pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4707 |
Genomic Coordinates | chr14: 22956950 - 22957029 |
Description | Homo sapiens miR-4707 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4707-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 52| AGCCCGCCCCAGCCGAGGUUCU |73 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | KREMEN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ECTD13, KREMEN, KRM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | kringle containing transmembrane protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001039570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_032045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KREMEN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KREMEN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>KREMEN1|NM_001039570|3'UTR 1 AAACCCCACTGTGCCTAGGACTTGAGGTCCCTCTTTGAGCTCAAGGCTGCCGTGGTCAACCTCTCCTGTGGTTCTTCTCT 81 GACAGACTCTTCCCCTCCTCTCCCTCTGCCTCGGCCTCTTCGGGGAAACCCTCCTCCTACAGACTAGGAAGAGGCACCCT 161 GCTGCCAGGGCAGGCAGAGCCTGGATTCCTCCTGCTTCATCGATTGCACTTAGGAGAGAGACTCAAAGCCCTGGGGCCCG 241 GCCCTCTCTGCATCTCTCTCTGATCTAGCTAGCAGTGGGGGTGTCAGGACAGTGAGGCTGAGATGACAGAGGTGGTCATG 321 GCTGGCACAGGGCTCAGGTACATTCTAGATGGCTGTCAGGTGGTGGGTAGCTTTAGTTACATTGAATTTTTCTTGCTTCT 401 CTATTTTTGTCCACACACAAATCAGTTTCTCCTGATCTTTATGTCTTGGAACAGGGCCAGACAGGGAGAACTCTCAGGTA 481 CTCTTGGGAGTTGGTCCCATACAAGTGCGGACTCCTGGACATTAGCGAGGTGTAAAGAGGGCAGTGTCTGTGCTGCCCCG 561 GCAGCTTTGCTCTCCAGATGCTGGACTAGGGTGGGCCTCCTTCAGCCTGGGAGGGTCTGAGAATAAGATCTAGTGACCCC 641 CATTTATATCAAACCTGATACCTTACACATGGGCTTCTTTCTAGATTCTTCTTTCCATAGCTCATGGAGCTGCAGGGAAA 721 GCTTTAAGAGCTTTGGTCATATAAAACATCCATTCAGCTGGGCGCGATGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTGTGGGAG 801 GCTGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA 881 TATAAAAATTAGTCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGACAGAAGAACAGCTTGAAC 961 CCAGGAGGCTGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCAA 1041 AAAAACAAAACACAAATAAACAAAAAAAATCCATTCATTTACTCATGCAATAAATTCTCCTGCAAGCTTTTATGGGCACT 1121 CAGTAAGTACTCAGGATTGGCTTTATCAGCCTTGCCACTGAGCAGCTCATGGTCCTATGGAACCTGAGCCAGGCCTCAGT 1201 CTCTCCATGATTGGCTCAGCTAACTCTCAGTTCAGAGTGGAGAGTATCAATCTTGTGTTTTTGCCCTTAGGCAGCACTAT 1281 ATGAGACATGGGGCCTGTGGTCCTTCCTTCTGGTGTCCCCCGTGTTAAAAGATAAAAAACACCCCAAGGGCCGGGCGCGG 1361 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGTGATCGAAACCATCCTGGC 1441 TAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTGC 1521 TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCACGCCACTGCACTCCA 1601 GCCTGGGTGACAGTGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAACACTCCAAGGGCCATCCGTGCTCTCTGCCCCTCCTGT 1681 GGGGACCAAGTGGGGTTAGGAATGGCTCAGTGGGGAAGGAGAGCACTCTTGTCCCCAGTCCCTTGCCACCCTGTCCCTTA 1761 GATAGGGAGGTGGGCTGCAGAGATTGGTGCCAGAAGAGGGTGGGTTTGGGAATTGGAGCTCCTCCAAGGAGCTCCTCCTA 1841 AGATTGAGTGCTGCAGCTGTAGTGGCTGCTGGTTGGGAGAGTAAGTGCCATCACTAATTTAAAAGTCCTTGCCATCTGGA 1921 ATCAGGCTTTGTCAACAGCAGCTGAGAAAAGCAGCCTGTGCCTCTGCTGGCCAGGCCTAGGCCCTCGTCAGAGCGTGCCT 2001 CTCCACAAGGCACTTGGGCCTGGGTGATTGTTGCGCCTCTGGCTTTGGCGTTTCCTCTTTGCAGCACTTTGCCTACCTCC 2081 CCCAAGCCCTGAGCCACTGCCTGCTGGGGCTCCTACTGAGGTTCTGGAAACACCTCTGCACCTGCCGCCCCTGGGAGGAA 2161 AGAGGGCCACACAGGAAGTGTCTGCAGGGAGAGGTGGCACTCGGCAGCCTGAGTTCAGGAGAGGTGCTTGGAGCTTCAGG 2241 CAGAGGGGCCTTCAGAGGAGGGAAACGGAGCAATGTGTCACAGGCAGGCAGGGGCAGGACTGCCACCCCAGGCCCCGTGG 2321 GAGGCCTGCTGAGGGCACAGAGCTGCTCGGTGCAGCCTTCATGCTTTGATCTGGAAAGAGCAGCTGTCCGCAGGCCTCTG 2401 TCTCCAAGAGGCCTGTCACACAGGAGGACCGCTGGAAACATACCAACACGTGCAGTCTCCCCTCCAAGCTATTCATGCTG 2481 TTTGTGGAATCTCTCTCAAACATAAGTGTCAGGTGTGTGTCGTCCCAACGGGTCCTGTGCTGTGAATAGATCCATGTGCA 2561 GCACAAAGGGAATGTGGCACGTGGCCCCAGGAAGAGTTCACCCGGCCAGGGGGCAGTTGTTCAGTTGCCTGGGGCTGACA 2641 CTGACCACTGGCCTCTGGGGTGTCCTGCAGCCCAAATGCCCACCTTGCCCTCCTCACATCTCAGTCAGGGGAGGCCATGC 2721 CCAAGCCAATGTGCTGTCACAGCCTGCAGCGGGGGCAGCACTTCCTCGGAGGGCCTGGGAGGTGCTGGGGATGCCCCAGC 2801 GCTTCTCTTCCTGCCTCGCCCTGGCATGGCCCAGCGCCTCTAGGATCAACTTACGATCCGTGGAGCAGCCCCGGGAAACC 2881 CAAATCTGGCTCAGGACAGCGTACGGGCAGGAGGGCTGTAAATCATCCCAGGCTAAGCCTCCGTGGGCACTGGCTCCTGC 2961 CGCAGCCTGGCTATGGACTCAGTTAGAACCAGGTAGAAAGTCAGCGACACCCCACAGAAGGCCACTGCGGCTAGGTAAAC 3041 ACCTGAGAAAGAAACTGCTCCAGAAGAGATGACGTGGGCTTCCAGGAGCATGGAGGAGGTGGCACTTGAACTTTTAGGAA 3121 ACTCCTTAGATGAGATAAAGTGGGGGTTGGAGGTGGCGAAAAGAGGGTAACCCTGGGAAAGTCAGTCAGAACCCATGGCA 3201 GAAGACTGCAGGAGAGGCAGGGGAGGGGCTTCGGGGACCACTGTGGACAGAGCTCTGAAAGCACCCTGGCCAAAGCCCCT 3281 CCTGAGGTGACAGAGCGTGGGAGGAGGCTGCACTGGGCCTGCGTGCCATCCTCACCCCTGTTCCCCGCTGGCGCCAGGCC 3361 CTGCCTTCTTGGTACCTGTGCCAACAGGAGAGCCCTCACCAGCCGATCTTGTCACTCTCCGTGGTGACAGTGTCTTGGCC 3441 AGCTGTGGCCCCTAGTTTCTAGCAGCGTTTCTCAGTGTCCTTGGCCCTTCTGAGAAGGCAGGCGGGAGGCACACGGTGCC 3521 CTGTTCTTCCCCGTTTGTCCAGTTGCTTGCAAAGCAGAGAATGAGTAGGAGTGAACCCGAGTGACTTCACCCGCCCTGTC 3601 CCCCACGTCAGGACAGGCTTGAGGCCTCTCTGGGCGTGAGCGAGGAAACCAGGCTGCTCTAACTTCTGAAGAGTGGGCTC 3681 TGGCTCAAGACTCCAATCGGCCAGAAGCCCACAGAGATCAAAGCACTAGCAAGTTCAGCTGTCCTGGCCCTCGGGTAGAA 3761 CCCACGGGCGTGCCTGGGTGCGGCTCCACCCACATGCCCCACTGTCAGCCCAGGCAGGAGCCTTCCTGGCCGGGCTCAGG 3841 ATCTGCCTGCAGCCCAGCCAGGCCATCACCCAGCCCCGATGCATCCTGGCACTGCACGCTTACTCTTCACAAGCACTTAT 3921 ACGCGGATGGCCTCCGAGACCCTGCCTCCCTGGTCTGCTGAGGTCAGGCCAGGTCTCCCACGGAGCCGGGCAGCTCCACA 4001 CCCCACCACCTGGCACCGTTAGGTTTCAGATCTCCCGTGTGGTGTTTGATGTCGGCTTTTGTTCCTACCTTGGGAGTTTG 4081 GATTGTTTCCTCTGGTGTCTTTGTTTACCTTCCTCACTGTTCTACCTCCTGGCCAGGTCTCAGCTTAGCTTCCCTGGTGT 4161 GGGGTGTTTTTCAAGCCTTCCAGCCACAGCTGTCTCCCCTCAGGCTGGACGGCTCCGGGGTGACAGGGCTTCACCCTCTG 4241 CCTGCAGACCCCTGGTGGGCACATCTCACAGGCTTCCGTCTTGCTGAGTTGGGTACGGAGGCAGAAGTGGGGTGTGGAGG 4321 AAAGTCAGAGGGAAATCTGCTTCAGAAAGGAAGGGTCTTTAGACACAAAGACTGGAGGCCCTTCCCCGCCCGCACGGGAG 4401 CTGCCATCGTGGGTCTCATGCACGTCAAGACCTTCCCACATCCAAACTCAGCTTCCAGCAGGGATTTTGACTTTGGATGA 4481 CAAGGCTTTATTTGTAAATATGCTCTTAATATGCAACTTTGAGAATAAAATAGAAACATCATGTATTTTAAAATATAAGA 4561 TGAAGTGTGACGCACTGTATACAATTTAATATATATTTTTAGGGTTTTGTTATTTAAGAAAATGGAATGTAATGGTACTT 4641 TTACAAAAGAGAAAAAATGTTATTTTTACTTTCTGGAAAAAATAAATATTCTCATTGTTGTAGAAAGAAAAAAAAAAAAA 4721 AA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_001039570 | 3UTR | CUGAGGCGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGUCAGGCGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903835 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_001039570 | 3UTR | UGGGAGGCUGAGGCGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGUCAGGCGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903837 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_001039570 | 3UTR | GCGGGCAGAUCACCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903838 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_001039570 | 3UTR | CCAGCACUGUGGGAGGCUGAGGCGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGUCAGGCGUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1084064 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000400335.4 | 3UTR | GUGGGAGGCUGAGGCGGGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
91 hsa-miR-4707-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT442514 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT457799 | NQO2 | N-ribosyldihydronicotinamide:quinone reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466318 | THRA | thyroid hormone receptor, alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486129 | TRAF3 | TNF receptor associated factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492341 | SEPT8 | septin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495690 | KCNC3 | potassium voltage-gated channel subfamily C member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496928 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499518 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501367 | REXO1 | RNA exonuclease 1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501636 | PIAS4 | protein inhibitor of activated STAT 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT521071 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525700 | PCYT2 | phosphate cytidylyltransferase 2, ethanolamine | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532722 | DDTL | D-dopachrome tautomerase like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533137 | WWC1 | WW and C2 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT537288 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT570555 | PHF21B | PHD finger protein 21B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573469 | MTRNR2L9 | MT-RNR2-like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576750 | Tmem127 | transmembrane protein 127 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609342 | DAAM2 | dishevelled associated activator of morphogenesis 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610638 | PIGM | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class M | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612591 | RANGAP1 | Ran GTPase activating protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614237 | WDR53 | WD repeat domain 53 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT622784 | PGK1 | phosphoglycerate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628880 | MED16 | mediator complex subunit 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629550 | SPN | sialophorin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634714 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634932 | GTF2H2C | GTF2H2 family member C | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT635341 | RBL1 | RB transcriptional corepressor like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637838 | CPT1A | carnitine palmitoyltransferase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644311 | NFKBID | NFKB inhibitor delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649206 | KIAA1715 | lunapark, ER junction formation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657262 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658919 | DPY19L4 | dpy-19 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT663608 | SEC23B | Sec23 homolog B, coat complex II component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667425 | MFAP2 | microfibril associated protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667667 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668144 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668540 | ERGIC1 | endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670039 | NFRKB | nuclear factor related to kappaB binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670875 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672694 | ZNF677 | zinc finger protein 677 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673107 | MFSD2A | major facilitator superfamily domain containing 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673508 | TNFAIP8L1 | TNF alpha induced protein 8 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT674244 | NUP62 | nucleoporin 62 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT676541 | IRGQ | immunity related GTPase Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676787 | CXorf38 | chromosome X open reading frame 38 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT677600 | PRKX | protein kinase, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678607 | MRPL17 | mitochondrial ribosomal protein L17 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678940 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679104 | CD99 | CD99 molecule (Xg blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679196 | WNT2B | Wnt family member 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679325 | ZMYM4 | zinc finger MYM-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679634 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679819 | TMEM106B | transmembrane protein 106B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679898 | FBXO48 | F-box protein 48 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680579 | ZNF784 | zinc finger protein 784 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680600 | SZT2 | SZT2, KICSTOR complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT682991 | RNF40 | ring finger protein 40 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT683483 | ZNF7 | zinc finger protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT683681 | MICA | MHC class I polypeptide-related sequence A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684122 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684774 | MYO1F | myosin IF | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT685698 | BHMT2 | betaine--homocysteine S-methyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT686471 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687940 | HMGB1 | high mobility group box 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT688627 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689110 | ZBTB25 | zinc finger and BTB domain containing 25 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690063 | MBD1 | methyl-CpG binding domain protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691067 | NUGGC | nuclear GTPase, germinal center associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691317 | KIAA1841 | KIAA1841 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692778 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694087 | KIAA0930 | KIAA0930 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696148 | WDR59 | WD repeat domain 59 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696176 | GNB5 | G protein subunit beta 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696434 | SUGP1 | SURP and G-patch domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697974 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698917 | SPEM1 | spermatid maturation 1 |