pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-548t |
Genomic Coordinates | chr4: 173268160 - 173268233 |
Description | Homo sapiens miR-548t stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-548t-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 46| AAAAACCACAAUUACUUUUGCACCA |70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SLC30A4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ZNT4, znT-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | solute carrier family 30 member 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_013309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SLC30A4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SLC30A4 (miRNA target sites are highlighted) |
>SLC30A4|NM_013309|3'UTR 1 TTTTATGTATTTTGGGAACTCCTGCCTTATTTATCCTGCAGTCACAGACTTGAGAGCAATAAATGCAAACCTAAATGAGA 81 AAATGGAATCCCTGACAGCTGTGTCCGTATCAAGCATCAGTCTCTCAAACAGTTGCCCCAGCCTGACAGTGCTAGTCTCT 161 GTTTAATGGTAAAAGGAGACTTTGCCATAATTTTCAGATGAAGATGTTTCCCAAACACTGTTTACAGAATGAGATGTGAC 241 TCTACAGATACCTCATAGAAGACAATCCAAGATCATACTTCATTAACTTGACAGAGTACGTGTCTTAAAGGAAGCATCAA 321 GAATTCAATATTTGCATTTAAAAATACTTTTTAAGGCCATTTTATATTAAGCCAGTGCTGGAAAACTGAATTTTTTTTAT 401 TATGTATAATAATCTCGACACCCAGCTTCTGGAATTGCTGCTTTCTTTTTACAGAAATTACTACCCAACAGATTTCAGGA 481 AGTACTAGTAGTTATCCCAAAAGTGGAATAAGCATGTATTCCTAAGTGTTTCAGAAATGTTTTATTTCACACATAAGTCT 561 TAATGTTATTGTTATGATTATACTTTATAAACAACCTTTTCCAGATGCTACAGGGTTTTGAATCTCAAAGTTAACATTTT 641 TCATTATTTGTAATCTTAGAACCAAATCTTTATTTATTGTGGTCACTGTTATTAAATGATTTAGGAAATACTTTCAATAT 721 TATTCTGAATGGCTGAAGTTAGTCTTAAACTCAAATTACTATATGATGATTTAAAACAAAATAAAAGAGCGAGGATGGGG 801 GTTGGAGTTTCAGGTTTATGTCTTCCCGACATCACTTTTATCATTCATGAAATTGTCTTAAAAAAGCAAGAGACTGCAAA 881 ATGTAAACAGTAATCTTCTGTCCCTTTAAGAACTGCCAACAATTTGTACAAAAAATGTGGTACGTTGGTTCCTGCCTCCA 961 CTCCAGGTCATCTGTGTGTTTAGCCTTTCAGGGTAAACTCTAGAGGGTTCAGTTTATAATTCCCACCTTTCACATATAGT 1041 TCAACAACATTAATCCAGAGAGAATTTTATGTTTTATGATATGGGTTATGTTTTATTATATATTTTATGTTTTATGATAT 1121 GGGTTAGGGATTCTCCATGGACTCCAGAAACCCTAAAATACAATTTTGAGGTTTTCCAATAATACCATAGCAGAAATGTC 1201 CAAGGGGTTGGGGGAAGATATTACTTTGAGAAAACAGAAATGTAAAGGATTTTTGACCTTATATATGTGTGTGGTTTTGT 1281 TTTTGTTTTTGTTCTTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGACCTCTGCTCACTGTAACCT 1361 CTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAACTAGCTGGGACTACAGGTACACCACACCCAGCTCATT 1441 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCACATTGGCCTGTCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCT 1521 GCCTTGGCCTTCCAGAGTGCTGGGATTACAGCATGAGCCACCATGCCTGGCCTGTATGTGTGTGTTTTAAAGCACTAGAT 1601 AGGGATGGACATTAAATCTGTGTTGCAGGGAAACTAAACAGAGGTTTCCAAACTGAAGGCAACCTAATTGTAAATGCCTG 1681 TGTTAAAGAGGCAGCTTGACTGTTCATGTTTCATTTTGCAACCATTGGTTTTGAGATTATCTTTTATGCACATTTGGAGT 1761 CCCTTTTCAACAGTGACAGTTTCTTACACGAAGAATGGATATGGTTATTGGGCTCCTCTAAGAATCAGAGTAGGGTAACA 1841 ATGTACCAGGCAAATTGTAAGTTGAAATTCTAGATAAGCATGCAGATGACTTACAATATAAATGAAGAATAGGAAACATT 1921 TTATCTTCTTACCAAGTACCTTACTATAAGTAAACCTAAGATAAGAAAACCCAGATTTACCTATAAGATTGTTGGGAGTT 2001 AATGGTGTCAATAAAAGGATTGATGGTCCCTCTAATGAAACCCAGTAGATGTTTGTTGAATTGAACTGAAAATTTATGTG 2081 GCCAGACACAGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCATTTGGGGAGGCAAAGGTGGAAGTATCCCTCGAGGCCAAGAGTTCA 2161 TGACCAGCCTGGTCTTTTGTAGAGACCCTGTCTCTACAAAAATATAAAAATCAGCCAGGCGTCGTGCACACCTGTAGTAT 2241 CAGCTACTTGTAAGGCTGTGGCAGAAGTGCTTTAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTCCACACCATTGCAC 2321 TGCAGCCTGAGTAACAAAATGAGACCCTATCTCAAAAACAAAAAGGAAAAGAAAATATACATGATGGGATTCCTATTGTG 2401 AAGTCATTTAAAATAATGACTTGAATTTCTCAGAAATTTCAGGAGCATATAAACTATTTAAATCAAAATATTCTTACATA 2481 TAGAAACCAAGTAAGAATAAATGAGAGATATTTCAGTGGACATCTGGACATATTTATGGACTTTGAGTATCTAGCAAGTA 2561 GAAAGGAAAAAAATATTCATCATACTCTAATCATTTTTTTATATCTATTGAGCTTGTTTCTTGTAAACTTTTCTTTATCT 2641 TATAAAGGCATATCTCGCTTTTGTATCGACCTGTTCCTTAAAAAATGTATTTGATAAAACAGGCTAAAATTCATTTGAGT 2721 ATTGAAAAGAATTCTTTTTTTTTTTTTAAGATGGTGTCTCACTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAGTTGGGCTC 2801 ACTGCAGCCTCTGCCTCCCAGGCTCAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGTACCACAGGCATGCACCAC 2881 CACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTGGTAGACACAGTGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCT 2961 CAAGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGCTTATGGGCATGAACCACTGTGCCCAGCCAAAAAGAATCCTT 3041 TTGTAAAATACAGAAACACTGCAAACCTTTGTAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGAGATGGGGTCT 3121 CCCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAGCTCCTGGGCTCAAGAAATCCTTCCACCTCGGGCTCCCAAAGTGCTGAGATTAC 3201 AGGGTGTGAGCTACCGCACCCAGCCATGAAAACTTCTGTAAATCTTAACTATCGTGTTCTGCTTAAAGTGAGGTACACAT 3281 AAAGTTTCCTGTGCTTTGTTTTTGTAGGAAAAAGTACATAGTTTGTATCTTTACCTTACGGAGTCTATGAGATTTGAGAA 3361 TTTGATTTCACTTTTTGTAACTTAACCCACAGAAAAGGACATTAACTTAGCAGATAGGACCAAGGACTGAATGACTTCTG 3441 ACAAAAAGCGTTTGGTCTATCCTTCACTTGTTGAGCTACAACCATGCATTACACTTCTCAGCTGAGCTCTCAAAGAGCTC 3521 TATGCCCTGTGAAAAGCAGTGGCTGAGTTGGATGAACACATAGCATTATTAATTTTGCACTGGGAAAACAGATTATGACA 3601 GGACCACAGACCACAATATAAAAACTTGGCAGTTCTTTGGTGTGATATATTTTAATTAGTATTTGCAAATAATCAGAGTT 3681 ACTTGTGTACATAAACGTGTGTTTCACAACTATGGCCAGATGCAACCTTTTGGTCTGTTTCAGGAAAAGACCTATTATTC 3761 CACTAACAATTATGCTGCCTTAGAAACATAATGGGAGTGTAATTGAAGAAAGCATGTCTCAGAAGGTTTTGATATGCAGA 3841 ACTGGAAGCTATTGTAATTCCTACATACATTTCCATTAGCTATGCCTTATGTAATGTGAGTGCAGATTTTTACAACTTAG 3921 AGTTCCCATCAGTGTTTTTTTGCCACATCACCGGGTTTCTTATTTTACTGTTTTCTTTTCAACTTTGGGTGCTTTATTTC 4001 CATTCTCTAAAACTAAGTTTCTTGCTCTTACGAGACTTAGTGTTCCTTTTGAACCCAGGTGTTCCACCTGACAGTGTTTG 4081 TCTTTCATAGACTTTCCAGAATAGACATAGTCAAGATCAGACACGTGAGCTTCTCTCTCATTTTAATGTGAGGAAAATCA 4161 TCTTTCAGAGACAAGGCACCGCTTAGAAATGTATGTCCAGGTATGAAAGAACCTTTTTAAAATGGCTGGTTGTTCCAGAT 4241 CCAGATTTCTCTGCACACTGGACTTCGTAGAGTAAGTGTGGTAGACAAAGAGACTACACTGCACAACCACCAGTGAATAT 4321 CATTGCTAAGAAGACTTTGGGTCGTGTTTCTCAGCCACTCTCACAGCTTTTGTAGACTTATTTGATTTTGAAACAAGCAG 4401 TTAGCTAAATCTATTTTCCTTTTATGCATATATGTTAATTGGCTCAACTTAATATGGTGTTCTTACAGAATATGAGCCCA 4481 TTTGAAATAAGGTTTTAGGCAATTTTGCTGTTGGCTCTGATTTGTATATAGCAAATTTAAAGTTACAGAGTGTTTCCTAG 4561 ATAGAAGATTAGTTCATTTGGTTCATTTTGTCTTTGAAGCAAGCCAAGCTCATGAGCCAGTTGGTTATTTGTCATAAATG 4641 AACACCCATCACTATATGCTATGTTGAGGGGAGGCAAGTCTGATCTTCGAATAATTGATAAAGTTTAATATCTTTGTAGC 4721 CAAAATACAATTTGCAAACCCTAACTCCAGATGTGTCGTATGAATCTTGACAACCAGGTCTTGAGATTTGTTTTACTGAT 4801 TGCCAATCAGGTATATTATTTGTGATGTTCGTGGGAGCATGCAAATTAGAAGACAGTGTTGTGGGAGTTCCTCAGTATTG 4881 AATTACATGTGTGCACTCAGGCCTGCCAGTCACTGAATTCTGACTTGTAAAGGGTTTAACCTGCTGTTCCAATCATTGAG 4961 GACCAATTTGCTTTTTGATAAGATTGGAAAACATTTATGGAGACTTTCCCAGTTAAATCTATGACAGTGTCCACTTAAAT 5041 AGTGCAATTTAGTATATTCTCAGATAACTGCAACACAAAATTGAAATGTGCCAGTATGTCATCTTTCTACCTGGAAGATA 5121 CTGTATATTTGGAAAGTTTATGCTTCTCTCAATAAATACATGTTATTAAATAAGCCATATCACAGTTTAAGAAATTGTAT 5201 ATACTTTATCATATGCCCTTTCAGAAACCAGGTATTTTGCATATGATTGATTTTAGAAAGATTTTGAAGCTGGGGTTTGT 5281 CCATGTTAATTAAGATCAAAGTATATATATATATATATATATGTGCTGTATTTGCAACTTTCACATTGTAATTTCCTATA 5361 CACTTATTAAAGTATTGTTTTGCCATGTGGTTTATTAAATAAAAATGTACAGTCTCTTAAATATCTGCTCTTTTTATTAA 5441 GTAATATTAGTAGGCCTAAAAACATTGTTCTTAAAAGAAAATCTTTTATAATTATAATGTCATTTTATAATGCCCTCTTA 5521 TATGTTTAAGAAATAAAACTGAAAAAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000261867.4 | 3UTR | UGUGGUUUUGUUUUUGUUUUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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168 hsa-miR-548t-3p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT059365 | ANP32E | acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT072839 | ARIH1 | ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT076945 | PCGF2 | polycomb group ring finger 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT083941 | TFAP2C | transcription factor AP-2 gamma | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT085401 | ETS2 | ETS proto-oncogene 2, transcription factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT109790 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT114046 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT130165 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT150013 | MIDN | midnolin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT181258 | ASH1L | ASH1 like histone lysine methyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT205594 | NCL | nucleolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT222253 | ACTB | actin beta | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT245653 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT250947 | CDK5R1 | cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT252497 | NWD1 | NACHT and WD repeat domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT271990 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT280804 | RNF11 | ring finger protein 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT293803 | FEM1A | fem-1 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT318231 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT341455 | ATP6V0B | ATPase H+ transporting V0 subunit b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT347413 | CEBPG | CCAAT/enhancer binding protein gamma | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT351860 | PLEKHA3 | pleckstrin homology domain containing A3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT357983 | GRPEL2 | GrpE like 2, mitochondrial | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT377094 | PPP1CB | protein phosphatase 1 catalytic subunit beta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT407303 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441564 | LMOD3 | leiomodin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442364 | ZC3H12C | zinc finger CCCH-type containing 12C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT443228 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443404 | HMX3 | H6 family homeobox 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446055 | NR5A2 | nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448277 | ZNF652 | zinc finger protein 652 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450822 | KCNB1 | potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453016 | CCDC115 | coiled-coil domain containing 115 | ![]() |
![]() |
2 | 17 | ||||||
MIRT454463 | PPP2R2B | protein phosphatase 2 regulatory subunit Bbeta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456360 | CITED2 | Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT460007 | DNALI1 | dynein axonemal light intermediate chain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463154 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT463766 | YPEL2 | yippee like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468310 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT470668 | POLR2D | RNA polymerase II subunit D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478517 | CTTN | cortactin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT480507 | C11orf57 | chromosome 11 open reading frame 57 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT484718 | INHBA | inhibin beta A subunit | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT485494 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487302 | SLC38A9 | solute carrier family 38 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487771 | ANKEF1 | ankyrin repeat and EF-hand domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 16 | ||||||
MIRT491876 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT494304 | CEP120 | centrosomal protein 120 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495396 | TRIM24 | tripartite motif containing 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495646 | CDK1 | cyclin dependent kinase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496665 | TMEM237 | transmembrane protein 237 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496837 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT498638 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT503928 | FBXL13 | F-box and leucine rich repeat protein 13 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT506063 | PPP2R2A | protein phosphatase 2 regulatory subunit Balpha | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT506582 | MIER3 | MIER family member 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT506606 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT506844 | KIF23 | kinesin family member 23 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT508536 | RPP14 | ribonuclease P/MRP subunit p14 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT509669 | ZNF354B | zinc finger protein 354B | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT511170 | MBNL3 | muscleblind like splicing regulator 3 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT512147 | COX6B1 | cytochrome c oxidase subunit 6B1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT512831 | ID4 | inhibitor of DNA binding 4, HLH protein | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT514558 | XRCC3 | X-ray repair cross complementing 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT515856 | AJAP1 | adherens junctions associated protein 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT521848 | PNISR | PNN interacting serine and arginine rich protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT525364 | SYNM | synemin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527120 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527271 | FBLN2 | fibulin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527439 | COL4A3 | collagen type IV alpha 3 chain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527658 | CD300E | CD300e molecule | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT528334 | TBC1D22B | TBC1 domain family member 22B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529033 | EXOC8 | exocyst complex component 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529321 | PDE5A | phosphodiesterase 5A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529677 | TRPV2 | transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529846 | SMTN | smoothelin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT530385 | ZNF431 | zinc finger protein 431 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT530913 | GPR85 | G protein-coupled receptor 85 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531794 | KDR | kinase insert domain receptor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT532246 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT532658 | CBX7 | chromobox 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533630 | TMX3 | thioredoxin related transmembrane protein 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT534811 | RAB33B | RAB33B, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT534975 | PSD3 | pleckstrin and Sec7 domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536588 | ITPKB | inositol-trisphosphate 3-kinase B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536779 | HNRNPD | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT538764 | CABLES1 | Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539294 | ANGEL2 | angel homolog 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539621 | SHISA9 | shisa family member 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539651 | BUB1 | BUB1 mitotic checkpoint serine/threonine kinase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540347 | OPHN1 | oligophrenin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540413 | PITPNC1 | phosphatidylinositol transfer protein, cytoplasmic 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541396 | CDC27 | cell division cycle 27 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT542916 | HSBP1 | heat shock factor binding protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT544710 | EIF5A | eukaryotic translation initiation factor 5A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544998 | MFF | mitochondrial fission factor | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT553289 | TSPAN3 | tetraspanin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553455 | TNRC6C | trinucleotide repeat containing 6C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553782 | TAF13 | TATA-box binding protein associated factor 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554656 | ROBO1 | roundabout guidance receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT555104 | PURB | purine rich element binding protein B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT557235 | HNRNPA1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560861 | GAL3ST3 | galactose-3-O-sulfotransferase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT561545 | SON | SON DNA binding protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT561554 | SLMO2 | PRELI domain containing 3B | ![]() |