pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-640 |
Genomic Coordinates | chr19: 19435063 - 19435158 |
Synonyms | MIRN640, hsa-mir-640, MIR640 |
Description | Homo sapiens miR-640 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-640 | |||||||||||||||||||||
Sequence | 61| AUGAUCCAGGAACCUGCCUCU |81 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | RT-PCR | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PAG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CBP, PAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_018440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PAG1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PAG1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PAG1|NM_018440|3'UTR 1 CAACCCAGAAGACAACCCTGGGTAGCCTGTGATCAGTGTCTGGAGACGTTTCTTCTGTGGAAGAGAAGAAGTGACACAAA 81 CCTATACTTCATATGCTGCTTTAGTCACCTGAAGATGGTTGGAGAGGCCCTGTCGACTGTTCTCCCAGTTGTTCAGTTTC 161 TGAGACAGAGAGGTACGGACTAGGCTGCACCTGAGTGTGCCCCTGCCTGCCAGATGGACAGGTACACCCAAGCACATCTC 241 CCTGCTGCACCCTCACCACCCACAAAAGATCCCAGCTGTCAGTGGTCTCATCTCATTAGTGAGGAAAGCCAAGCTGTATG 321 GAAAAGCTGCACTCACCAAGGACCACAATGCCCCCGGCCTAAAGTACTGCCATTCAGAAAAGCAGGTTTTTCTTCCTCTC 401 TTTCCTTTTCTCTGTCTGCTACTGACTTTAAGGCTTTTTCCCCCTTGAAATGTCCAGATTCCTGTGGTTCATCCCAAGGA 481 AATTTTCACACAAAGCTTGGCCTTTGCCCTCAATATAGGTGTTTTAGGATGGTGACAAACCATGGCTGCTGCTTTCTGCC 561 CAGCTCGCCAGTCCTCCCCAAAGAGTTGCGCATCAGCACCTGGGGATCTGGACCCTGCGGGTGAAGGGATGGGGAGGGAC 641 GTCCCTGGAGTCTCTTCTGTCTTTGTTCCTTCTTATTTTGGCATTCGATATCAGCAGCCTCTCCCCAAAGTACTTGAAGT 721 CAGTTTTAGATGCTTTATTTTATTTTTCTAGTCAAAAACGTGTTTCCCCCAGTGTTTGAAAACTCGTCCGAATCTTTTCA 801 GTATTTTCCATGAGTATTGTGGTACTTCTAGACTTGTTTAAGCCCAGAACTCATTCCTTCAAAACAGAGAGCCTTAATCT 881 TTATGTTGGGACACAGACCACATATTTGGACGGCAGCCATGCATCCATCGCTGAAGGGCTGTGGACATGAATGTGTATTT 961 CCCATGGTCTCCGCTGCCCACACCAACAGTGTGGCATCTCATAAGTTAACTGCTACCCTAAGGTAATCTAAGATTAAAAT 1041 GTAAACATTTATTTTTGTTATGTAAGTTTATAAGATGTTTTATGTTCAATGCCTAATTTCTCAAAAGTGCCAGAAAAAAA 1121 TGTATATTAGCTATTTTGATTTTATGTACAATGATTTATACTCTCCTTTTGAAAAGATACCATAAAGCACATAAGCTAGA 1201 TCACTACAAGGAGCTGTTATCTTTTTTCTAATCAAGTGTTTAAAACACTGATGGTTTTTAAAGACTCACCTTTTTAAATG 1281 GTACTTGGAGCTCCTGATTCAAATTACCTAGACCCCCTAGAGAAATAAATGGAATATACATAAATAATCATTTTCAGTGG 1361 TTTATGGTGGGCAATATTGCAATATTTGAAATGGTAAAAATGGAAAGAAGAACAAAATATGATGAGAGGTGGCTGTGAAT 1441 TATAAACCTCATAAAAGTGTCATAATTCCATTAAGGTTTAATTATATTTTTTCAGAAAACAGTGATGAATTCTGTAGTCC 1521 AGTGCTTGCCAATGCAAATTGCCTATTGGAATCTTCTTCCTATATTTTACAAACATCAGTGGCTGAAATAGCTCAGAGTA 1601 AGAGCTCAGCCTGGTTTGAATTTAATCATCTCTTTAGATCTTATAAGGCCAGCATTAGGAAACTTGTTCACTTTTCATTT 1681 TCAAAGGAGCCTAGTTGAAGTGCTATTATGAGTGTGGGCTATGGAAAGACAGCTTTTCCTACACTGATAAAGAAAAAAAA 1761 TGAGGAAATTATTTCATCCCCTTGTGACATCTGTGACTTTTTGGATTTAATAATCTTGCTGTTTTTCCTCTTTATGACAA 1841 AGAATATAATTGGGAGGATGAAGTGTCTTAAAAATTGTAGAGACCAGCTCACTGGAATGTTTTTCCATCCCTGTATTCAT 1921 GGCTTGACTTTGTGACTGCTCTACACTGCATGTCTGACATTGCAGAGTGAGCTATGTTGAGGTAAACTGGTTGGTTGTCA 2001 TTATTTTGCAATCAGCCTGGTCTCTCCCATGAAGATGTCGTGTGCATAAGCACAATCATCACTGATTAGAAGATCACAGC 2081 AGAATACCCTTGGATTAGAGAGAAGTTCGTACCTTGCATTTCTCTGAATTCTAGTCTCTCATAAGCACTGCTTTGCTGGA 2161 TGATTTTCACTGCTTTGTGTTAATGACTTTGAGCGATCTCTCACATGATGGGGTTCTTTAGTACATGGTAACAGCCATGT 2241 CATCTTACACACCTAGCATTGTGAATGCTGTAGTGACATCCTTTATAGGCACCTTACAGCTCAAAACTTTTGTTTCATTT 2321 CATGCCTTACTTATCAAAAAGGCAGGAAAGTAGGTATGATCTCTAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTTTATA 2401 GAAAGCTCATAAATAATCATGTCATTTTGCAATTTTGTTACCAAAATTTCCCCCAAGAGTTTTCAAATATTAGTTCTGCA 2481 ATGTGGCTATGAAATATGCACTGAAATATACCTTTTAATTTGAGAACCAGTGGTTAGAATAAGCTGTGATATAAAGTATT 2561 TTCAGTGTACTTTTAAAGGAACTATAAGGCCCTCCAGCATAAACGCTAAAAGAATAGATGGTAGCACAGGCCATGAGGGC 2641 TGGGGGAGAGAAGCAGAGTGAACCTTAGAAAGATGGCTCAGCTATTTGGAGCACTGGATATTTTACTGAAGTTATTTACT 2721 GAGGCACCATCACTGTTTTGACTGTACAGTATAGTTTTTCATAAATTTCATCACATTTACTTTGTTCAGAATCTGGGCTT 2801 GAATCTTTGAGTTGGACAAAAGCCTATGGTTTCTTTTAAAAAGTTTCATCTTGAGCTAATGCTACAGTTTAAATAAAATG 2881 TATGAAAGGTAGTTATCAAAAACAATTTGTATATTTAAAATTCTATTTTGACATCCATTTTTTACAGCGAATTATAGCAG 2961 GTTATGTGAAATTTAAAAATAAATTTTAGGAAATTTTTTTATCTTGTAAGTAAGAATTATAAATCTATCTCAGTTAAAAG 3041 TAGGATCTTTGTTTTTATTCAGATATTTTGAAAGTTTAGAAGCATTTTGTATGCTACTTTGGTATTTCTTAAGTATAGTC 3121 AGCAGGAAAGGGTAACCTGTTTTATGCAAAATTTTTTTAATTTGTCAAATGTTTTTAGTGTGTCTACTTTCTGAAATAGT 3201 CTCAATATCCTGTCTGTATCCTAGGCAGATAACTACACAAGAACAAAACGCTATATAGAAAAGAAAATATTTGAGGAAAT 3281 CTTAAATTCCATAAGAAAGTAATTCTTGCAAGAATGTTGGCTACATATTTTTTTTTCTGTCCTGAATAAATTACATCATT 3361 AGGTCTGTTGAAGCTTTTGAAGCTACCACTATTCTTTCTGGGATAAAGGCTAATTACTGATTTATCTGCCCTCAAAATCC 3441 CAGAGTTAATTCTAATTGAGTACTAAATTAACAGTAAGTAGTTAACACAGAGAACTAAAATTTAACCGCATTATATCACT 3521 GTATATATTTCTCATGATTTTTGCTAATTAGAGCATTTACTTAACCAGTAATAAACTACACACACACACACACACACACA 3601 CACGTATACGTGTGTGTGTGTATATACTTGGCTCTGACACAACTCTGGTGCTTAATTAGGATATGTTCTATTATGTATTT 3681 TGAATGTTTATCCTGCTAGTGTGATGAACTTTTGTTGGAAAAGCAGAATTAGAAGGAACAGTTTTTCAATCAGTTTCATT 3761 TGGTAATTACAGGAAAACCTTGAGTTGCTCTAATTTAATTTTTCCAATTAATACATTTAGACTTTAAATTGCATCCGTAA 3841 TTCTCTTGGCTGAAAAACAGTGGTATTTTAAGACAGTTTTGTTATACATGTGACTTACTTTTGACTCAGCCTGAGAGGAG 3921 GAAATGTAAAGAGATAAGAGATTTGGCCCAAAGCAGCAAGAGACTAGTAACCTTGAGCCAGGACGAAGCCAAGACAACGT 4001 GACTCCCAAGTAGCAGGAGCAGAGGTCGGTCACCTGTGGCATTCTGTTTCATTCCCTTTTAAAATTATGAGACTTTATAG 4081 GCAGTGTAAAACATCAGCAGGCAGCGATGTGATAGGATGTGCGAAAAAGCTGGTCTGATACCATGGCTATAATTACAGAG 4161 CTTTAGTTCAATTAGGATTTTGTAAATGAGCAAATGACCTTTTTTTCCAGTGCCCCTTGTAATAGTTAATATGAGTCCAT 4241 GCAATCTTGTGATGCCATTCTCCTGAAGGTGTTGATTTCTGGTACCCAGCCAGCTTAGCTTTGGCTGCTGGAAGCACAGT 4321 AGGTACTGATGATTACTTCCTGGAAATCTTGACAGGCTTATTGTACTGTGTAATGGGGAAAAGTTAAAGTATAATGTTTG 4401 GTGTTAATAAATGACTGATGTGAAAATAGGAACATGTGTCTTTAATATCAAATATGGCTTTATTTGCAGTGAAATCTAAA 4481 TTCCTTATTCTACAGTAGTATTTTCTTGCCCTGTGTTGTATATTTTCCTAAATACATTTTTCCTGACAGTGGCTTTAGGC 4561 CAGTTGAACACACTTAGACTGAAAGTGTTTAACTTAAAGAGATCAGTCCAGAAACCATGATAAATTAGAATCTTTATCTG 4641 GAATTACCAAATTAAAATTTAAAATCATGGTCCAGAAGAGAACAAACATTCATGGTTTTTTTTATCCTACTGCTCATTTT 4721 TAGGTCTGTGTTTACATCTAGTCTCTACTATTTGTGAAGTATGTCATTATTTTTTTCAAGTTCTTCTTTGACTTAACTGA 4801 AAAATAATATTCCAAATTCTTAATGTAACATGAAAAGAGAAATACAATTTTTGCTTAAAAGACATTTTTTAAAAAGCGTT 4881 CAATTCAGTAATCATTTCTGTTAATACAGGAAGTTTTTTTGGCTTGCCAGTTATATACTGTGGGTATTTTTTAAAATGTG 4961 CTACCCTTGGGTTGTCTCATATCACCTTGCGTAATCATGTATTACAAAGGTTGATAATTGTCATTTCTCAGATGTCTGTA 5041 TGTTACATTGGCAGCAGTAAAATGTTTTAATGTTGTTACCTTTTAAATAATTGTGTTGTATTAACATGCCTCATATTTTC 5121 TGGGGAAACTTGAAATATATCTAAACAAAAAAGGTCTGTTATAAATAGGAATTGGCATTTCATTGTTAATGTTTTTTCCT 5201 CATAAAAATAGTTACACCAAAAGTGACATATTGTCTATTACATGGGCCCAATCAGTATTAAAGTACTCCCCTTACTCAAA 5281 AATATTAAAAAATAATTCATGACACTTAGTAGCATTTTCATTGATTGTTTCAAAAGATCTTCATAATGGTCAAATTGTCC 5361 AATTCACAAAAGAGTGAGAAAGTTGTTTTCAGTACTGGGAATTTTTAAACCTTAGTTTTAAGACCAAAAATATCTCTTAT 5441 TAGCTTGAACATTTTGTGATTACTTTTCCCTCCCCGGATCTAGTCCTTTTAAGGAGTAAGTCTAAAGAATGAGGCCATGA 5521 AGTCACTATTTCCTCCCACCTCAGTTTGTCTCCTGGTACTTAGCTGGCCTATCGCTTTGTGTGGCAATACCCCTGGGTCG 5601 CTTCCCCACTCAGCCTTCTGTATCTGCTGTTCACAGGACATGCCATTATGTCTTTCCAGTACGGATCACAGTGCTGCCAT 5681 ATCACAGACCCTGCCAGCCGGCACAGAACCATGCCTCGTCACAGCTCTGCCCAACTCACAGGCTGCCAAGATGAGGCCAC 5761 AGGTCCACCTAGGGCGGCAGATGCTGGTGCTATTTGTCACGACTTTTGCCAAAACATGTACACTGTTGCTCACATCTTTC 5841 GTAAGAATGGTTGACACTAAGGGGCCATGGAAAAGCACTTTTAAAAAATTATGTGGTGGAATCAAACTCACAGAGGCAGA 5921 AATGTTAGTGCCGTGCTCTAACCAAGTAAGCTTAGTGTTCCCCACAGTGATCTGTATCTGGCCTGAGTCTCCTCAAGCAG 6001 CAACCCCCACTGTCCAGCATGTGGAAGGTAGATCCTTATGACAACACCAGACCCATAGTTACCAGGAAAGAAAAAGGAAG 6081 CTGAGTGTTGTGAAGGGGAAGAAATCCTTTTTATAAGAAGTAATCATTTTTAGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAA 6161 TCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACAGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCTGCCTGGCCAACATGATGAAAC 6241 CCTGTCTCTACTAAAAATGCAAAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAACTACTCAGGAGGCTGA 6321 GGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCTGAGATCGCAACACTGCACTCCAGCCTGGGCGACA 6401 GAGCAAGACTCCATCTCAAAAACAAAAACAAAAAAAAAACCTTTTTAAAGTAAATTGAGTGTAAAATGTTTTCACCATGA 6481 AGCCATTGCACCCTCTCCCCCAGGAAACAGTGCCTAAGGATGATGTCAAGTTACAGCCAGTTTGCTCTGATCCCCCAGGA 6561 CCTAAGAAAACTGTGAGTGCTTCAGCATGCAAAGGTAGAGCTACCAGATAAGGAGAATAACTTGGCCATTTATAGCAAAC 6641 TGCCTGACTTTGGAGTGAGAAACCAAGCACCTTCTAGGTCCTAGGATAGGTGAATTGGAGGTGCAGCTGCTGAAGTTCCC 6721 ATTTTCTACATACTTCAGGAGCCAGGGTGTTTCATTTGGTTTTGTAAAACTTTGCTGTAAGTCATCACAGTTAATTCTTT 6801 GAATGGACATTTTAGAGTGTAACTTTTTTTCAAAATTAGCAGAACAGATATCTCTGCTCATTCTCTTTATACATTTAGTT 6881 TTTTAAAGTTCCCCTAGTATACCTGTTAGGCACTCTAAATAGGACACAGTTAAAGCTAAAAGAAGGACCAGTTGCTCCCT 6961 AGAGCCTACAGTTCAGAACTATCTTGTTGTCATGTCCTGGTTTGGTTTGGTTTGTTTTTAACTCAACAAGTTGGAAACCA 7041 TGAGTTTAAAGCAAACTATTTCCTTTTCTTAAGCTTAAAGAGAATTTTTTTTTTAATCTTTAGCTCCTCATTTAGGTAGT 7121 GAAGGCTTCCCTGAAAGACAGCAGTGCCCTTCTCTGGAAGAAGAGGCTGGGACCAAAAGCCTGAGTCTATGGGTTGAGGA 7201 TTTTGAGCATTCCTTTGACAAGCTTCTATGTATTTTTAATATAAGACTCATAAATGAACCTGATGTGGTGTTCATGACCC 7281 ATCCCTTAAGCATGCTTGCTTTTTTTAACTTTACTTTTTGAGTATAGTACTTGTCTTGTTTTTCCTGGAGCCATGCTAGG 7361 ATTTAATTCCTATGTGCCACTACCCGCCCATGTCCTGGAAGATGGCCATGCCTGCAGCAATGCTCATGTCTTGAGGAGAA 7441 GCAATGTGAAAAGCATCAGGAAAGCTGAACCTTACGTTCAAGTCAGCAAACATTTGTGAGCATTCTAGTATGCTTGCGAC 7521 CTTGACACTTTTTAAAAATTATCTTTTTATTTGCTTCGAGTATCAACCGTATAGTTGACTCTAGTGGGGCGAAGGGAGCA 7601 GAGATGAGAGCAAAATTCAGACTTGCTGCCCCTGTGTGTCTCAGTTCTCATGTCTCTCTGAGAAATGTGTTGGCCCAATT 7681 CCCTATCTGCCACTCTGAGTCTCTTGAGTAAATGTGTGTAAATGAGAAAAATTATCTCAAAGATTTAACTTATTATTTAG 7761 ATATTTTCTTCTTTTTAAACTCAGGAATAAACCTGGTTTGTAGATAATATAATATGGCTACTAGAGCTATAATTGAGTAG 7841 GTGACTAGAAGCATTTTTTCAAATATATTTCTTGTAAAGACATCTACTTTGTTTTAACTAGGAAAAGAAACTCCTCATAT 7921 TAAAATAAACATTTCCATAAGCACTTTCTAGAAGAGTGTAGCATCCATCTACCATCCATCCCAGAATGTTTGTATCTTGC 8001 TCATAGTATTTCAAAAATTTTTATGGGTGAAAAAAATGCACTTTTTTATTTATTGGAAAAGTGTAGAGTTATTGAATTAA 8081 ATTCTCAAGTGGGACAATTTAGTGTAAAGGGAAACATGGGTTTTGGAGACAAGAGCACAGGGCTGTGGTCCCTGTTCCAG 8161 CATTGACTTTACTATGTGACCTCGAGCAAATGATTTAACTTCTCTGTGCCTCAGTTTCTCCATATACAAAATGGGGATAA 8241 TGATACTAACCATTGCCTACCTCATAGAGATGTTATGGGGACAAACGAAATAATAGAGATAAGCACGAATGCTTTCAACT 8321 CTTCGGAAGAAAGGTGCTATATAAATTGAAGTTGTGTTTTTAATGATCCAATTATTAATTATGTTTAGGGTTTAAATAAC 8401 AATACTGTTAGTCATGTTAAGAATAAGTTTTGTTTTGATGCATATTTCCACTTCTCTTCTGTGGCCAGATCTTGATCATT 8481 CAACCAGTAATGGTACCTGAGGAACTGAAATGGGTATTTGTTTTCGTATGTTTCTGCCAGTAGTATTTCAATTGAATATC 8561 CAGAAAAGACTGGAGTTTAACTTGTAATATCTTATAGTTTACATGTAATAAAACTTATTCAAGCTATATATAAAAGTATG 8641 ATTACATGTAAATAGCAGGTATGTTGTAATTAAAGGCACTTATCAAATTGTCTTTGTTCTTTTTTAATTGTAATAAAAGT 8721 CAGTTTTACATAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000220597.4 | 3UTR | GAGACAGGUGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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194 hsa-miR-640 Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT097121 | TNPO1 | transportin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT115090 | ARIH1 | ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT204603 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT204634 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT344451 | MTRNR2L1 | MT-RNR2-like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT405772 | EIF5 | eukaryotic translation initiation factor 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT445876 | SENP6 | SUMO1/sentrin specific peptidase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT497418 | FAM46A | family with sequence similarity 46 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504394 | HMX2 | H6 family homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT504691 | SLCO2B1 | solute carrier organic anion transporter family member 2B1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT512386 | MTRNR2L3 | MT-RNR2-like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT513003 | MAN1A2 | mannosidase alpha class 1A member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513084 | USP9X | ubiquitin specific peptidase 9, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519122 | ALDH2 | aldehyde dehydrogenase 2 family (mitochondrial) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523836 | F2RL1 | F2R like trypsin receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565356 | TMCC1 | transmembrane and coiled-coil domain family 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575895 | Dis3 | DIS3 homolog, exosome endoribonuclease and 3'-5' exoribonuclease | ![]() |
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2 | 3 | ||||||
MIRT576894 | Poteg | POTE ankyrin domain family, member G | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613780 | RPS6 | ribosomal protein S6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613934 | POLR3A | RNA polymerase III subunit A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT614348 | LOH12CR1 | BLOC-1 related complex subunit 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT614534 | NOA1 | nitric oxide associated 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT617019 | ZBTB8B | zinc finger and BTB domain containing 8B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT618247 | MANEAL | mannosidase endo-alpha like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619051 | TTC4 | tetratricopeptide repeat domain 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619442 | ZNF517 | zinc finger protein 517 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT619723 | FPR2 | formyl peptide receptor 2 | ![]() |
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MIRT620179 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT620370 | ANKRD62 | ankyrin repeat domain 62 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT621263 | RTN2 | reticulon 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT621463 | APOH | apolipoprotein H | ![]() |
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MIRT621571 | ZBTB43 | zinc finger and BTB domain containing 43 |