pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6871 |
Genomic Coordinates | chr20: 41169023 - 41169078 |
Description | Homo sapiens miR-6871 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6871-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 35| CAGCACCCUGUGGCUCCCACAG |56 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | EIF4EBP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 4EBP2, PHASII | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on EIF4EBP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of EIF4EBP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>EIF4EBP2|NM_004096|3'UTR 1 CTCTCCTGCAAGGATTAGAAGAAAAGCAGCAACACTGATACTTGTGTGCACCTGATTTGGCCAATAGGATCAACAGTGAA 81 AAGACAGAAGAGGCAATACCAGCAGTCCCCATTACAGTCTCCACCTCCCCGTCTTCCTCTGGGTGCCAAATGATGGGAAG 161 ATGAGCTTCATCTGACCATTTCTTCTCCCTGTCTCCTGTTCCCCTTCCCAGTTAAACAGGTTAGATTGAAGGCCCTTGCT 241 GTATTTCTGTAGAGCTAAGCAGCCCTTAGAGGAAAACAGTTCAACTCTGACTTTCCTAGTTGTTTTTTTATTGAGAGCCA 321 CCCTCATACCCTGTAATTTTGTCCCAAATCAAATATCAACCTACCAACAACTGCCTGGCTGGGAAGTCTGGGGAAGGGAT 401 ACAGAGCTTGGTGGGCCTAACACCATTCATATTCCTTACCCTCTGTCTCTCCTCCCTGTATCCCACCTATGGTTCAGTGT 481 TGCAAGAGTCTGGGCTTGGGGTCTTTAAAACCAGCAGGGGGAAATGATAAAAAGAGAGCTGCTTTCCCTTTTACCTTGAG 561 GTATTCGTCCCTCGGGACAGAGCACAGCTTGTGCAACTCTGGTAGCGTTACCCTGTGACACTGTTTTGAGGTCCACTTCC 641 TTTCTTTCCTCTGGGAGGAATGTCTTCTGTCTTTGGTATTATAGTTCATCTTCCCATTCTTTTACTTAGTGCATTTGTGC 721 AGATATTTTTAACTCTGTACATCAGAAGAGAGCCCTTGGTAACCAGTTTTGCTCTTCTTCTGCCACTCCTCCCTGCTTGC 801 ATCTCGTTGCTGGCAGAGTCCTCTTGTACTTCAAGAAAGCAAAGTGATTTTGTCTGCTCCTAGAGCAGGTCCATACCAAG 881 TAATAGAGGCACTTTAGCTTCCACTTGGTGGGTAAGGCCTGATCATAGTATTCTGTCAGATAATGCCTAAGAATGACCGC 961 TGAAGAACGTTGACCCATTTGAGTACCCGGTCTCAGTCGTCATTTTTAAGTCCAGTGAGCATTGTGGTAGTTGTTCTTAG 1041 ATTGCAGTTTCTTATGTTTTGAGTTTGAAGTTGATTTTCAGAATGTTCTTAGAAAAGAACTGCATTTTTTTCCTTTGTGG 1121 ATCTGCTTTGTTTGGCTGCTGGGATAGATAAGCATGGGCTTAAAAAATGTGTTCCTCCCAGTTTTCTTGCCTTTCCTGTT 1201 GTACTCTGAATTTCTCTCCCTACCTCCCTCACTTTCTTCCTCTCTCCTTCCTTTCCTTCCTTTTTCTCTACCAGGCCATT 1281 TTTCAAATTTACATCAAAGATACCTGAAGTGTTGGTATCTGAGAATATCTGTCACTCCTCTTATCTGAGAAGTGACCTTT 1361 TATTTTTAAGATGACTACAGACCTATTTTTAGATATGTTTTCAGTACAATTTTGAACAGCAACTTTTTAATTAAACATCT 1441 TCCAGTGTTAGGAAGTTGAGAAACGTTCATAGGCAAGTCTGCTGTTCTATGTCACCATCTTTTGTCTCCCCTAGTCCCCC 1521 AGGAGCTCTTTCCTTTCCCCTCTAGTTTTGGGTGTGCATGTTTGGAGTTTGTAGTGGGTGGTTTGTAAAACTGGACCATT 1601 CTGCCTTGCTATGGGTTGTTCAAGAAAGCCTCATTCTTTTCTGTGACCCTTTCGCTTTTGCATTCACCCTCCTTCCCACC 1681 TACCTGTCCTGGGGCTGTTGAGCAGCATAATAATCCCGGGAGAATGATTCCCCTCATAGAAAGACAAAAGCATCCATCCC 1761 CTCATAGTTAAGTAGCCACTGGTGTCCTGGGAATTTCTGGTTGGATTTGGTGCCCTGAACTTTTTTATTAAGAAATCAGA 1841 TCCCAGGGTGAGAGTAACAGGCCATTTGGCCAAGAAAGAAACCTGTTTGTTTTTCTTTTGAACTATGAAAAGACCCTGTT 1921 TGTGAATATATTTTAGAAAGAGAGGAAGGATGTCTGCAGAACTTTGTTCTGTTTTCTGCCACAAAAATGTGAATAGTTCA 2001 GAGTGAAAACCTTTTGTGATGGTTGATGTCTCAGGAATAAGCTGGATCTCCAATGTTTTGGGGATGCTTTGAGTCTCAAA 2081 AAAAATTGATAATCAGAAAAGTAATTTTTGTTTGTTTGTTTAATGTATCCCTGTTCTGTTTTTAATTAAACTCCAAGTCT 2161 CATTTTACATATTCTTGGAAAAACCTAAGTTGCTCTGTAATTTACATAAGAAGCATGCTCAGGACCTCTTTGTACCCCGG 2241 GGAGCCTGATTCTTTGGGAATGAAGCTTTTCATTCTTCATACACTGGCCTTGGCATCCTGTGGAATTTGACCCAACTAGC 2321 AGCTAGTCAGTCTGTCAGTGAGCAGAAGAGTGAACTCTTCTTGATCTTTATTGCTATGTGTGAAAACTTGGCTTCCTCAC 2401 TGAACGGTGAGGAATGGATTTAAAGCATGAGCTTTAGTAGTATCAAGATGCCATTTTCCTTTTTCTTGCTGTCTTGGGGA 2481 GCTTCTGCATGTGACCCCCTAATCAGAAGGCATGTTTTTAGTATTTCTTGGGAGTGTCAGCTGTATAATGCAGCAGCTGT 2561 TCAATCCCTTACCCTTCTCTGCAAGGACTTCCTTACAGCTTGGTGCAGTTCTTTCCCAGAGGCCACCACTACTAGACAGT 2641 CTTTCTTTTATCTTATGGAGATAAATTGGCATTTAAAAAATAATTTCACAAGGCATGAGATAAACTTTCAATAGATGATA 2721 CCTTTGTGTCATGCCTCATGGAATTATTTTTAGAACAAGCCAGAGTCCATTGAGTGGTTTACCTCTGCATGTTTGGAGGG 2801 AACCTCACAGATGAAACCCTTAATGAATAATGTGTCCGGGGTTTTTTAGAGAGAAGGAGCACTCTTAAGTTACCACTTTG 2881 AGACAGCTCTTAACATCTTAGTGACCATTTGTAGTTTTCTTTTTATGAGGAACCCATGCTTCTATACTTGGGCGGACAAT 2961 CGAGCTTAATGAGAAGTGACTTCCCTTCAAATTCCAACAGCAGACATGCATTGTCATGATTCTGTCTTCTTTTTAGTGTG 3041 GTTTATTGAGTTCAGCAGTTCTCATATTCTGTTTAAATAGGTACAGCATTTTCAAGGGCACAGATACAGAGAAGCTGGCT 3121 TTCTAGGTATTGGGCTTCCAAGCCAAGAGTTTTGTCCTTCCACCTGTATTAGTTATCTATTGCTGTGTAAAAAATTACCC 3201 TAAATTTAGTATGTTAAAATAGTAAACATTATCTGTCAGTTTCTGTGGGTTAAGAATTTGGGAGTAGTTTAACATGATGG 3281 TTCTGGCCCATGGTATCATGAAGTTACAGTCAAGATTGAACAGGGGCTGCAGTCAGCTGGAGCTGGAGAAACCACTTCCA 3361 AGTTCTCTCTTTGTGGCCGTTGGCAGGATGCCTCAGTTTCTTCCCATGTGGGTCTCTGCGTAGGGCAGCATGAGTGTCCT 3441 CACACCATGACACCTGGCTTCTCCCTGAGCAGCTGATTCCAGAGATCATGGGGCAGGGCCAGGAGAAAGCTGCAGTGCCT 3521 TTTAAGACATAGTCTTGGAAAGGACACACCGTCACTTCTTATCCTAGTTGTTAGAAGCAAGCCACTAAGTTCAGCCTGCA 3601 CTCAAGGAGAGAGGAATTACACATACCTCTACCCCAATGGAGCAGTAGCAAAGAATTTATGGACATATCTTAAAAGCACC 3681 ACACCCCAACTGGGGATGAAAGTAGGTCAACAGGGAGGTAGGTTTAATCTAGATAAGCTGAAAGATAGATTGCTATCAAA 3761 AACAGTTCTCCAAGATGTGCATAGCCAAACTGGGATAGAAGGCAAACTCCCCAAAGCTACCTGCTGGTTTTGAGAGGGGT 3841 GGTAAGACATGGCAATTCCCAGGAGTAGTAGAAAATAATATGCCTGACTACCAACAGCTCAAGTATGCTTATTTGCACAT 3921 CCTAGACTTGGTGTCTGTAAGACTCAGTTACCACTTTTATTTTCCTGTAGCTAGGAGTTAGCAAAAGGAACTGGGGCCTT 4001 CCAGCCGAGCCACTAAACCTGTCTTATTTGGAATGGGGATTGTCCAGCAAAGGGAGCAAACATGAATTAGATGTTAAGCT 4081 ATTGAGCTGAAGAAAAGAAAGCAGTTCACATTTAGGTGAAATAGATGATGTTATCAGGAAGCCAGGTTCCCACCAGAGTC 4161 GGTGCTTGGTACCTGGTCTCTCCAGTCTCAACAGACTCAGGTCAGGTCTCTCACCCAGGAAGCAACCACTCAATAAAATA 4241 GAGAACATCTGAGAATTACAAATGTCTATGCTTGATTGCTCCTCTAAATCCAGTGCATAGGTTAACCCTGCATGCCCATT 4321 TCTTCCTGGGCTTCTTGATGGCAATGTGTTCTTAAATAACTGGTCTTGTGTTCATGCTAAAGACAAACTTACATGAAGTT 4401 TTTCAGTTTAAGACATTCTAGTGAATGGCTGCTATGTGTTTCTGGCACTCATTCCTAACCAAGTCTTTAGAGATTTCAGA 4481 TGACCTTAAAGATGCAATATCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTCTGAGACAAGAGTTGCGCCCTGTCGCCCAG 4561 GCTGGGGTGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAGCCTCTGCTTCCCAGGTTCAAGTGTTTCTCCTGCCTC 4641 AGCCTTCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTACCACTATGCCTGGCTAATTTTTATTTCTATATTTTTAGTAGAGATGG 4721 GGTTTCATCATGTTTGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGG 4801 ATTACAGGCGCGAGCCACCGCGCCTGGCCAAAGATGCAAATTCTTGTTTGGATTTATGCTCTGCCTCTTCCCAGCATTTT 4881 CTTATCTGTAGCCCTGCTTGCTTGAGAGTATACTTGGATAAGAAGTATTGCTGTTGAGGGAGCTATAAGAAAAGGATTCT 4961 TCTTCCAGAAGTAAAGAACTCATCTTTAGAGTACCTTTAAATGAATTTTGTTTTTCTTTCTTATTTTGAGGTGGATTGGT 5041 CTTCTCTTTTTTTGGGTTTCCAGCTCACTGGGACTCTCAGACCTTACCTTTCCAGCTCAAACACCATTAGTTAAATTCCT 5121 TCATTCTCATTAGAATGCAGCCTGCTGAGTATGTGGGTTTCACTGCCGGAGTCCATCATTTAGCCAGTATACATAGAGGA 5201 ACTGCTTCGAATCAAGGCAACTGGTGAAGGGCTTAGCATGTTGGCAGCAATATCCCAGAGATTGAATCTGTTTGCATTTT 5281 CCTCATCTAGGATAACAGCTGCTTGAAGCCAGGGCTCTTAGCCCTTTGCATTCCCCTTGAGCGAGGAAGCCACACTGCCT 5361 TTCTGTGTCTGGTTCAGAGCTCTTCCTTCTTGGCATGTTTTCTGGACTACATGCACATGGGCAGCTATAGATTAATCTGC 5441 AAAACCTAGTCACTTACCTACCCATAATATCTGGGAAGGTGTGGTATTTGTTTTAAAGAAACATTGTTTCTTTGGGAGGG 5521 CAGTTTCTGTCTGGACTTTGAGGTGGACTTAGTTATCCCTACAGTTCTTTAACTCTCAGCTTTTAATAAAAGATGAAATC 5601 AGATATTGATGCAGTTGGGTCACAATTCTTTAGAATGCTTCTACCCCAGGGCCGCTTCCTGTTCCTAGTCATGGTTTTCC 5681 AGTTTAGTAGTGGAGTTTCTTGAGGCTAACTTACAGAAATTTCTAACTGAAAACTTTAAGAGTTATTGATACTTGTTTTT 5761 TCAGTCAGTCACTTACATCACCTAGCCTACTCTCTGGAATTTAAATTTATTTCTCTAGGCTGGTCCTGGAAGTTGATAAC 5841 CTTTTGGCAAAGCTTAGATTTAGGAGAAGGCTTGAGTCCCTGTTCAGCGGGTCTGTGGATTCTCTTTGCTTATGGCTCTC 5921 TGCCTGCAGCCCTGGCAGACCATACTGTATGTCATGGATACCCAGTGGAAATATTACTGAGATGAAACACATTTCCAAGG 6001 GTATTTAAACTCTCACTCTGCCACCTTTCTAAGGGTGGGAGGCTGGCAGAGATGCTGCAATGCTTGATAATCATTTGGCC 6081 ACACTGAAATTTCCAAAGGGAGCTCTTGCCGGTGCTTAAAACCAAAACTCCTGGACACTTAGAAAATTCCATGAATCTAG 6161 CACAAAATATCCATTCTTGCCCAAGTGTATCCCCTTTCTCTCCAGCTTAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCCCA 6241 GGCCAAGGGTACTTTTAACTGGAAACTGGGGAGGAGGGAAGAACACTAGCAGGGAGCTAAGAGGCAGGTTGCTGGGTAAG 6321 CCATCCTGCTCCTACCTGGTGCCTGTATCTACATTGCTGAGTGCTGTGCGCCAGTGCCTTTCCTTCATCTGCAGATGGAG 6401 CCCATCTCTTTCCACCTGGGTGAGGAGACCCTCTGCTACTCCAGGGGTAAACCTTAAAGAAGGTGTCTTGAAGAGCCCAG 6481 AGGACACTCACGTGCTAAGGTGTCCATTTTATGCATCTTTAAAATATTTTATTTAAAAAAAAAAATAGCCCTGCCCTGTC 6561 TTAGTGCCACTAACGGCCCAGTTCCATCCATTCTGAATGGAAAAGCGGAGACTGCCAGCACTTTCCTTGGTCTTCCCTTT 6641 GTCTCCCATGATGTGTTGTTCCCTCATCCCTCCCATCCATTTCACTGTGTGTGGATGGATAGCAGAGGGTACCACGCAGT 6721 CCTTGAGGCAGTCCTGTGTGATTCCATGATCAGTTGTTTTTGTATTTTAACTATTCTTCCAAACCAGCAGATGTTTGGAA 6801 ATTAAGGAAAAAATTAAATTCTCATCAATGGTTGCTGTTATAGTTAAATCAGTAAAGATCTTGAGTATCAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000373218.4 | 3UTR | GGGGUGCUGGAGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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88 hsa-miR-6871-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT061678 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT116181 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT150139 | MIDN | midnolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT197058 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT225108 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT376288 | CALM3 | calmodulin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454810 | NEDD9 | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464228 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT466961 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468219 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472460 | NASP | nuclear autoantigenic sperm protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474203 | LEPRE1 | prolyl 3-hydroxylase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT475836 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478667 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | ![]() |
![]() |
2 | 14 | ||||||
MIRT478707 | CSRNP2 | cysteine and serine rich nuclear protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478982 | COMMD2 | COMM domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479693 | CCNT2 | cyclin T2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488440 | ULBP2 | UL16 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492511 | RAET1L | retinoic acid early transcript 1L | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492975 | NCS1 | neuronal calcium sensor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494158 | COL4A1 | collagen type IV alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT495934 | SLC7A5P2 | solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496210 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496356 | PPY | pancreatic polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496385 | ZC3H6 | zinc finger CCCH-type containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496463 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497642 | GLDN | gliomedin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498496 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501928 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT513286 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514767 | RBM4B | RNA binding motif protein 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514916 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515669 | LRRC27 | leucine rich repeat containing 27 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520367 | UBE2G2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523960 | DYNLT1 | dynein light chain Tctex-type 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526859 | KIFC1 | kinesin family member C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527673 | CASP8 | caspase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527828 | TMEM74B | transmembrane protein 74B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529553 | EI24 | EI24, autophagy associated transmembrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530547 | SYNPO | synaptopodin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531725 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533340 | UNC119B | unc-119 lipid binding chaperone B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533620 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537226 | GAN | gigaxonin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT544430 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT546905 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT547102 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT547820 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT548236 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT550034 | WWTR1 | WW domain containing transcription regulator 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554337 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT565483 | SPRTN | SprT-like N-terminal domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568200 | CBX6 | chromobox 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569754 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571369 | ZNF45 | zinc finger protein 45 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609886 | CLASP1 | cytoplasmic linker associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT640543 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT640885 | ENTPD1 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643494 | LRCH3 | leucine rich repeats and calponin homology domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643627 | YY2 | YY2 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644384 | ZNF286A | zinc finger protein 286A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646126 | SLC26A9 | solute carrier family 26 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT655939 | NDUFA4P1 | NDUFA4, mitochondrial complex associated pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656057 | MYLK4 | myosin light chain kinase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658767 | EIF4EBP2 | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661583 | EPHX2 | epoxide hydrolase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT664285 | RNMTL1 | mitochondrial rRNA methyltransferase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT689391 | ZNF850 | zinc finger protein 850 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694530 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694626 | ZFPM1 | zinc finger protein, FOG family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695133 | PRY2 | PTPN13-like, Y-linked 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695150 | PRY | PTPN13-like, Y-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697468 | ZC3H4 | zinc finger CCCH-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701919 | MLXIP | MLX interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704548 | CNBP | CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704791 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705696 | ANKRD13A | ankyrin repeat domain 13A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT707992 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708739 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT713401 | FAM179A | TOG array regulator of axonemal microtubules 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT713846 | FAM3D | family with sequence similarity 3 member D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716998 | ARL6IP4 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718511 | DIRAS1 | DIRAS family GTPase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718698 | BTBD9 | BTB domain containing 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719578 | TYRO3 | TYRO3 protein tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720892 | CSGALNACT1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722633 | C8A | complement C8 alpha chain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723333 | DGAT1 | diacylglycerol O-acyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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