pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3120 |
Genomic Coordinates | chr1: 172138808 - 172138888 |
Description | Homo sapiens miR-3120 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3120-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 13| CCUGUCUGUGCCUGCUGUACA |33 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PLCXD3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001005473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PLCXD3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PLCXD3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PLCXD3|NM_001005473|3'UTR 1 TAGCACTACTTGGAGTTTCCATGAATAAGATGGAGAAAGCTCATTGTATTAGGGCATACTATCTGTAAACACTCTGATCT 81 TCCTATTCCACTGAGTCTCTGAAGGGAATAGGGCTGGTAGTGGGTGGGAAAAGGGGAAAAACTGTTTCTTCAGTGATTAC 161 AATCATACTCTTCATTACTATAAATATTTCATTTCCCATTTGATGAGCAAAATCTACTTCTAGTGTTAGGAATAAAAAAA 241 AAAGACCAGTAACTTTGTTTTTCAAAATTAGTCTTTGTAACATAGAATTCATGAGTGTTTACTTGATTAGGTTCTCTATT 321 TCCAGCCTATGACTCCTACGCTGTCTATACCCTGCAACCTTTCTGCTCCCTCTCTTGCTCGCTCTTTTTAATCAGATGCT 401 GTATGGGAATCAAAACAATTGAATGCCCAACATTTTGTGTATTACATTGTTGTCTTAAAACTTACTAGTTTTGTGGGACT 481 TGTTATAATGCTCTATAGTCATCCACAGTTGGGCAATCATAGCTAATTTTTGGTCATAGAAAATCTGCATCAAATCAGTT 561 TCCATGCATCAGTAATATTGAAGGTCATAATCAGTGATTTTTGTTATATGAAAATAATAGTGTTTCACAGTATTTCTATT 641 TAAGGCAGCTATAAATATAGGAGAAAAATGTTTTTGGAGAGCTGTGAATGCCAATTTCAGAGGGAAAAATGGTTGAGGGG 721 TGAAAGAGATGTATGGCATTTTAATTTGGCAATCTCTTAAATAATATTGCCCTGCAAGTACCCAGTAAATGGTAAGGTAC 801 AAGTGTGTTAAAATTGAAAACTCTGAAAATAACTCTTTAAAAAGCCCTCTTAATGATGCTCTTGATGAAAGAAAAAGACA 881 GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGAAAGGAAGGGAGGGAGGAAGGGA 961 GGGAAGAAGGGAGGGAAGGACAGAAGGAAGGACGGGAGGAAGGAAGGAAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGAGGGAGGG 1041 AGGGAGGAAGAGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGAGGAAGGAAGAAGAAAAAGACTGCAAGCTTTCCTGCCAATTTGGGATT 1121 TTCAAATATTTAATTCTAAATTCCAGATTTTAAGGAAGATTTTTCAAGAAACTGCAAGTTTTTGACTTGAAGGAAAGAAA 1201 GAGGAAGGCTGGTAGAAGCAGTTAGAGCAATGTGTTTGAAATTATGTCCATGAAATCACAGGGATCTCTGAAATATCTTT 1281 AGGAAACTTGAAATTTATGAGGTCTGAATGGACTTGTTTAAAATTGGCTCTGACTCCTCACTTCTGAGTTTCATCCTATC 1361 CGAGGGATGAGATTAAGGCAGAGGCAAAAGTTTCACACAAAGTTTCTGCAACCTAACGTTTAATAGTCCGGGTCTACAGG 1441 GAAGAACAATGACACAGCTTGAGCGTTACTTCCTCCTTCGTGTCATTGTGATATTTGACAACTCTAAAAAATAAAAAAAA 1521 AAAACTTAGAGCACAATAATCCTTGCCTATGTACTTCACAGGAATATTGTGAGGTGTTTATAAAATTATAAAATTTGATG 1601 AAATTCTTACAATTATTAATTATTTTATTTTCATGTTTAGAAATAATCACACCCCAATAGTTTCCTAGGATAATACAGTC 1681 CATGCAAAGTAGGGTCATAGAGAAATAAAAGCATGCCCTCAGCTTTTAATGAACTTAAATGTAGCACATATGGCTTAATC 1761 TCTTAGACTTAGATAAGGGAGTTCAATTCAAAACCATATATGTCAAGACCACAAATAATCAAGAGTTGATTTCAAGATTA 1841 TAAATACTCATGATCAGAAAATAGTACTTATTAGCAATTAAAGGGAGGAAAAGAAATTGTTTATACTGAAGAGAATGTTT 1921 ATGAGGAGTGTGTATGTACCTGTGGTATACCAAATAGCATACATGTACACACAAAAATGTGTGTATACATTTGGGTTGTG 2001 TGTATACATCTTGCCATATACAATATACAAACATATGCCCATTCCTGTGATAGCATACAAATTCAAACATACAGAAACAC 2081 ACACAGATATGGACACAGTACAATTCTTCTTTTCAAATGAAGACATTGATAATATTAAATAATTTAATTTTAAGACTGAA 2161 ACCCTTAATATTGTGTGAAAAAGAGTAATAAAACCTTTGAAAGTAGAGTAGATGATCACATCAAAGTATTTTTGTAAAAG 2241 AATTCTAGTGTAGGACTTAATTATTTTTAAAATATATTTCTTCTCTTCTTTCCATTTTCCCTTCCCTTGTAGTTTTATTA 2321 TCTTTCTGTCTTTTACACCTGCTCTTTATGTGAAAATGTATATGAATCCTTTTAAAATGATTAGGATTATTGAAATGTAT 2401 GTCCCGTAAATTTGGTTTTTGGGCAGACTTTCTCTCTAACTGGCTATTCATTCATCCTTCAGGAGGATCTTAGCCAAGAA 2481 TATTTGCAATGACACATGAATTTAATTTTATAAATATAATGGAAAACAGATTTTTCATCATATCATGAATAAAATATAGA 2561 GGTAACTATGTTGTATTTTCTTGAACCTAGATACTTTCTCATAGTGTTTGCTTAGAATTAACTTTGTCCTATTTGTCAAC 2641 TGGGTTCTGGAAAAAAACAAACATGATGAAGCTTTTGAATAATTGTGCAGTTTTTTAACTAGGGAAAGCTTTGTACTGCT 2721 GCTAATGATATGCACCCAGAAACCTTGTTAGACAAAAGGCAGTTTCAAGCCAATGCTATGGTTTCCATGTGGACATACAG 2801 TGCCTATGTAGCAGGCACTTAGAGTAAATGGACTTGCCTTAATTTATAAAGGAGGGAAGAGGTAGAAGGGAACCATGGGT 2881 CCTCCAGCTAGAGGGGGAGTTTACTAAAAGGGAGTCCTTGGAAAGGGGAATGGAGAGAAGGTGCCTTTGACTGTCTTCTA 2961 TCCATTAGTTCTGCCCTGGAGCACACTGGGGAAGCAGGCTGCGGGCCTTCCAAAAGTAAAAAATGGTGATATGCAATCGA 3041 AGCTTATCCTTAGCCTATGCACATTTGTCTCAGCTGGGCATTGTCTTTTCAGAGAGCTTGTAGCACAAGGGCTACACATG 3121 GGCGCCAAGATGGTGGTAGATACACCTTGGTGCACTTTTTGTTTTACTTGTTTCTTAAGACTATTTCACAAGTCCTGTGA 3201 GGCAAAAAAACAAAACAAAACAAAACAACCAAACAAATACAATCTAACTTTTACCCAATCTACAGCAGGAAATCAAAGGA 3281 GTGGGTGGAATGAGAGAAAATATGCAAAGAGATCATTTTTAAGTTTGATTTCCTGTCTGTAATTTTCAAGGACTAATATA 3361 GCAAATTTTTCTTCTGCCATTATCATTTATGTCTCCCTATTTACCACACAATAATGTAAATGCAGAGAATGAGGAGGCAT 3441 CTTTTAAAAGCCTTAGGATATTCTATATGATGACCTCAATATTGACTTTCAGCCATACTGGGAAAACTTACTTTTCATGG 3521 AGTGCCACCTAACAGTGAATGTATTAGAGTATAAAATGTTTGCCATGTATACACCTGTATGTGCACATACACACATTACA 3601 CACACACACAGAATGCACATTTCACACACATATACTTATTATTCAAGTTGAAACTGCACTCTAATCAATCTGAGTCTATT 3681 GCTGTTTCAACTCTTAAAATCAATATCTCCTACATTAGTAGATATAAACATAATTCAAATATTTAAATATTTAAGAGGAG 3761 AAAAGTAACTAGAAAACCAATGAAAAGTGAGGCCATCAGAAATAGAAAATGCCTGGCACGAACAGTCTATCTAAATTCTC 3841 AATTTCACTTCAAATTAGAGAATCCATAATGGACTAGAATATAAATTACAAACACATACACACATCTTCACTTAAAGTTG 3921 TTTTAAGTTCTTTGAAGTTCTGACATGTTTTTAGCCAGGGTTATTTGTTCAGGTTCTTCCTTGTTAGGATTCCAGACTGG 4001 AAAGTTGGAAGTCTCAGGAAATGCATGTTTCCATGAGTTTTTTAGTTTCACAGTTTTACAGATCCAACGACACAATCTTT 4081 TAATCTTTGGTCACTCAACCAAACAGGAGTTCCGTAGGCAGAGTGCTCACTTTGAATTGCTAATAGAAAATAATGCACAG 4161 TGTCCTCAGGATATGCTAAACAAGGTTTTTAAGAGCATTTTATTTTACAGCACTTTAGTCTTTTCAGCTAGATTTCAGTG 4241 ACACTATGGTGTAAATGCTATATCTGCCATAACTTATTGGTGGCTCCTGTGTTACATACAGTTTTAAATAATGCTCTAAA 4321 TTGTTTGTTTTCCCAATGATAATGATAAAGTGTTCTGTAGAATTTGTAAAACATGTCAATTGAATCTGTTGAAAATTGTG 4401 TAATTGTTATTTCAATTGTGATACTATTTTGTAGGTAATAGTTTTAAACGTATATTTGTATGAGTCAAAAGTATGTGCTT 4481 GTATGTGGTATGTGTGTGTAAGTATATAATATCTTATCAAAAATCAAACTTATCCTAAAGAAAAAGGGCACATTGTGACC 4561 AGCCTTAATTTATTAACACTTTTTTGTTGTTTTTGCAATTTGGATTTAAAATTGAAACAGAAATTAAGTTTTTGTTAAAA 4641 ATGGTGTCTTTTAATTTTGTGAGGAATGGGCTTTAGAACCTATCTGAGTTCCCACAAGCAAACTGTCCACCTTGTGAGGT 4721 ACCCCATTGCTTTTCGTAATAATCAAACATCAATTCATATATTAACTTCATTTTCATACAGACTAATTTGTTTTCATCAA 4801 CAATAGAACCAGTACACCTTTAAAGTTGACCTTCCCAACATGGCACCCATTTTTCTTTAATGATAAATTTTCCATGAAAA 4881 ATTGTTTCTCCAAACCATTACTTTTTAAAATTCAATCTTCCCAAGTAAGATGAACTGCCTTGGTGTTAGGAGAGCTTTTA 4961 AAGGCCCATCCATACTAGGTGGTTCCAACATGGTTCTCTTCTCGAGAAAACAAGCATGCAACCCACACACTTTTCTGGTC 5041 TGCCCCACGTGTAGAATTAGTCTAGCAATAGAAAACTCATGACTGACAAGGATCTACACATGTGGTCATGCTTGAAGCAA 5121 AAATTCTGTGACCTTCTTTGGGCTTGGATCTGATTACAGAATATTAATTAACTTTCTTATTTCCTTTCTTTCTCCATCCT 5201 TAGTTATTCCTTTTCAATATTTAGAGTTGCCAGGTAAAATACAGGATATCCAGTGAAATTTAAATTTCAGATAAACAGTA 5281 TTTCTTTAGCATATTTCTCATATATTTAATCAGACATACTTTCACTTTAAAAAAAGTTTATCTGAAATTCAAATGTAACT 5361 GGGTATGTCCTATATATTTTTTCCTAAATCTCACAATTCTATCCACACTGCCTTTCTATCTTTTTCAGCTGGGCTATCTA 5441 TAAGGGGCGAGATCTACCTCCCTCCATACCCTTGTGTTCAGACACCTTATGAATATCTGCAGTCATAATGTCCTTCAAGA 5521 AAGAAAACATTGGTCAGCTCTAGGTCCTGCAAATGCTTTTTGAAGGACGAACTCAAATACAGATGGGATAATCAAGTAAA 5601 TATCTTCATAGGATCAATGCCACCATGTTCAACACTTCCCTTTGCCAGCCTGTTGTGAGGTCCAAGTTTCCCCATTAATC 5681 CCTTATATAGCATTTCCCAGTAACTGGGACAACCAAAAACACACCGACATATTAGAAATGCTCCTGAAAAGTGGCAACAC 5761 CGCCTAACTCAGTACCAGGACCTCTTTTAAATTCAATTTCTTTTTTCTTTCAGAGAGATAACAAACGAATTCATTATTTC 5841 CCCCATTCACATCTTACCACAAATTATTTTTATCAGGTTAAAACTGGTCATCTACGGAATTGTAGAAAGGTGACATAGGA 5921 ACTGTCTTCACTGCTGGAAGAATAAAAGAGTCTGAGGTATAGACACTGCCCTGGTGACACCTTCTCAGAACATTGTTGGG 6001 GGACAGGGGAGGCAGGCGCAAGTAGGGGATAGAATCTGACCCTGACATGCAGCTATCACCTGGCAGAGAGACTCGTCAAA 6081 GCAAATTATAACGACCAGTACTATTTTTTTTTGGAATTGAAAACCCAAGAAGCCCTAAAATAAGAACAGTGAGATCAAAG 6161 GCTGGTTTCTAAAACAATGCAGAAAATAGAACCATGTTGGAATTCCTAAATTCTAGCTTTCAAATACTACTGTTTCCAAC 6241 AGTGAATCCTTGACAGAGACTGAATGCAGATGGAATTTTGAAACATTTTCAGTAGCTACCTCCTCTCCTGAAATTCCTAT 6321 AAGTGGCAGAGGAAAATCCAAATCCTTTAATATAACATGTCCATCTCATGACTCCTGCTTACACACATTTGTGTTGATTT 6401 GCTTCATTTCTGGAGGATGGGAATTTGCAGAGCTGGTGACATTTCCTTCATTAGACACCAGAAATTCACCAGAGAGAGAC 6481 AGATCTGTGCCTTCTCTTTTTAGGATCTGGTTATTGATACTTTAATAAATGTGGTGTAAAGAAAATCCATGGCTACAGTC 6561 TGTATAGAAAATGTGAATTTTTTAAATAAGATTGTGTTCTTAATGTAAAAAATAAAAGTTTATTTGTATTCAGTGAAATG 6641 CCTAATAAAGTCCTGGTACCAATTATCTTTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
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miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084072. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_nohippuristanol_rep1_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000377801.3 | 3UTR | GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGAAAGGAAGGGAGGGAGGAAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084072 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_nohippuristanol_rep1_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000377801.3 | 3UTR | GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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134 hsa-miR-3120-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT096972 | BDP1 | B double prime 1, subunit of RNA polymerase III transcription initiation factor IIIB | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442624 | LOX | lysyl oxidase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT473438 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490011 | KIFC2 | kinesin family member C2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496449 | N6AMT1 | N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496752 | TGIF2 | TGFB induced factor homeobox 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT497721 | CYP1A1 | cytochrome P450 family 1 subfamily A member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT498287 | PADI3 | peptidyl arginine deiminase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT503195 | ACVR1B | activin A receptor type 1B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT504760 | TEP1 | telomerase associated protein 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT517810 | UGDH | UDP-glucose 6-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT519686 | ZNF622 | zinc finger protein 622 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT520263 | URGCP | upregulator of cell proliferation | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT523051 | ICMT | isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT525601 | OLR1 | oxidized low density lipoprotein receptor 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT526995 | ARL8B | ADP ribosylation factor like GTPase 8B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT528699 | TRAF3IP2 | TRAF3 interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT533142 | WNT10A | Wnt family member 10A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537618 | ERI1 | exoribonuclease 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539707 | EIF3H | eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539752 | CNBP | CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539808 | GAPVD1 | GTPase activating protein and VPS9 domains 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539941 | IFNAR2 | interferon alpha and beta receptor subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540424 | FAM83F | family with sequence similarity 83 member F | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540509 | CXCL10 | C-X-C motif chemokine ligand 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540720 | GUF1 | GUF1 homolog, GTPase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541630 | PARP2 | poly(ADP-ribose) polymerase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542286 | POLR3K | RNA polymerase III subunit K | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542456 | AKR7A2 | aldo-keto reductase family 7 member A2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT542550 | MRPS10 | mitochondrial ribosomal protein S10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT542771 | PPAP2B | phospholipid phosphatase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550085 | TRAPPC2 | trafficking protein particle complex 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551458 | CARKD | NAD(P)HX dehydratase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT555622 | PHLPP2 | PH domain and leucine rich repeat protein phosphatase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569136 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT572328 | HSPB6 | heat shock protein family B (small) member 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT574607 | LZIC | leucine zipper and CTNNBIP1 domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT575583 | Mcm8 | minichromosome maintenance 8 homologous recombination repair factor | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT576125 | Hrk | harakiri, BCL2 interacting protein (contains only BH3 domain) | ![]() |
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2 | 5 | ||||||
MIRT576657 | Fam216a | family with sequence similarity 216, member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT607222 | ACSM2A | acyl-CoA synthetase medium chain family member 2A | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT607292 | CD300E | CD300e molecule | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT607746 | ANGPT4 | angiopoietin 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT607905 | SPRYD4 | SPRY domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608159 | HRK | harakiri, BCL2 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 7 | ||||||
MIRT608657 | ABCF3 | ATP binding cassette subfamily F member 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT609115 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT610231 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610870 | NUDCD3 | NudC domain containing 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT611217 | MC2R | melanocortin 2 receptor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT614858 | PLEKHA6 | pleckstrin homology domain containing A6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT616966 | LMX1A | LIM homeobox transcription factor 1 alpha | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT617258 | GLIPR1L2 | GLI pathogenesis related 1 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT618009 | SLC9A3R2 | SLC9A3 regulator 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619067 | BSND | barttin CLCNK type accessory beta subunit | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT619295 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619348 | GINM1 | glycoprotein integral membrane 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT619362 | CFHR5 | complement factor H related 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619541 | PIWIL2 | piwi like RNA-mediated gene silencing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619782 | NRIP2 | nuclear receptor interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619994 | NPAP1 | nuclear pore associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621030 | CDC14B | cell division cycle 14B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT622033 | STAT5A | signal transducer and activator of transcription 5A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT622728 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT623144 | NAV2 | neuron navigator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623600 | IPO9 | importin 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT624608 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624905 | CTCFL | CCCTC-binding factor like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625030 | SPC24 | SPC24, NDC80 kinetochore complex component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625688 | MCM8 | minichromosome maintenance 8 homologous recombination repair factor | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT626531 | EMCN | endomucin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627204 | ZDHHC20 | zinc finger DHHC-type containing 20 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT628033 | LSAMP | limbic system-associated membrane protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT628203 | FREM2 | FRAS1 related extracellular matrix protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT631012 | LINS | lines homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT633195 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT633890 | CACNG8 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT634023 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT634416 | PLCXD3 | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT636866 | ARSE | arylsulfatase E (chondrodysplasia punctata 1) | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT642527 | ANKRD9 | ankyrin repeat domain 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT645408 | FAM110A | family with sequence similarity 110 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT645635 | SYTL4 | synaptotagmin like 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT646013 | TNFAIP8L2 | TNF alpha induced protein 8 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT646686 | ASGR2 | asialoglycoprotein receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652838 | TACO1 | translational activator of cytochrome c oxidase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT655156 | PHF21B | PHD finger protein 21B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT658491 | EXOC7 | exocyst complex component 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT659398 | CORO2A | coronin 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT666825 | PRCP | prolylcarboxypeptidase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT666866 | POU2F2 | POU class 2 homeobox 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT668224 | GABRA1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor alpha1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673288 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673878 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681721 | KCNE4 | potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT682406 | PARD6B | par-6 family cell polarity regulator beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684109 | MCM10 | minichromosome maintenance 10 replication initiation factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT684423 | TUFT1 | tuftelin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT684684 | OR7D2 | olfactory receptor family 7 subfamily D member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT686638 | TMEM184C | transmembrane protein 184C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689457 | NXN | nucleoredoxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689627 | NAA30 | N(alpha)-acetyltransferase 30, NatC catalytic subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT690773 | PLA2G2C | phospholipase A2 group IIC | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT690822 | SGSM2 | small G protein signaling modulator 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT693669 | MXRA7 | matrix remodeling associated 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT695553 | CLPB | ClpB homolog, mitochondrial AAA ATPase chaperonin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT695872 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT698160 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT699933 | RUFY2 | RUN and FYVE domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT708639 | UBE2W | ubiquitin conjugating enzyme E2 W | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT710816 | RAB11FIP4 | RAB11 family interacting protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT711242 | TRAT1 | T-cell receptor associated transmembrane adaptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT711542 | MSH3 | mutS homolog 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT711749 | DTX1 | deltex E3 ubiquitin ligase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT712303 | PGM2L1 | phosphoglucomutase 2 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712922 | RPF2 | ribosome production factor 2 homolog | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT714027 | SYDE2 | synapse defective Rho GTPase homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT714768 | TERF1 | telomeric repeat binding factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT714844 | ADAMTS17 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 17 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT715223 | NPVF | neuropeptide VF precursor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716110 | GMPS | guanine monophosphate synthase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716174 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716383 | C6orf223 | chromosome 6 open reading frame 223 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716527 | KSR2 | kinase suppressor of ras 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716962 | P2RY6 | pyrimidinergic receptor P2Y6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717605 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717696 | PTGS1 | prostaglandin-endoperoxide synthase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721360 | ENTHD1 | ENTH domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721381 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721935 | RASSF2 | Ras association domain family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722094 | SUSD1 | sushi domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722837 | C17orf102 | chromosome 17 open reading frame 102 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722990 | TOR1A | torsin family 1 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724174 | ABCF2 | ATP binding cassette subfamily F member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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