pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4281 |
Genomic Coordinates | chr5: 176629439 - 176629500 |
Description | Homo sapiens miR-4281 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4281 | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 35| GGGUCCCGGGGAGGGGGG |52 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | FOSL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FRA2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_005253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FOSL2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FOSL2 (miRNA target sites are highlighted) |
>FOSL2|NM_005253|3'UTR 1 CCCAGTGCACCTCCCTCCCCAGCTCCGGAGGGGGTCCTCCTCGCTCCTCCTTCCCAGGGACCAGCACCTTCAAGCGCTCC 81 AGGGCCGTGAGGGCAAGAGGGGGACCTGCCACCAGGGAGCTTCCTGGCTCTGGGGGACCCAGGTGGGACTTAGCAGTGAG 161 TATTGGAAGACTTGGGTTGATCTCTTAGAAGCCATGGGACCTCCTCCCTCATTCATCTTGCAAGCAAATCCCATTTCTTG 241 AAAAGCCTTGGAGAACTCGGTTTGGTAGACTTGGACATCTCTCTGGCTTCTGAAGAGCCTGAAGCTGGCCTGGACCATTC 321 CTGTCCCTTTGTTACCATACTGTCTCTGGAGTGATGGTGTCCTTCCCTGCCCCACCACGCATGCTCAGTGCCTTTTGGTT 401 TCACCTTCCCTCGACTTGACCCTTTCCTCCCCCAGCGTCAGTTTCACTCCCTCTTGGTTTTTATCAAATTTGCCATGACA 481 TTTCATCTGGGTGGTCTGAATATTAAAGCTCTTCATTTCTGGAGATGGGGCAGCAGGTGGCTCTTCTGCTGGGGCTGACT 561 TGTCCAGAAGGGGACAAAGTGCAATACAGAGCCTTCCCTACCCTGACGCCTCCCAGTCATCATCTCCAGAACTCCCAGCG 641 GGGCTCCCTGAGCTCTCAAGGAGATGCTGCCATCACTGGGAGGCTCAGAGGACCCTTCCTGCCCACCTTCGGAGACGGCT 721 TCTGGAGGAACGGCTTGGCCAGAAGACAGGGTGTGAGTGAGACAGTGGGGCACAGGTTGGGTTTGCCAAACGCCTAATTA 801 CCAGGCCAGGAAGCATGCCAACAAAGCCACACGGGTGTCCTAGCCAGCTTCCCTTCACCTGGTGTCTTGAGTAGGGCGTC 881 TCCTGTAATTACTGCCTTGCCATTCTGCCCCTGGACCCTTCTCTCCGGACCAGGGAGGCGTCCCTCCCTAGGAGCCACAC 961 ATTATACTCCAAGTCCCTGCCGGGCTCCGCCTTTCCCCCACCCTGGCTCTCAGGGTGACGCCACCCACAGAGATTTAATG 1041 AGCGTGGGCCTGGACCTTCCCCAGATGCTGCCAGGCAGCCCCTCCCCAAGCCTCAAAGAAGCATTTGCTGAGGATGGAGA 1121 GGCAGGGGAGGGAGGCGGGAGGCCGTCACTGGAGTGGCGTCTGCAGCAGCTGCTGCCCCAGCACCCGCTCAGCCTGTCCT 1201 GGCTGCTCACCTCCCCGCAGGGCACCGGGCCTTTCCTGCCCTCTGTGGTCATCTGCCACCTGCTGGATCAAGTGCTTTCT 1281 CTTTTACACTCCCCTGTCCCCACCCCAGTGCACTCTTCTGGCCCAGGCAGCAAGCAAGCTGTGAACAGCTGGCCTGAGCT 1361 GTCGCTGTGGCTTGTGGCTCATGCGCCATTCCTGGTTGTCTGTTGAATCTTTCTGGCTGCTGGAATTGGAGATAGGATGT 1441 TTTGCTTCCCACTGCAGGAGAGCTGCCCCCTTTCACGGGGTTGGGGAAGGGTCCCCCTGGCCTCCAGCAGGAGCACAGCT 1521 CAGCAGGGTCCCTGCTGCCCACCCCTCTGAGCCTTTTCTCCCCAGGGTATGGCTCCTGCTGAGTTTCTTGTCCAGCAGGG 1601 CCTTGACAGGAATCCAGGGAGTAGCTCCTGGCCAGAACCAGCCTCTGCGGGGCTTGTGCTCTGCAAAGACTCTGCTGCTG 1681 GGGATTCAGCTCTAGAGGTCACAGTATCCTCGTTTGAAAGATAATTAAGATCCCCCGTGGAGAAAGCAGTGACACATTCA 1761 CACAGCTGTTCCCTCGCATGTTATTTCATGAACATGACCTGTTTTCGTGCACTAGACACACAGAGTGGAACAGCCGTATG 1841 CTTAAAGTACATGGGCCAGTGGGACTGGAAGTGACCTGTACAAGTGATGCAGAAAGGAGGGTTTCAAAGAAAAAGGATTT 1921 TGTTTAAAATACTTTAAAAATGTTATTTCCTGCATCCCTTGGCTGTGATGCCCCTCTCCCGATTTCCCAGGGGCTCTGGG 2001 AGGGACCCTTCTAAGAAGATTGGGCAGTTGGGTTTCTGGCTTGAGATGAATCCAAGCAGCAGAATGAGCCAGGAGTAGCA 2081 GGAGATGGGCAAAGAAAACTGGGGTGCACTCAGCTCTCACAGGGGTAATCATCTCAAGTGGTATTTGTAGCCAAGTGGGA 2161 GCTATTTTCTTTTTTGTGCATATAGATATTTCTTAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903825 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID14_NS |
Location of target site | NM_005253 | 3UTR | GCACCUCCCUCCCCAGCUCCGGAGGGGGUCCUCCUCGCUCCUCCUUCCCAGGGACCAGCACCUUCAAGCGCUCCAGGGCCGUGAGGGCAAGAGGGGGACCUGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084064 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000379619.1 | 3UTR | UAGAGAAUUUGGGGAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
29 hsa-miR-4281 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT218864 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT248841 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452803 | PACS2 | phosphofurin acidic cluster sorting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462825 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467812 | SLC29A2 | solute carrier family 29 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477707 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490047 | PRRT2 | proline rich transmembrane protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491813 | ZBTB7B | zinc finger and BTB domain containing 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528905 | THBS2 | thrombospondin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534124 | SNX33 | sorting nexin 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550881 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551263 | PSMG1 | proteasome assembly chaperone 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551984 | UGT2B10 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member B10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608916 | NCDN | neurochondrin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT637226 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644445 | ALDOC | aldolase, fructose-bisphosphate C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657162 | IP6K1 | inositol hexakisphosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658754 | ELAVL3 | ELAV like RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668304 | FOSL2 | FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687548 | MLEC | malectin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690860 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697063 | PSMC4 | proteasome 26S subunit, ATPase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700860 | PER2 | period circadian clock 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705073 | C4orf29 | abhydrolase domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713930 | PIGR | polymeric immunoglobulin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715904 | MFRP | membrane frizzled-related protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716060 | SFTPB | surfactant protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716729 | APOL6 | apolipoprotein L6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723382 | NFAM1 | NFAT activating protein with ITAM motif 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|