pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3152 |
Genomic Coordinates | chr9: 18573306 - 18573379 |
Description | Homo sapiens miR-3152 stem-loop |
Comment | Berezikov et al. proposed this sequence as a miRNA candidate based on the RAKE method . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3152-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 11| AUUGCCUCUGUUCUAACACAAG |32 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RAB5B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RAB5B, member RAS oncogene family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RAB5B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RAB5B (miRNA target sites are highlighted) |
>RAB5B|NM_002868|3'UTR 1 GGGGGTGGCTAGCAGCAAACAAGTATGGAGCTAGCACAAGAGCTAAGAAATAACCTCCATCCCTACCCCTCAGCACACAA 81 CCCCTACGGTAACAGCACACTGAGCCCTGGCTCCCAAGGGCTGCCTCCTGACAGCTCCGTCATGGCACTTTTTAACGCTT 161 CAGCAACAAACACCAGGCAGCTGTTGCCACTGGCCTCCTACCCCCTACTCTGGGGCTTGGGGGTCAACTCCCCCCAGGAC 241 TTACCTTCCAAAACAAACTTTCTTCACTTTGTATTATAGGTACAAGACAGCGACTTACGTATCTTTTCTCCTCCTCCCTA 321 GTGTTCCTCCCCATTTTTTCAGAAAACACTTCTGACTCCTGTCCCTTCCCCTTCTGCTTTTGGTCAGTCCCTGTTCTTGA 401 GCCTCTTTTCTCCTCTCCCCAGGATGCAGAAAGTGGTGAACCCAGGAACTGAGGAAGGAGGTTTCCAGTTCATTTACATT 481 AAGGGCCCTGGGGGAGAATAAAGCTCAGAGCAGGAGGGAGTAAGGAAACATTTCCTTTTTGTTTTTATTTGGTTGGAGTT 561 TCTCATATTTGAAAACATTGCGGTATCCATGATTTGGCCTTGTGGAGGGTGTTCCTAGGTAGAGGTGAGAATGGGGAGGC 641 AAGATCTCAGGCACCAGGCAGGAGGTGCCTTGTAAGCTAACTGGGCGGAGGTGGAGGTGCAGTGTCAACTGTGGCTCTGT 721 AACTCTTCAAAGGCCCAGTTTCCCCTCACGCAGCCTCTTAGGTAGCGTTTCCCCTAATCGTGGGGGTTGGACCCCAGAGT 801 CTTCCAAAGAATTTTCACTGGTTGCCTGCATCTTTGGCTCTGCTGTGATCTGATTGGAGGAGGGACAGTTTCTGGTACCC 881 ATCCTCTGATTTATACATATGCATTTTTTCCCCTCTGGCCTTTAGATGGCCTCAGCCCCAGCCACCATATACCCCTGCAG 961 TTTGCACTTTAATTGATGGTAGTTCAGTTGGGGTACTTGTTTTATGGAAGTTTTGATTGATTTACTTGCCCTCCCACCTT 1041 CTTTTTAATTCAATGAAATCTGAGGTTAATGCGAGGTTCGAGGAGAGGTTATAGATAAAACTACCAGTGGCAGCTACTCA 1121 AGTCCTATCTCCACTGTTAGCTTCCTCCAACTCTAATTATTAACCTATATTCTTGCCAAGCTAACTATTGACTATAGGTT 1201 TGCCTTTCCTGGAGAATTAATTGAGCAATTGAGGAGTGTCTCAGGATAGCACAGGCCAAGGTAGGGGAGTAAAAAGGAGG 1281 TCAGGCAAAAGGGAGGAGTTTTCTGTCCTTTCCCAGGTTTCACACTCAATTTGATATCCATTACCATGTCTTTTCTACTT 1361 CCTTGTAAATAGGTATGATCTTTATTCCCACTGTACAGTCTGTTCTATCCTCTGCCTCCCATCAGGCCCTGTTTCTTTGT 1441 TCCTTTGTTAATATCTTGAATTTAGTCCCTCCATCCTTAATCCCCCCATCCCTCCCCATCATGCAACCAGTGGTTTAATC 1521 CATGTACCAATAGGGGCTAGTACCACAGAGGCCTCCTGTGGTGCCCTCGTATCATACCACCTGTTCCTGTGGAGAGGGAA 1601 TGACCGGCACTGAAGGTACCTTACAACTGGCTCATATTATCAGAGGACCTTGGTCCTTTCTAAATCTCTAGTCTCTCTTC 1681 ATATCCTTCATCAGGTGTTTTAAGATGTCTCTGAGAAGCCATCAAGGCAAAAGAGAACTTTAAGTTCCTTGTTCCAGCCC 1761 GGAGTTTTGGGAAAGAAAGAAAGGAAAGGTCACAGTGACCTAGGATTGGAACCTTCCTGCCCTTTTGGCTTGCAGACTGC 1841 CTTCTATCCCAGAACAGCTGAGAAATCTATGAAGCTGAGATTCTGAAGGACCCAGCTTAGGTTCTTCCACTTAGGCCTCA 1921 ATTCCCTTCCTTTTCCAGGGGCAGCCTTAGTTCCCATGGCCCTGAAACACACACATTTCCCCCTTCCTTTCCCAGAAGCC 2001 ACTGGCCCCCCATAGCACCCAGTGCATCCTTTTTACAAGTGGAAGAACTAGGATGGCTTTCCAAAGTCTTCTAGAAATGA 2081 AGTTCTTTCTCTGTGCAGCTTTCCCCCTTGGAGCAGGAGTGAAGATGTTTCATTATCTTGGGCCTGGGAAACCACTTCCC 2161 CAGGCTTCTCCCTCCCCCCACCCCCATAGGAACAGGATTTGGCCTTAGCTTCTGGGCCTATCGGCTGCCTTCCCTCTACT 2241 TCCTACCACCTCTTCTGCCTTCCTTTGAGCTCTGTTGGGCTTGGGGATCTTAGTTTTCTTTTGTTTATTTCCCAGCTCAT 2321 TTTTTTCTTCTGGTCAGTTTTTTTAAGGGGGGGTGTTGTGGTTTTTTGTTTTTGTTTTGCTTCTGAGAAAGCATTTGCCT 2401 TTCTTCCTCTCCCAACATAACAATCGTGGTAACAGAATGCGACTGCTGATTTACCGATGTATTTAATGTAAGTAAAAAAA 2481 GGAAAAAAAGAAAAGGGCATTGGAGTGTTGCTTTTTTTTATTTTATTGTTATTATTATTATTATTTTTGCTATTTGTCAG 2561 GTACTAGGAATTTGGAAGAAAGGATACCCAGTAATGTTCTACTGAATCAGAAACACACCTTTCCCTGCATCTTGATACAT 2641 CTTTATTCCCTTTAATCTTTTCTTAAACATCTAGTTTAGAAAATAGCCCTTCTATTGCTATTTAATCACCCCTCTTCTAA 2721 GGCCACTAGATTGTTCATCAAATCAAACCCTATTATATCTTTTTAGGCCCTCTTAACAGAATGTATATGTGTAGGGTATG 2801 GTCTGTGGATCTTTGGGCCCACTGATCAGATTAGAGAGAGGGGTGCTATTTGAAGTAGTATACAAAAATGTATGTGCATA 2881 TTTCTTTTTTTTTTTTTAATTGAGACGGAGTCTCTGTCGCTAGCCTGGAGTACAGTGGCACGATCTTGGCTCACAGCAAT 2961 CTCCGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGATTACAGGCACGCACCAACACACCCA 3041 GCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCGTGATCCA 3121 CCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCGTATGTGCATATTTCTAGGATCCA 3201 TTTCTATATGTTTCTCAAAGGGGTCCATGACCCAAAGGTTGAAAAACATCACTGAGTTAGTTTTCTTGTAGCTTCCACCT 3281 CAACGGGAAAATTTCCTCTGGATCTGCTCTTGACTCCTAGTGTACTTCAAACCCTTCAGTCCACCACAGTCTAAAGGTCG 3361 AGGGAAGGGAAATGAAATAGGATTATGTGTGGTTGCAGTAGGCTTTAAATTCCAAAGAATCTGAAGGTGGATAGGAAAGA 3441 GGACTGGTGCCAGACAAATCTGACATTCTAGGCCTGTCTCTGTCAACTTAACCAGCTGTGGCCTTGATCAAGTTAGTTAG 3521 TGCCTTCCGCCTCGTTTCTTCATCTGTAAAGTAAAAGCTGAAGATTAAGGTCAATTATGTAAAGTATGTGTGTCACACAA 3601 AAGTAGATGACACTATTAGGAAGGAGGCTTTTAGATAGTCCCTAACTGACTTCTCTGTATCTTCCTTTGGCTGAGACTTT 3681 TTTTTTTTTAGGTTGAAGCTCGCTTTCTCTCTCTCTCCCTCTTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCC 3761 ATATATATATACATATATATATATATATATATTTTTTTTTTAACAACTGGTAGGATAGGTTGGGCATTAGCCTTCTTCAG 3841 TGATTTGATTGTATACAGATTGAAATCCTTTCCATTTCCAAACACTTAAGAGCCAAAGCCAACTTGCCAACTTTTCACTG 3921 TCGGTTCCCTTACCTTATATCTCTTGGTAATACCCCCCACCCCCGTTCCCTGATTCCTGGTAAAAGCTCTAGTTGGAGAG 4001 CCGAAAGGAAAGGAAATGATCTTTCAAAATTAAAGGTGAACACCTTCACTTAAACTGATTAAAATTGCAGCTCCACCGTC 4081 CGGCCTCTAGAGGGCAGTGTATGGATACATTTGTCCAGATTGGGGGACTAGGTTTGATAAATTTTGTCCTGCATCAAATG 4161 ACAAAAGGGTAATAGGAAATGTATTATATTTATGCCCCTTACTTTGAGATAAGAGACTACAACCTTCATACTTCGGGGTG 4241 TTAAGCTGCCATTGCTCTTGTTAAGGGGCAGTTTGTTTTTTAAGAGATGGGGTCTTGCTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTGC 4321 AGTGCCGCGATCTTGGCTCAGTGCAACCTCGAACTCCTGGGCTTAAGCGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCGAGTACTGGG 4401 ACTACAGGCGTGTGCCACCAAGGGGCGATTATTATTTTTTTTTTCTACGCAAAATAAAAGACGGCTATTCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | AUUUGAAAACAUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | AAACAUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | AACAUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | AUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | AAACAUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_002868 | 3UTR | UAUUUGAAAACAUUGCGGUAUCCAUGAUUUGGCCUUGUGGAGGGUGUUCCUAGGUAGAGGUGAGAAUGGGGAGGCAAGAUCUCAGGCACCAGGCAGGAGGUGCCUUGUAAGCUAACUGGGCGGAGGUGGAGGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000553116.1 | 3UTR | AAAAGGGAGGAGUUUUCUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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75 hsa-miR-3152-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT092535 | KBTBD8 | kelch repeat and BTB domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT461731 | NDUFA2 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468456 | SET | SET nuclear proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482192 | AHR | aryl hydrocarbon receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507923 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512208 | C18orf25 | chromosome 18 open reading frame 25 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT526238 | STARD4 | StAR related lipid transfer domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536131 | MAPK14 | mitogen-activated protein kinase 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536280 | LIMA1 | LIM domain and actin binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544251 | LRIF1 | ligand dependent nuclear receptor interacting factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548054 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563443 | ISCA1 | iron-sulfur cluster assembly 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565643 | SIX4 | SIX homeobox 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614870 | PDE12 | phosphodiesterase 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614923 | MARCH6 | membrane associated ring-CH-type finger 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615793 | FAM124A | family with sequence similarity 124 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618557 | VLDLR | very low density lipoprotein receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT622147 | SORBS2 | sorbin and SH3 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT622390 | RSBN1 | round spermatid basic protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624185 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624448 | CALCOCO2 | calcium binding and coiled-coil domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625340 | TAPBP | TAP binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625370 | IRGQ | immunity related GTPase Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627276 | WSB1 | WD repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627746 | RAD54L2 | RAD54 like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629578 | RFC2 | replication factor C subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT630537 | LGALS8 | galectin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT630559 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT630568 | SOWAHA | sosondowah ankyrin repeat domain family member A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT630763 | MSANTD3 | Myb/SANT DNA binding domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635424 | LRP10 | LDL receptor related protein 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT636011 | GNPNAT1 | glucosamine-phosphate N-acetyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636337 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638413 | POU3F2 | POU class 3 homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639358 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642124 | DYRK1A | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT642828 | KIAA0319 | KIAA0319 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644017 | NUCB1 | nucleobindin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644038 | WWC2 | WW and C2 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644153 | GIN1 | gypsy retrotransposon integrase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644649 | SNX9 | sorting nexin 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645798 | OMA1 | OMA1 zinc metallopeptidase | ![]() |
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MIRT647633 | FAIM2 | Fas apoptotic inhibitory molecule 2 | ![]() |
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MIRT648528 | KIAA1143 | KIAA1143 | ![]() |
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MIRT648851 | PDLIM3 | PDZ and LIM domain 3 | ![]() |
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MIRT648880 | TUBGCP5 | tubulin gamma complex associated protein 5 | ![]() |
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MIRT650777 | TNFRSF10A | TNF receptor superfamily member 10a | ![]() |
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MIRT654200 | RNF19B | ring finger protein 19B | ![]() |
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MIRT654508 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | ![]() |
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MIRT655249 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
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MIRT656089 | MTA3 | metastasis associated 1 family member 3 | ![]() |
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MIRT656599 | LRRC55 | leucine rich repeat containing 55 | ![]() |
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MIRT659194 | CYBB | cytochrome b-245 beta chain | ![]() |
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MIRT660000 | C1orf115 | chromosome 1 open reading frame 115 | ![]() |
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MIRT661715 | KLF8 | Kruppel like factor 8 | ![]() |
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MIRT661813 | PRPSAP1 | phosphoribosyl pyrophosphate synthetase associated protein 1 | ![]() |
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MIRT668360 | FGD4 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 4 | ![]() |
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MIRT679734 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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MIRT708616 | NUDT18 | nudix hydrolase 18 | ![]() |
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MIRT709034 | TROVE2 | TROVE domain family member 2 | ![]() |
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MIRT709573 | DMGDH | dimethylglycine dehydrogenase | ![]() |
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MIRT709665 | AJAP1 | adherens junctions associated protein 1 | ![]() |
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MIRT709874 | TRAF1 | TNF receptor associated factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT710821 | NLRP12 | NLR family pyrin domain containing 12 | ![]() |
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MIRT710883 | PARL | presenilin associated rhomboid like | ![]() |
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MIRT711547 | LCAT | lecithin-cholesterol acyltransferase | ![]() |
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MIRT712017 | STX1B | syntaxin 1B | ![]() |
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MIRT713058 | BLVRA | biliverdin reductase A | ![]() |
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MIRT713129 | THRB | thyroid hormone receptor beta | ![]() |
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MIRT713878 | MOB3A | MOB kinase activator 3A | ![]() |
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MIRT714154 | NXPH3 | neurexophilin 3 | ![]() |
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MIRT719755 | FLYWCH1 | FLYWCH-type zinc finger 1 | ![]() |
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MIRT720213 | KCNK1 | potassium two pore domain channel subfamily K member 1 | ![]() |
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MIRT722728 | BRMS1 | breast cancer metastasis suppressor 1 | ![]() |
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MIRT725652 | ABI2 | abl interactor 2 | ![]() |
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