pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-23a |
Genomic Coordinates | chr19: 13836587 - 13836659 |
Synonyms | MIRN23A, hsa-mir-23a, miRNA23A, MIR23A |
Description | Homo sapiens miR-23a stem-loop |
Comment | This miRNA was previously named miR-23 . This finding was later retracted after the discovery that the regulated gene was human homolog of ES1 (HES1), whose function is unknown. |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-23a-5p | |||||||||
Sequence | 9| GGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUU |30 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ABHD2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HS1-2, LABH2, PHPS1-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | abhydrolase domain containing 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_007011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_152924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ABHD2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ABHD2 (miRNA target sites are highlighted) |
>ABHD2|NM_007011|3'UTR 1 GGCCTCCGGACTCTGGCACGCTCCAGCAGCCCTCCTCTGGAAGCTGCGTCCCCTCACCCCCTGTTTCAGGTCTCCCATCT 81 CCCTCAGTGACCTGGATCTGACCTCACACCATCAGCAGGGGGCACCCACCATGCACACCTGTCTCGGAGTAGGCAGCTCT 161 TCCTGGGAGCTCCAGGCTATTTTTGTGCTTAGTTACTGGTTTTCTCCATTGCATTGTTAGGCATGGTGACAAGTGACAGA 241 GTTCTTGCCCTCTGTCCAGTTTCAGCATCTGGTTGCTTTTAAGCCAAGTACATCTAGTTTCCCTATTAAAAATGTGTCTG 321 AATAGCGATTTTGCTTTGCCACCAAAAGGCTTTTCCCTGAGAACAGTGAAGGATGTATGTCATTTTGTGGTGGTTGTATG 401 TGTCCTTACATAGACCTTAAAAAGAGCTCACCCTTCCAGGCCAATGCTGAAGACACAGCTCCGCTTGGGAGCCTGAGAAC 481 CCAGGCTTCCCAGGCCAGAGTGTGGCTTCTTAAACGGCAAAGGAAATTCCTTTGAGTCACAAGCCAAGTTTTCGCCCTGT 561 CTCCTGAGACCATTTCCCTACGCTTTGCTGCTGCTGAGAGTTACGTGAGGCACTTGTTAAAAATTCAGCCTCCCAGGTCC 641 CTCCCCTCGGAGAGGCTGATTCACTGGGTCTGGGAAGGAGCCTGGGGATTTTAATTTTTCACAAGTGCCCCAGATGATTC 721 TCATCACCAAGCAAATTTTGGAAATGCTGTTCAACAGCGCCCTTAAATTGGAAACATCTTTGCAGCTCGTTTTATTGAAA 801 TTCATAATCAGGGGTGTCCTCTAGCTCCCACGGTCTCCAGAGCAGCAAGGCCGGCTATGGAGCTGCCGTCGTGTGACCAC 881 AGTGTGATGTCTCAGAAGGGCTCTGGGTGGGCTGAGCATCTGGGCTGTGCCCTGGCTCTGCTTTTCACCCTGGACAAAGT 961 CGCTGTGGACTTCAATTTCTTCACCTCTAAAATGGGGGACTTGGACCAGGTAGATTGCTGAGCTCACTACCAGGTTCAAA 1041 GTTCAATGACAAACTCAGTTTACTGAGGTTTGAGAGAACATCCCTCCAGGGGAGCCTGGGAGCTGCTCTCCCAGTCTAAG 1121 CATGTAGATATCATCGTTTGCCTTTTGTGTGTGTGTGTCCCTTATTTGATAAAAAGATGTTTTGAGTTGTTTTTTTTTTA 1201 AGCACTCACTTGTAATTTTAGTTTTTAAACCCAAGTCCCTCTAACTTTGCCTTTGATACCAAACAATTCAAAAGTTGGAT 1281 CTGAGTTTGGAGAAAGATATTTCCAACCTAAGTGGGTATTATTTTGAAACCAGATTTTTAATTTAATAGCCTATATTTGT 1361 AGTCTGTTGGATAGGTGTTTCCAAAGTGTGTCTTCTCAAGTGAAAACGCAACTCTAGGTTTCAAGTACTCCTTTTCTCCG 1441 ATCCTGTGGTACTTGAATATCCAAAAACCCTGCACTTTGAACAATCAGCTGTTGCTATCTGGAACTAAACAGAACTATGA 1521 GTAAAATTGCCTGGATACTTTAAAAAGATATTTTTCCTCCTTCATCTCCTTTGACTCCAGGACAGACTGGAATATAAGTA 1601 GTGGGTCTGCATGGATGTTTCAGGGATCAAAGGAGCCACCTGGGCGCCTGAGTGCCAACCCTCAGGGCCACAGGTGGGTG 1681 TGGTTTGGGCACGGGTCCAAGTGACTGTGACGGGACCCGTGGGCATGGGTCCAGGTCTGTAACCTGAAGAAGTTGTTTTC 1761 TGACAATCACCAAATCATCCGAATGACATCAAAAGCAGCCCTTATCTCAGAGACTGAGATTTCTGTGGTCTCAACTTCGC 1841 TTTGGTATAATTTCTGGCACTCACCAGCCTCTATCATTATGACTTTCCCCCCAGTGTATTATTTCTCTAATAGGTTTCCT 1921 TTTCACGTTCTTTTAGCACAGACTGGCACTTTACCCTCTCAGTTTGGAAGTTAGCCCCTCTCCTCTGTTACTTTTCCCTT 2001 CACCCAACTACAGCTGTGATCTAGAACATTCATAGTCATATTTCTGCTACTACTACCTTCATTTATCAAGACTTTTTATG 2081 AGAATAGGTAAACCAAGCAATAACTTCCTAGGACTGAATCACCACCCCAGAAGAGCGAGAGGCTCCTTTCATATGCCTGA 2161 GGCCACACCCCTTAACCTGTTCTGACAAAATAGTGGCTGGCCCATGTACCAGCTCCATTCAGAAATTCAGGAAGAGAAAA 2241 GACAGCCCTGTTGTCACACAAACCGGTGTGGGGGAGGGTGGAGCCTGGTCTGCACGGCAGTCCTGGTGGCCCCTGTGGAG 2321 GACAGGCAGGGCTGGCAGCATAGCCTTTGTTGCCACACAACCGGAATTTGCTCCCCCAGGACTGTGGGAGCCAGTGTCCC 2401 AGCTGAAATCTTTTTAGTGTGTGGCTCTGAATGGCACTCACATTCCATTTTGGCTCACATGAAACTAACTGAAGCCCTTT 2481 GTTCAAGCTTCAGGCTCTTAGGCATGGAAATGAGAATGTGACTGTGGCTGTCTTACAGGAAAATTCTTGTTTGTCCCTGA 2561 ATGAGAGCACAGAGGCATTGAATTCACAGAGCTGCAAACTTGCCTGATAAATGAGGGAGTGGCAGTTTATAGATAGGTCA 2641 TCTTTTTTCCTTCCTCCAGGTGTCCTTGCCTTTCTTCCCAAAGTCATTCATTTCTGATGAGTATATGAATCCCCCTCTTG 2721 CTAGTAAGGTTCTATTTGGGCTAAAACAAGGCTGAATTTTTAAAGAGTATTTGAATATATTTTAGAATCAAATTGAGGCT 2801 ATAAATTGCATCAATCTGGACAATTCCATTGCAGGAATAATATGTTAAAAACCAATGGGGAGAAGCACCCACATCTCTCC 2881 TGTAGCACTCCGTGTCTCATAAGCAATTTGAAGACACTTACAAGTAACTGATTCCAGTCAAATTAGGATTAACTGACTCA 2961 AAAAATGGTGTCAAGTTTCTTTAATGTTTTTATGTTAGAAGTGAGTTTAACAGACTTGAAGAAAACTGTTATCTTTTCCT 3041 GCTGTGAGTTTACACAAATGATTCCAGAGCAGAATGAAAGCAGAAAGCTGTTGGTTACAATATTCTTTTAACCTCTCTGC 3121 AGCATTTTACACTTACTGGGAACCTTATGATTCACCGTAAGAGTGGAAATATACCTGAGTTCGTGTCCTAATGGTCTCTA 3201 ATTCACATTGGATCGTGGGCAAATCACCTCACCTCTCTGAGCCTGTTCCCTCCTCTTAGACCATCTCTAAGACCACTTCA 3281 TCTATTTACACATCATTTGCTTGAACATTGCTGAACATCTGCGTGAACTTGGCCTCTCCAGCCCTTGCAGGTGGAAACAG 3361 CTGTGTCAAGGCTCAAGGCTCACGCTGAGGGGACTTGGAGGGAGGGGGCTTCTGCATTAAGCTTTCCTGGTGAAGACCCT 3441 TGATCTTGTCCAAAGCCCTGTGTCTTTGACTGGCTTCTCTTCAGAGTCCCCGTTGTCATCGTAAGACCCTTGCTGTTTGG 3521 AGGGTGGTCTTGTGACTGTGGCAGCTGCTGGCCGCTGGAATGAGGAGCCTATCTCCATCCTCCAGTGTGACTCAGGCAGA 3601 GCATTGAGAATTCCCAGGGCAGAAATCCTTCCTGCTCAGGCTTTCATTCTAAAACTACAGTCTTCATTAAAGCTGAACTT 3681 TCTGGGTAGCTGAGCTTATATGCCCGGCATCTGAATGAGAGCTCTCTTTGTAACTGTGTGACTTGAGATCTAGTTTGCCA 3761 GCTCCTGGGAAACAATACATGTGTTCTTGTTTGTGTTTGCTCAGCAAGCAGATGTCTGAGATGTAAGAAGCTTTTCTTTT 3841 CCTGTGGCATTGATTCTGACTTAGAGCTGAAGTAAAAGATCACTGAAACATCACGTCAAGTTGAAGTCACTCATAGGTCT 3921 TTGTCCTTTAGGCAGGACAGGAGAGTCATTAAGAAGCATTTCACTGTAGCATTCTATCACAATATCATCTGGAATTGTTT 4001 TCTTTGCCCAGAAAGCCTTAACTTGCCTCTAGAGAATCCCTGGTATTACAACGATATTGCGGCATTAGAATTCCAACTCT 4081 TCTGCTGTGGAAGTTTGAAGCGAAGCTGCAGCAAAACCAGAGAATTTCCTCAAGTGGCCTGTAGGCTCCTTGTTATCTTA 4161 TGCCCCCACCCCTCCCTCAACAATATGAGTGATCCAGAACTGGCCCAAACACCTCAGCTCTGGTCCCTTTTTGCCCTTCT 4241 TGGCCTTACTCTGTTGTTCAAAGCCACTTTGGATTGCTTGGATGCTTCGAACAGCCATGAAAAGTAGCCTGCCTGTGGCA 4321 TTTAGAGGCCAAGCAATTGACAGAAAGGGTTTCTTCTACCTCTGTTATCTAAGCAGAGGGAAGTAAACCTCTCACCGCCC 4401 CCCACCCCTCACTGCCCCCGATTACCCTAGAATTGCTTTCGCCAAATTGTAGTTGAAGCTAAGGAAGGGGAATCTGGCCC 4481 CTGCTGGGAGAGGGAACTGGAATGCCACACAAGGCAAGGCCTGCTTCCTTCCTTCCCCTCTGCTGCTGCTGCCTCGGAAC 4561 GCTGCAGCCCAGGCTTCCTCCCACAGTGGCCCTTGGAAGCAGGCCGCAGAGTAGACAGCTGCTCCTTTTGGAAGAGTCAG 4641 TCCCCTGTGTTTTCTGAACTGTTTTTCCTAGCATGTATGTGGGTAGAGCTTTCATGCATCTCTAGTAATAATAAGCTGAA 4721 ATTAGTTTTTTTTTTAATTCTCCAATTTAAAACTTTTAATTAAAAAGTAAATTTTAATGTCGAAAATGCAAACTTGGGGA 4801 GGGCAGAAAGATCACACACAAGGCTGTCACTTCATACTTGCAGGATTGCACAGCAGCCGGGCAGAGGCGCTCCTCACTTC 4881 CCAGATGGGGCGGCGGGCAGCAGAGACGCACCTCACTTCCTAGACAGTGCGGCAGCCAGGCACAGGCACACCTCACTTCC 4961 CAGACAGTTGGGCGGCCAGGCAAGCGCTCCTCACTTCCCAGATGGGGCGGCTCCCGGGAAGCGGGGCTCCTCACTTCCCA 5041 GACAGGGTGGCCAGGCAGAGGTGCTCCTCACTTCCCAGAACAATTCTTTATGAATTTGATAAAGGACTGAAGTGCAACTG 5121 AAAGCTGCTAGTGATGATCTGGTAATATACAATTTGTCCAGTAGCCAGTTTGTTTTTATTGTGTTTTCTAACCATAAGAG 5201 ATCATTAAAGGCAAAGCCTGTATGACGCTGTACACACACAAAAAAATGGTCACCGCAGGCCATACTACCAATGAAATGGT 5281 AGGTAAACAAATCTTCTGGTCAAGAGAAAAAAAAAAGAAATAGCACTCTGCATGCTTTGCTCTACAAGACGAATTTCCCT 5361 AGAAAGAATCCAATGAAGGCCGGGCATAGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAGGCCGAGGCGGGTAGATCAC 5441 CTGAGGTTAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCTTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCTGGGTG 5521 TGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGCA 5601 GTGAGCCGAGATCACGCCTCTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAGACTCCGTCTCCAAAAAAAGAAAAGGAATCCA 5681 GTGAAAATGGCTGCAATTACAACAAGAAGTGAAGGAAGAAGACTGGTGACATCTCTGAAGGATGCAGTTGAGGTTGATCC 5761 AGGTTTATCCGAATATGCTACCTTTCTGAGCCTTAAACCTTCATCTCTCAGGTGTTGATTTGCTTCTGATAGCTTCATCA 5841 TTTCTCCCTGAAGTCTTTTACACTCTTCTGTTAGTTTCCTTGTTTCAGTATCATGAAGTGAAGCACTGTGTGGTTGTGGC 5921 GTGGGCCCGTCTTGCTTAGATGCATTCAGTGGGACAGCTTTGCTGGGTTCCATGTCATTCAATTTATCATTTTCATTGGG 6001 GATCTCCATTTGGAATCCATTAATTCATGAGGTTTTGCCTCATTCCACACAGCTTCCATATCTGAAGTGTTTAGTGGAGC 6081 AAAAATTGTACCATAAACTTGTGTTTACTCTTTTCATTCGGATCATAGTCAAAGGGCTGTAGCATTACTGAAACAGTCAC 6161 AGTTGACCCTGGGTCAATAATTCCACTGTTGGGCCTCACACAGTACCGGTGAGGCACGGTAGTCTTCACTTTGAAACACA 6241 CTTTTCTATCCGATGGATTTCGCAATTTAAGATTTGTAGTGACTACATCTGTGAAGGGGCCTTTGAATTTGAGGTCTATG 6321 GGCGGGTCGAGGACCAGGATCTGCTCGTGCTTCGCCGTGGCCCCGGAGGCAGACGCCATTGGAGAGACAGCGCAGAGCAG 6401 GGGGCGGCTTGCTCGCTGGGGGCGGGGGACGATGGCGAGAGGGGAGGGGGAGCGAGTTCGCATCTCTCCTTTTCCTGGTT 6481 AGACTCTGTTCAACCACATTCTTATGTTGGCAGATCTGCTTCCAGATTGATTTTTAGAGCACCATCACTTTCACATTCCT 6561 GATTCTGATTTTGTTTTGTTTTGTTTGGGTTTTCTGAAACTTAAAATGCTGCCCCGAAAATACTATATTTTTGAGTTTGT 6641 GTTCTGAAAGCCTCCGTGCTGCTGGATCTTTGGGGGGAAATACAGGATCCTTCAGCACTGAGGTGTTTAAGATTTGCAAC 6721 TAGCAATGCAATTTTTTCTAAATATGGGGATATTTACCTTTATTAAGAAATTATACTAAACATTGATGTCCTTGATCATT 6801 TTATGTTCTCATATTACTTTTGATTCTACTATGATTGTGTGGTGGTGAACAAAGATCATTACAAACAAAAACTGTAATTT 6881 TGTTATATTTGATTCAATGGAATTTACCTAAAAAATAAAGACTAAAAATGTGGTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 6961 AAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000352732.5 | 3UTR | GAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGACGGAGGUUGCAGUGAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000352732.5 | 3UTR | GAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGACGGAGGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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131 hsa-miR-23a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT038958 | ATF1 | activating transcription factor 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT057661 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT395438 | NFKBID | NFKB inhibitor delta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT463884 | WNT7B | Wnt family member 7B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT475804 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478528 | CTNS | cystinosin, lysosomal cystine transporter | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479278 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT492564 | PPM1L | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1L | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500353 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509788 | CHAF1B | chromatin assembly factor 1 subunit B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511566 | HIST3H2BB | histone cluster 3 H2B family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT525450 | GPATCH2L | G-patch domain containing 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539558 | CNKSR3 | CNKSR family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT540034 | DNAJC28 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C28 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT540225 | SAMD5 | sterile alpha motif domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540242 | RGS17 | regulator of G protein signaling 17 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540871 | ZBTB24 | zinc finger and BTB domain containing 24 |