Gene Symbol |
ATXN3
|
Synonyms |
AT3, ATX3, JOS, MJD, MJD1, SCA3 |
Description |
ataxin 3 |
Transcript |
NM_001164774
|
Other Transcripts |
NM_001127697
,
NM_001127696
,
NM_001164776
,
NM_001164777
,
NM_001164778
,
NM_001164779
,
NM_001164780
,
NM_001164781
,
NM_001164782
,
NM_004993
,
NM_030660
|
Expression |
|
Putative miRNA Targets on ATXN3 |
|
3'UTR of ATXN3 (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN3|NM_001164774|3'UTR
1 AAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGCACTTGGGAGTGATCTAGGTGATGCTATGAGTGAAGAAGACATGCTTCAGGCAGCTG
81 TGACCATGTCTTTAGAAACTGTCAGAAATGATTTGAAAACAGAAGGAAAAAAATAATACCTTTAAAAAATAATTTAGATA
161 TTCATACTTTCCAACATTATCCTGTGTGATTACAGCATAGGGTCCACTTTGGTAATGTGTCAAAGAGATGAGGAAATAAG
241 ACTTTTAGCGGTTTGCAAACAAAATGATGGGAAAGTGGAACAATGCGTCGGTTGTAGGACTAAATAATGATCTTCCAAAT
321 ATTAGCCAAAGAGGCATTCAGCAATTAAAGACATTTAAAATAGTTTTCTAAATGTTTCTTTTTCTTTTTTGAGTGTGCAA
401 TATGTAACATGTCTAAAGTTAGGGCATTTTTCTTGGATCTTTTTGCAGACTAGCTAATTAGCTCTCGCCTCAGGCTTTTT
481 CCATATAGTTTGTTTTCTTTTTCTGTCTTGTAGGTAAGTTGGCTCACATCATGTAATAGTGGCTTTCATTTCTTATTAAC
561 CAAATTAACCTTTCAGGAAAGTATCTCTACTTTCCTGATGTTGATAATAGTAATGGTTCTAGAAGGATGAACAGTTCTCC
641 CTTCAACTGTATACCGTGTGCTCCAGTGTTTTCTTGTGTTGTTTTCTCTGATCACAACTTTTCTGCTACCTGGTTTTCAT
721 TATTTTCCCACAATTCTTTTGAAAGATGGTAATCTTTTCTGAGGTTTAGCGTTTTAAGCCCTACGATGGGATCATTATTT
801 CATGACTGGTGCGTTCCTAAACTCTGAAATCAGCCTTGCACAAGTACTTGAGAATAAATGAGCATTTTTTAAAATGTGTG
881 AGCATGTGCTTTCCCAGATGCTTTATGAATGTCTTTTCACTTATATCAAAACCTTACAGCTTTGTTGCAACCCCTTCTTC
961 CTGCGCCTTATTTTTTCCTTTCTTCTCCAATTGAGAAAACTAGGAGAAGCATAGTATGCAGGCAAGTCTCCTTCTGTTAG
1041 AAGACTAAACATACGTACCCACCATGAATGTATGATACATGAAATTTGGCCTTCAATTTTAATAGCAGTTTTATTTTATT
1121 TTTTCTCCTATGACTGGAGCTTTGTGTTCTCTTTACAGTTGAGTCATGGAATGTAGGTGTCTGCTTCACATCTTTTAGTA
1201 GGTATAGCTTGTCAAAGATGGTGATCTGGAACATGAAAATAATTTACTAATGAAAATATGTTTAAATTTATACTGTGATT
1281 TGACACTTGCATCATGTTTAGATAGCTTAAGAACAATGGAAGTCACAGTACTTAGTGGATCTATAAATAAGAAAGTCCAT
1361 AGTTTTGATAAATATTCTCTTTAATTGAGATGTACAGAGAGTTTCTTGCTGGGTCAATAGGATAGTATCATTTTGGTGAA
1441 AACCATGTCTCTGAAATTGATGTTTTAGTTTCAGTGTTCCCTATCCCTCATTCTCCATCTCCTTTTGAAGCTCTTTTGAA
1521 TGTTGAATTGTTCATAAGCTAAAATCCAAGAAATTTCAGCTGACAACTTCGAAAATTATAATATGGTATATTGCCCTCCT
1601 GGTGTGTGGCTGCACACATTTTATCAGGGAAAGTTTTTTGATCTAGGATTTATTGCTAACTAACTGAAAAGAGAAGAAAA
1681 AATATCTTTTATTTATGATTATAAAATAGCTTTTTCTTCGATATAACAGATTTTTTAAGTCATTATTTTGTGCCAATCAG
1761 TTTTCTGAAGTTTCCCTTACACAAAAGGATAGCTTTATTTTAAAATCTAAAGTTTCTTTTAATAGTTAAAAATGTTTCAG
1841 AAGAATTATAAAACTTTAAAACTGCAAGGGATGTTGGAGTTTAGTACTACTCCCTCAAGATTTAAAAAGCTAAATATTTT
1921 AAGACTGAACATTTATGTTAATTATTACCAGTGTGTTTGTCATATTTTCCATGGATATTTGTTCATTACCTTTTTCCATT
2001 GAAAAGTTACATTAAACTTTTCATACACTTGAATTGATGAGCTACCTAATATAAAAATGAGAAAACCAATATGCATTTTA
2081 AAGTTTTAACTTTAGAGTTTATAAAGTTCATATATACCCTAGTTAAAGCACTTAAGAAAATATGGCATGTTTGACTTTTA
2161 GTTCCTAGAGAGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTATGTCTCCCAGGCTGGAGGGCAGTG
2241 GCATGATCTCGGCTCACTACAACTTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGATT
2321 ACAGGCGCCCACCACCACACCCGGCAGATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACGCGGTTTCATCATGTTTGGCCAGGCTGGTC
2401 TCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCTGG
2481 CCAGCTAGAGAGTTTTTAAAGCAGAGCTGAGCACACACTGGATGCGTTTGAATGTGTTTGTGTAGTTTGTTGTGAAATTG
2561 TTACATTTAGCAGGCAGATCCAGAAGCACTAGTGAACTGTCATCTTGGTGGGGTTGGCTTAAATTTAATTGACTGTTTAG
2641 ATTCCATTTCTTAATTGATTGGCCAGTATGAAAAGATGCCAGTGCAAGTAACCATAGTATCAAAAAAGTTAAAAATTATT
2721 CAAAGCTATAGTTTATACATCAGGTACTGCCATTTACTGTAAACCACCTGCAAGAAAGTCAGGAACAACTAAATTCACAA
2801 GAACTGTCCTGCTAAGAAGTGTATTAAAGATTTCCATTTTGTTTTACTAATTGGGAACATCTTAATGTTTAATATTTAAA
2881 CTATTGGTATCATTTTTCTAATGTATAATTTGTATTACTGGGATCAAGTATGTACAGTGGTGATGCTAGTAGAAGTTTAA
2961 GCCTTGGAAATACCACTTTCATATTTTCAGATGTCATGGATTTAATGAGTAATTTATGTTTTTAAAATTCAGAATAGTTA
3041 ATCTCTGATCTAAAACCATCAATCTATGTTTTTTACGGTAATCATGTAAATATTTCAGTAATATAAACTGTTTGAAAAGG
3121 CTGCTGCAGGTAAACTCTATACTAGGATCTTGGCCAAATAATTTACAATTCACAGAATATTTTATTTAAGGTGGTGCTTT
3201 TTTTTTTTGTCCTTAAAACTTGATTTTTCTTAACTTTATTCATGATGCCAAAGTAAATGAGGAAAAAAACTCAAAACCAG
3281 TTGAGTATCATTGCAGACAAAACTACCAGTAGTCCATATTGTTTAATATTAAGTTGAATAAAATAAATTTTATTTCAGTC
3361 AGAGCCTAAATCACATTTTGATTGTCTGAATTTTTGATACTATTTTTAAAATCATGCTAGTGGCGGCTGGGCGTGGTAGC
3441 TCACGCCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCCGAAGTGGGTGGATCACGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCTTGGCCAAA
3521 ATGGTGAAACCCCATCTGTACTAAAAACTACAAAAATTAGCTGGGCGCGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTACCTGG
3601 GAGTCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCTGGCGACAGAGGATGCAGTGAGCCAAGATGGTGCCACTGTACTCCAGACT
3681 GGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATCATGCTAGTGCCAAGAGCTACTAAATTCTTAAAACCGG
3761 CCCATTGGACCTGTACAGATAAAAAATAGATTCAGTGCATAATCAAAATATGATAATTTTAAAATCTTAAGTAGAAAAAT
3841 AAATCTTGATGTTTTAAATTCTTACGAGGATTCAATAGTTAATATTGATGATCTCCCGGCTGGGTGCAGTGGCTCACGCC
3921 TGTAATCCCAGCAGTTCTGGAGGCTGAGGTGGGCGAATCACTTCAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGTCTGGGCAACATGGT
4001 GAAACCTCGTTTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTTGCACACACTTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCT
4081 AAGAATCGCATGAGCCTAGGAGGCAGAGGTTGCAGAGTGCCAAGGGCTCACCACTGCATTCCAGCCTGCCCAACAGAGTG
4161 AGACACTGTTTCTGAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATGTGTGTATATATATATGTATATATATATGACTTC
4241 CTATTAAAAACTTTATCCCAGTCGGGGGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGAT
4321 CACCTGAAGTCCGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAACTTAAGCCA
4401 GGTATGGTGGCGGGCACCTGTAATCCCAGTTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTTTAAACCCAGGAGGTGGAGGT
4481 TGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAAGAGTAAAACTCCATCTTAAAGGTTTGTTTGTTTT
4561 TTTTTAATCCGGAAACGAAGAGGCGTTGGGCCGCTATTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTCTGA
4641 GACGGAGTCTAGCTCTGCTGCCCAGGCTGGAGTACAATGACACGATGTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCA
4721 AGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGATTACAGGCACCTGCCACTACACCTGGCGAATATTTGTTTTTTT
4801 TAGTAGAGACGGGCTTTTACCATGTTAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAA
4881 GTGCTGGGATTACAGGTGCAGGCCACCACACCCGGCCTTGGGCCACTGTTTTCAAAGTGAATTGTTTGTTGTATCGAGTC
4961 CTTAAGTATGGATATATATGTGACCCTAATTAAGAACTACCAGATTGGATCAACTAATCATGTCAGCAATGTAAATAACT
5041 TTATTTTTCATATTCAAAATAAAAACTTTCTTTTATTTCTGGCCCCTTTATAACCAGCATCTTTTTGCTTTAAAAAATGA
5121 CCTGGCTTTGTATTTTTTTAGTCTTAAACATAATAAAAATATTTTTGTTCTAATTTGCTTTCATGAGTGAAGATTATTGA
5201 CATCGTTGGTAAATTCTAGAATTTTGATTTTGTTTTTTAATTTGAAGAAAATCTTTGCTATTATTATTTTTTCCAAGTGG
5281 TCTGGCATTTTAAGAATTAGTGCTAATAACGTAACTTCTAAATTTGTCGTAATTGGCATGTTTAATAGCATATCAAAAAA
5361 CATTTTAAGCCTGTGGATTCATAGACAAAGCAATGAGAAACATTAGTAAAATATAAATGGATATTCCTGATGCATTTAGG
5441 AAGCTCTCAATTGTCTCTTGCATAGTTCAAGGAATGTTTTCTGAATTTTTTTAATGCTTTTTTTTTTTTTGAAAGAGGAA
5521 AACATACATTTTTAAATGTGATTATCTAATTTTTACAACACTGGGCTATTAGGAATAACTTTTTAAAAATTACTGTTCTG
5601 TATAAATATTTGAAATTCAAGTACAGAAAATATCTGAAACAAAAAGCATTGTTGTTTGGCCATGATACAAGTGCACTGTG
5681 GCAGTGCCGCTTGCTCAGGACCCAGCCCTGCAGCCCTTCTGTGTGTGCTCCCTCGTTAAGTTCATTTGCTGTTATTACAC
5761 ACACAGGCCTTCCTGTCTGGTCGTTAGAAAAGCCGGGCTTCCAAAGCACTGTTGAACACAGGATTCTGTTGTTAGTGTGG
5841 ATGTTCAATGAGTTGTATTTTAAATATCAAAGATTATTAAATAAAGATAATGTTTGCTTTTCTA
Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
ID |
Duplex structure |
Position |
Score |
MFE |
1
|
miRNA 3' uuuaaUCC-AUC-ACCGUCACCuu 5'
||| |:| ||||||||
Target 5' ctcccAGGCTGGAGGGCAGTGGca 3'
|
2220 - 2243
|
137.00 |
-19.10 |
2
|
miRNA 3' uuuaaUCCAUCACCGUCACCuu 5'
|| :| ||||||||
Target 5' atcccAGTCGGGGGCAGTGGct 3'
|
4255 - 4276
|
137.00 |
-16.50 |
3
|
miRNA 3' uuUAAUCCAUCACCGUCACCuu 5'
||||| |:| ||:||||
Target 5' aaATTAGCTGGGCGCGGTGGca 3'
|
3554 - 3575
|
136.00 |
-18.30 |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
SNPs in gene 3'UTRs |
|