pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-6501 |
Genomic Coordinates | chr21: 33550662 - 33550728 |
Description | Homo sapiens miR-6501 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-6501-5p | |||||||||||||||
Sequence | 3| AGUUGCCAGGGCUGCCUUUGGU |24 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
|
|||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | TCEANC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C1orf83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transcription elongation factor A N-terminal and central domain containing 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_153035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TCEANC2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TCEANC2 (miRNA target sites are highlighted) |
>TCEANC2|NM_153035|3'UTR 1 CCTGAGGACGGTTCCAGCCCTGGGCCAGGCAGAGAGGAAAATGGGCCTGTCTCTGCCGTTCAAAGACGCTTTTGAGTTTG 81 GGTGATGGCTGATGCTGGCTGTGCTAGATTTTCCCATGGTGCCGTTCCTTTGCAGACAGAGGATTCGGAGAGCCCTAGGA 161 GACAGGCCTGCAGGAATGTGCTTCATTAGCTGCAGTGCGCTGGTGCTGCCTAACAGAACGCACACTGGCTGTCACTAGGA 241 AGCGCCATACGGTTGCTATCACCCAACATGGTGAAAGGGTGATGGATTTCACTGTGAATATGCCAAGGACACCTCTAAAC 321 TTCCCCCATGTCAGTCAGATGAAGTTACTACTATATTTCACCACCCTGCAGGTAACTGAAACTCAATTACCGCTGCCGCT 401 CACTCGGTTCCATCCCCCTGAGTTTAGATAGCTCTGGTGCCTCTCAGAACTCCCCTGTCTGTTCTCTTTGCTCTATCCCA 481 GGGGTGAGCCTGCGAGAGCCAGCCAACTACCCCTTCTTCCCAGAGCTCACTTATCTGAACGTTTCAGCTCTCCCTGGAAG 561 ACCTTCTGCGTTGGTCTCCAGAGCCCCCATGCTGAGGCTACTAATGAGGAACTGGCCCGAAGCCTCCCACACCTCAGGGT 641 TTATTTGAATACGCTGGCGCTCTCAGTTTAGGGCTCTGTAGAAGATACATAATGAAATTTCTCTTGAAATGAATTACTGC 721 AGTAGAAAAAAGTACATACATATATATGTTAAAATGAAATATCTCTACACAGGCCTGTTTTAACAATTACGTAAATAATA 801 CTTGTTTTTTTAAAAGTAATAGTAAGCTGGGAACTTTTTTTTCTAAAACAAAAGGTGGAGTTCGTTCACTGAAAAGTGTT 881 TTGAGTTGAGAAGGGGTACAGTTGGTGAAATTTAAAAATGATGGAACAAGGATTTGAGGAATGTAGAAGACTCAAGGAAG 961 TGGGGATTAGATTAGGGGAGACTGGAGCACGTTTGTAATCTGAAAGGAAAGAGCTGGTAGAAGGGGAGAGATTTAAAATC 1041 CAAAAAAAAGGAAGATGAGTTGAAAAGCAAGGGGAGAAGGGACGGGACTAACATTATTGCCTACCTTCTAAATACTAGGC 1121 ACTTTTCCTAAGACAGTTTATTAACCTTTACCTGGATCTTTATATAGTTTTGTAAAAATATTGCTTACTTCTCTCACCCA 1201 TTGTATTAAGTAGGTATTGTTGTTTTCATTTTTTAGATTTATTCGTTTATTTAGCAACCATTTCCTGAGCATCCATTCTG 1281 TGGGGTAGGTGTATACTGAGCAGTAGTTACAAATGGGAGCCTGAGGCTCACTGAACAGAAACATCACCTTCAATTTCCTA 1361 CTGCTAGTAACTATTGGAGCTAGAATAATAATAATCGAGCGTTTACCCTGGGCCCAGCACTGTGGTAACCATTTTACAAA 1441 AAGAAAATACCCAGTTAAACATGAGAAAAGTGAGGCTCAGAAAGGTATAGTAACTTACTCAAGGTCACGCAGATAGTGAA 1521 TGACAGATCTAAGATTCAAAATCCGGGTCTATTTGATTGTATATGGTTGCCTTGGATGATTTCATCTACTCTCATGTTTT 1601 CAAGCATCATTTACATGCTGATGACATTCCAGTTTGTATCGTCAGCCCAGACCTGTCCCCTGACTTTCAGATGATATTTC 1681 CTAGATGCCCCATAGACATCTCAGATATAACATGTCTTCTTTCCATTGGCAGTACCAGCAAGCCAGACACTCCAGCTAGG 1761 AACTCAAGGAGTCAGCCTAGACCCCACATCTCCCACCCTCAGCCAACCAAGTCCTGGTGGTTTGATTAGGTTGGTGCAAA 1841 AGTAATTGTGGTTTTTGCCATTACTTCTAATATATTACTTCTTTGCATTTGCTGTTCCAGTTGCAATGCTCTTTCCCCAG 1921 ACATCTGCATGTTCTTGTCCTCACTTGCTTTAGGTCTCTCTTTCCCTTATCAAAAAGGCTTTTGCTGACTATCCTAAATA 2001 CAATAGCACTCCCTCCCAACTATTCTTTAATGCTGTACCTAGCTTTATTTTTCTTCAGAATATTTATTACTCTTTAACAT 2081 AGTTATTTCTTTATTGTCTATCTCCCCACTCCCAGAATGTAAGCTTCATGAAAGCAGAGTCTCTGTTCTGTTCCCTGTTA 2161 TATCTCCAGCATCTGGAACAGAGCCTGGGACAAGCTAGGTCTCCATAACTATTTATTGGATAGTTGAGTGACTGGTTGTG 2241 GATGTACAGTATAAGCATCTAATTCAATCAGGGAGTGCTTCCTGGAGGAGCTGATACCTGTGTTCAGTCTTAAAGGGCAG 2321 GAGTTTGGATAGGGGAATGTTAGTTAATAGAATGAAAATTTCAAAATTAAAGGGCAGGAGTAATTAATTGGGTGGTTGAG 2401 ATGCATGCCTGGCAGAGCAAGCAGAGTATGGAAAAACCCAGAAGTGGAGATATCTGGAAGGTGATTGGTATGGCTGGAGT 2481 AGAGGACACTGGCAGGAGAGTAGCTGGAGATGAGGCAGGAGAGGAAGGCAAGGACCAGGATCAGGTTTGAAGGGTCTTGA 2561 GCATCAGGTGAAGGCGTTAGACTGATTTGAAGCAGGAACTGGTCACTTTTGTGTTAATAGGCTATGTGGAAGAGAAGCTG 2641 GGGTAGGGAGACAGGAAGTAGCAAGCTTCATGTTTAAAGAACCAAAGAGTTCTGCTAACTTAGGAACCCAGAGTAAGTTG 2721 AAAACAAATTGCTCTCTGGCTGAAAGCCTTCAGTGGTGATAGTTGGAAAGTAGAATGATTGCAGAGATGTGCTTTGGAGA 2801 TTTGGAAAGCAGGCTGTGTTATTTGTGGCTGTTTTCTCCTTGATGCATGTGCAGAATTTCCATGAACGCTAATGGAGCTA 2881 TTCTGAGCATTTGCTGAAGGGAAGGAAGCTTGCAGACATCCCTCCCAATCTTGCCCACACACTGAGAAGTAACTCGGAGC 2961 TACAGTCTGTTAAAAATGAAAAGGTTGAGGCCGGGTGCATTGGTTCATGCCTATAATCCCAGCGCTTTGGGAGGTCGAGG 3041 CAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAAACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAA 3121 ATTAGCCAGATATGATGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGAAGGCTGAGGTATGAGAATCGCTTGAACCTGGGAG 3201 ATGGAGGCTGCAGTAAGCCAAGATTGTACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAA 3281 AAAAAAAGAGAAAAAGAAAAAAGTTGCCCCTGAAATGGGGTGAGAGTAGTTCCTGAGACCTCTGAGTTACCTGTAAGTCA 3361 AGGTGTGAATATGTCTTATAAGCAAGTTCAGTTGCTAGGGGAAATGTGGGAAAGTAAATACCATTTGTGTCTGCTCTAAT 3441 AGCTTATTGATGCTTTTCTTGTAGTGGTTAATTTGGAGGTCCTGGTTGGGCATGGTAGCTCACACCTATAATCCCAGCAC 3521 TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAACCTGGCCAACATGGTGAAACCTTGCCTGT 3601 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGATCTGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCACTCGATAAGCTGAGGCAGGAGAATTG 3681 CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCAC 3761 CTCAGTCTCAAAGATAAAATAAAATAAAAATAAATAAATAAAAATTGGAGGTCTTGGTCCTCTGTGTAGGGACTCAGTCT 3841 CTGTATTTTCATTCATTCATTCAACAAACAAATATTGCCCATCTTCTGTGTGCCAAGGACTAGACTGGCACTGGGGACAC 3921 AGCAATAAAGGAGAGATAATTTCCTCTGAGTCTGGTGAGGCAGATAGACACATAACTAAATAAATAGAGTATAGCATATT 4001 GGGTGATAACTATAGACATGAAAATATTGAGAAGATGGGGAAAGGAATGAATAACACCACTCAGAGGAAGAATCTTCACA 4081 GAGGAGTTCATGTTTGAACCAAAGCCAGAAGGATAGGTAGGAGTTCTTAGCAGAGGGCTCAGTCTATGTGAAAGCACAGA 4161 AGCGTGAGGTGTATGGCTAGTTTCAGTAAAGGCAAATAATATGAGGTGGCTGAAGCATAAGGTTCTTAGGAATGGTAGTG 4241 AGAAATTGGGCAAAAAAAGTAACCAAGGCCTTGGAGGCCTTATCAACGAGTTTGGACTTTGGCCTTCAGATAATGGGATA 4321 CCATGGGAAGTTTTTGAGGAGGTGAGGGACCTAATCAGATGTGTGTTTTAAAAAGATTTAAAAAACAAAAACAAAAACAG 4401 ATATTTTAAGAAAATTTTAAACATTCAAAAGAAACCCAACAATTTAAGGCAAAGGAAAGAAACACTTGAGATTCAGTCAA 4481 TTAGAGGTTTTTTTTTTTTGACAAATGAAGTTTAAAGTTGCCCAAACAGATATCATTAGAGAATCCCAGGTTTGAAAAAT 4561 GGCAGGAGACCCAGATAATGCATTTACTGTGTTCTGTGGTGAAGGAACAGGTAGCTGGCCTTTTTCATTTATAGAATATC 4641 AGGTTCTTAAACTTGTGCCTGTCAACCTTGGTTTTCTTTTGCTGTAGCCTCAGGCCTCAGAACCTTACTCTGAGATTGGT 4721 AATGTGTTTTGAATGTGTTTATCACAGCCAGATGGGGCAAAGGCTCAGTTTGTTACTGCCCATTATTGCAAGGGAAGGGA 4801 GTCCATCCAGAAAACAAAGCTTTGGGAGTTTCAGTTAGTTGGGTGACACTACCCTGGTATCAAAGGAAAGATGGTTTGAT 4881 TGGATGACATTGTATTTTCTTTAAATCAATCAAAATGATACAATTACTGTCAGGGATGGACTTACTCATAACCTGGGGAG 4961 GTTGGTTTCAAGATCCAAGAAGATCAAGACATCCAATCAAATGCTGGTTTTTAATGTTGATAAAATCATTCTTTCAATAC 5041 ATATTTGTTGAGTTCTTACGTGTCAGGTATTAGGGTCACAGGGATAGAGAAGACATAATCTTTGGCCTCAAGAAGCTTAC 5121 AGTCTAGTGAAGACTGTAAACAGACAATAAACAGACAATTTTTACTATTTATTTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
---|---|