pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-125b-2 |
Genomic Coordinates | chr21: 16590237 - 16590325 |
Synonyms | MIRN125B2, MIR125B2 |
Description | Homo sapiens miR-125b-2 stem-loop |
Comment | This miRNA sequence is predicted based on homology to a verified miRNA from mouse . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-125b-2-3p | ||||||||||||||
Sequence | 54| UCACAAGUCAGGCUCUUGGGAC |75 | ||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | MAP3K9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MEKK9, MLK1, PRKE1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_033141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MAP3K9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MAP3K9 (miRNA target sites are highlighted) |
>MAP3K9|NM_033141|3'UTR 1 CACGAAAAGGATTGGGGCGGGCAAGGGGGACAGCCAGCGGAGATGAGGGGAGCTGGCGGGCACAGCCCTTTCTCAGGGTT 81 GGACCCCCTGAGATCCAGCCCTACTTCTTGCACTGATAATGCACTTTGAAGATGGAAGGGATGGAAACAGGGCCACTTCA 161 GAGGGTCTCCTGCCCTGCAGGGCCTTTCTACCCGTGTCCACTGGAGGGGCTGTGGCCATCAGCTCTGGCTGTGTAGGGGA 241 GGAAGGGGTGCATGCATGTCCCCCACCCTCCACAGTCTTCCTTGCCTTTAGAGTGACCCTGCAGAGTCACTCAGCCAAAT 321 CTGTCTGCTGCTCCCTCTCCTCAGCCAGTTGGGTGTGCGCAGAGCTGTCATAGGGTCCCTTTGTCAGCCCCGAGTTCAGC 401 TTCCCAAACACCAGTGTTGGATATTCTGTGATTGATTTTGGTCCTCCTCCGCTGTCCCCCAACACCCAGGAATGGGAATC 481 TGGCTTGGTTCGAGATAGGAGCTTTTCTGTGTCCTAAGCCCTTTCATGCTAGCAGGAAGACTGAAAGCAAGGTGGCCCAG 561 TGTGGGGTCATAGGGCTTGATAGACCTGGCACTGCCTATCTGCACTTCCAGGTGCCCCACCTATTTATCTGAGCCCACAG 641 GTGGAAAGGGGAACTGCCTCAGTGAGAACGGGGGGACGGGGATGTTAGGAAAAATACAGTAAAGTTGCAATGAAGAGGTT 721 CATGAAGTATGTCCTTGTTCTTTTTGGAAACTCTCGGCAAAGGGCAAACCAGCAAGTATTGAGGGTACCCATCTAGCTAC 801 TTGGGGTCAGGACCTCGTCAGACCAGGTTCGGATACAATCATCTGCTCATCCCAGGAATAGTTTCTTGGGGGACTCACTC 881 ACTGGTGCCAGTTCTAAGTCAGAGACAAAATTCCACTGTCTGTTCCTTTTGCTGTCTGAACTTTATGTGTTACTCCCTTC 961 CTTTGGTCTTCACTCTAATCCCTGGAGTTTGTGGGCTTTTGGTTATGTTTGGTTAGTAGATATCACCGCAATGCCCTAGA 1041 ACAGCTATGAAGCAGAATACCATATGGCCACCTGGACATTGGGACTTGGGAATTCACTCTCAACTGGGCCATCCATGTTG 1121 TGATGCCCTTGAAGTAAAATGGAGCCAGCAGGAGTACCTTCTGTAAATGCATGTGGCAAAGTGCTATTTATAGGGTGCCC 1201 AGGGAGCCGCTGATGTACAATAACCTTGAGGTCCCCCATACTGAAAACTGACCAAGGCCTGTGCACAGGTAGCCCCTCAT 1281 GCTGGGCTCTGGACCATGAGCTGAGTAGGAAGGATAGCAGAGGCCAACCCTGACCTTCCTGGAAGTTGTTTCCTTAACTT 1361 GAATGTTGAGCTTCCTCTAAAGCTTTCTCGTGTATGTCTTCTCCATGCCACTACTCTGAGGCCTCCTGTGTTATGTGTGA 1441 ACAGTTGTCTTTATGTGGGAATGACGACTTGATTGGGAGTAGAGTCTCAAGGTCATTCCCCTCTTCCCTCAAGACTCTCT 1521 GAATGCTGCTCCACTGTCTTTTGTCTTGGAGGTCACTCAGCAGGTTCCTTGCATTTGCTGCCTGGATGTGCAGCTGGCAA 1601 CAGTGATGAATTGGTCACTGCTCTTTCTCTATAACTGGGATAGATGTCCTGCCTTGGGGTCACTAAAGGGGTGACCTTGT 1681 TCCTTGCTTTATGAGCCCATTAGCACTTTGGTTCAAGGGGCCCACCAAGTCTTGGACGGGAAGGCGCTACTGGTTTTATT 1761 GCCCAAGGTTTTGTTATTGCTTCTCTTCTGTGTCCTTCTCTTTGTTCAGTGAAGCCAATATGTAAGATACTGTTTTTGTC 1841 CCCATTCCCCTACTCCTGAGCTAGGAGGAAAAAATGTGAATCTTACCAGCAGTTCCAGCCAACCAAGTGATTCTTCTTCA 1921 TTCTTGATGGGGAGAAGTACATACAAAGTTTGTTCTGACAGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGCTTTGGGA 2001 GGCAGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGATATCCTGTCTCTACTAAAA 2081 ATACAAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGCAAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTG 2161 AACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGAGAAACTCTGTCT 2241 CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTGTTCTGTGGCCTCCTTCCCCCGGGCCCTCCATAACCTCAGGCTAAACCAT 2321 GAGCACATCTGTATATCCTTGGCTCCACTAAATGGCCCTCTTGTGGCCCTCCAAACCATGCTGCCTATACACAGTGCTCT 2401 GTGGTATGAAGCAGAGATTTTTCCTTTGCTCATTTTTAACTTTTGCCATTGTGGTAGGTTGCAGCCATCTTTCTAGATGT 2481 AGTGTAACTGATGTAGTGTAACTGAATGATGGTCACCTGCCATTGAGTGAGAGGTTGAGTGCCATCCTTACTTGTCCACT 2561 GTGGGGAAAGATAAAGCAAGCCTGGGTCTTTGCTAAGGAAATAATTGTACCTGAAAGAAGCAAAAGCAGGGCTATCCAAA 2641 GGTGCTACTGTGAGCATCCATGAAGAAGGAACAGTTACCATCTCTCAGCTCCTACACACCTGGTCTCTGATGGGCCCCTG 2721 ACTGCTGCACTCTCTCAGTGGGGCAAGGTTGGAGATGGGCTAAGGATCTGTATAGTAGTAGCAGGTCTCAGTGGCTTTCT 2801 ATTCGCTCAGGTTCCCTTGTTCTGTGGTCCTGGTCGGGAGCAGGCCCTGGAGCTGTGGATGAAGCCACTTGAGTGGCAGT 2881 AGCCGGCCCCCCTTTCCTCTGCCTTCCCTTTGCACAAAGACACGTTCCTTCTGCTCTTGGCAGGTGCTAACTTCATGGAA 2961 GATGGTAATAGGAACAGATACTGCTCTCTGCCCCTGCTTCTTGGATTCTTCAGCTCCTACCGCTGATTCGGATTATCCCC 3041 TTTTGACCCTCTTGGGGATCCAGACTGCTGCCAGGAGGCTGAGTAGATACCTCAGTTATCTGTATGTTATTTCTGAGAGG 3121 CTTTGGCGGATCCTCTTCACTTGGCATCCTGTGGCATCCCTAGGGTCTGGTGGTAGCAGTAATAGCAACAATGATATCTT 3201 ACATCTGGACAACTCAGAATAGTGCTAACTTTTCCTCCTGACCTTTGCAAAATGACATCATTTTCCTTGTACATTTGATA 3281 CCCTTGCTAGTAGAGAAGGGGAAATGCTTAAAGATGAAAATTCAAGTGAAGAGAAATGAAAAAGTGGCTTGGACTAATTG 3361 CTGAGTGAGGCCACTGGGCTCAGAACTGAACAGGTTGGCTGCATTCCCCATTCTGCTTTTGCTGTGTGGCCATAGGCTTG 3441 TCTCTTTAGCCCCTCTCAGATTTCCTTCCTTTAAAAGCAATCATCACATGCTTTCCTCTCAAGGGAGTTGGGTGTATGTA 3521 TCAGAGAAGGTCAGTGAAACACCATAGCTCCTTGCCAGCTCCTAGAGGAAGCTTCTTTCATCTATACAGGATGAATCGCT 3601 GAAGTTGAGAGTGTGGCTCTCATCACCTTTGCCTTGAGGGAACTTGCCTTTTCTTTCGTCCTTTGGCTTCTGGAAGAGGA 3681 GTGATTTGGAGGTGGTTGAGCATGACTAATGGGGGCCCTGGTCGGGCCCATGCCCTTCTGCCGCATTTATATAGCATCTG 3761 GTGTTGACAAGCATTCTTTCCTAATTCCCCCACTTAACTTGTCTGATGCTGTCTGCCAATGTCATCCTCACCACTTGTGT3841 CTTACAGAGAAGGAAATGGGAGAGGGAGGTTGTGTCTTACAGAGAAGGAAATGAGAGAGGGAGGTTGGTAGCAACATCAG 3921 AGTGACAGTTGGCTGTCTCTCATTTCTTGGGGTCATCAGTCTGATTTGTTTAGAGCCTGGGATCATCCCAGTTCCTGGAA 4001 GAATCTTTGGAAAAGGGTCCCCTTGTTCTTGGGACATGTGTCATGGTCACTAAGCCCCCTTTCCCTCAGGCTACTGTTGC 4081 TCAGGGACACAATGAGATACCCCAAGGACATCTAGACCTGACTTTTCATGAACTCTCTTGCCTCTGTGGTCCCCACATTG 4161 GAGACCTCCCTCCCTCCTCCTTCCCTTGTGTGAAGGAGACACCTCCCGAGCAATCCTAACTCATCCAGCTCACTTTTAAC 4241 AAAGCAAAGAGCAGAGGGCACTGAAGACTGGATGGCTGTGAATGGTACACCTTGGGGTTGAAACCGTGTTGGCAGGAACC 4321 TGGTGATAAAAGCTGCCTACTTCCTGGGTGTGTGAATTTGCACATATCTTTTCCCCTCACTGGACTTCAGAAGCCTACTG 4401 TGAACTGGGGACGATGCTATCTACTTTCCCTCCTGAAGCCCTTCTAACTTTCAAATGTATGGTCCTGGGGCCATGAGTCC 4481 TGCACAGAAACTGCAGCCTTGCCAGATTGCTTCCCTTGGTGCAGAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAATATACGTA 4561 CGGTTTTACGTCAAAAACAGTCGAATATCAGCTATTTCATATGGTTCACCCTAATGTACCTGCCTCTCTCTTTGGCTTTA 4641 GGTCTGAGAATGACTTGTCTTTGTCAAGGTATACTATTGTTAGAAACGCATTACCAAATGCATCTCTTCTGTCGGATCAG 4721 CGTATTCCTAGATTAGGAATTCAAATTAATGAAAATTCACATATGAAAGGAAAATCCATTGCTATTTCTGGAGAGGACCT 4801 CAGTCCTGGGCTTTTCCCTGGCATTGCTACCTGGGTGGGTGCTCACCACTCAGGTGCTGGTGTTGGAAGGCAGGAGGAGG 4881 AAGCTGAAATCCTGCCGATTAAGGCTAATTAACAGGGTTTAGGTGCCTAATTATCATGACTCAGCCCGGGACTTATGGTT 4961 AGCCGTGCAGGCCAGGTGAGTCTCTTATGGACTTCCTCTCAGACTGCTCTTTCTCATTTTGTCCTGATGAGATATTGACA 5041 GTCATGTCCACCCGCTTCCTCATCCATTTCCCGTCTTGGGCCCTGGAAGTACGGGGGCCTCTGTAGGCTGCCTAGGGAGC 5121 CCTGGCTTTGCTCTTCGTGTTGGGCTCACTCCATGATCAGGAGCCGGTGGGACTGGTCCTTCCTGATTCTTACTGTCTGT 5201 GGTTCCCCATCCCCTACGGGGAGCCTGCTTTGGGCCTTGAGCTGGATAGAGAGAAGAGCTTTGGGGCCCAGCTGGTTATA 5281 GGAGCTGAGCTTTTCCACACCTCTCTTTGTTAACCCTTGGAAACAGACCTGCCTTTCACCTGACCCATCTTCCTACCTGT 5361 CTGGTCTGACCTGCCCTCTTTGAAAGCACTCATCACCTAGTTTTACTAGGCTGATTGGCAGATGTGGACATGACAGGTGT 5441 CTATCGAGATAGGTGTCTAACTAGTTAGGTGTCTCAGGATTGGACAGCAGAATACCATTCCAGGGGTGCACAGACAGGCC 5521 TCTCCTACCGGAACATGAGGGATAGACGTCTGGGCATTCTGAACCCAGAGGTCAGAGTAGTCACAAGCGGAGCCCTGGGG 5601 AGCGAGGGCCCCAGGGCCGTGGTGTTCCTTGCCCTGCGCTCACTGAAGTCCAAGGCCAGGTTTCAGAAATAGTGTGCTGC 5681 CTGTTCCTGAGATCCTTCACACCTGGACACCAACCCAGACAAAGCCTGACTTAAAATTTTGATACTGTATTCATCGTGGA 5761 ATTTTTCAATAACTCTGATTTTTAAAAAATACTGCATTGCAATATGATTTACCTTGATTACTGAGGCTCTTTTTTTTTTG 5841 GCACCCCTTTAAATTTTAACCCAAGGTGAGGGCCTCACTCCACTCTATACCCAGCCCTGCCTGCCCCTCACCTGGACCTG 5921 TGAGAGGGGCTTAGGTACCACTGTGAAATACGTTTTAAATTTTTACTTGCCCTTCCCCTCAGGTCCTGAGTGAGGCAGTG 6001 GCTCTCTGGCGGTGCTCGCATTTAAATAGGAGTGTGTAGGCTTACAGCAATGAAACATCTAGGAGCTTTTAACTTTGGAT 6081 CTATACCTGGGTGTGACATTTCCTTGGTGTTCTCTGGCTGCCTTTCTGGCTCTGCAGCCCTGAGGGCACTTGTGTGTGTG 6161 TGTGTTCTCTGGAGAAGGGAAGTGATTATGGCAGAGAGGCTCCTTTAGATTCTCCTCTTAAACCTCTTTGGAACATGTTT 6241 GAATTCCAGAAGTGAATGAACTTCATTCATTCTCTCGTCCAGATTTCAGAAGGGACTAAAGTGAACGGAGGCTTTTTCAC 6321 TCCCTGGCATGCTAAGAGCCACATTCCCTAGCTCTGTGCCTGCACAGTGAGTCTTCAGAATTTGGCCCATCACACCCTCT 6401 GCTAGTATCGTTTCCACCACCCTCCTCATCCTCTGTCATCTTTATTTCATTCTCATCGTTTATCTCTACCTCCAGTTCAG 6481 ATGCCATGCTGGCTGTGGCTCTTTTCTTCATCACCATCAGAGTGAGGCAAAGATGTATCCTGGCCTAGTTATAAAGACGA 6561 ATAATACATGATAAGAAATCATTAATTTTTTTCCACGTGGGGGGCGGTGCTGTCCTAGTGATTCATATATATATAATTTT 6641 TGACTCCTTACAATAATTCTGGGATGTGGGTATTACCCCCATTTAAGAATGTGGAAACCAAGGCTCTGATGGCTCTGTAA 6721 TTTGCCCAGGGTCACACAGCTAGGAAGCAAGTTGCTGATCTGCTTGGTTCCAAAGTCACCTCTCTTTTTCCTCTGAGCAC 6801 ATTTCTAAGCCACTACTTAGAAGCTCTTGAGATAAAGTTGGCCTAGCTCAGGTCCACCGAGGTTTTGAGATTGCCCTTTG 6881 CCCAAGGAGGAGTTGTGTCCTTGGCTCACCTGTCATCTGCCTGTGACTGGACTTGAACCCTCGCACGTCTCAGCTGACAT 6961 CCTTGATGCTGCTGGCTGCCTTCCTCGCCCTGTTTCCTCTCCATGACTCCAGGGGTTTGAAGCACACAGGAGCTGGACAT 7041 GTCAATTCTGTAGCTCTTCTCCCAATACCACTGAAGGCCGTGAGCCTCTCTCCTGTTTCCAGCCTGCAGGTGCCCTGTTG 7121 CTGCTCTTCATTCCAGCTTCTCCTCACTTTTCTCTCAGTCTCTTGAGCTTGGAAGCCTTATTGTAGCTTGTGTCTCCTCC 7201 CTGGGCACTTGAGGTCAGGCTTTTGCCTTTTTGTCACATTGAGCCACATGCCTTTGATACACAGTTGTAGCAAAGAAGGG 7281 AGGTGATGAACTTGCTCACTTTCTTTTCTGATTTCCCTCCCTACTCATCCTGCACTCCCCACCGAAACCCAGATATCTTA 7361 TAGTCTAAGGCTTGTAGAGGATTAAGGAAAGGAATTGGAGATGGGTTTTACTTAGTTCACAGAAAAGCTTTCTTTGGGAT 7441 TTTTCCTCCCCCTTAGGGCTTTTAAGTCTAGGTGAAGTGAAAGTTCACACATGTGTTTGTTTGGTTGCTCTGTAATTAGC 7521 TACTAGTTTTTATCCCTAGACCTTCTCTGCTCCAGTGTCTTGTTCATGTGTCCTGACCCCGTGTCCTTGAATTCCCACTT 7601 TGCTTTGGGATTTAAGTTATTGTATGTTGTCAACAATATTTAAAGATGAAAAAGTCCTGAAGGAAACTTACCAGGTTCTT 7681 TCCTTTGGCTTTTTTTTTTTTTTCTTTCGAGGTACTGTAAATTGTTAACTAGGGATGCCAAGCAGGCTTGGTTCAATGGC 7761 TAAACCTCTTATTGTATTACAGTGTAATGCTGATCTCAGCCTGGTCTCAATGCCAGAGCACACAGAGACTTGAATAAAAC 7841 TGTTATAACGATTA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084066. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SantaCruzAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084068. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084066 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000554752.2 | 3UTR | GGCACUUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084068 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000554752.2 | 3UTR | GGCACUUGUGUGUGUGUGUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|