pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3670-1 |
Genomic Coordinates | chr16: 14907717 - 14907781 |
Description | Homo sapiens miR-3670-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-2 |
Genomic Coordinates | chr16: 16306370 - 16306434 |
Description | Homo sapiens miR-3670-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-3 |
Genomic Coordinates | chr16: 18405698 - 18405762 |
Description | Homo sapiens miR-3670-3 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-3670-4 |
Genomic Coordinates | chr16: 18488301 - 18488365 |
Description | Homo sapiens miR-3670-4 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |
---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3670 |
Sequence | 40| AGAGCUCACAGCUGUCCUUCUCUA |63 |
Evidence | Experimental |
Experiments | Illumina |
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PITPNM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ACKR6, CORD5, NIR1, RDGBA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | PITPNM family member 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001165966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_031220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PITPNM3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PITPNM3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PITPNM3|NM_001165966|3'UTR 1 GGGGTGGGCTGTGCTCAGAGCAGGGAGCGGGGGGCCCAATCAGGCTGCCTGCGGGGACGGGAGGGGGCTGCCCTCTCCCC 81 GACACAGGCGTTTTCCTGCTTTTTCCCTCCCGTGTCTGTCCAGCAGTGTCCGACCAGAGCGGGGAGGGATCCTGCCCGAG 161 CCCGGGGGGCTCCCTGAGCTGCGACGGGGTGAGGTCCGGGGATCTCGGTGCAGCCACTGCTGCCTCCCACGGGCCTGCGA 241 CCGCAAGCCCAAGTCAGGGTTCATGTTTGTGTCATCCTGGGGGCAGGCTTGCCCGGGGCTGAAGCGTTTGGGCAAAGTCG 321 ACCACCCTCCTGCGTCCCCAGGCTTCACAGCGAGCTAGGCAGGCCCTCAAGGGGGCAGCCCCAGCCTCGGCACCAAGCGC 401 CGCTGGCAGGCACAGCCTCTGGGCTGTCTTGTGGAGGTGTGAGTGGCATTTGTGCCCGCCCTTCCTGTGGTTTGGGTCAC 481 CATTTTGGGGTTGGCGCTCTTATGGCAAGATGGCCACTTTCTGGGAGTGAGAGCACATCCCCGGGCTCATGTTACGCCGT 561 CTCTGTCCACAGCCCTCGGGGGTGGGGTCTGGTGCTGACGGTCTGTCCTGCAGCTGTCCATTGTCCCCAACCCCCGTTGT 641 CCTCAGTGTCCTCACCATTTCCCTGTGGCCCTGGAGGCCAGGGCTTCCTCTTCCCGGAGCCCTGCCTCATGCCCTCCCTT 721 GGGAGGCTGCAGCCTTGGGCTCTGGCTCAGCTGGGCTGGCTGTGAGCCCCTGAGCTGGTTGCTTGCCCTCTCTGGGCTCC 801 GTCTTCCTTCTGTTATTGGAGGGGTCCCCCTAGCTGAGATTGGTGTGAGTCTTTGACTCCCAAGATGTCCTGCAGTTTGG 881 CCCATTGAGGCTCTTCAGGCCTAAGGGTCCCTCCGAGTGTCCTGTGACCCACACCTTTCACACAGCCTGGGAGAGGGGGT 961 CTGGGTGGGCTGGAAAGGAGGGGCTCTTAAAGGAGCCTCTCTGGGTGGGCTGGGAAGGGATCCCTACTCCACGGAGAGGT 1041 GCAGCTGGTTTGCCTTGCACTGCGTGTCCCAGGGACAACCCACTCAAACTGGGTGTCCTAGGGACAACCCACCTCCCTCT 1121 CCTGCCAAAAGGTTACTGATTGGGCTCCCCATAACCCCAGCTCTGCCAGGACCCTTTTATCCTTTTTGGCTCCCAGAGGC 1201 ATAGAGCTGAGATTCCAGGGTTCTAGGGGTTCCTGGAAGTTTGGCTCCAACTGTTGTATTCTCTTCCCTTTCCCCTGCTG 1281 CTCAGTTTGTGCCCATAACCTCCTCCTGGGTAGTCCCCTGAGGTTGGCAGGACTTGGCCCTTCTGGGGCCCCTAAAGCCT 1361 GCTCAGGCCCTCCTGCTGCTGAACCTTGGCCTGGGCACTGCTTTCCTGCATCCTGGAAAACCCCGACTCCCTGGCCCAGG 1441 CCCACACCTGCTGTGTGGGGCTGCCCACGTGGCCACTGAGCCCCCATAGGCTGCCATCAAGGCCGGTCCCAGCAATTTCA 1521 GCCAGGCTGCCCCAGGGCCCAGACGTCTGTATACACAGCAGGCACCTGTGTCAGCTCAGTGTCGCTTCTGCTCAATGTCT 1601 ACCTCTCGCGGCTCCCATGCAGCCAGTGACGCTGCTGGTGGGGGCGGCTGGCACCGCCGTTGTGAATTGCCTGGCAAATT 1681 GGGTGCCCTCCTGGGGCTGGAGGGGTCTGGGCTCCTAACCCCCATCCCTGCTCTCCCCACTAGAAATGTGTCTTCAGTCT 1761 GCCAGCTCTTCTGCTCTACTTCCAGTGCTGCATCCTGCACTCAAGCCCAGGGCTGCTGGCGAGTCTATGGGGAGGAGTGC 1841 GGATCAGGCTCAGCCTCAGCCTCAGCCTCAGCCTCCTCTATGGTCCTGTCTCCTGGCGGTTCACAGGTGCCCATCCCCCC 1921 TTTAACATTTCACAGTTCTTGGCTTTCCAAAGGCACCAGCTCATATGGCATAGCCACCCCAACCCTAATCCTTCCCCCAA 2001 ATATCCTGATTTAAACTTGGGCAGACTTAGTCTGATTCTTGAAAACTCTACCATCTCCTTCTTGCAGAAGGCACTGGTTA 2081 CACTAAAATGATAAAATAATTAGTATGGGGTACTTTGCTCCCAGTTACATTCCCTCTTCCCTGAGAACCCCAGGCTAGGC 2161 GAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAAA 2241 GGAAGACAGAGGAAAGAAAGGAAGACAGAGAGAGGAAGGCAGAGAGAGAGAGGGAGAAAGAAAGACAGGAAGGCAGAGAG 2321 AGAGAGAGAGAGAGAAAGGAAGACAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGCTCATG 2401 AGCCAGGATCCCTGGGGAATTTGAAGTCAGTGTGACCAGGGTTCTGTGGCTCTGGGGTCAGAGCTGGGACACAGGACCCA 2481 GCAGGAGGGCCACCACCCCTTCCTTTTGGAAACAGCTCTGGTTCCAAGCAGCAATCAGGTAGGAGGATCGGGGCTTTGGC 2561 TGATGATGCACACACAAGATGCTGATGGTGTACGGTGAGATATTGTGAACGCAACAACTGGAGCTGTAGTTGGCGTGTGT 2641 GAGTGTGTACCTGCGGTTCTGTTTAGTGGCGAGACAAGGTATGTTTCAGTACTGCTTTCACGGCAACTGTGTAATGCATA 2721 TGCTCTTTCTACACTAGCGGTTTGCTCAGTTTTGTCTGTCCGGTTAAGTTGGAGAAAGAACCAAGTTGTGTTGTTCTCTG 2801 GAGGGGGTGCTGCTGCCTCTCCTTGAGTAGTTCTGTGACCCCCAATCCAGCTGTTTTGTAGAGAATCCTTCTAGCTTCTG 2881 GTATGCCTGCTCTCCAGCAGCTGGAAACAGATCTTCCTGCCTGACCAAAGCTCCTTGTTTCTTGCGTGGCATGTTTGTTC 2961 TTCCCGATCCGGTGGCTGTCGTAGCCGAGGGCCTGCCTGCCACCTTCCTTTATCATTTGCCCTGTTGGGGTTCAGGGTGC 3041 ATCCTTAGCCCAGGACCTGCTCTTCCAGCATCATGGGTTTTTTCCTAAAGATCTCAACGGCTCCCTTGGGCTCCATAAAA 3121 TATTTCTTTTTTAAAAAAGCAGACTCCTTTCATGCATTGGGATGAACGGCCCTCTTGTCTGGGTGCTGGGCTACAGCAAA 3201 CAAATGTGTTTGAATCCCAGTATTCCAGAGATTCCTGGCGGTGGGCTGTCTAGAAGAGGCGAGGCTGGATCTCACGGTTT 3281 TTAAACTGTATTTTTACCCCTTTGGGACCCATACCTGTGCCCTGGAGTCTTTCATGAGGCACGTGGGTCCTCTGCATCCT 3361 CACTCTCCCCCCTAGCCCAGGTGCAGCCCCGGGAGGGGTGCCCTGACCCCGCCTTAAACAACCAACTTTCCCACCGAATC 3441 CCATCGGCGGGCGGGGGGGGGGGGTTTGGGTGCCAAGTGCCCTGGAAACCTATTGTCTTTTGGCTCAGCCAAAAGAAACA 3521 TTCCCTCCTTCCTTTCCTTCCGGGCTTGGGGGAAACCTTCGTAAAAATCATAGTTAGGGTTAAGTCCAAGCAGTGAGGCC 3601 TGACCTGGGCTCTGCTCTCCTTGTTGAGACACTAACAGGCAGTTGGGAGGAAAATCTGCATTTGACTCCACCCTCTTTGG 3681 GGCAAAGGAGAAACAGGTGACCCGAGGGGGGGCAGGCCAGAGGAGGGCGACTCGTGCACAGGGACCCCCACCCTTGGACC 3761 CCGCTGTCCTTTTCTAGTTGTTTACTTGGTGGTGGCAGCCAGTCTGACCTTGTCTGTGGTCTGACTGTTCCTAAGTGTGT 3841 AACTTTCAGTATTATCTGTGACAGATGGTTCTGTGGTGAAAAAGGTTTATTATATTCCTTATGGCTGCCTTGTACAAAAT 3921 CCGTTAGAAACGCTAATGTAAGATATCAGATTTCTAACAAGACAAAAACAGCATTATGGAGTTAAAAGATTTTTACAACT 4001 GGGTCTTGATTTTGATGTGAGCTGGTTTTTAGCTCTCAAATGTTGTCACTTAAATAAAAACCTTCTTTGCCTTTAAAAAA 4081 AAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084073. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084078. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084079. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084073 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep1_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000421306.3 | 3UTR | GAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGCUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084078 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000421306.3 | 3UTR | GGAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084079 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_hippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000421306.3 | 3UTR | AGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
40 hsa-miR-3670 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT094967 | SEPT8 | septin 8 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT115520 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT164547 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246182 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT255139 | SMYD1 | SET and MYND domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441534 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444547 | UBE2D3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449681 | CDR1 | cerebellar degeneration related protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450035 | LEPROTL1 | leptin receptor overlapping transcript like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466801 | SUPT16H | SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468269 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470394 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480056 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480581 | BUB3 | BUB3, mitotic checkpoint protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489189 | KIF21B | kinesin family member 21B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497178 | ZBTB40 | zinc finger and BTB domain containing 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527654 | CD300E | CD300e molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529853 | TMEM105 | transmembrane protein 105 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530037 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533264 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534022 | STXBP4 | syntaxin binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537345 | FKBP15 | FK506 binding protein 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556604 | LDOC1L | retrotransposon Gag like 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559945 | TRMT112 | tRNA methyltransferase subunit 11-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569744 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570637 | KLF13 | Kruppel like factor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573064 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622727 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626726 | TRIM65 | tripartite motif containing 65 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631824 | TMEM154 | transmembrane protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638040 | SHPK | sedoheptulokinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644096 | SIAH3 | siah E3 ubiquitin protein ligase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652233 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665387 | WIZ | widely interspaced zinc finger motifs | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703560 | FGFR1OP | FGFR1 oncogene partner | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713310 | SNRNP25 | small nuclear ribonucleoprotein U11/U12 subunit 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717645 | HLX | H2.0 like homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722259 | POLQ | DNA polymerase theta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723863 | CD209 | CD209 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724656 | PXDN | peroxidasin | 2 | 2 |