pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4666a |
Genomic Coordinates | chr1: 228462074 - 228462152 |
Description | Homo sapiens miR-4666a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4666a-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 10| AUACAUGUCAGAUUGUAUGCC |30 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GRIK3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | EAA5, GLR7, GLUR7, GluK3, GluR7a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GRIK3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GRIK3 (miRNA target sites are highlighted) |
>GRIK3|NM_000831|3'UTR 1 GCACAGCTGGGGTGGGGACCTCAGGCCTGGGGGCTGGGCAGAGGAAAGCAAAGGAGATTGGAAGGAACGTCCCCTGTCCC 81 CGCACTGGGCTTGGGGACCAGAGCTGCCACCTGCCTGTTGGGCCAGGAGCCTCCTGCCCTTACCTGCCAGGAAGCCAGCA 161 GGCTCTCAGGCCAGCTGCTTGGGCTTCATCCTCCTCAGATCTTCTGTGGGTTTCTAAAGCTGCCAGCCGAGATAGCCAAG 241 GCCAAAGGAAGCACATGCCTCTCTCAGGCCAAACTCACCTGCCCCTCAACTCTCCTCCAGAGTCAGAAGTTTCTGCCGCA 321 GCCCTGCAGAGGGCACAGAAAATGGAAGACAGCTCTTATATTGCCATTTCTTCCACAAGAGCCCAGGCCTCCTACAGCTT 401 GACCGTGAGGCCAGAGACACAAGCCTTCGGCGCCTTAAGGATGTTCTAGCATGGCTGCCAATGGGAGCTCATGGTGAGGG 481 ATACCCATCCCATATGCCTGGGCAGAAGGAAGACTTCATCCCTCTGGGGCTGTTCACGTGGTCCTAATCTTCTGAACTTG 561 GCGCTGCCCCTGGCAGCCCCTGTTCTGGCAGAGTTGAAGACAGAGCTACACAGGGGAAAAGAGGAGTTTGGGGTATGGGA 641 GAGAAGAGAATGCACAAACAGAGGCCGCCATTTTGGATTCTTATGGACAATGACCCAGTGGTTCCTAATCCTCTAGGAGG 721 TCTCTAAGAATATAAGTGGGGGAGTGGCCACAGAAAATTCTTCTCCACTTTCTAGCCAGAGGAGAGAGGACCCCCTGAAT 801 TTCTCACAAAGGATGCCCAAAGATGCAGCCGGTATTTGAAGCCCAGCAGAGGAAAAGCAGATTCCATGGAAGTCCCACCG 881 GCTCTTGTGCCAATGGATCTCACTTTCCTGGTTAGCAAGCTGTTGTCTAAACCCTGTTCACATTTGGAAACCTGGGCTCT 961 TTGCCATCTTCTCATCAACAACTCCCCATTCCTGGCTGGTTGACCTTGGCCTCACTCTGTCTTTTTGAAAGAAGAGTTGG 1041 TTGAAGTGAAAGTCAAGTTGTCCCTCCTCAAAAAAGGAGTTAGTGTCCTACTACACAGACTAACTTTGGGCTAGGTGAGG 1121 GAAACCAGAAGAGACCAAAAGAACTTCTGGTCTCCTGGACTTACCAAACCTAGAGATGCTCCCCAGGAAAAGAAAGTTTC 1201 CAGGGACATAATATCATAGCTGGCAGAGGCCCCAAGGGTGGGGAGGAAGAAGCTGCCTCCTGGAGAATTAACCAAAGACC 1281 CCACACAGAGACATGAGGCCATCCTGGCCCCTTGTCTGTTGTCCAGAGCAGCTATGGCATTGTGGGGCTTGGGGAAGACA 1361 GCAGAGAAGTAGCAGCAGGTTGGGTACCAGCCAGGGGGTGGACCTATGAGTTCCAGCTTGCTGTGATGAATGCTCTAGAG 1441 GTCTGTGACTTTAAGAGTCTTGGAAAAGAATGAGACATGAAGGATTAGGAACAAAGTGTCCTTAAAGAGAACATGATGGG 1521 CCAGCAGGGTTACCATGGCCAAGGATGGAGGGGCAGGTTTTGAACAGGGGAGGGAGGTTCTGGGGATTCTGGATGAGAAC 1601 TGGGGCATACCAGCCACTCCCCTCCCACCTCTGTCCCATGCTGCTTGGGAAGCCCGGTTAGGGAAGAGCTTCATTTGGAT 1681 CTCAAGGGCTTTCTCATCTGGGTGAAGGGCAATCTCTAGCAAAGCAGGAGACCACAGTGGGCTCATGTGATAAACACTGT 1761 CCCTCCTCCAGACTGTGAGCTGCAGGACCAAACCAGCAGGTTCCCAGAATCCTAGCAGCTCTGACTGGCTATGTACATTG 1841 GACGAGGGAGAGGAGGGCTAGACATACACCAAAGCCCCATGCATGTAATGTTAGGAAAAGCCATGCTGTCATAAGCTTCA 1921 GGGTACAGAGGGCGTGTGCATGTGTGTCTGTGTCTTTGTGTTTGTATGTGTGAGCTTCGGGGGCTGGGGCACAGGACAGA 2001 TCTGGACATATAACATAGTCCAGGGCATGCAATAATAGGTGAATCCTTGGGGATCTGATGTGTGCATATGCGTGCGTATG 2081 TGTATCTGAGTGAATTGGGGACGAGGGAGACAAATATGTGAAGCAGCAAGGCCCCATATATGTAAAAACAGGAGAAGCCA 2161 TGTCATAATGGGGCCCTGGTGGGTATGCATATGTAAGCATGCATGCATGCATAGGTGTGTGCATGCTGGTGTGTGTGTGT 2241 GCACATGTACACTGAATGGCATAGGATGGAGATCAGGATCTTACCTGCAGCTAGCCAAATATGCGTAAAAGGAGAAGCCA 2321 TGTCACCAAGGGGTCCATGTCTGAGTGCATGTGAACACATGTGTACAGGCATGTGTGCACAGTGGGGAGCGGGGGGAAGG 2401 CCAGGACCAGAGAGTCGTGTGACATGGGTCAATGCATGCTGTAGACAAGAAGCCACGTGGAGTTGAAGTTTCCGAGTGTG 2481 TGGGACACACACATATGTTCCAGGTCACAGTGGAAGCAAAGACAGACAATCAGGAAGGCCGGGCACCAGGGTCTGTTTGC 2561 ACTTCTGTCATGGGAGAGATCATTTGTCACAGAGAGGTTCCAAGGTTGCATGGGCACACTTGCCAGGAGACGGGGGCACA 2641 ACCCTTCAGGGGCTCATGCTGCTGATGCCTTTGCTGTGGACATCATGTCCTGTTTGAAGGGAAAACTCTTTTTTGTAATT 2721 CCCAGGTAACAGGATTCTAATGAAGGTATTTGCCAATTTGCTGTCAGCAAACACAATCATTAAGCGCCGTCTTACTTTGT 2801 CCAGTATAGTTTCAGAGCACGTGCCTCATTCTTGCTCTTGTCTCACACATGTGTTGTGTGTGTGATGCTACATGAGCATG 2881 TTCTTCAGAGGCTATGCATATATGTGGATTGTGACAGGAGGAAGAAGAAGTGGTGAGAATTTTTATAAAACGAACAAAGA 2961 ATAGTGGATAAATAGAGGCAGAATTCAATTCGAGAAACCCCCCAAAATGTACCGACTGGTCTTTAGACTCCTGTGTGGAA 3041 GCAGGAGGGCATGCTGCCTCATCTCCTCTCCCAGGCAAACCTTGCGTCCTGATGTTCAGGTGTTGTCGGTGTGGCTGATA 3121 TTTGGCTTCTGGCCAATATCCTGCATTTGTCCTAGAGACCAGCCTAGTGTTCAAAGTGCAGTGGGGACCACAGCTGCCCA 3201 AGCATGAGCTCTGTCTCTCCCGGGGCACTGAAAATGATGCTACATCTGTGAGGTGGGACGGAGTGGGGAGGTGTTTTCAG 3281 TGAGGCAGATCTTGTGTTTTTTTAAGTTTAGGTCTGTCCTGCCAGTGGGCATGGAGCTGAGCTGGGGCAGGTGCATGCGT 3361 GTGTGTGTATGTGTGTGTATGCATGTGTAGTGTGTGTGCACACACGCAGGCACTGAGAGGTGATGGGAAGCATGAAAGCT 3441 TGCTTGGATGGAGCAGAAGAAGGAACCTGCCTGAGCAGATGCTGGACTGTCCCTGCGTGGTGCCACATGCCAGCCCTGAA 3521 CAGAAGAATGTCCCCACTGCATCCCCAAATGCAAGTGCCTCCTCTCCACCTGCTCAAGCTGGCCAAGTTGAGGGGCAGTG 3601 GTAAGAAGACACCAACCCCACCGCCCCTGCCGAGGCCCTGGGACTAAGGACAGTGAGCCCTCCCAATCACTCTCCCCTTG 3681 TCCTGCTGCTGGTTTCTCTGCTCTGGACAGAAGAAAATCCTGAAAGCGTTGTCAATGTTCAAGTGGCCCCATGCTGCAAG 3761 AGTCTCTCGCGAGGGGTGACGCCCCCTTGGCCAGTGTGCTGGACTTTGAGTGTCTGAGGGGTAAGAGGGCCACCCCCTCC 3841 TCACAGCCGAGACTCTATCTAACCTGGAAGCACACTCTGGCTCCACCCCCAACCCCTGCCATGCCCTAGGCCCTGGAAGA 3921 TGGGAATCCTGGCCCAGGCCAGGGTAAAGGGCCAAACAGGTTAGAAGTTGCTCCCCTCCACCAGGCGTGCACTCACCAAG 4001 AACGATCAAAAGCTCCCTTTCTGCCTACTTTTCCAGGGGTACTGGGTGTGGGGGGTGGGTCACAGCTCCTGCTTCATCAC 4081 TCAGCATGAAGTTGGTCCCTCCCTGAGCCACTCCCAGCTACATGCACAAACATCTGAAAGTAGGCTGGCCTCTCTGGCTC 4161 ACATCTGGAGTGGTCCTGTGTGGATACCCATCTGCAAAGGGGCTAGAGGTTTGGACAAACAGCTGCATGGACTTATCATC 4241 TGGGATGGGCCCAGCCTCATGGACAGATACAAGAAATGAGCCCAACTCTGTGGGCAGGTCTCTGGATTAGACACATCTGA 4321 AAGTTGCAGGTCAAGTGGACACATCTGGAAGTGGCCCGGCTGCTGGCTGCCATGGAAGGGCCGTGCCCTCTGTCCCCATG 4401 GCAGTTTAAATCAGGCCTTCCCTTCAGTCCTGGATTTGCCCTGGAGTAAAAATTTCAGAGCTGAGGTCATACGTGAGTCA 4481 CAAAACTTTTAGGTAGAAGGTTAATGTTCTGTACAATATATATATGAATGTAAAATATATATATATACTGTATATATATA 4561 TATATATGCACAGTGTATATATGACCTGTAGCCCATGTGTATACAACCCTTTCCTGCACGTCTGCACACGGAGTGTACAG 4641 AACCCAGCCAGCACGGGTGAGGACCAGATGAGAGATGGGGGCTGCAGCAGCAAAGTCTGGGACGGAGGTCTCAGAGAGCC 4721 CCTTGGGGTGGCGAAGGCCCTCCACACATCAGAGCTCCAGACCCTGAAGAAGAGGGCAGAGCTACATGGTGCTGCCAGGT 4801 GAGTCCTGCACCGCCAGGGCCTCCTGTGGGAGGGGCAGGAATGGCCAACGGACCTCATCTCCATCCGAGCCTGTCTGAGG 4881 CAGGACAGCTGGGTGTGTCTGAGAAGCAATGTCATGCTAGTACTCAGCCCCTGTGCCAATATTACATTCTAGTTCTGGGG 4961 CAATTCATCAGGAGCAGAAGGGCTGGGAAAGAGCAGGCCACTCCCCAGGCCTGTTCTCACACCTGCCTGCAGAATCACAG 5041 GTAGGTTTCAGGCTCCATCTAGGATACCCTAGAAGGCGGGGCTATTCTAGGTAGCAAAAGCCTCTGCCTCTGATTCTCAC 5121 CCACATGCAGAAGCAGTCACAACTTGCACACAACACAGCTCACAACTAGGGAAAGCACTTGTTAAAGAGAATGCCCCCAG 5201 GGCATGGCCAGCATGCCGATACAGTGTTCCCATGCCCCTGTTACTGATCCTGTCCTCCTGCCTTCTAGAACAGTGGACCT 5281 CACATCACCTCCCAGATTGTCTCCATTTTATGGATTGAAACTCTGAGGCCTCCAGACATGAAGAAGCAGCCATAGATTCA 5361 GTCAAATGCCAGCCAAGGGTTTGCCTTGCCTCAGACAACCTCCCCAGCCCCATTTGACCCAGAGACCAGCTGTCAGGGAG 5441 CGACCTCAGAGCCAGAGGGGTGAAAGATGAGAGGCAAGAAGGTAGCTCCTATCCTAGCACAGCCCAGGCTCCATCTGTCT 5521 GCCTTTCTCTCCCCTGCGGCATCCTGGCAGGGCAGTTGGCAGAGTGCCCCCTCCCCAGGAGGCTGCAGATCTCTGTCCCT 5601 GGCTCACCCAGATCGGTCTGTTCTCTGCAGTTCCATTCCTTTAGCCTCTTTCGCAGGTCTGAGCATCTCTGGAGCATGCA 5681 GGGGAGGAGATATCTGAGGTGGGCTTCCGTGCAGTCAGCAGCCTGCCCCAGCTTCAGCCTCAGGCGTCAGGCTGGTCTGC 5761 ACTGAACTCTGGGTCTGCCTCTGGGGCCCTGACCAAGCACGCCTGACTCCAGCCCCATGAGGAGCATCCTGTCTTGGTTC 5841 CGTAGGGATCATGGGTCCTCTTACCACTGTGCGCCAAGCCCCCAGCCCACCTCTGCCTGGGCCGACTTCCTGGTTGGGCC 5921 TCCCATGGTAGGGGCCTCAGTTCCCAGGCTCTGGGCTGAGCCCCCAGGGAGCACCATGGGCCTCTGAGACCCTAGACCTG 6001 TCCCACCACCCAGACCAGAGTGCCTGGACGCCCCCCACTCCCACTCAACATGGTTCCCACACACTGGTCTCTGGGCCATT 6081 CAGGGGATGCCCTTTGTGGACATGCAGAATTTCTATGAATATAGTTTTTTGTAAACATTTTGTAACAATTTGGGTTTCAT 6161 AGTAACTGTGTTACTTGCCAATCATTCTAGGCTGATGTAAATAAATTTCCAAACAAATCTGATTATTTTCCTTTTTAAGA 6241 CACTGTGATATATCAAAGTGCACAGTTTGCTGTATGAAGTAATATGGTTTTAAATTTTAAATAAAATGTTTCTAGAAAAC 6321 AGGGAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000373091.3 | 3UTR | GCAUGCUGGUGUGUGUGUGUGCACAUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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83 hsa-miR-4666a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT057266 | FAM35A | family with sequence similarity 35 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT059969 | PATL1 | PAT1 homolog 1, processing body mRNA decay factor | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT079031 | TNRC6C | trinucleotide repeat containing 6C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT079631 | DNAJB4 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT086974 | LANCL1 | LanC like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT091804 | GOLGA4 | golgin A4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT229501 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT255972 | WDR17 | WD repeat domain 17 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT262975 | ADO | 2-aminoethanethiol dioxygenase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT264774 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT334169 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT345868 | SRSF2 | serine and arginine rich splicing factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452477 | DDX4 | DEAD-box helicase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455764 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT461627 | DCAF15 | DDB1 and CUL4 associated factor 15 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT465169 | TRPV2 | transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT468950 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT483236 | C2orf72 | chromosome 2 open reading frame 72 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT498544 | TMEM30B | transmembrane protein 30B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT500633 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT504113 | GPR158 | G protein-coupled receptor 158 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504428 | ZNF85 | zinc finger protein 85 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT505036 | ZNF451 | zinc finger protein 451 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506526 | MRPL17 | mitochondrial ribosomal protein L17 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508773 | GSG1 | germ cell associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517297 | ELF4 | E74 like ETS transcription factor 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT519353 | OBFC1 | STN1, CST complex subunit | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT523891 | ENPP6 | ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT527509 | ZNF134 | zinc finger protein 134 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531218 | IFNGR2 | interferon gamma receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT535957 | MOGAT1 | monoacylglycerol O-acyltransferase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537229 | GALNT7 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT537337 | FKBP5 | FK506 binding protein 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539125 | ARHGEF17 | Rho guanine nucleotide exchange factor 17 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539910 | ISPD | isoprenoid synthase domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541527 | MGAT4C | MGAT4 family member C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT546119 | USP25 | ubiquitin specific peptidase 25 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT548846 | CERCAM | cerebral endothelial cell adhesion molecule | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT549892 | LINC00955 | long intergenic non-protein coding RNA 955 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT549898 | ADH4 | alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi polypeptide | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT550763 | ENOX2 | ecto-NOX disulfide-thiol exchanger 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT553200 | UBE2A | ubiquitin conjugating enzyme E2 A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT553970 | SRSF10 | serine and arginine rich splicing factor 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554092 | SMU1 | DNA replication regulator and spliceosomal factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT555208 | PROX1 | prospero homeobox 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT555834 | PAX5 | paired box 5 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT556865 | JAZF1 | JAZF zinc finger 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT558594 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559690 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT563312 | ORC4 | origin recognition complex subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563585 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563853 | ALYREF | Aly/REF export factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT565146 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565769 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568317 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575387 | Unc5b | unc-5 netrin receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT607728 | BDH1 | 3-hydroxybutyrate dehydrogenase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT612691 | PLXNA4 | plexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT615916 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629792 | P2RY1 | purinergic receptor P2Y1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT632119 | FKBP9 | FK506 binding protein 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645554 | ZDHHC15 | zinc finger DHHC-type containing 15 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT651479 | WWC3 | WWC family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654138 | RPH3A | rabphilin 3A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT655191 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665543 | UNC5B | unc-5 netrin receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT668057 | GRIK3 | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678978 | CERS4 | ceramide synthase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT679124 | RBM3 | RNA binding motif (RNP1, RRM) protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT686776 | AZF1 | azoospermia factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687144 | PTPN12 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691453 | C21orf58 | chromosome 21 open reading frame 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691469 | FAM98B | family with sequence similarity 98 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697031 | UHRF1BP1 | UHRF1 binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698401 | TM9SF3 | transmembrane 9 superfamily member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702056 | RNMT | RNA guanine-7 methyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705903 | ADAM9 | ADAM metallopeptidase domain 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707491 | MMADHC | methylmalonic aciduria and homocystinuria, cblD type | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708080 | KLHL23 | kelch like family member 23 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709738 | TRIM27 | tripartite motif containing 27 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT710056 | RWDD2A | RWD domain containing 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT710226 | KCNK1 | potassium two pore domain channel subfamily K member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT712043 | STYK1 | serine/threonine/tyrosine kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |