pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4680 |
Genomic Coordinates | chr10: 110898090 - 110898155 |
Description | Homo sapiens miR-4680 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4680-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 5| AGAACUCUUGCAGUCUUAGAUGU |27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RBBP4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NURF55, RBAP48, lin-53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001135255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001135256 , NM_005610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RBBP4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RBBP4 (miRNA target sites are highlighted) |
>RBBP4|NM_001135255|3'UTR 1 ATATGTCTTTACTTGTTGTGATTTTAGACTCCCCTTTTTTCTTCTCAACCCTGAGAGTGATTTAACACTGGTTTTGAGAC 81 AGACTTTATTCAGCTATCCCTCTATATAATAGGTACCACCGATAATGCTATTAGCCCAAACCGTGGGTGTTTTCTAAATA 161 TTAATAGGGGGGCTTGATTCAACAAAGCCACAGACTTAACGTTGAAATTTTCTTCAGGAATTTTCTAGTAACCCAGGTCT 241 AAAGTAGCTACAGAAAGGGGAATATTATGTGTGATTATTTTTCTTCTTATGCTATATCCCCAAGTTTTTCAGACTCATTT 321 AAGTAAAGGCTAGAGTGAGTAAGGAATAGAGCCAAATGAGGTAGGTGTCTGAGCCATGAAGTATAAATACTGAAAGATGT 401 CACTTTTATTCAGGAAATAGGGGGAGATTCAAGTCATATAGATTCCTACTCGAAAATCTTGACACCTGACTTTCCAGGAT 481 GCACATTTTCATACGTAGACCAGTTTCCTCTTGGTTTCTTCAGTTAAGTCAAAACAACACGTTCCTCTTTCCCCATATAT 561 TCATATATTTTTGCTCGTTAGTGTATTTCTTGAGCTGTTTTCATGTTGTTTATTTCCTGTCTGTGAAATGGTGTTTTTTT 641 TTTTGTTGTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTTGGGACCACCAAGTTGTAAAGATGTATGTTTTTACCTGACAGTTA 721 TACCACAGGTAGACTGTCAAGTTGAGAAGAGTGAATCAATAACTTGTATTTGTTTTAAAAATTAAATTAATCCTTGATAA 801 GAGTTGCTTTTTTTTTTTAGGAGTTAGTCCTTGACCACTAGTTTGATGCCATCTCCATTTTGGGTGACCTGTTTCACCAG 881 CAGGCCTGTTACTCTCCATGACTAACTGTGTAAGTGCTTAAAATGGAATAAATTGCTTTTCTACATAACCCCATGCTGAT 961 GGGTTTTATTTAGTATAAAACATCCATCAAACACCAGTCTCTGGCTTCTAGAAGAGTCCTTCAGATGACAGTTGTTGTCC 1041 ATGGTCTTTGACTATCAAGAGCAGAATTAAATGTAATAGTCCCAGAGCTGTAGAAAAGAACTTTACTCCTTCCCAGGGAA 1121 AGTGAAAGACATAAAACACTGAATCAGAGGTGGCACAGATTAGTCTTTGATAAGGTAACGTTTCTTTGAAGTCTATCTGT 1201 AGAGAACTACATGGACTTCCAAGAGTGTCAAAGGCAGTGTGGTAGAGAGAATTTAAGGCAAGATTTAAATTTGGAAAAGG 1281 TGCTTGAACCTTTTCTCAGAGGTTTTATTTCCCCAGTATGTTTTTCACTGGGGCCTTTACTTAGGTTAGAAATAATAGGC 1361 TTTGAAGGCCTCTATCACCAGATGCAATAACCAGATAAAATTCCTGTTTTTTCCCAATCGCTTAGTTTTTTGTTGTTGTT 1441 GTTTTTTAACTGAGTAGATCATTCTGACCCAGAACTACTTTCATGAGGTAAGATCTTTGGGAAAATCTGAATAGCGTTAA 1521 CCATTAGATTCAAATCTCAAATGGTTTCTTTTCAAGTCTAGTTGTTTTAGAGTATAGTGAGAAATACCTTGACACAATTT 1601 TAAGAGTAAACTATATGGGTCAGCATATCCTTGAACAAAAAGTAGACTTTGTAAAAGTATTCATTTAAATTCTAACACTC 1681 GTGGCACAAAAGAATGGAAATTGTAAACCCATGTAATGGAAATTGGCTATCTTTTTGACCCCACATGTGCCCCTCAAAAA 1761 TGTTTTTGGTTTGGGTCAACACAAGGCAAGATACATTCTTTAAAATACTCCCAGATGTGTCCATACATTCATCCTTCACT 1841 CAGTGCATATGTGAGGGTTGTTGCTGGAAGACAGGAGGCTCATCTTTCCTTTCCTTGGTGCATTGAGATCAGTATCAACA 1921 GCAGATGAAATAGAATCCAGCAAAGAGTTGACATGTTCTGCCTCCGGCCAACTCTAGAATCTTTTTAAGCAGGTCAGCCA 2001 GTATTTGCAACTTCCACAGGATGAATTGCTTGCCAAGTTTCTGGCACTCTTGTCTGGTTGGAAGAGTACATCCAAAGGGT 2081 ACTTAGTGATCCTTTGCTAAGAAGTTTTTTGCTGTTTCCGGGTTACAGATTTGGCCATATATTTCTAAACAGCCCCTGTA 2161 AAGTTGAAAGAAAAAGTTTATAACAGTGAACTTCTGAGGTTTAGTTACTGCAGGCTTTGTTGAGAAGAGATTGTTACAGT 2241 GTGATTTATGGATGATCAGGGATGACTTTCCCCTAGCAAATATTTGGATGCCTCCTGTTTGTCAAATAGAATGAATGGTG 2321 ATGGTGATGGGAGGGATAGTTAAACGTTTTCTCTGCTAGGTTAACTTCTTACAGGTATAATTACAATGCCTGAAATTCTG 2401 TAGTTTCATTTCTTTGGATTAGTCGTTGTCTTTTCCAGATTGTACACAATCTGATCAACACAAAGGTAGTTAGTAGATCA 2481 TTAACCTCAATTGCAAGGTTATAATTTCTCAAACATTAAGCATATTATCAGTCATGTGGATTCAAACACAGTATAAGAAA 2561 ATCCTCAAGGCTGGGTGTGATGGCTTATGCCTGTAATCCCAGCTACTTAGCAGGCTGAGGCAGGAGTATTGTTTGAACCC 2641 AGGAGGCAGAGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTACTCCAGCCTGGGCAAAATAGCAAGACCCGACCCCCCATCTCT 2721 ACTAAAAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCCTAGAAAATTAGAAAAAGCAACAATAGTTACTTGTGGGCCAGGCGCGGTGG 2801 TTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGCACGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAA 2881 GATGGTGAAACCCCGTTTCTACTAAAAATACAAAAACTAGCTGGCCGTGGTGGCATGCTCCTGTAGTCCCAGCTACTCAG 2961 GAGGCTGAGGCAGGAAAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAACTGAGACCGTGCCACTGCACTCCAGCCT 3041 GGGTGGCAGAGCGAGACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAGTTGTGAATTTGATGTAAGCTTAGGAAATGAATAAAATTTATA 3121 GGCATCTGTATAATGTACAACTTGACACGGACTTTCTTTTATCCTTAGTTTCTTTCACGGACTCTAGAACTTTTATCAGA 3201 ATATACTGGTAAAACATTGGGGGAGGGATCCTGAGTAGGTGATTGGTCAGAAAGATGCCTTCAGTTTTGTCAGTGTCTAA 3281 AAGTTAAGTCTGTTTAGGCCAAGCATGGTGGCTCACACCTGAAATCCCAGCACTCTGGGAGGCCGAGGCAAGTGGATCAC 3361 AAGGTCAGGAGATGAGACCATCTTAGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAATACAAAAAAATTAGCCAGGCGTG 3441 GTGGTGCGTGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGGGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTCACGCC 3521 ACTGCACTCCAGCCTGGCAACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTAAGTCTGTGTAACATG 3601 AACATCTCTGCTTCCACCCAAAACCACAGCCTTTGAATATTATATAAGGAACTTAATGGATAGATATGTTTATTATTTTT 3681 GATAGCACAACTGCTTTCTCTGCTATTATAAGGAAAACTGAGAATAGCAGGTGGGTAGGGTAGGATGAGGAAACAAGATG 3761 CCCAAAGCCTAGATGCCACAGAATTCATGGTGATAATCAGGGCATATTTTGAGTCCTACTAGAAACAAACATTCCAAATG 3841 AACTCTGAATGCCTGACTCAGGCGTTTTGGAGGTTTGGGTTATCCCCTTGTCATTAGGCACACAAGGGTTTTTTGTTGTT 3921 TTTGTTTTTTGGGTTTTTGTTTTGTTTTGAGGCAGTCTCACTCTGTTGTACAAGCTGGAGTGCTGTATTGTGATCTTGAC 4001 TCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTTGGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTATAAGTGCCTGCCA 4081 CTATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGAGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACTC 4161 CAGGTGATCCACCCTCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCCCGTCCGGCCTGTTTTTAAGGCA 4241 TTAATTAGTATTGTTAGGAAAGCAGTAACAATGCAAACACCACTCTTCTCTTCACAAAGATCACCTTGAGACTGTGTCTC 4321 CATTCCACCTGCCTGAGAAGTGGGAGCATCAGCCTGTTCCAGGCTCTTGGGTAGTAGCATAGCCCTTTAAAAAGAGAGAG 4401 CCATTTTCCATGTGTTTTTGGATAAGCACAATTTGAAAATCATTTCCCAAATCCTCTTTTTGTTTTTGATTCTAAGGTAA 4481 AATTTTCCCTAAGCCCTCCCACCATCCCCTCAGCCAGTATTAGATGAGATTTGTATAGCAGCAGAAACTGACTTATAAGT 4561 AGAGAGCTCTTCAGCAAGACTGAGCCTTAGCTGTTCCATCTCTTTGTTCTTCTGTTGCTGGAGTTGCACCCCATTTCTTA 4641 ACTGCCTCTGGCGTTCTTCCATTTCCTCCAGCTGTTCCTGCATGAGATGGCCAAGAACATTTCTAATGAGCCAAACAATA 4721 AAAACTCACATTGTCCACTCTTACTTATAAAACACTTTTTTGTTCATTGTTTAATCTTGATAGCAGTATTGAGGCTGGTA 4801 TTTATATGATAGGTTATGAAACAGGTTCAAAGAAGTTGTGTCTTGGAAAAAAAGTGACAATGCTTTTGAAAATGATGACG 4881 AAAAAGGCATCTTGTCTGTTAACCACAGCTTGCTTTAATAGAATCCTGGGAGGGTGATTGGGACTTTTTAGTATTACAAC 4961 CTTAGTGTCATTGAGGAGGATTTTGGTCTAGTTAGTGGGCTGAGTTTCATATACCTCTCCCTCCATGTGCAGGTTTGTTA 5041 AGATAATTGGTAGTTTTTAATAATATAAAATACTTAAGTTGAAATACAAAAGTGTGGCAACAATTATTAAATATTGGCTA 5121 GAATTCTAGGAGAGTTACACAACTAGTGGAAGTCCATGTTTAGAAAATAAATGGCTTGTTTAAGGAAAAGTTTTTGTGTC 5201 CAAAGCTCCTTAAAGTCAGAGAGATTTCTACCTGGTACTTAACATCATATGGAAATTGATGCTTTAGTGAGGGTGTTGGC 5281 TATCCTATTGCTAATTTCCTGCATCCTTTTTTCTTCTTTATTTTTGTATAGAGACAGGGTCTCGCTATGTTGCCCAGGCT 5361 GGTCTTGTTCCTGGGCTCAAGCAGTCCTCCCGCCTCGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCC 5441 AGCTTATCCTTTTTTCATTACACAAAAAGACTGAATTTGGTTAGTTCTAAGTTGGAAGATAAAGATGGTATGCACAGGAG 5521 GCCCTTGGGAGCCCTCAGATAACTTTCTCATTCTTCCAGAATCAGGCTGGGATGCATTCTGTAAATTTTCCCTGCCTAGG 5601 ATGTATACCTGAGGAATAAGGTAAGGAAGATGTCAGCAAGTCAGTCTCTGGTTTACCTGCTAGCTGGCATGGATCCTTAA 5681 GGAAGCAGGAGGGAGTTGGGAAGAGAGGAAGGGGTGAAGTTGGTATCTTTTAAAGCGAGAGTGATTTTACCTCAGATTTT 5761 GAAGAATACTAAGGAATCCAGTTGTTGGGGTACATGCTATTATTAGAAGGATCTAGATAATTTGTCCTCTGAGTCATACT 5841 TGACATTGTACCTGTGGCACATCAATCCGCACTGTTTGATACTCTGGCTGAATCTCAGCTTTCACCAACATTGTCAAAGG 5921 ACCTTTTTTAGTGCCCAGCCATGCCTAAGAGTGTGTCATCTGAAGAGGGAAGCATCTGCATACTGCTGTCCTGATTGCTC 6001 AGTCCTCACTACCTACCAGACCCGTTGGTAAGGTACAAAAGTACATGCTTGGAAAAGCAGTCTGCACCACCAGTGATAAG 6081 CTGTGACAGAGTGGAACAGCCTCAATGAAATGAAGGAAGGATTGCTACAGTGGCATTAAGGATGGTCTCTTAATCCTGTG 6161 TTAACCACTAGATTAACTTTACAATCAACTCAAAATCCTTCAAAGGCTTTCCACTTTCTTTAGTGGCATTCAGACCCCCT 6241 CTAGTTTGACCCCTACCTCCAACTTGAACCTCTGTTACTCTTCCGTATGAACATTTTCCTCTAGCCCTGGACTACTAGTA 6321 CCGAAGTCACTAGTCACATAGGACTCATTTGAAATATGACTAGTCTCAATTGAGATGTAATGTAAGTGTAAAATACACAG 6401 CAGATTTCTAAGACAGCACACAAAATGTAAAATATGTCAAAAATATTTGATACTGATTACATGTTGAAATATATGTGTTG 6481 GGTTAAATAAAATGCATTAAAGTTAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084047. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep4
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_005610 | 3UTR | AUCACAAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAAGAUGGUGAAACCCCGUUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_001135255 | 3UTR | AAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAAGAUGGUGAAACCCCGUUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084047 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep4 |
Location of target site | ENST00000373493.5 | 3UTR | GUGGAUCACAAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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133 hsa-miR-4680-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT378771 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT393867 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT446684 | C2CD2 | C2 calcium dependent domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT447600 | MRPL3 | mitochondrial ribosomal protein L3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450708 | RNF152 | ring finger protein 152 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450784 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454623 | COL23A1 | collagen type XXIII alpha 1 chain | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT461620 | PTCD3 | pentatricopeptide repeat domain 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462695 | SNRPD3 | small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475530 | HOXA3 | homeobox A3 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT475739 | HERPUD1 | homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT489676 | CYP1A1 | cytochrome P450 family 1 subfamily A member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490610 | SLC47A1 | solute carrier family 47 member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT493628 | HIC2 | HIC ZBTB transcriptional repressor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496152 | RPS15A | ribosomal protein S15a | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT499232 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT501496 | PRICKLE2 | prickle planar cell polarity protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT507163 | GAS2L3 | growth arrest specific 2 like 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT512389 | MTRNR2L1 | MT-RNR2-like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT514626 | MTRNR2L7 | MT-RNR2-like 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT517474 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT525332 | CNGB1 | cyclic nucleotide gated channel beta 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526685 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527317 | CCR2 | C-C motif chemokine receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527608 | EYS | eyes shut homolog (Drosophila) | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT528794 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531048 | TIPARP | TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532254 | TBPL2 | TATA-box binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533801 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT535887 | MLEC | malectin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540704 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544645 | PHF8 | PHD finger protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT545760 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT555310 | PPP2R5C | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555877 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT559507 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560448 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561262 | ZIK1 | zinc finger protein interacting with K protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561795 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567007 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569298 | SURF6 | surfeit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570606 | MTRNR2L11 | MT-RNR2-like 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572888 | ADCY2 | adenylate cyclase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573119 | ADAMTS18 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608332 | ZNF670 | zinc finger protein 670 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT614942 | KCNK5 | potassium two pore domain channel subfamily K member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615324 | ERN1 | endoplasmic reticulum to nucleus signaling 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618441 | ZNF800 | zinc finger protein 800 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620110 | HARBI1 | harbinger transposase derived 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626008 | ZNF517 | zinc finger protein 517 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626626 | SLC30A6 | solute carrier family 30 member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627842 | POU3F1 | POU class 3 homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628386 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629305 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT629864 | GATAD1 | GATA zinc finger domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630444 | IDE | insulin degrading enzyme | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT631854 | PIGG | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class G | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633173 | AGO3 | argonaute 3, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633477 | ZNF724P | zinc finger protein 724 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634395 | PLSCR1 | phospholipid scramblase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635538 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635821 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636169 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636797 | CYB5D1 | cytochrome b5 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637952 | IVD | isovaleryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645136 | HES2 | hes family bHLH transcription factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645667 | ADK | adenosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646148 | FLVCR1 | feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647004 | NCR3LG1 | natural killer cell cytotoxicity receptor 3 ligand 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648187 | C2orf68 | chromosome 2 open reading frame 68 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650090 | TERF2 | telomeric repeat binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650329 | RTN2 | reticulon 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654224 | RNF165 | ring finger protein 165 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654545 | RAB1A | RAB1A, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656457 | MAPK14 | mitogen-activated protein kinase 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656828 | KLF8 | Kruppel like factor 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657112 | ITPRIPL2 | inositol 1,4,5-trisphosphate receptor interacting protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657930 | GATSL2 | cytosolic arginine sensor for mTORC1 subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT659375 | CREG2 | cellular repressor of E1A stimulated genes 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT659833 | CARHSP1 | calcium regulated heat stable protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662108 | LACTB | lactamase beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT662789 | TBC1D25 | TBC1 domain family member 25 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669501 | ARL3 | ADP ribosylation factor like GTPase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669759 | ZNF101 | zinc finger protein 101 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT669800 | GAN | gigaxonin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670050 | RPP14 | ribonuclease P/MRP subunit p14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670299 | RBBP4 | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670388 | EMP2 | epithelial membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672862 | C22orf29 | retrotransposon Gag like 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672890 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673210 | C10orf76 | chromosome 10 open reading frame 76 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674001 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674163 | BLOC1S3 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674502 | TIRAP | TIR domain containing adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT675470 | NUBPL | nucleotide binding protein like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT675671 | TMOD2 | tropomodulin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676006 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676074 | TIMM50 | translocase of inner mitochondrial membrane 50 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676386 | SEC24D | SEC24 homolog D, COPII coat complex component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676764 | SNX2 | sorting nexin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676896 | GABPB1 | GA binding protein transcription factor beta subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676978 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677236 | C15orf40 | chromosome 15 open reading frame 40 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677369 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677464 | PDLIM3 | PDZ and LIM domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678081 | EIF2A | eukaryotic translation initiation factor 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678093 | ATCAY | ATCAY, caytaxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678324 | FBLIM1 | filamin binding LIM protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678417 | ANKRD36 | ankyrin repeat domain 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678521 | ZNF347 | zinc finger protein 347 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678700 | TRIP11 | thyroid hormone receptor interactor 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678829 | PDE6A | phosphodiesterase 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679991 | RUNDC1 | RUN domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680751 | PSD4 | pleckstrin and Sec7 domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681249 | ZNF383 | zinc finger protein 383 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681422 | GTF3C6 | general transcription factor IIIC subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681948 | SLC19A3 | solute carrier family 19 member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689278 | C5AR2 | complement component 5a receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690389 | PARP15 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691845 | OSCAR | osteoclast associated, immunoglobulin-like receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693863 | IYD | iodotyrosine deiodinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696002 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701930 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702341 | KLHL7 | kelch like family member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT703557 | FKBP14 | FK506 binding protein 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705033 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706341 | STAC2 | SH3 and cysteine rich domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709671 | RGP1 | RGP1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711212 | EFHB | EF-hand domain family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718342 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722755 | SIRPB2 | signal regulatory protein beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT723535 | NFATC2IP | nuclear factor of activated T-cells 2 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724498 | BFAR | bifunctional apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 |