAGCTAGAGAGAAGTTGCTGTCATTACCAGTTGTGGTCCTAGCATCTAACCCTGAAACCATCCTAGGTGACATTTTTA 5841 GAATTAATACTTAAATGTTAAACAGGGGGAAATGAAGCTTAATCATGGTCAGGTTTGAGATCTTTTGCAGTGAAATAATT 5921 TTATTTAATATAAATGATCACATGTCCTCAATCATGAATGAGGTAGGGAGCCTCTCTCCCCCAGTGGCCATGTTTACAAA 6001 AGTGTGTTTTGTCTATAAAGTGCAAGTGTTTTAATGTTTATGTAAATTATGCAGGTGATAACATGGTTTGGAACTGTTTA 6081 TTGGGCTCTTTAACTGAATTTTCAAATGAAATGAACTATGCTTATTGCTGGCACATTGATCCCATTTCTGGAACATTTTT 6161 CCTATTTCCAGAGTTACATATGTTCTTTTGTCATTACCCAATTTAACCTCCCTTTCTCTGATATGCCTTGTAGCCAAAGT 6241 ATTAAAGGCTGATGAACATAGACAAGGGAAATGCATTTCTTAGAAATCCGTGAACCCTCAGTTGTATGCTTTCAGTACTC 6321 GTGTTAATATGTTTCTATGGCAACTCTGAGGTCAGTGGTTTAGAAATGAGATACCAGTGTTAATGAAAAGTGTGTGCTCT 6401 TTGCTTTTGCATGGCTTGGCTTAGTATCCAAGGTATATTAGGGCCACTTGAAAGCATGAAGACCAGTTATATAGGGAACA 6481 GGTTTCTCTCAGTGGCACATTTTGCTTTTTCTGAGCCCCAAATACATTGCCTGGGCATGAACATTGTTACCGTAAATTGC 6561 ACATGGTCATGGACTGAATTATGTGACTTTAAAGGATGTAACTGCCCAACATTTGCAGATTCTGGGTGGTCTATGTGACC 6641 ATTTGTCTCGTATCCAAAAACCCCGGGGCTATTGGAACCCTTCCAACACTTTTTCCTTTGTCATAGACAAGTTTATATAT 6721 AACTTACCAAGATGTTGGCTGTCCTGGTGTATTGCCAGACAGCTCTCTTTTGGTTCCCATTCCAAATGTGCTGCTGTCCT 6801 TCTTTGCATTTCACAATATCAAAGAAACCACCACCCTTCTTCCTAACAGCATTTTATGCCTTTTATTCCACATTAAATGG 6881 GAATTGTGCCTACTTAGGAGTGCCCCTCCAATTAATTACATGTGTCCAAGAATAATCCAAGCTAGAGACACAAGGTGGGA 6961 AAACATTTCAAAAAAAAAAAGTCCTCTTAAGGCCAGTAATTTATCTGAAAAGGTATTTTATCACACCTTGACACCTTATA 7041 TATGAGCCTATTAGGAGCTGCAGGTGGTTTCATAGGGTAAAATCCAAGAAAAGAGAAGGATGTGTGGGGTTTCTATTAGA 7121 AGATAATTTTGTTCTCATTTTACCTTTTCTTTTATGATCCTTCTCTGCTAGAACAGGTTAATTCTCCAAATTTGTTTTGT 7201 TTTGTTTTGTTATTTTTTAGGGAACTCTTTTGCAAAAGCAATGGTCGGATGTAAATAACATTTAAAGTATAGTGCACATA 7281 ACTTCCCCGGACTGTTCCAATCTGATAATTTGTAAATGCTTTAGAGTTTTTTTAATTAACACTTGTGTTGCTAAATTCTA 7361 TTTATGTAAGTCTGCTAAAGTTTTTTAGCCCACTTAAAACTTAAGACAACCATTTAAAATAATGGATGGGTTACTATGAG 7441 CAATTTCGCTTTCAGAACCCCCTTGTTTTAGTATATGAAAAAGCCTAATGCGCATTAATGAGGTTGAAGAGACTATGAGA 7521 AATATGTATAGTGTATATTTTAAAACAGCTTTGCTTGTATTGTGAAGATTTAAAAACAAACTTGAGATTTTTAACGTAAC 7601 TATTAACACAGTTTTAACATAAGTTATCCCACTGGGTTTAAGAGCATCTTGAATGTATAATCCTTTTTGTAACCCAGGTT 7681 GGTTTCTACTTTTACCAGTCACCCAAACATATTTATGTTTTTAGTTTTATGTACTCATTTCCCTTTGTTTTCCTCAAACA 7761 GCATGATTTTTTTGCACATGTAGAAATTTTTTAAAAGAAAGAAATTAGTACATCATTTTCTCTGGATTTTCTTCACTTCC 7841 CTCTTCCTTTCTACTAACTCCTTCCTTAAAGGCCATATCACTCCATTTGCATTATTTGTGCAAATGCCAGGGTTGGTTTT 7921 TATTTTTATTTTTGCTATTTACCTAAAAAAAGAAAATGCTTCAGTCAATTGCTTTTTTATTTAAAAAAAAAAAGAAAAAA 8001 AGCTGTAACCTTATCATTTCTGAGTAGACCATTGAGCGATGAATGCACACCTGTAGTAGCCCAGGACCAGCTGTGGTGGC 8081 TAAAGGGAATATGTTAATTAAGCAAGAGGTTCTTTTCTAAAAGTGGTATCTGTTATCCACAATGTATTTTAGTTATTCCC 8161 ACAAGTCAGGGGTCCAGATAAAATGAGGGTTATCAGCTAACTGATATGCTATCATTGAGGTTCATCAATGAATTTGTACA 8241 TTTCTAGTTCCCTTTGGTGAAGGGAAAAATGATGATTTTGCAAGACCTAGATTTTGGCTTGGTTTCTTGCCTCCTTTTTT 8321 GGCAGCCTTCATCTTCTCATCTCCCAAACCCCCTGAGCCCGTAGGGTTTTCATAGTGGACAAAGAACTTGTGGTCTTTTA 8401 AAACTGGGACTGATACTTTTTTGAGAGAGTATCGTGTCGAAAGTGTGATGTTCTACCACTTTACCAATAACTAATTTTAA 8481 ATACACATTGTCCTCTCGATTTTTGGACCAAACAGACGCTCACAGTGGAGGCTTATCAAGGGTTGCATTGGGGAAGAAGC 8561 CTCTCCCTCTCTGTCAGCACCAGCTGGTAAAGGTGACTGTACAGATGTGCATTTTCCTTTTGGTATAAATGGTCCACAGC 8641 ACTAACTGGTAAGGCTTATTGTACAGTATATTGTCAGTATTCTTCTGGTTCAGCATACCTTATAGTTCATATATAACCTG 8721 TATTAATTGTATAGATTGTGCATTAAAAGCTGTTACCAAGTTGTCAGAACATAAGAGCGAAAACAAGGTCATATGTAATA 8801 TTTTGTTTGTAAGTATCCTTTGTATCATAGCAAAGGAAATGTTTAAAAAAATCAACTGTAATAAAGTAATTTTAGTACAC 8881 AAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084047. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep4
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084079. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084047 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | AAUACAUGGUGAAACCCCGUCUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | AAAUACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | AAAAUACAUGGUGAAACCCCGUCUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM1084079 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | AAAAUACAUGGUGAAACCCCGUCUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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186 hsa-miR-1303 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT035871 | SOAT1 | sterol O-acyltransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035872 | FHOD3 | formin homology 2 domain containing 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035873 | RPL7A | ribosomal protein L7a | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035874 | NCAPD2 | non-SMC condensin I complex subunit D2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035875 | RPS8 | ribosomal protein S8 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035876 | AHNAK | AHNAK nucleoprotein | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035877 | ACTB | actin beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035878 | DEF8 | differentially expressed in FDCP 8 homolog | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035879 | MET | MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035880 | MED13 | mediator complex subunit 13 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035881 | FAT3 | FAT atypical cadherin 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035882 | HUWE1 | HECT, UBA and WWE domain containing 1, E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035883 | RPS16 | ribosomal protein S16 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035884 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035885 | GEMIN5 | gem nuclear organelle associated protein 5 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035886 | PITRM1 | pitrilysin metallopeptidase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035887 | PRRC2A | proline rich coiled-coil 2A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035888 | KIAA0226 | RUN and cysteine rich domain containing beclin 1 interacting protein | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035889 | MLLT6 | MLLT6, PHD finger containing | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035890 | EIF3I | eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035891 | FASN | fatty acid synthase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035892 | LEPREL4 | prolyl 3-hydroxylase family member 4 (non-enzymatic) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035893 | HSCB | HscB mitochondrial iron-sulfur cluster cochaperone | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035894 | PSME4 | proteasome activator subunit 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035895 | FRS2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035896 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035897 | HYLS1 | HYLS1, centriolar and ciliogenesis associated | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035898 | USP54 | ubiquitin specific peptidase 54 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035899 | L1TD1 | LINE1 type transposase domain containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT035900 | OR51E2 | olfactory receptor family 51 subfamily E member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT053762 | CLDN18 | claudin 18 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT060730 | RPS3 | ribosomal protein S3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT083986 | RAB22A | RAB22A, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT098550 | TBPL1 | TATA-box binding protein like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT134983 | TWF1 | twinfilin actin binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT136956 | FNDC3A | fibronectin type III domain containing 3A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT222065 | PURB | purine rich element binding protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT239574 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT261820 | BUB3 | BUB3, mitotic checkpoint protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT264698 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT308476 | GXYLT2 | glucoside xylosyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT377481 | NDUFB5 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442304 | NEU3 | neuraminidase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446083 | SLC30A10 | solute carrier family 30 member 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449606 | PRPF4 | pre-mRNA processing factor 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453767 | NUCB1 | nucleobindin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT455603 | SRSF3 | serine and arginine rich splicing factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455913 | KIF2C | kinesin family member 2C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460091 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460866 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461339 | NUP133 | nucleoporin 133 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463769 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466368 | THAP1 | THAP domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT467168 | SPTY2D1 | SPT2 chromatin protein domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468703 | SDHD | succinate dehydrogenase complex subunit D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469122 | RNF126 | ring finger protein 126 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472426 | NCBP2 | nuclear cap binding protein subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479420 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT484260 | FAM177A1 | family with sequence similarity 177 member A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485468 | IL6ST | interleukin 6 signal transducer | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT490237 | H2AFZ | H2A histone family member Z | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT491002 | ATF7IP | activating transcription factor 7 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492127 | SUMO2 | small ubiquitin-like modifier 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499169 | RBPJL | recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499825 | PCSK9 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT501794 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503441 | GINS4 | GINS complex subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT503688 | MAVS | mitochondrial antiviral signaling protein | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT506926 | IGDCC4 | immunoglobulin superfamily DCC subclass member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511430 | HOXA10 | homeobox A10 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT512415 | LAYN | layilin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT513791 | NIPAL3 | NIPA like domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516163 | NTMT1 | N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516513 | PARK2 | parkin RBR E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516915 | HINFP | histone H4 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517102 | NDUFV3 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit V3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517350 | NLRP9 | NLR family pyrin domain containing 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT518019 | ABHD15 | abhydrolase domain containing 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520945 | SRSF10 | serine and arginine rich splicing factor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525250 | RNF213 | ring finger protein 213 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530634 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT530671 | CHRNB1 | cholinergic receptor nicotinic beta 1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT531563 | ILDR1 | immunoglobulin like domain containing receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538205 | CYR61 | cysteine rich angiogenic inducer 61 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538419 | COLEC10 | collectin subfamily member 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541964 | ZNF485 | zinc finger protein 485 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543088 | KNSTRN | kinetochore localized astrin/SPAG5 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543257 | ZNF662 | zinc finger protein 662 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543589 | KIAA1549 | KIAA1549 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543955 | RNF20 | ring finger protein 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544043 | C9orf64 | chromosome 9 open reading frame 64 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548064 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548240 | FBXW7 | F-box and WD repeat domain containing 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548442 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548623 | DAZAP1 | DAZ associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548770 | COLEC12 | collectin subfamily member 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549506 | HDDC2 | HD domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT551924 | AKAP8 | A-kinase anchoring protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT555656 | PGRMC1 | progesterone receptor membrane component 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556286 | MAP3K5 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557012 | HOXD13 | homeobox D13 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT563907 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565527 | SON | SON DNA binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568000 | COMMD2 | COMM domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569831 | PLA2G16 | phospholipase A2 group XVI | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT573905 | PARP1 | poly(ADP-ribose) polymerase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616589 | KLHL9 | kelch like family member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617137 | ZNF556 | zinc finger protein 556 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617400 | API5 | apoptosis inhibitor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617455 | CCS | copper chaperone for superoxide dismutase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617799 | ZNF793 | zinc finger protein 793 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618190 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618303 | GNE | glucosamine (UDP-N-acetyl)-2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618329 | ZNF813 | zinc finger protein 813 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618820 | PHF20 | PHD finger protein 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT619153 | PPDPF | pancreatic progenitor cell differentiation and proliferation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT619530 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT619849 | KIR3DX1 | killer cell immunoglobulin like receptor, three Ig domains X1 |