pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4703 |
Genomic Coordinates | chr13: 51552589 - 51552667 |
Description | Homo sapiens miR-4703 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4703-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 49| UGUAGUUGUAUUGUAUUGCCAC |70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IRGQ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FKSG27, IRGQ1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | immunity related GTPase Q | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001007561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IRGQ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IRGQ (miRNA target sites are highlighted) |
>IRGQ|NM_001007561|3'UTR 1 GGAGTGGGAGGGGGCTTGGGAGTCCAGACTCTGACAGGGGATGCCTGGGCTTAATCCTGGGTGCTTGAAGGGGATGTGGA 81 CTCTTGACTTCCAGCTGGGATGTGTGACTTCTTATCACCTGGATTCAGAGAGTCTGGGGGACAGGAATCCTGATTTTTTT 161 TTTTTTTTTTCTTTTTTTTGTGAGACGAAGTCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGACCTCGGCTCACTGCA 241 ACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCGTCCGGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACACC 321 TGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAGGCGA 401 TCGACCCGCTCCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCCCCTGGCCAGGAATCCTGATACCTTTGG 481 GAACCATGGTGAATGACATCTAGACCCTTCTGTCCTGAAGGGAGTTGGTGGCCCAGACTCTAGCAGGGACTATGTCTTTG 561 TCTCCTAGGGAGTAGAAACTGGAGTTACTGGATGTTTAGTCCTCCAGGGAGGCTGGTAGAAGTCCTGTTTCCTAATTGGT 641 GGGGAGGTGTCCATGACTGGGACCTGAACTCCAGTATAGGGGAGGGAGACCTGAGCGCCCCAGGGAGCTGGAACTCTTGG 721 GCTTCAGAGCCTCAGAGGGAAACAGGGTCTACATTTCTCTGGGAGAAAAAGCCTGCACACAGGTCCCCAAGGAGCAGTGG 801 GCTTTGAATCTTGATGGGGTGGCGGAGGCCCCTGGGGTCTGAGACTTCCGGGGTTCTAAGATGGCTGTGGACCTTGGTTC 881 CTAAATATTGGGTAAGGGGAGGTCTGCATCTGGAGGAGGGATCGGGGGCTTGTGCGAGAAAGCTGGAGACTTCTTGATCT 961 CTCCTGGGGAGTGGATGGGTTTCTATAATTGCCCTCCAAAAGCATGTAGGGAGGGTGGTCCCACAAAAATGAGGTGAGGT 1041 GGGTAAGAGGTCTGGGCATGGTGGGCTCTGGGAGTAGCCAGGGACCAGGAATGAGGTCTTTTGGGTGTGGAAGGGCAGTA 1121 AAGCATACCTCAGAGACAGCTCCTCCAAACCTTGTATTGGGATCCCGGCAACTGCCTCTGTGAGTGTGACTGGGAAGGGA 1201 TATGACTGCCTTCATCTTCTAGGTGCTGAGCAATTCAGGTGATCTCTGGGGAGTCTGTTTCTCTGTCTCTTTTCTTTAGG 1281 AGTTTCTATCTTTTTTTGGCCTTTTTCTCCTGGTATTTAACCATAACCCTTTATGGCCTTGGTGTTTTGTGCACCTTCCT 1361 TTTCAGAAGAGCAGCTGTACTGCTGCACTGGTCCAAACACTTCTGTATGGACACCTCGGGTATCCCCAAGAGGCTCTGCT 1441 TTCTGATGTACATAGAGGGTGCTGCATTGAGCCAGGGGCCCACCAAATGGGTGGTCAGGCACTTGAGACCATGGGAATAT 1521 GCCAGGAGTGAATGAAGCAAAGGCAGAAACCACAGTGCCTGGAATGTTCTAGGCTGCTAGCCACATGTGGGGGAAAAGTT 1601 GCAGGTTACAGAATTCTTCAGTGTCAAAAACAGAAAAGGAGGATCTGAGAATCCAAGCGATAGAATCCCTTTTGTCGTAG 1681 ACAGAAAGAGCAAAGTCCAGAGAGGGCAGGCTTGAGGCCCAACAGCACACAGTAAGGCCCTGTGGGTCTGGCCCTTGCCT 1761 ATTCTCATTCACTGCCCCTTCCCACTCCTGTCCAGCCTGATAGACTTTCCTTCTTTTTTTTTTTGAAATGGAGTCTCACC 1841 TTGTCACCCAGTCTGGAGTACAGGGATGTGATGACTGTAGCTGAGATGACAGGCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTT 1921 TGTAGTTTAGTAGAGAAGGGATTTCACCCTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGACTC 2001 AGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCATGGCCGCCTGACTCTTTCTGATGCCTGAGTGGCTACCTTGA 2081 GTCCTGCCTGGGGACCCATGCACCTGCTGTTCTCTTTCCTTCAAGGCTCTACTCACAACTTCCTGTTCTACTCTCAAACC 2161 TTCCTGTGACGGGCTCAGTCAGATCTCAGCTCACGTATCCCCTCAGAGAGGACTTCCCCTCCCTGACCACCCTATCTGAA 2241 GTAGCTCACATTCCCCCACTATTCATTTCGGCCAGTTGAGTTTCCTTGTAGCAATTATTACTGTCAAAAATGATCTTATT 2321 TATTTACCTGTTTATTGGCTTTTGACCCGTTGCCTGTCCTGTTCTCTGTTGTTTCCCCAGCATCTAGAACAATAGGTGCC 2401 TGACACAATAGGTGCTTCGTAAATATTTATTATTATTATTATTATTTTAGAGACAGGGTCTTGCTCTGTTGCCCCGGCTG 2481 GAATACAGTGGGATGATCATGGCTCACTGCCATCTCCAACTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCACCTCCGCCTACAGAGT 2561 AGCTGGGACTATAGGTACACAGCACCAAATTTTCTGTAGAGACGGGGGTCTTGCTTTGTAGCCCACACTAGTGTTGAACT 2641 CCTGGCCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGATGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACACCCAGCCTAAATGTTTATTTCATTG 2721 GTCAGTGTCAGAACTAGGATTGGAATTTAGATTGTTAATCTCTTGCCACAAGATAGGAAAATGGAGCAAGATGAGGAGAA 2801 AAAAGCATTTAATGGGAGAGAACACCCTTGTCTGAGGTCAGGGACCTGGGAAGCAAGCACGACTTTGCCACTGTCACTGT 2881 GTGTTACTTGGACAGTGCCTTATTTTCCCATCTGTGAAATAAAAGAGCTGGATAAGAACCTTAGTTTTGAGATCCTGTCT 2961 CCCTTAAAAGCTGAAGACAAAGGTAACTGATCCAAGGGCAGACAAGGGATGGTACCATCATCTCCAGCTTGGACTCCCAC 3041 TGCTGACAAAATTTGTCCCTTCAAAGTTGAGATAGCTACCATGGGGAAGAGCACTTAGTTCTATACTGAATGGCTCCAGG 3121 CATTTTCATGAAAGCTCTTTCAGCTTTGGGGAAGAATATTCATCCATATCTTTACCCCATCATATTAGTGTCTAAGCCCT 3201 GCAATCAGGCATGTCAGCCACGTGATGGAATGGGAGGGCTGCAGGGCAGCACTGTCCAGTAGAAACGAAATGCAAGCCAC 3281 ATATGTCATTTTAAGTTTTCTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCCATCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGC 3361 CTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCATGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATATGC 3441 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGATCAGGCTGGTCTGGAACTACTGAC 3521 CTCAGGCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTT 3601 ATTTTATTTATTTATTTATTTTTTGGGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTTGTGCGATCTTGGC 3681 TCACTGCAACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCATCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTA 3761 GAGATGGGGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCGGCCTCAGCCTCCCAAAG 3841 TGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGTCCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGC 3921 TAAGCTGGTCTGGAACTCATGGCCTCAAGTTATCTGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGTAAGCCAAGTTTTCTAA 4001 TAGCCACATTAGACAAGTAAAAGGAAACAGGTTAAATTCATTTTAACATGTTTTACTTAACCCAATGTATCCAAAATAGC 4081 ATTTCAACATGTCATCGGTTTTTTAGTTTTTTTTTTTTTTGAGATAGTGCTTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGT 4161 GGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTTCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGAT 4241 TACAGGCACCCGCCACCATGCCCACTAATTTTTGTATTTTTGGTTAGAGATGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTAGTC 4321 TCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGGCACCGTGCCTGG 4401 CGTCATCGGTATTATTTAAATGAATTATGTTACGTTCTTTTGTGCTGTCTTCAAAATCTGTTATATATTTTACACTTACA 4481 CCAAATCTCAATTACCATGGTACATTTTTATCTGAAATGCTTGACCTTTATTTTGATTTCATAAAATTCATAGTTGGAGA 4561 AGTAGATTCACATATCCAAGTTGTTCCAATTATATAATAGTTTTCCAAAAACTGAGATGGGTGTCCATTTTTTTTTTAAG 4641 TAAAGATGCAGGTCTGGTTATGTTGACCAAGTTGCTGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGAGTCTCACTTTGTCACC 4721 CAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGACCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAACTGATTCTCTTGCATCATCCT 4801 CCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTATGCCACCATGCCTGGCTAATTTTGGTATTTTTCTCAGAGACGGGGTTTCACCAT 4881 GTTGGGCATGCTGGTCTTGAACTGCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGTATTACAGGCAT 4961 GGGCCACCACACCTGGCCTCAGCTGTTCAATTAAAAGTAAATACAACTTAAAATTCTATGTTTCATTGGCAGTAGTGCAA 5041 CATTAATACTGAGTAGCCACATGTGATTAGTGGCTATGGTATTGGACAGGGAAGGTACAGAATACTTCCATCAACATAGA 5121 AAATTCTATCAGTCTAGCTCTAGGGGCAGATAGTCCTTCCACTGACTTGGGCAAGTCACTCTACAAATGGCATCTACCTC 5201 ACATGGTTATGGTGAGAATTCAGCGTATGTATGTACATGCAGGCACACAATATGCACACAGACACATAACATAGTACACC 5281 CTTTCCTGAAAAGCCTGACACATGGAGCTCAAACATGAGTGCCACCCACCCCTGGGCAGCACCAAGATGGCTCTAGTCTG 5361 GGTGCCTTTGTCTCACCCCCATGCCTTTGCTCGGAGTGTGCTCCTCATTTTTCTGCCACTTTGACCCTGTCTCTGATTTG 5441 GTCCTGTCTGACATCACTGCTATATGCTTTGCTCCTCTCAATTTCCTCTGCCCTCATGCCAGCAGGAGTCATGCCAGAGA 5521 TCATATCTGAGAAAGCAAGACAATTTTGTGTGTGTGTCTGTGCCCATAGAGGAGTGCTGGTTGTGTTGATATAGTTGTAG 5601 ATTGGTTGTGTTTACACAGTTGTATATATTGACACCCTTGAGTGTTATGACTTCTTTTGGGGGTGGTCGCCTTTTAAATC 5681 ATAACTTTTAATGGGATTCCATTTTAGTCTTTGTGAAGACATAAGGTTGTTGGCAGGCATCTGTCCCTGGGAGCATCCAA 5761 GCAGAAAAGACTAAGACTCCCTTGTAGACAGATCACTGGCCGCCACTGAAGTGTGTCTGCATGGCACCACAGGGCTGGAA 5841 GACCCTTGAAGGCAGGAATTCAAGGAAATGTATGATGAATTTTGGCATTGCCATCAAAAGCAGAACAGGCATGGAAAACT 5921 TGGGTGAGTGGGCGAGACAACCTCCTCACCACAGCAGAGTTCCATCCATGCCTGGATAATGATGGAGGGATTTGTGTCCA 6001 CTGCAGTGGGGAACCATGAAGGACACATCAAGGGTGTGGTTGGCCTGTGGTGCTCTTTGGAGGAATGAATAAAAATGAAT 6081 AGAAATCCTATTGCGTGTCTGTTCTTTTGGAGTTTGAGGGAAAAGAAAGATCCTTGAGATTTTGACTGGGCTGGAAACCT 6161 AGACTCCAGCGTCTGGGGATAGGAGGGATGGTGGGGAATCCGCTGGGAAAAACTGGGCTGTGATCAAGAGAATTTATCAG 6241 TATCTGAGTTTTTCCACCCTGGAAGGAGTGCGGGCAGACTTACTGTTTAAACATTGGGAGCTTATGATGGTAAAGCGCCT 6321 TAGTTCTGGAGCCAGGTATACCCATTAATGACCCCAACTGGGCCAGCCTTTCTGTAGCCATGCCCTTGGATTGTTGCTCT 6401 CCTTCTAGGTTTGACTATGTGGTTTGCTTCAGCCACTAGAACAATAGCAAACATGATACAAGCAGAGGCTTGGAAAGTGC 6481 TTATGCGGCCGGGTGTGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAGGGCGGGCAGATCACAAGGTCAGGA 6561 GATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGC 6641 ACACCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGTAGTGAGCTGA 6721 GACTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTTCTCTCAAAAAAAAAAAACCAAAGTGCTTATGCACTGG 6801 GACTTCCTCTCTTGCTCCCCTTGGGACCCCTACCACCACTGCCACATCCAAACCCCGGGCTGGCTGAGCATGGTGGCATA 6881 TGGGTATAAACCCATAATCCCAGCACTTAGGGAGGCAAAGGTGGAAGAATTTCATGAGCCCAGGAGATCGAGACTAGCCT 6961 GAGCAACATGGCAAGACCCCCATCTCTACAAAAAAGCAACAACAACAGAATTAGCCAGATGTGGTGGTGTGCACCTGTGG 7041 TCCCAACTACATGGGGGAGGCTGAGGCAAGTGGATTGTTTGAGCCCAGGAAGTCGAGGCTGAAGTGAGCTATGATGGCTC 7121 CACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACAATGTCTAAAAAAATAAAAAGAAGGAAAGAAAAGGAAAAGATCTGGG 7201 CTAACCTGCTGGGTAATAAAGGGAAAAGAGACACATGGCTCCGTCATCCTTGATCCCTGCCACCCATAGCCAACCAACCT 7281 CTGAAACAGAGCTCCCTAGCTGATAGGCAGCTGAACCCAGCTGAGACCAGCAAAAGAACTGCCCAGCTGATCCCAGACCA 7361 AGTTGCAACCCAGAGAATCATTAACTAAATAGGTGATTGTTCTAAACCACTAAATTTTGGAGTGGTTTGTTATGTAGCAA 7441 AAGCAACTAATACAGACTTGTTCTCTCTGTGTGTGATGTGGTCTCTTTCTCCCCAACAACATGACCCAATGATTAAAATC 7521 TTAAATTCTGCCACTTTTTAGCTGTGTGACTGCCAATGTGACAGCCTTCTGAGCCTCTGATGTCTCCTGAAAACAGAGAT 7601 GTGAATAATAGTGCCTATGACATAGAGTTGTGAAAATAAAATGAAAAACAGCTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084078. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084078 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000422989.1 | 3UTR | CAUGGGGGAGGCUGAGGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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42 hsa-miR-4703-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT072026 | SCP2 | sterol carrier protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT079071 | BIRC5 | baculoviral IAP repeat containing 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT106648 | PLEKHF2 | pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT178174 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT190328 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT230081 | SH3BGRL | SH3 domain binding glutamate rich protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT238900 | PEX3 | peroxisomal biogenesis factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473705 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT481891 | ANKRD46 | ankyrin repeat domain 46 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT483743 | ALDH9A1 | aldehyde dehydrogenase 9 family member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488823 | MRRF | mitochondrial ribosome recycling factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488990 | SLC28A1 | solute carrier family 28 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504173 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524461 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529787 | AP4S1 | adaptor related protein complex 4 sigma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546449 | SLC9A7 | solute carrier family 9 member A7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547827 | IGF2BP3 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT561462 | TCERG1 | transcription elongation regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562315 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563644 | ZNF675 | zinc finger protein 675 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563741 | ZNF107 | zinc finger protein 107 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT568318 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571528 | ZNF367 | zinc finger protein 367 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574840 | CADM1 | cell adhesion molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612262 | MNT | MAX network transcriptional repressor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622234 | SLC25A45 | solute carrier family 25 member 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625372 | IRGQ | immunity related GTPase Q | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628260 | EFCAB14 | EF-hand calcium binding domain 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631738 | NKX2-1 | NK2 homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646103 | GORAB | golgin, RAB6 interacting | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647768 | AMOTL1 | angiomotin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654309 | RBMS3 | RNA binding motif single stranded interacting protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654988 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659715 | CCDC93 | coiled-coil domain containing 93 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666976 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683247 | WFDC6 | WAP four-disulfide core domain 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688424 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691896 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701616 | MYO1B | myosin IB | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702141 | MAP3K1 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704403 | CTPS1 | CTP synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719515 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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