pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-6839 |
Genomic Coordinates | chr7: 64679064 - 64679176 |
Description | Homo sapiens miR-6839 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-6839-3p | ||||||||||||
Sequence | 92| UUGGGUUUUCUCUUCAAUCCAG |113 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
|
||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ZFP14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ZNF531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ZFP14 zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZFP14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZFP14 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZFP14|NM_020917|3'UTR 1 TAGAAGAAAGCCTTCAAATGTATATGATGTTACAGAACATCAGAAAATTCATTTTTGAGAAAATGTGTTTCATGCTCAAT 81 TCCAAGCATAATAAATTTTATATTAGAGAAAGAATATGTTGATTTAAAAGCCTTCCAACACCATTTAAACATGGTTTATC 161 TTCAGCAAATTCCTATGAGAGAATAATGTAATGAATGTAGGAAAATCTTTAGCCTTATCTGTCATTATCTCCCTTTCTCC 241 ACTTGATTACCAGTTTGATTTATTGGACAAGATACTAAGCTTCTGTGCCTCATTTTGCTGACTTGTAAAATGGTAATAAT 321 AGTACTTATATGTATTAGTTATTTATTGCTGCGTAATAAATTACCACAGACTTAGTAGCATAAAATAACATATAATTATA 401 TCTTATAATTTGGATCAGGAGTATAGGCATGACTTAGTTGGGTCCTCTGCTTCAGGGTCTCTTGCAAGGCTACAGATTTC 481 AGCCAGGGCTGAGGTCTCATCTGAAGGCTCAACTGGGGAAGGATCCACATCCAGACTAACATAGTTGTTACCCAATGTAT 561 TTCCGTGAGGCCTGTTGCATTGAGATTCTCAGTTTCTAGCTGGCTGTTGGCTGAACGCTGACTGCAGCTCCTGGCCACAA 641 TAGCCTCATCAACATGGCTGCTTGCTTCATCAAGGCATGCAAGCCAAAAGGGAGGACAGTCTGCTAGCAAGATGGAAGTT 721 ACCATCTTGTGTAATCTAATCATGGAAGTAACATTCCCTCACCTTCTACTGGTAGAAGTAAGTTACTAGGATAGTCCACA 801 CTCAAGAGAACGGGATGATACAAGAGTGTGAATAAGTCCTGGAGACAGGACCACTGGGGGGCCTGTTTAGAGTCAGCCTG 881 CCACACTGTGGAATAGGATTGTTGCAAGGAGTAAGTAGTTAATACTTGGAGGAATCACAGTCATATAGCATGTATTCTGT 961 AAATATTATCTGTAATTGTTATTATTGTCATTAGTATTAGTGAATTCACGTAAAAGGAAGATCTGTAGACATAATAAATG 1041 TAGAAATGCCTCCTGTCACCTCTCAGAAATTATTAAACATAATTTATTCTAGGTAAAATTTAGATTGTAGTGAATGTAGG 1121 AAGTTCTTCAGCACTTGAGCTGCATTAGAAATTTCATGCCAAAAATGAATTTCATGAATGTGAGGTCACTAGTAATACAG 1201 CTGTTGAAGAATTAGAGGGAAATAGGAAATGATTTTCCCATAATTCCAGAAAGCAAAAGGCTTACAATCCCTGTTGTCTG 1281 ACCACAGTTTAAAATTAATTAGAAACTATCAAAAATGTGGCTTAAAAGAAATTAACCACCTAGGAATTTAATATTGTTGT 1361 GTATATTTATGTGTGTGTATAAAACTCCTGTGGGAAAGAAACAAAACATCATTCTATAAGTCAGTATACTTTTGGATGCT 1441 CAAAATGCCATATCTTCAACCAGTAGGAGTTGTTTCAAGTTGAGTTTTTGATGTGATCCCACCAATAATTTGATAGTTTA 1521 CTTGATTGTGGCTGCATAATTTGGTAACCTATGAAAGATGCTAGAGCACCAATGTATAATTTTTTTGAGACAGGGTGTCA 1601 CTTTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACAAGCACAGTTCACTGTACCCTGTTCCTCCTGGGCTCAAGTGATTCTTCC 1681 ACCTAAATTTTTTTTTTTTTTTTAGAGAAAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTTCTGGGCTCAAGTGA 1761 TCCTCCCTCCTTGGCCTCCAAAGGTGCTGGGGTTACAGGTATGAGCCACCACACCCAGCCCAACTCATTATTCTTGAAAT 1841 CAATAAATCAGAGGAAAAATTGTCATTTAGTTTCCTTTTCCCATGTGAACCAAATTTCAGGGTCACCAGAAGTTCATCAA 1921 ATTCAAATGAATTTGGCCTGGCACAGGGGTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGACAAGGTGGGTGGATCACTTG 2001 AGGCCAGGAGTTTGAGACCAACCTGGTTAACATGGTGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAATTTAGCCAGGCATGG 2081 TGGCACACACCTGTAGTCCCAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAACCCAAGAGGCAGAGTTTGCAGTGAGCTGAGATCG 2161 TGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAATTTGTTTTTTGAATGGGTTTTTCTTT 2241 TTTGAAGAAGTCTAATAAATCTAGAAGGAATTAGAGGATTAGAAAAATCACCATTTTCTAGACCTTAATGGAATAATGGG 2321 TCCAGAAAACATGATCTTCAATGGGTACTACAACTAATAGGTGAAATATTTTATAGCGAGATTTTTATGGTGGATCTATC 2401 AAACTGGCCACCTCTGAACCCTTTGATCTGTTTTAACCTTAATAAAAATGGGTCTATCAGACAACACACTTCCTGACGTA 2481 ATGCAATAGGAAGTCCACACCACCATCTACAAAGCCTTATTGCTGGAATAATGAACTGAAAGCAGACAGGGACTAGATGA 2561 ACAGTATATGGTCATCCCTTGGTATCCATGGGGAATTGGTTCCAGGATCCTCCACTGATGGTAAAATCTGAGGATGCTCA 2641 AGTCCCTTGTATAAAATGGCATAGTATGTATTTGCATATTACCTACTCACATCTTCCTGTATACTTTAAATTATCTTTAG 2721 ATCACTTATACCTATCACAATGTAAATACTATGTAAATAGTTGTTATACTGTATTTTTCAATTTGCATTATTTTTATTGT 2801 ATTTTATTTTTATTGTTTTTTTTTGAGTATTTTCTATTTGAGATTGGTTGAATCTGCACATATGGAGGGCTGGCTATAAA 2881 GGGCACCACAAGGAAGAAGCCAAACAGATCCAGAATGTGTGAAATTCTACAGAGCAAATTACCTGATTTCTTCAACTAAC 2961 AGGTAGCATGAAAATACAAGGGGAAGGGCAACCATTAACAGATTAAAAGAGACTTAAAGAGACATATCAACTAAATTCAG 3041 TATGTTGGCATTACTTGGACCTGGTTTGAACAAAACATAAAAAGCCATTTTGGAGACAGTGAGGGAAGTGTGGACATGGA 3121 CTAAATATTAAATGATATTTACATATATTAATTTGGTTAGGGATTATGTCAGTGTGATTATAAAAAATAAAAGATCGTAT 3201 GATATGAGATACATACTATGAAATGAAGATAGACACATTTGGATTAAAATATTCTAGCAAAAGAAATAATTGGCAAAGAG 3281 AGCTGGAAACTAAATTGGCAACATGTTGATAATTTAAGTGGAGTGTTTTGTTCATGGAGACTTATTGTTCTAATATTTCT 3361 ACTTTTGTATGTGTTTGAAATTTCAATAATAAAATGTTTAAAATCAAAACCAAAATTATAGACTATGTAGAAATGAATGA 3441 CAGTGAGATGCCTGCACATCTAACCTTGTCAGATATAATCAAAGTTCTGTTCAGTGACAAATTAATGCCCTGTAATGTGG 3521 TAAGGAAATCTTATTTGTGGATACAGTCTTCATCTTCTTCACTTACCCACAGCAGCAACACCAGGCCTGTCACACAGATG 3601 AATGTGTTGAGGGAATGAATAAGTATTTCCGTCAAGAAAAAGGAAACAACAAAATAAAACCAACCCAAGTAAAGAACAGC 3681 CAAGTGGCCAGGTGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCATGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCGGG 3761 ATTTTGAGACCAGCCTGACCAACACTGAGAAACCCCATCTCTATTAAAGATACAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGCATG 3841 CCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTGAATCCAGGAGGCGGAGTTTGTGGTGAGTTGAGAT 3921 CGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCAAGAGTCTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAACAGCCAAGTAA 4001 CAGTAGAAAGTAGAAATTAAGAGAATGGAGAATATTAGACTTGATTCAATGTTAATAGTGATTAGATTTTGGCAGTTATA 4081 ATCAAGGAAGAGAAAATGAAAGATAATACATTTAGAGTATTAATGATGATAAAAGAGACACAACTCTAGATTATATCAAG 4161 CAGATTTTTAAAATTATAAGGCAAAACTAGGCCGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAG 4241 GTGGGTGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATAGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAA 4321 AATTAGCCTGTCATGGTGGCGGGCACCTGTAATCTAAGCTACTGGGGAGCCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGA 4401 GGCAGAGGTTGCGGTGAACCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGAACCTGTCTCAAAAATAAT 4481 AAACATAATATGGTAAAACTATACATGCACACATGCACAAACGTGTATATTCATTCCAGTACAAGTAAAAATGTAGGATT 4561 GCATTTTTCCCCCAAAAGGAATATGTTTTACAATTAACTCACCGTATAACCCAAATAGATTAACAAAAAATGTGTGTGTG 4641 TGTGTGTGTGTGTGAACTCCCTGTTTAAAAAATCTGATACTTATAAAAACTTTAAGGAATAGATAATCCTAAAGATTTTA 4721 CCAATTAATTCTGCAAGGTAAAATAATCCTAATAAAAATTAGATGAAGATAGTTTCTGAAAGCAAATTCTAGACCACCTT 4801 CATTATGAAGATTCTATTTTTCACAATTCTAAATAAAGTTTATTTAGAATTTATTACAAAATCTATCTTTGCTAATAGGT 4881 CAGTGTTTCTTTTCCCAAGCACCAAATACCTCCAGAAAGCCTGTGTTTGACCCCTAAATTCAACATTCTCCAGAAGTTTG 4961 CTTCAAGGAATATTAATTCTCGATGGTATTTGAAAAAAAGATTTCTTGGGAAAATAGGCAAATGAAGCAAAACATAAAAC 5041 ATCTACTTTTGGCCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACATTTTGGGAGGCCAAGGCGAGCAGATCACTTGAGG 5121 TCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGC 5201 TTGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAAATGGAGATTGCAGTGAGCT 5281 GAGATTTTGCCATTGCACTCCAACCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCAGTCTCAAATAAAATAAAATAAAAATCTACTTTT 5361 GAGGAATTCAAAGTATACATGATCAGTTTGCCAAAGATTTAGTAAAGACATTTTTATTTAACTGAGTGTATCTCAAATTT 5441 ATTGTGGAATTCTCAGTCCGAATATCTGGAATAGGAACAGCTTTGTTAGATGCTACCATAACCACAATGAATGTCTTCAA 5521 GGGTGTAATTTTAGATATGGTGAGTGGTTGTGTTGGGGGCGGCATAAGTCAGGGCAATTTTTTGCAGCTCATATCATGCT 5601 CTGAAAGTAGCTACCTGCTTTAATGGATGGTTAGTGCTTTTCTATAGAATGGAAAAGATTCCAGCCCGATCCTTGATATG 5681 TTTGTGTTAAACATGCTTATATATTATATTAAACAATGATTAAGGACATAAATGAGTTTCTGTGGTAATAAAGATGCTAT 5761 ATTGAATATCAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084078. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000270001.7 | 3UTR | AAAAUAAAACCAACCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084078 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep2_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000270001.7 | 3UTR | AAUAGAUUAACAAAAAAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
62 hsa-miR-6839-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT059162 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT064872 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT065802 | HOXC8 | homeobox C8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT106005 | SDCBP | syndecan binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT275773 | TFDP1 | transcription factor Dp-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT314032 | PAPD7 | poly(A) RNA polymerase D7, non-canonical | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT360277 | HIST1H2BE | histone cluster 1 H2B family member e | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT360301 | HIST1H2BH | histone cluster 1 H2B family member h | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450086 | OR2A4 | olfactory receptor family 2 subfamily A member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468815 | RSRC2 | arginine and serine rich coiled-coil 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT475093 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT477575 | EIF1AD | eukaryotic translation initiation factor 1A domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483926 | LCORL | ligand dependent nuclear receptor corepressor like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT504381 | HIST1H1C | histone cluster 1 H1 family member c | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506970 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT507028 | HIST1H3B | histone cluster 1 H3 family member b | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511561 | HIST3H2BB | histone cluster 3 H2B family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511650 | HIST1H3D | histone cluster 1 H3 family member d | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511696 | HIST1H2BL | histone cluster 1 H2B family member l | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511737 | HIST1H2BB | histone cluster 1 H2B family member b | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511746 | HIST1H2BA | histone cluster 1 H2B family member a | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT515260 | CSNK1E | casein kinase 1 epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516220 | RAB3B | RAB3B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523281 | HIST1H1E | histone cluster 1 H1 family member e | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524121 | DMXL1 | Dmx like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530744 | GPR82 | G protein-coupled receptor 82 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532214 | CCDC117 | coiled-coil domain containing 117 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546182 | TPRG1L | tumor protein p63 regulated 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558638 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559562 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT560680 | HIST1H1T | histone cluster 1 H1 family member t | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570746 | AAK1 | AP2 associated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609518 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612583 | SYNGAP1 | synaptic Ras GTPase activating protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT615733 | RIOK3 | RIO kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616068 | SIX1 | SIX homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617903 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620851 | SERPING1 | serpin family G member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625107 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625120 | NUP93 | nucleoporin 93 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625893 | LINC00632 | long intergenic non-protein coding RNA 632 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626569 | MED7 | mediator complex subunit 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626694 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT626808 | PRR11 | proline rich 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628131 | HM13 | histocompatibility minor 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636596 | DCAF5 | DDB1 and CUL4 associated factor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649866 | SLFN12L | schlafen family member 12 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652133 | TRPM7 | transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652663 | TIMELESS | timeless circadian clock | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658335 | FAM83D | family with sequence similarity 83 member D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660615 | ANKS4B | ankyrin repeat and sterile alpha motif domain containing 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT666304 | SLC22A3 | solute carrier family 22 member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668528 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692510 | PARD3 | par-3 family cell polarity regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694784 | DHFRL1 | dihydrofolate reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700510 | PTPN14 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701438 | NFYA | nuclear transcription factor Y subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT710155 | MTRF1L | mitochondrial translational release factor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711436 | DLC1 | DLC1 Rho GTPase activating protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716979 | GPR155 | G protein-coupled receptor 155 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720155 | POU2F2 | POU class 2 homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722512 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 |