pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4680 |
Genomic Coordinates | chr10: 110898090 - 110898155 |
Description | Homo sapiens miR-4680 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4680-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 5| AGAACUCUUGCAGUCUUAGAUGU |27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | OPA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MGA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_025136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001017989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on OPA3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of OPA3 (miRNA target sites are highlighted) |
>OPA3|NM_025136|3'UTR 1 GAGCTTGCTGGATGGAACCTGAATTTGGACATGGCCTATGTACCTAACGTGGCCTTCTTCCCGCACCACCCTTGCCTGCG 81 CTGGCCCAGTGGAAACCACCAGGATCTTGATGCAACTTGGCATTTGGTTACCCCTGCTGATAAGAGCAGCCGTTACCTGC 161 CACTGGGACCAGCAGGTGAAGCGTTGCAACATAGCCCCCTCCATCATCCTTCACCTCCTATCCCCCACTCCAAACCAGGA 241 CGACCTGCAAGGTCCCAGCCAGCAGGACACCGTGGGCACTCTGGCAAATGAAAAAATGGAACCTGGTCTTGAGCTGAATC 321 AATGTGTTATTGTTACCCCCACCCCCGGTTTACCTGATCAGTGTTAACCTTTACTGGGACACTCATCTGTTACACTGGAA 401 CACCTTCTTCTTTTTGTCAATCGGCACAGACCACTGTAAGGAAATGCAGTGTGTTGCAGTGGCCTTTTCTCCCCCTCACC 481 TTCTAAGGTCAGCTCTAGCTGAGCATCAGTGCTCTCTTAAGGAGGAAAAAAACGGTGCGGCTGGGAGCGGTGGCTCACGC 561 CTGTAATCCTAGCACCTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGG 641 TGAAACTCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGGGTGCGCTTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGC 721 TGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCATGAGGTGGAGGTTGCGGTGAGCCAAGATGGCACCATTGCACCCTAGCCTGGGCA 801 ACAGAGCAAGACACCGTCTTAAAACCAAAAGTTAACCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGGC 881 TGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACTTGGGAGGTGGAGGCCAAGATTGTACCACTGTATTCCAGCCCGGGTGACAGAGCAAG 961 ACTGTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATCCTGGCTGGGCACGGTGGCTCACACCTGCAATCCCAGCACTTTGGAAGGTCGA 1041 GGTGGGCGGGTCATTTGAAGTCGGGAGGTCGGGAGATCGGGAGCTCGAGACCAGCCTGACCAATATGATGAAACCCCGTC 1121 TCTACTAAAAATACATAAATTAGCTGGGCATGGTGGCATGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGA 1201 ATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCAATTGCATGCCAGCCTGGGTAACGAGCAAAACT 1281 CCATCTTAAAAAAACCCACAAAAGGTCCTGGCCTGCAGTCAATCCCTGGAATCATTGTACCTTCCCTTGAGACCCGAAGT 1361 GGACTATTCCAACAGAACCCCCTCATCCTTGAGTCTATGGCACAACCCACTGGAATGGCACTACAGGATCTTTTCTGTGA 1441 ATGTCCTCCAACCCCCCTTTCCGTGGTGGGAAATTTGATCCTAACTAGGGCTAATCCAGCCTGTCCTTCAGCCTCAGCCC 1521 CCTATTTTCCTGTCCTCAGAGTCCCTGGAGCTTGTACTGTGTGGCATGTCCTTTCTTGCCTTCCCCACCTTGCTCAGTAG 1601 CATTTCTCAGGGACCCAGTCGAATCCAAGCCCATGGATTCAATTGTCACATCCTTCATCTTCCATCCGTGTCTCCTAATC 1681 TGTGTGCTCTTGCTTTCTTTCCTCGGAGCTCTGGACTGACCCGACAGCCTGTCTTCATGTAGCAGTACCCTCCTGCCTCC 1761 ATAGCCCCCGGTCCCACCCCCATCCTACCAATTAGGCCAGCAGTTGGCCTTAACTGCTTGATTAATTTCCTTGGACTGCC 1841 ATAACAGATCACCATTGGGTGGTGAACTTGATGGCTTAAGTCCAACAGGAATTTAATTCACACAGTTCTGGAGTCCAGAA 1921 GTCTGAAACCAAGGTGCTGACAGGGACACGCTCCCTCTTCCAGCTCCTGGTGATTCCAGGCCTTCCTTGGCTCTGCCTGC 2001 AGCTTCACATGGCCTTTTCCCTCTTCTATTTTGTCTCTTACAAGAACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCATCTTAAGTT 2081 CAGGATGATCCCACCTCAAGACCCTTAATTACATCTGAAAAAACACTTTTTCCAAATAAACTGTCATAAGCACAGGTCCT 2161 GGGGGTTAGTATGTGGACTTGTCTGTTGGGGGCACACCATTCAAGCCATTCAGCCCACTATTCCTCCTCACCCCAAGAGT 2241 ACGCTGGCGTCCAGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCAGGGCAGGAGGGATCTCTTTGAGC 2321 CCAGGAGCTGAAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCATCTCTACAAAAGTAAAATAAAAAATTAGCCAGGTGCGG 2401 TGATGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCCCTGGAGGTCGAGGCTGCAGCG 2481 AGCCGTGATCGCGCCACTACACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACCCTTTCTCAGAAAAAAAGTACCCTGGGACTCCT 2561 GCCAACCCCGCGGGCCATTTGGCCTTCCTGCTAGCTGAGAGGAACAGTCTAGGAACCACCCTTTTCTACTGGGTTTCTCT 2641 TCCAGGATCTGCCACTGAAGCGGGAGGGGGTGGGTCCCAGTAGCCTGCAGTCTGTCCTTCCGACTGTAGCTCTCTCATTA 2721 GAGGAGCTGCAAGGTGATGAAGGCATCCTGAGGCTGTACCTGAACCACCATGTGGATCTCCACAATGGGTACAGAGCTTA 2801 TTAAAATCAGGAGGGAAACTGGGAGGGTTCTGATGGGGAGAGGCCCAAGAGTCACCCTATGAGCTGGGGAAACTAAGGCC 2881 AGGGGTAAGCAAAGGGACTTGCCAGAGATGCCACAGCCAGTGAGGGGCTGACTGCCCAGGGTGGTGAAGTAGTAGGGGCA 2961 GAGTGAGAGGCTTGGATTACCCCAGCTGCAGAGTGAGGAGGGAGAGGCGATGGCTGAGCAGAGGCTGGGAGGGTGACGAT 3041 CTCTACACAGAGGCCCAGACCATCCCAGAGGTGGCGTTGATAGTGGGAGACCCTCTCTATCCCCTCTCAGAGCAGCCCCA 3121 GATCACACCAGAGATCATAGCATTGTGTAAACTGGGTGACCATTCCACCTGGGCCCGCTTTTGGGAAGCTGCAGGTGAAA 3201 GTGGGAGGGCCGGGCTTTCCCCGACTTCCATCCTCACCTCCCTTCTCTAAAGAGGTAAAACTGGCCTGGACCAAGATCTG 3281 CCCAGATAGAAAGCCAAGAAACAGGTTCTGAAACTTTTCTTTTCTTCTTTTCTCTTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTCGG 3361 AGACAGTCTAGCTCCGTCACCCTGACGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACTTCTACCTCCCAGGCTCAAC 3441 CAATGATCCTGCCTCAGCTTCCGAAGTAGCTGGGATTACATGTGCCCACCACCCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTAG 3521 TGGAGACGGGGTTTCTCCAAGTTGCCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGACCTCAGGTAATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAA 3601 AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTGAAACAGCATTTCAGTTCCTTCTGGAAGAGGGGGAGAAGCT 3681 GGAGCAGAGGGAACTGACCGAGTGGGTCCTGAGTGGGCTGTGTTTAAAACTGGGAGTGACCCAGGCCAGCTCACGCCTGT 3761 CATCCCAGCACTTTGAGAGGCCAAGGTGGACTGATCACATGATGTTAGGAGATCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAA 3841 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGTTGGCACATTCCTGAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG 3921 CACGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGA 4001 GTGAGACTCAACTCAAAAAAAAAAAACAGAGGTGGGAGTGTGAACACAGGCAGGAGCTCCAATTCCTGACCCCAGCGCTG 4081 TCCTGACCCAGATGGAGTGCTGCTCTCACATCTCAGAGACTTCGCACTCAGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGACAGGCAGC 4161 CAGTCATCGTGGGCAGCAGGGCCATCTACTTCCCCCACTGCGGCGTCAGGGGTGGCCAGAGTGTGTGGAAGTGGAAAGAA 4241 CGTCCTCTCAAAATGCAAGAGGCCAGAGGATGGTTCACTGCTCGTGTGTTCTGCTAGCTAGAATTCTGTGTACCTTGTAA 4321 TTTGGGGAGAGGGGTTAGAATAAATTTGTAAATGAAGCTGATTATCTTCAAGTTGATGCATTCTTTTTTCATATTTAAAA 4401 AGTCCTTGGGACTGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAGGGTGGGTGGATCACCTGAGGT 4481 CAGGAGTTCAAGACCAACCTGATCAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGT 4561 TGTGCACCTGTAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGGACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGC 4641 CGAGATCATGCCATTATACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTTCATCTCTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA 4721 TAAGGTCCATGTCAACCTTAGGAAAAATATCCTTTATTTATTCTTTCACTCAAAAAACTCACTGAGGTGGTCCCGCACCG 4801 GGACATGGACCCAGTGTCCTTGGTAGGGCGTCTCCCGCAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAATAAAACACAAAACTCACTG 4881 AGTTACCCACTCTCTGCCCCACCCTATGCTGGGGTCACAGTGGTGACAGAGACAGCCCCAGCCCTGCCGTCACCGGGTCT 4961 TACAGATGCTCACACGTACATTTCTTTTCCAGTGTTCCCTGCCCCACCCCATAGTTGTTTAGGAAGCAGGGGCTGGGCTG 5041 AATCCGGAATCCTCCCTCTGGAGTGACTCAGGACTATAAACCCATTCATCCCAGCTCACAAAACCCTGGGAGGTGCCCTG 5121 AGGGCTGTGCCCCTCCCATCTCCTGGCAGGCCCTGCTGTCCCTCTTGTTGGTTTCTCTGTAGGGCAGGCCATTGCCTGGA 5201 GGGAGGCAAAATGGCTGAGAGCCACCCCAGGAGAAAATGGGCTTTACATAAGCCCCAACCTGATCTATTGGCTCACGGAG 5281 CTACTCCTGGGCTGGTCGCTGTGTTGCTGAGTGGCAGGCTTGGGTCCCCCAGTGGCAATGGCTTGTAGCTGGAGTCGGTG 5361 TGGACAGAGAGAGGAGAAGCATGGCAACTCTGAGTGTACTGAGGATCAACTGCACCAGGCTCCATTCTAGTAGCTGGGAG 5441 CCAGTTGGGAGCAAGCAGAGGCCCTCACTGGAGCTGACATTCTAGTGCCAGAGACCGGCAATAAAGAAGGAAAGAGTGGC 5521 CAGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCCAATCCCCTGAGGTCGGGAGTTCGAG 5601 ACCAGCCTGACCGACATGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCAGGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAAT 5681 CCCAGCCACTCAGGAGGCTGTGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCAATATTGCACCAT 5761 TGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAACGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAGGAAAAAGCTAATCCAGCATAGGGTGATGAG 5841 GACTGAGAGGAATGGAGGCAGGGTAGGAGTTCCGGACTTACGGGCACCGCTGATCTAGACAGGTGGGCAGGGAGGAGGCA 5921 GCGCTTCAGATGGAGGGAGATAGGAAGAGGGCTGTGAGTATCTGTGAAAGTCCTAGGACAGATGTGGCCTTGGCCTGTTC 6001 CTGGAACAGCAAGAGTTTCTGGCTGTCAGAATAGAGCAGAGGCTCGCTGACCAAGGCCTTTGGGCCAAATCAAGGGGACC 6081 CTTGCTTCCTGTCTTTGTAAATAAAGACTTATTGGAACCCAGGCGCTCATTCGTTTGCATATTTTCCACAGTTGCTTTTG 6161 CAGTACAGTGACAGAGCTGAGTATTTGCACAGAGATCCTAGGGCTCTCGTACTCTCTGGCCCTTTACAGAAAAAGTTTAC 6241 CATCCCCTGGAATAGAGTAAGCGAGGGGAGAAGTTAGGTGAGGGGGCCAGGCAAGCAAAGGCTGCCCCTTGCCTTGATTG 6321 GCACAACTGTGGAGGTCATCCCAGCTCTGGAGCCCCAACAGGATCACTCAGGCCTCTGCTTCCACCACATCTGGCTTCAG 6401 CTTCCCCCTCTGTGGAGTCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCCCCATAGGAAATGACCCCAGTGCTCAGCAGTAACCCCCACTG 6481 CGCGCAGATCTCAGAACCTCCACCTCAATCTACAGCCACGTGCCACAATAAGAAGCAGAGTTTTAGGCCAGGCGCGGTGG 6561 CTCACGCCTGTAATCTCAGTACTTTGGAAGACCAAGGTGGGAGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGCCC 6641 AACATGGTGAAGCCCCGTCTCTAATAAAAAGAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGCACATCTGTAATCCCAGCTA 6721 CATGAGAGGCTGACATAGGAGAATTGCTTGAGCCCAGGAGGTGGACGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACTACTGCATTCC 6801 AGCCTAGGTGCCAGAGTGAGACTTGGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACACACCTGTA 6881 GTCCCAGCTACTTGGGGGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTTGAACCCGGGTGTTTAAGGCTGCAGTGAACTGAGATCAGGCC 6961 ACAGCACCTCAACCTGGGAGACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGTTTATGTAATCCATCGTGTG 7041 CATATTTATACAATAATTTACAATTCTATGTATTTTAAAAGTGTATAATTCATATATTATGTGACACAATATATAATGGA 7121 ATATAAAATATATATTTTATGTCATGTGTAACATAACATCATCTATTATATGTAGTGTATGTGCTTATGTACATATCATT 7201 GGAATGAAAGTTTCATTAAATAATTACCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084041. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep1
HITS-CLIP data was present in GSM1084069. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084041 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep1 |
Location of target site | ENST00000263275.4 | 3UTR | GCCAGGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084069 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000263275.4 | 3UTR | GGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
133 hsa-miR-4680-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT378771 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT393867 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT446684 | C2CD2 | C2 calcium dependent domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447600 | MRPL3 | mitochondrial ribosomal protein L3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450708 | RNF152 | ring finger protein 152 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450784 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454623 | COL23A1 | collagen type XXIII alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT461620 | PTCD3 | pentatricopeptide repeat domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462695 | SNRPD3 | small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475530 | HOXA3 | homeobox A3 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT475739 | HERPUD1 | homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489676 | CYP1A1 | cytochrome P450 family 1 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490610 | SLC47A1 | solute carrier family 47 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493628 | HIC2 | HIC ZBTB transcriptional repressor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496152 | RPS15A | ribosomal protein S15a | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499232 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501496 | PRICKLE2 | prickle planar cell polarity protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507163 | GAS2L3 | growth arrest specific 2 like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT512389 | MTRNR2L1 | MT-RNR2-like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT514626 | MTRNR2L7 | MT-RNR2-like 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517474 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525332 | CNGB1 | cyclic nucleotide gated channel beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526685 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527317 | CCR2 | C-C motif chemokine receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527608 | EYS | eyes shut homolog (Drosophila) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528794 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531048 | TIPARP | TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532254 | TBPL2 | TATA-box binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533801 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT535887 | MLEC | malectin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540704 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544645 | PHF8 | PHD finger protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT545760 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555310 | PPP2R5C | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555877 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT559507 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560448 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561262 | ZIK1 | zinc finger protein interacting with K protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561795 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567007 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569298 | SURF6 | surfeit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570606 | MTRNR2L11 | MT-RNR2-like 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572888 | ADCY2 | adenylate cyclase 2 |