pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-190b |
Genomic Coordinates | chr1: 154193665 - 154193743 |
Description | Homo sapiens miR-190b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |
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Mature miRNA | hsa-miR-190b |
Sequence | 11| UGAUAUGUUUGAUAUUGGGUU |31 |
Evidence | Not_experimental |
Experiments | |
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MAP3K2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MEKK2, MEKK2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_006609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MAP3K2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MAP3K2 (miRNA target sites are highlighted) |
>MAP3K2|NM_006609|3'UTR 1 CAGCCAGTAACCTCTCCTGTGCCTCTACCTAGCTCCCATCTATTCATTCACCTTCTCTCTGACTGCACTTTTCTTTTTTA 81 TAAAAAAAGAGAGATGGGGGAGAAAAAAGACAAGAGGGAAAGTATTTCTCTTGATTCTTGGTTAAATTTGTTTAATAATA 161 ATAATATCCTAAATTTTTTATATTTAATCTTTTTTTCCCTTACAAGAACTTGAAGTTTTTTTTTTTAATTTTTATAATGT 241 ACTGATGTGGTTCAGAGAGATAAAGCACTTTAGTACATAGTCACTCTTTTTAGTACAAACAAATCATTTGGAATACCTAA 321 AGATTGTAGAGTCATTCCCTCTATCACTGACACATCAGTGACGATGGGAAGACATGGAAAACAAGGAGAAGAAAATGATG 401 TATAATTTGTAGTTTTTAGTGATAGTATTTAAAATATATCCTCATTTGTGGGGTTGAGCCCTAAACTTTAGTTTAGGGTA 481 GGTACTCAACTTAAAGAATATAGGTTTCTTCTTATATCTGTATTCTTTAGATCCTAACCTCTGTCTACCAACCTTTTTGC 561 TCAGTAGGAGTCTTGATAGAAGATATGAATCTCTGAGAGGTATGTTTATTTGTTAATCCTAACCAGTATAATAAGCAAAT 641 ACACTATAATAGATCCACGTTACTGGAATCTGTAAACCTTGAGGGATAGCTTTCTGCTTAAAAACACACACACACACACA 721 CACACACACACGGAAAACCTTTATTTTAAAGTCAAGTTGTGAGCAAATAGAAATAAAAGACAAAAGGACATCACTCTTAT 801 CAAATGTGTGAGCAGTAGAAGAGACCACATTTACAGTCAATAGAAATAATGAAAAAAAATTAGGTGTTTAGTGTATTTTA 881 AACAGTTTTGTTTTGTTTTACTTGAGGGGGACGTCCCAAAATTAAAGGAATGGAGAAATAATCAAAATCATGTATACCAT 961 CTTCTATTTCCAGCTCCTGATTCCCCATAGGTAACATCCCTTAGGAGCGAAGAGTTCAATTAGTAATGTTTATGTGTTAT 1041 GTCAGGAGATGAAACCCTTGTTCTTAGGATCACAGAATACTAAAGCACCTCAAAAAAACAGGTATCATGTGAAACAGTGG 1121 TTGCCAAAAGTGGAGCGAGGATGATTTCACTAGGCATTTGGCAATTCTTAGAGACATTTCCGGTTGTCACAATTGGAGGG 1201 ATACTAGTAACATGAATTGGGTAGAGGCCAGGGATGTTGCTAAATAGATTATAATACACAAGGAAAGCAGCCTCAAAGAA 1281 TTACCCCTCCCAAAATGTCAGAAGTGCTGAGGCTGAGAAACCCTGATGTAAAGATCAGTCCCAGTTATAAACTGAAAACA 1361 GCTATTTACAAAGCAGTAAATGCAAGAAAGAAAAGGAAGTCGCAAAGAGAAAGTGATGTAATGCAAATTGAGGATTTTAC 1441 AAGATCAGATACTGCTGCTTTAAGTCAAGGGTGAATAATCTCAACAAACAGCAAATAGCAATCACTTTACCAGCTGCATA 1521 TTGCACCCACATAGGTAACTCTTCATTTTAGGAACAAACTGAATTTGAACACTGAGCCTTTTGAACTCAGCCATCTCTAT 1601 ATATTCTTTCCTTAAAATTCATGATTTTGGGCAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATCAAAACAAAATTTTAACTACTAATGG 1681 GAAGGTTAAAAAGCTGCCACGTATTTCTAGTACAATGTATCCAATAAGAGCAAGGACATTGTTAAATGGAACAAGACAGC 1761 TGGGAAAGGCCCCACTATCTCTAATAGAATTGTGCTACTATAAAACATGAAGATATCAGCAATTTGGCCACTTGCAGTTT 1841 TTTTCAGCATGTTAAAGCAAGTGCTAAGTACTTTATTAGTACTTTATTTAGTACTTTATTTTAAAGGTCTAGAAAACAAC 1921 AGTCTTCCTGGAGGCCCCAGAATCCCTTTCATGGGATTCATAAGGGACTCAGGTATTCTTATTTTCTGCCAAAAGGTGTG 2001 CTTATTTAGGGACTCTTTTACGATACTTTGTTTCTGAAGTTAGGTAGATCTTGGTTTACTGTGCCAAGGTCCTACCTAGC 2081 ATTCCCTGTAGGAATATTTGAAATTCCACTAGCTAGTCTAAGAAGTCAAAGCACAAAATTAATTGTCAACGCTTCTCTCA 2161 TATTCTTAAAATTGAAGCAGTTTGCAGGGAAGAACAAGAATGAGGTGTCCCTGCCTTGGTAAAGCAACTGCCAAATTTTG 2241 TTCTAGAAAGAATCCCCAAGTGTGTGGATCTATTATAATTTCTTTATCTTTTATGAATGAGGGCATCTTTTCTACTTGAG 2321 CAAGATCATGGTCCTTGACCAGTGGGCTTTTCCTTCATATCTGTCTTGTGTAGTTGTGCTTTTCCTTTGGCTCGTTTTTG 2401 GTCTGTCAGGGTAACCAGCAGTGCACAATATGAGACAAATGCTCTTTAGAGAGAAATCTGGTGAGACTGTAGAACCCAGA 2481 GCAAAACTGTTTTTTTTTCAGTCTCTGTTTTCTTTTCTAAATGCTATAGAAAATAAAGGCACCTGAAAAGAAACTACTAC 2561 TTTAACACTGCTGTGGAAGGCCTTTGCTTTATAAGAAAAATATTATTAGCTATGGGAAAGTAATGTTCTTTATGTAAAGA 2641 CTTAAAAATAGACTAATAGTTTACAGAGTTATTATATAAAATACGATGTGAATTTATTTCAAACAAGTTGTGAAGGTACC 2721 AAAAACCACAATAAAAGTTAATATATATAAAAACTACTAGAACAAAAAAGCTTGAAGGTGTGGGGGTGGAGGGTATGGAA 2801 GACCAAAAGTAAATTTAAAAAAGAAATTTTTGAAAGGAAACAGCTTTATCAGGGGAAGTTAAATATAACACTCCGTTTTT 2881 TTCTTCTTTCTAATAATGATATGGATCAACAAATGCAATTTGAACTTTTTAAGATAACTCTAAATGTGTTTTGTTTCTTA 2961 AATGCACAATTGATTCTTCTATACTGTAATGCTTCTTTGCTGACGCTGGAAAATGGTCAGACTGCTGACTTTGTGCCTTT 3041 AAAATGCATTCTGCTTTGACAGTGGCAGACTTTTTGGTGCTGGAGAAGATTCACTAGCAGTCTTATATGTGCTTTTCAGG 3121 AAATATCTTTCTACTTAAGGCCTTGAGAGATTCAAAGTGGCATGACTTAGGCTTGGACCAAATATAAGATCTTTTACATT 3201 GCAAACAAAATGTTGTATTGAATAAAAGGGTTAAAAAAATCATAATGACTAGTGGAAATTTTGATGGGTTGTTAATTATT 3281 TAAAATGTATTTGAAAGTATACAGACTGAAAATTTCAGTATGAATATCTTGAAAATTTTCAGCACTTTTCCTTGTTTACA 3361 AAACATCTTTCTAACTTAAAAAAATGACTATTGCCTTAGAAAGTTTTAAAAGGCACAGTTACCCTTACATAACATATATA 3441 AGGAATTAAAATATTAATGCATTTGCTGAACTGTAAAAGAAAATTTTAAACCTTGATTTCAGAGTGAATTGGATTGGCTT 3521 TCACTTGAGAGAGTCTTTACCTTATTCCCAAAGAAACTGCATTAAAAAGATGAAACTATTTCTTTAGACTAAGTCTCTGC 3601 TACTCCAGCTCATATATATGTCAGATCTGCTCTGTAGTATTTCTGACATGGAGTTGTTATAAGATATGTGAAATCACTTA 3681 GAAAATAAAATCAGATGTGAATAGTTTAGCAGGATGACCAAGCCAGATGCAGACTCCTTGGCCTATGGCAAAGTTCTGTG 3761 CCAGTGATTTTATTTGGAGTCTGGGAACTGATAGCTTGATATAAAATCACCTGGTGTCAATTAAATATACAAATCTATCT 3841 TTTTTAATAGAATGAATCTTCTTTGTTTGTTCAATAATTGTAACTTATTATGTCAGGTACTAAATTAACATCCTTAAGGA 3921 GGTCACAATCTAGGAGGAACATGGGCAAACAGTTACTTATTTTATGGCATACGCTAACTCTGAAAGTTCAGCAATGATGT 4001 TTTAAAATGTTATTTTTTATTAAGGGAAAAGCAATTTTAGGTAATCATTGGCTGTTATAAACGGAAATGTCACTGACAAC 4081 AGGGATTAGAGTAAAAGTATCTCCAAACTAGAGGGATCCCCTCCCCAACCAGGTCACATAGCATCTCTCTCAGGACCCCC 4161 TCTTACTGCAAAACCCAGCCTCTACTCAACAGTTCTGGTGATGGGGAGCATTTATTCCATAACAGTGTTTTTTTGTTCTT 4241 TTTTTTTTTTTTCCCCAGTGTCTCTTTTAAAGAAAACATACTTTATTTTGGTCTAAATTGTGAAAATACCCAAAACATTT 4321 GATAGAAATTGAACTCTGTCAACAGTGTTATTTATACTAAGATCAGGACAGTTCCTTGAGATCATACTGTTTTATTACTA 4401 AGTTTGGCCTTTGTTTTACAAATGTAATGTTCATATTTATTTGAATTTTAAGATTGGTTAAATGTTAATGAAAAGCAATC 4481 CAATTGTTAATTTTTAGTAGTGCCTTTTCTCTGTATGCCTTAATTTTATTTTATATTAATAATTCAAGTTACCCACCAAA 4561 ATGAAGATTTTTTCCAAAATCAGTAGGCTTCACAAGTTCATTTGGCCTTAGACTGTGTATTGGTCCTTAAATGTTTCTTA 4641 ATGCCTGCCTCCTCCTACCCTTTTCTACCTCCTTTTTAAAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATGTTAGGAGAGAAACA 4721 TTAGGATTTGTCTGTGATAGACATGCTGCAGCTTCCACTAGACATGAATTCCCAACACAAGCATAGAAAGAGGTATTCTC 4801 GTTCTAAAGAGACATGTAAATGTTTTCTGGGTTGAATATTTGATTTTCAATCACATTGGCACTGTCCAAGTTCTTGGCAT 4881 ATTATAGTTCAGTTATGATTTTCATGGTAGAGTTACAATACTTGTTTTTGCCCTAAAGAAGTCATTCACATGGTTTACAA 4961 ATGTTAAGGCAATGAGATAGGACAGTGAGTAGGAAATCCAGGGATAGCAGATTCTAGTCCTTAATTCTCAGCTAACATTT 5041 TGGGTAATACTCACAGAAAAGTTACTTTTCTGTGAAGTGTGTGCATGTGTGCATGTATGTGTGCGTTTGCATGCATGTGT 5121 GTGTGTGTGTGTGTGTGGTTAGAGTTGGAGGCAGGGATGGGAAGGAAGAAGGGGAAAGGTATGAGTGTTCAATTAGGTCA 5201 GTTTCTGGTTTTGGAAGAACAACTCAAATGTATGACCTACTGATGACATACAGTGAGTGTAGTCATCCTTGGGTAGGAAC 5281 ACCAGTACATTTTCCAGAAGTAGCTAGTACAAATGATTGTATAATAATATTGATTGTAAATTGCCATACTCTTGGTTGCT 5361 AAAGGTAGATTAAAATTCAATTTGTGTATATGTAAAATAATCTTATATATAATTCTTAAATAGAAAGTAATTGATTTTAC 5441 ATAGTTCTTCCTGAACTTTTTGGAACTGAAATTCTGCCAAACATTATCAAAATAAGCTTCCTTAGCTTACCAAGTATTCA 5521 CAAGGAAATTCTCTTGTACCTCTTTTTGGTTGGCTAGGGGAAGCATGCTGTGAAGCAGCTATTCCTACTTATAGTTGTCT 5601 TTGGCTTGGCTTTGACTTCTGCCATGGTTTGGACAGGATGCCATGGTAGGTGTGGGAAGTATCAGGGCCTCCCATCTTCC 5681 CATACTCACCTTCCAGAGCTGTTGATGGAAATGAGCTCTTGGGGGAGCCTAGAGATTCTTTTTTCAGTGGTCCTGTAAGC 5761 ATTCAAGGTTGAGCTTCAGAAAGATGAGGGAGGAGTCATAGCTACAGTAAAGAAAAGAATAGATTTTATCTGTTGCCTGT 5841 ATACAGTCTCATAGAATTCTTATTTTTCATAATTGTGCATTTTAATTGATAGTCATATGGTATTTTTGTTAATAACAGCA 5921 AAGGCATTAAATCAGTACCATTGTTCCTTCTGCCTGATGACTTCTTGTTTGTAACACAATCTGTATTATCAGAATCACTT 6001 TAAACCAAAGCTTTTATATTCCCTGTACACATAGCCAAAATAATTAGCACTGTTACTTCTGTCCACTTGTAAGCTAATAG 6081 TATAAAAATTATAAAGCAGATACTAGTAGAATTTGTATTCTGGTATATCCTTCAAGGAAAAGGACAGGTGATCAGTGCAT 6161 TTAGACATCCAGAAGTTACTTCCACTATTGAGGAACTATGTAGACATGAATTTAAGCTTGTACATGTGCCAATCTTGTTA 6241 ATGTCACTTGACCACTGATTCACATAGACAGACATTAACGTCTGATGCCTCAGGTTGATGGCGAACTTTCTTCCTAGTGT 6321 CTTAACATTTATGAACTTATGTTTGACTTGAGGGGCATTTCAGCAAAGCTGTGAGGAAAAGTAGGTTCTGGACTGATGTC 6401 TGCTTTGTGCCATAGACATTTTGGAACATAAGGAAGTATCTGCTTCTACTATATGTACAGGACTTGTCCCCAAATAATTT 6481 CTGAATCCCTTAATGCAGTTGAGAATCCCTTAATGCAGTTGAGAACAGTAAAGTTCATGACCATACCGAAAAGCACTTTT 6561 AAGTTCACTTCTTTTTAAATATTTTTTTAGAATTTATTTTTTAAAAGCATATGTAACTAGTGATGATTTTAGCATTAGCT 6641 TTACTTGGAGGGGAGAAGAAACAAAATTACACCTTAAACTCTATTAGATAGACTACAAAATGGATTTGATGTATTCTTAC 6721 TTTTCCAAAGAATTTTTTCCACCTGGAATAAGAAGAGAGGACTAGTTGAAACATTTGAGCTGGAGAGGCTTATGGGCAAT 6801 ATGAAGTGGGCCAAATTCTTGCAATACACCCTATTCAATTGAAAGTACAGTGTCTAAGGATAAGAATACTTCTTTAAAGA 6881 CCAACAATTGTTTTAATGCAATCTTAATTAGTAAATGGTTTACATTTTTTCTATTGTTATTGGTTTTAAAATTTGCTACC 6961 CTGAATTCTGAAATATTATAAGAGTTAATACCAAAAATACTTTTAATGTCTGACATCTCTTACATTTCACATGGTTCTTT 7041 TTATTCATTGTAAATAAAAGTAAACTTGGATAAATTTGAGAATAAACTTTGAATTGTTGCAAACTATGATTATCAATTTG 7121 TAAATTTACCCTTTGACATAATAATGTACATTTTTAAATGTAGCCATTAAATTCTCTATATTTAACCTATTGGTTTCTCT 7201 CTAAATGTTTTTAATCTCAGTTGAATGCTGGGCAGTTTATAATTATGTACAAAGGGTTTTTTTCCTATTAAGATTGACAT 7281 TTTTGCACATTTTTGGAAATGTTTAATTTGTACACTGATTTACTACTCTGACCAATAATTGTTGATGAGTGTATGAGCAT 7361 CATGAATGCGTGCATTGAACTACTGTCTGTGTCTTTATGTTTTAACTTCTTTCAAGATGTAGCCATCAGTTACTGCACTG 7441 CTATTACTGACTTAAATGGACCTTTTTGCTTTTACAAACTATACTTATCTATGGTTCTTTGTTGAAGAACTCAGGAGTTC 7521 GACATTAATAGAAATTAGAAAATTTTATAATGTATTATAAAATCCATTACTAAGTTGAAAGTATGCTTTTAACTGTGTAT 7601 CAGGGGATGTATGTTTGTGTGGAGATGTTTTTTTCTGTCTGTAGGCACATGTATATATCCCAGTAAGTTCTTATTTTCAT 7681 TTCATTTCTACATTTTTATGAACTTGTTTTATAAGGGTACTGTTTAGTTGTGATAATTAAATATATATAAAAGCTTTCTG 7761 AGAGATTATTTACTATATGAATATATTTTCAGCTGGCTGATCAAAAGTATTTTTAAAATTTTGTTTTTAGCCATTCAAAA 7841 TGTATTTGTATTTTCAGAATTGAATGCAAGTCATACTTAGAGCTCAATTAAAATACTCTTGCAAGAAAAAGCATTAAATT 7921 CTCTTTGAGAATTCCGTGAAATGCAAATTAAGGGAAAAATAGGTTTTAAGCAGTAGCAAAAACACACCGCTAAAAATGGC 8001 CTTTGAATTCTCAGAGCTATGGAAAAATGTGAGAAACTAAATTGTCTCGAGATGTCAAGATTTTTCTATCTCCAGTTGCT 8081 ATTGGCCTGTCCTACTGTTGTCTTTGAATATTTCCTGTATTCCACCCCAAAAGATTTCAACTTTTAGTTTTTCTATCACT 8161 GGGCAAGGTCAGACTGGGTTTATAAAACAATATATTGGCATATTGTGATTCTTTGTAATTGACTATAAATTGGTTTTGAA 8241 ATGTCCAAACATACGTTGTGTGTCTTTATATTGTACTGTGTGTTTTAAGTAACTGGCAGAAAAAGAATTGGAAATGAAAT 8321 TTCCAATCAGACAATGTAGTATTAAAGAAAACTTTGTTTTAAATATGCGGTACCATGTAAAATTACTCGTGTTAGGAATA 8401 AAGTCCACTGTTGAAGTTGAATGTCACTAAGCTTATTATGTTAAAAGGAACCAGTGTGATTAGGAAAACCTACCAGAAGC 8481 CAGATACAGTGTGGTACGTGCAACATTTCATGCACATTTTGATTTTGTTTGTCATTCAAAATTGTGCTTGTAAAAATGTA 8561 TACAATTTCTGAGTTTTATAATTTCTAGGTACTTGTTTTTTCTTGCTGGTAAATAGCTTTTTTTTAAAAAAAAATCTAAT 8641 ATAAAAGAAACCATGTTTATATTTTGTTAGTGATCAATGACTTTGTTTATATGGAAATTTGTATATTGTTGGCACACATT 8721 TTGTTGAGGTTTACGTGCATGAAGGCCTGCAATAATTAGCACAATGAAAACTGCTTTTTCTTACATGTTCATTTTTTTGA 8801 AAGATTGTGGTGCAAAGGCTTACTCTAATAAGTAACCTTCTGGACTATGGAATGAATATAAATGAATGGCACTTTGAGTG 8881 TTAATAAAGCTAATATTTATTTCCACTGTG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000409947.1 | 3UTR | UUUGGGCAAAAAAAAAAAAAAAAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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60 hsa-miR-190b Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT054581 | IGF1 | insulin like growth factor 1 | ![]() |
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4 | 1 | ||||
MIRT066966 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT192449 | SPRED1 | sprouty related EVH1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT250414 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT306294 | KLHL24 | kelch like family member 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT355845 | SGMS2 | sphingomyelin synthase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT437770 | MTMR6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT437771 | MTMR6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT437772 | Mtmr6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT444672 | CDKL2 | cyclin dependent kinase like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446389 | PCDHB11 | protocadherin beta 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446634 | SDC3 | syndecan 3 | ![]() |