pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1273h |
Genomic Coordinates | chr16: 24203116 - 24203231 |
Description | Homo sapiens miR-1273h stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1273h-5p | |||||||||
Sequence | 33| CUGGGAGGUCAAGGCUGCAGU |53 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TRIM13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CAR, DLEU5, LEU5, RFP2, RNF77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tripartite motif containing 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001007278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_005798 , NM_052811 , NM_213590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TRIM13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TRIM13 (miRNA target sites are highlighted) |
>TRIM13|NM_001007278|3'UTR 1 AATCTGTTTCAAGTATGCAGTTTTCTTTTGTTAGAAATTGTTAGAGAATAGAGAGTGGTAATTCAGATTTGGTCAACGAT 81 TCTAGTCACATATTTTCCTCCAAAAGTATTCCTTCCAAAAATAATCTATACATGTTCAAATTAGGTAGCATAAAGATAAA 161 AGTGAAATTTAGTAGTATAGGCCTGAACCTTTTTTTGTTTAAAAGAGTGCTTTTGAAATAAGCATCCACCCCAAATGTTG 241 GTTGTATTTATGCTGTGATAAAAATAGGTGAGAGATCATATGATCTAATATTGTATTGATGGAAGTATAGGTAGTATAGT 321 AGTGATTGTTCTTCAAGCATGCAGTAAAGATCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCC 401 CAGGCTGGAGTGCAGTGATGCAATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTACCTCCCAGGTTCAAGTGATTATCCTGCCTTAGCCT 481 CCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTTGAGACAGGGTTTCACTG 561 TCCCTTAAGACCATCCTGTTAGCCAAGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC 641 TGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCAAAGACTGCTCTTAAAGCACCTTTTTGACAGTGAACATGGTCTAAAA 721 AAGGGAAGATATTGTAGAAGATTTCACACACACACGCGTGTGTGGGAGACAACTAAAGGTATTGAAGGTACTAATTAATT 801 AGATTTCCAAAATTTTCTACAGAGAGTTAATTATCACCAAAATGTGAATGGTACATACAAAACCTGGCATTTTCTTGTGA 881 TAAGTTTACATTTTTAGGAGAGTGGAGCTTTCAATCTGCCCTTTTCTCCTTTGTTTTTGTAGTTTTCACCAAAGATGATC 961 AACTAGAAATGTTAAGTGGCTATGCAAGCAAAAGCATAGATAGGTTAAAAAAAAGGATCAGCTGGCTGGGCAGGGTGGCT 1041 CATGTCTATAATCTCAGCATTCTAGGACAGTGATGTGGGAGGATTATTTGAGGCTAGGAGTTCCAGTTCGAAACCAGCTT 1121 CGTAAACATAGCAAGACCCAGTCTCTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATACAC 1201 ACACACACACACATATGTACACATACATATATATACATATATATGTATATATAGAACACATGGCAAGAGCAGGAAATGGG 1281 AAGACTACCTTTTTTCTGGCAGCTATGTGTTGTTTTGTTCGAAAGATGGCAAGTGTACAACCAAACCAATCCACTTGCTT 1361 ACAGAAAGAATGTTTAGTGTAGTTAAGACTAATTTGACAACAGATAAAACAGTCTGTCAGCTATTACAAAGTAATCAGCT 1441 GAACACTAATGCTGTTCTGTCTGCTCACAAGAGATAAAGATACCCTCTCATGGAATAAACACCTTGCTTAGAATTCATAT 1521 AACAAAGAAGTAACCTTATAACTGCTCTCTAGTCTGCCTTATTTGTGTCATAGAGTAAGATATTCCTTGAAAGCCCATTA 1601 AGTGGAATAGACTTTCTGAAAATAAGAGTTCTTTACCTCAGTCCTCCTCTAATTTGGTTGAGAGGAGGTAATGAAAATGG 1681 GGACAGGATAAAAGGTGGCAACTAAATTTAAAGCACAGAAGAAATGATTTCCTTCTAGCTATGAGAATAGTCAAATTGAG 1761 CTTGCCAGGCTGTCTCATTCCTAACATGTAATTCATGATTTAGCCACTAAATTTCTAAGGAGATCATAAGAAATTAAGAA 1841 AAACGTTTAAGTCTAGCCTCTGCGTGGTAGACAGGTATGGGGAGGGAGAATGCTTTTCCCCTCCCAGTAATAAAAAAAAA 1921 AAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTTTACTAGGTT 2001 TTCATGGATAAGTTTTTAAATGTAAGACAGGAAAGGGATCTATTTGATGTCTATCTTCAGATATATTGGCAGTTTTCCTT 2081 AAGCTATTTAGTTCCTCATCTGTTGCTTTTTCATTTTGTATACTGCAAGTTCCCAGGCAACTCGAATTTGCAAACACAGC 2161 CATGGATACACTATTTACCTTACAGTAGTTTCCTGGGAATCTAAGTCTGGTTTTTGTTATTCTTCCCTCCCCTCCACTGC 2241 ATAATCATGTATAACTAGCAACATTTATGGTTATAGGTTGATTTCCTAAGTGTGGCTGATGGTAGCCTCTAGTTTGAAGT 2321 GAGGGAAGAATGAGTAGTCAGGAACTGGTCACTTTGAATGTGGGAGGGAAGATATTCACGACAAGGTTTTCTACGATAAA 2401 GCAGTTTCCTGCTTCTCGTTTGGCACGCATGTTAGATGGCAGAGACCAAGAATTCAAGATGGTTGGTGGCCAGATTTTTG 2481 TAGACAGAGATGGTGATTTGTTTAGTTTCATCTTAGATTTTTTGAGAACTCACCAGCTTTTATTACCCACTGAATTTTCA 2561 GACTATCTTAGGCTTCAGAGAGAGGCTCTTTTCTATGAACTTCGTTCTCTAGTTGATCTCTTAAACCCATACCTGCTACA 2641 GCCAAGACCTGCTCTTGTGGAGGTACATTTCCTAAGCCGGAACACTCAAGCTTTTTTCAGGGTGTTTGGCTCTTGCAGCA 2721 AAACAATTGAGATGCTAACAGGGAGGATTACAGTGTTTACAGAACAACCTTCAGCGCCGACCTGGAATGGTAACTTTTTC 2801 CCTCCTCAGATGACCTTACTTCCACTGCCTCCACAAAGACCTTCTTACCATGACCTGGTTTTCCAGTGTGGTTCTGACAG 2881 CACTACTGATAACCAAACTGGAGTCAGGTATTTTGTACTTTGCAGTATTTCTCTTGTATACCAGTTTGTGATGTTTTCTC 2961 TAAAAACTTGAAGTTCCTCAGGCCTGTAACTTCTGGAAAAGATGATTATTCAAAATAATGTTTTGGGGTAACCAGTGGAG 3041 TTGGGTAGAATGACCAAATAATTATTTTCCAAACTGGGATACTTTTTAGAGTGAAAGGGGCTATTATTAGGTGGGACAAA 3121 AGGAATAAATGAAGACTGCCCAGAAAAAACTGAGACTATGGACATTCAAATCATGGGAGAAAATAATTTTGTAGATTATG 3201 TTCCATTGCTAATGAATTTGACTTAGAAAAGAATTGCCTTATTTTTAAGAGATTGTTTCAGTGGTTCACATAAAGGCTCG 3281 CTCACTGGTTTCTCTTGAGTTCCTTACACACTATATAAGTTGTTCTTTCAGTTTTATGATTCAACTACTGTTTTTCCTTC 3361 AGCTGACTTTATTTTTAAACACCCTTAAAGACAGATATATCTCATGGCAAATTTGGTATCCTGTTACAGCCTTGGCTCTT 3441 AAACAACTCAAAATATTGGGATAGGCTGTCAGTATGTTAAGGATAGTTGCTCCTGAGTCAATTCTTCACTTACTCCCTCT 3521 GTTGTTCTTGGCTGGATCCTAACGCTGATTTCCACTCTGCTGTCACAAACATTTTTCCCCCCGTAAAATGTCTTAATGCT 3601 GTCCTACCATTATTTTACCAACTGTGAAAGCTGGCTTTAATTTTTAGGAGGAAAAGAAAAGCCTGCATGTGTTCTTTATT 3681 GGTATCATTTAAAATATACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAAGGTAGGCGTATTTTAAGATATTTTCTTAACTTGAGCAGT 3761 AGCCAACAGGAAGGATACCAGTGTCTCTCTCTCTTAGCGACACACTCCTTGGTCTTGCTTACCAACTGGAGGACACTAGG 3841 TAGAATAACCGAGTATGACAATTCTTAATTGTTTACATTTTATAACTTCCTGTCCTTCAAAAGAGTTTGAAATGTCATTT 3921 TGGGAAAAGAGAGCCAGTCAAGCTAGTAGGCTGATTGTGAAGAAAATCTAATACCTTATCTTTATCTCAAACCTCTGTAC 4001 AACTTTATTTTCATTGATGGGATACTTTAACAAAAATGAAATTTTTTTTGGTTTTTAAAATATGAGTGATTATGACCTCT 4081 TTGGGGATCATGCTTCAAAAAGTCAGAAACCTAGAGACAAAACTGTCATTGATTTTTAAGAAGAAACACACTAGGTCAAA 4161 AGAAGATGTCCTGGAAATACGAAGTACTCTTTAAAAACCATGCATTTGGAGAAAGTAATTGTTTCCTTGAAAAACATGAT 4241 TAAAAACTAAAACTGGGATGTTCCTGTGTGTACACAGTGCCAAATGGTTTTCCCTTTTTATGTTGTGTTTTAGAAACAGC 4321 ACGAAAGTTTTTTCCATTTTAAAGTGAGAAAACATTATATTTAGACTTCCATAATTCCAAAATCAGAAGCTATTTTTAAA 4401 ATTAGCATTTTCTTGCATCACCAAATGGTATTCAATTGTTTGAAGCTCAAAATTTTTACCATTCCATAAATGTTTGTGAA 4481 TTTTTAGACAGTGCCAATTTAAAAGTAGAGATAGCCAATCTGAATACGGTGAAATTATGGGGATCTCTGGTGATTGGGAT 4561 GAAAACTCTGGCCTTAAAAGGTCCACTTTTAGTATATAATTGCCTAATTAGCAATCATTTTTATTTTTTGCTCACTCCCT 4641 GGTCTGAATCTATCTGTCTATTCAGATATTTTTTGGTAGGTTTGGAAAATGGAGAAGTGAGCCTAATTGGTGCCTAATTG 4721 TCTGGTGTATCATTCACTTTATTCAGTTTGTTCTATCAATATGATTTACCCCTCAAGGTTAACCTAGCAGGTTGCTCAGT 4801 TATTATCTCTCAAGGTCACAGTACTAGAAATACTTGGCTTGCATCTTTCAGATGCCATTCATGTTATCAAGCTCAAATTA 4881 TAGTTGGTCACAGGATTCTAAAGTCTTTATTTGACTTCTCCTTTTTGAACTGGCTCAAATGGAAAAGTGTAGTTGCTTTT 4961 AAATGTTAAAAATAAGTTTAAACTTTATATTTCCCATTGGTTTCCCCTATTTTGTCCTTTCTTTGTGTGCTTGAAATATT 5041 TTATTTTTCAGTTTGTCCTCATAGGGAATCAAGTATTTTAGCTAGGTGATGTCTTGCAAGTACGTTCCACTTTGTTACAA 5121 TCTACTATCTGTATATACTATTTGTATCTTAATTCTTTTATGAGATGTTCTGTAACATTTTTCTCACTTTGACAAATGTT 5201 TTTAGACTGTACAGTCAAGATCTGGCGCTTGGGGGTAAGTGGAATGATTTGCTAATATTGAGAATCTGTTGTATCAAACA 5281 TAATAAACTTTTTTTGAGATGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084047. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep4
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084047 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000378182.3 | 3UTR | CAGUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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494 hsa-miR-1273h-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT074355 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT100721 | TJAP1 | tight junction associated protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT115545 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT124982 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT139911 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT177183 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT187994 | MBD6 | methyl-CpG binding domain protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT207410 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT241928 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT260110 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT260358 | XRCC6 | X-ray repair cross complementing 6 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT266428 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT294663 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT351039 | PLEKHB2 | pleckstrin homology domain containing B2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT379943 | PRRG4 | proline rich and Gla domain 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT398983 | KAT7 | lysine acetyltransferase 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441465 | BEST3 | bestrophin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446750 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449224 | RAD51B | RAD51 paralog B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450623 | AQR | aquarius intron-binding spliceosomal factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451090 | ZNF584 | zinc finger protein 584 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451558 | CIAPIN1 | cytokine induced apoptosis inhibitor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451736 | CES3 | carboxylesterase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452411 | QDPR | quinoid dihydropteridine reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452559 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452851 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452922 | DISC1 | disrupted in schizophrenia 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453043 | TANGO2 | transport and golgi organization 2 homolog | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT453097 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453297 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453593 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453787 | KBTBD12 | kelch repeat and BTB domain containing 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453987 | CECR1 | adenosine deaminase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454083 | TMEM209 | transmembrane protein 209 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454652 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454753 | PFKFB3 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455311 | TTLL9 | tubulin tyrosine ligase like 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456468 | SERAC1 | serine active site containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456554 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456716 | TMEM239 | transmembrane protein 239 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT456796 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT457487 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT457999 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT458130 | TLCD2 | TLC domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459027 | ZNF490 | zinc finger protein 490 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT459119 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459315 | HAVCR2 | hepatitis A virus cellular receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459385 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459412 | FAM83B | family with sequence similarity 83 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459974 | RFT1 | RFT1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460480 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT460586 | FEM1A | fem-1 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460920 | NOA1 | nitric oxide associated 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT461072 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461590 | DPH2 | DPH2 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461854 | ZNF317 | zinc finger protein 317 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462176 | ACADL | acyl-CoA dehydrogenase, long chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462446 | GCDH | glutaryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463854 | WNT7B | Wnt family member 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464310 | UST | uronyl 2-sulfotransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464815 | UBE2B | ubiquitin conjugating enzyme E2 B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465453 | TOR2A | torsin family 2 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466073 | TMEM184C | transmembrane protein 184C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466514 | TBXA2R | thromboxane A2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467072 | SRRD | SRR1 domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469551 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469741 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470759 | PNPLA6 | patatin like phospholipase domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470875 | PLXND1 | plexin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470976 | PITPNA | phosphatidylinositol transfer protein alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471048 | PIM3 | Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471215 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471246 | PGM2L1 | phosphoglucomutase 2 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471286 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471467 | PDE7B | phosphodiesterase 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473069 | MORN4 | MORN repeat containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473989 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474518 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474990 | KANSL1 | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475547 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476350 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477298 | EPHB2 | EPH receptor B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477933 | DPM2 | dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatory | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478282 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478472 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478559 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478618 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478834 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479007 | COL5A1 | collagen type V alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479166 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482454 | ADAR | adenosine deaminase, RNA specific | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483019 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483798 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT486087 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT486304 | SIPA1 | signal-induced proliferation-associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486490 | MYH11 | myosin heavy chain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486881 | TSPYL4 | TSPY like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487125 | NCOR2 | nuclear receptor corepressor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487542 | TM6SF2 | transmembrane 6 superfamily member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT487676 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489251 | TTLL1 | tubulin tyrosine ligase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489276 | RBM8A | RNA binding motif protein 8A | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT489496 | CRLF3 | cytokine receptor like factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489571 | SSBP2 | single stranded DNA binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489694 | SCAMP4 | secretory carrier membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490166 | TMEM63C | transmembrane protein 63C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491199 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT491260 |