pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4680 |
Genomic Coordinates | chr10: 110898090 - 110898155 |
Description | Homo sapiens miR-4680 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4680-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 5| AGAACUCUUGCAGUCUUAGAUGU |27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FXN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CyaY, FA, FARR, FRDA, X25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | frataxin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_181425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001161706 , NM_000144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FXN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FXN (miRNA target sites are highlighted) |
>FXN|NM_181425|3'UTR 1 AAACCAAACTGGACTTGTCTTCCTTGGCCTATTCCGGAAAAGATGCTTGATGCCCAGCCCCGTTTTAAGGACATTAAAAG 81 CTATCAGGCCAAGACCCCAGCTTCATTATGCAGCTGAGGTCTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTATTTTTTTTATTCCT 161 GCTTTTGAGGACAGTTGGGCTATGTGTCACAGCTCTGTAGAAAGAATGTGTTGCCTCCTACCTTGCCCCCAAGTTCTGAT 241 TTTTAATTTCTATGGAAGATTTTTTGGATTGTCGGATTTCCTCCCTCACATGATACCCCTTATCTTTTATAATGTCTTAT 321 GCCTATACCTGAATATAACAACCTTTAAAAAAGCAAAATAATAAGAAGGAAAAATTCCAGGAGGGAAAATGAATTGTCTT 401 CACTCTTCATTCTTTGAAGGATTTACTGCAAGAAGTACATGAAGAGCAGCTGGTCAACCTGCTCACTGTTCTATCTCCAA 481 ATGAGACACATTAAAGGGTAGCCTACAAATGTTTTCAGGCTTCTTTCAAAGTGTAAGCACTTCTGAGCTCTTTAGCATTG 561 AAGTGTCGAAAGCAACTCACACGGGAAGATCATTTCTTATTTGTGCTCTGTGACTGCCAAGGTGTGGCCTGCACTGGGTT 641 GTCCAGGGAGACCTAGTGCTGTTTCTCCCACATATTCACATACGTGTCTGTGTGTATATATATTTTTTCAATTTAAAGGT 721 TAGTATGGAATCAGCTGCTACAAGAATGCAAAAAATCTTCCAAAGACAAGAAAAGAGGAAAAAAAGCCGTTTTCATGAGC 801 TGAGTGATGTAGCGTAACAAACAAAATCATGGAGCTGAGGAGGTGCCTTGTAAACATGAAGGGGCAGATAAAGGAAGGAG 881 ATACTCATGTTGATAAAGAGAGCCCTGGTCCTAGACATAGTTCAGCCACAAAGTAGTTGTCCCTTTGTGGACAAGTTTCC 961 CAAATTCCCTGGACCTCTGCTTCCCCATCTGTTAAATGAGAGAATAGAGTATGGTTGATTCCCAGCATTCAGTGGTCCTG 1041 TCAAGCAACCTAACAGGCTAGTTCTAATTCCCTATTGGGTAGATGAGGGGATGACAAAGAACAGTTTTTAAGCTATATAG 1121 GAAACATTGTTATTGGTGTTGCCCTATCGTGATTTCAGTTGAATTCATGTGAAAATAATAGCCATCCTTGGCCTGGCGCG 1201 GTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTTGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCT 1281 GGCCAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCATGATGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGC 1361 TACTTGGGAGGCTGAAGCGGAAGAATCGCTTGAACCCAGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTG 1441 TAACCTGGGTGACTGAGCAAAACTCTGTCTCAAAATAATAATAACAATATAATAATAATAATAGCCATCCTTTATTGTAC 1521 CCTTACTGGGTTAATCGTATTATACCACATTACCTCATTTTAATTTTTACTGACCTGCACTTTATACAAAGCAACAAGCC 1601 TCCAGGACATTAAAATTCATGCAAAGTTATGCTCATGTTATATTATTTTCTTACTTAAAGAAGGATTTATTAGTGGCTGG 1681 GCATGGTGGCGTGCACCTGTAATCCCAGGTACTCAGGAGGCTGAGACGGGAGAATTGCTTGACCCCAGGCGGAGGAGGTT 1761 ACAGTGAGTCGAGATCGTACCTGAGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGAGGGTTTATTAATGAGA 1841 AGTTTGTATTAATATGTAGCAAAGGCTTTTCCAATGGGTGAATAAAAACACATTCCATTAAGTCAAGCTGGGAGCAGTGG 1921 CATATACCTATAGTCCCAGCTGCACAGGAGGCTGAGACAGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAATTGGAGATCAGCCTGGGC 2001 AACACAGCAAGATCCTATCTCTTAAAAAAAGAAAAAAAAACCTATTAATAATAAAACAGTATAAACAAAAGCTAAATAGG 2081 TAAAATATTTTTTCTGAAATAAAATTATTTTTTGAGTCTGATGGAAATGTTTAAGTGCAGTAGGCCAGTGCCAGTGAGAA 2161 AATAAATAACATCATACATGTTTGTATGTGTTTGCATCTTGCTTCTACTGAAAGTTTCAGTGCACCCCACTTACTTAGAA 2241 CTCGGTGACATGATGTACTCCTTTATCTGGGACACAGCACAAAAGAGGTATGCAGTGGGGCTGCTCTGACATGAAAGTGG 2321 AAGTTAAGGAATCTGGGCTCTTATGGGGTCCTTGTGGGCCAGCCCTTCAGGCCTATTTTACTTTCATTTTACATATAGCT 2401 CTAATTGGTTTGATTATCTCGTTCCCAAGGCAGTGGGAGATCCCCATTTAAGGAAAGAAAAGGGGCCTGGCACAGTGGCT 2481 CATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGTGTATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAA 2561 CATGGCAAAATCCCGTCTCTACTAAAAATATTAAAAAATTGGCTGGGCGTGGTGGTTCGTGCCTATAATTTCAGCTACTC 2641 AGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTGTAACCTGGGGGGTGGAGGTTGCAGTGAGACGAGATCATGCCACTTCACTCCAGC 2721 CTGGCCAACAGAGCCATACTCCGTCTCAAATAAATAAATAAATAAATAAAGGGACTTCAAACACATGAACAGCAGCCAGG 2801 GGAAGAATCAAAATCATATTCTGTCAAGCAAACTGGAAAAGTACCACTGTGTGTACCAATAGCCTCCCCACCACAGACCC 2881 TGGGAGCATCGCCTCATTTATGGTGTGGTCCAGTCATCCATGTGAAGGATGAGTTTCCAGGAAAAGGTTATTAAATATTC 2961 ACTGTAACATACTGGAGGAGGTGAGGAATTGCATAATACAATCTTAGAAAACTTTTTTTTCCCCTTTCTATTTTTTGAGA 3041 CAGGATCTCACTTTGGCACTCAGGCTGGAGGACAGTGGTACAATCAAAGCTCATGGCAGCCTCGACCTCCCTGGGCTTGG 3121 GCAATCCTCCCACAGGTGTGCACCTCCATAGCTGGCTAATTTGTGTATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGCC 3201 CAGGCTGGTCTCTAACACTTAGGCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGTCCTCCCAAGATGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCA 3281 CAGGTGTTCATCAGAAAGCTTTTTCTATTATTTTTACCTTCTTGAGTGGGTAGAACCTCAGCCACATAGAAAATAAAATG 3361 TTCTGGCATGACTTATTTAGCTCTCTGGAATTACAAAGAAGGAATGAGGTGTGTAAAAGAGAACCTGGGTTTTTGAATCA 3441 CAAATTTAGAATTTAATCGAAACTCTGCCTCTTACTTGTTTGTAGACACTGACAGTGGCCTCATGTTTTTTTTTTTTTTA 3521 ATCTATAAAATGGAGATATCTAACATGTTGAGCCTGGGCCCACAGGCAAAGCACAATCCTGATGTGAGAAGTACTCAGTT 3601 CATGACAACTGTTGTTCTCACATGCATAGCATAATTTCATATTCACATTGGAGGACTTCTCCCAAAATATGGATGACGTT 3681 CCCTACTCAACCTTGAACTTAATCAAAATACTCAGTTTACTTAACTTCGTATTAGATTCTGATTCCCTGGAACCATTTAT 3761 CGTGTGCCTTACCATGCTTATATTTTACTTGATCTTTTGCATACCTTCTAAAACTATTTTAGCCAATTTAAAATTTGACA 3841 GTTTGCATTAAATTATAGGTTTACAATATGCTTTATCCAGCTATACCTGCCCCAAATTCTGACAGATGCTTTTGCCACCT 3921 CTAAAGGAAGACCCATGTTCATAGTGATGGAGTTTGTGTGGACTAACCATGCAAGGTTGCCAAGGAAAAATCGCTTTACG 4001 CTTCCAAGGTACACACTAAGATGAAAGTAATTTTAGTCCGTGTCCAGTTGGATTCTTGGCACATAGTTATCTTCTGCTAG 4081 AACAAACTAAAACAGCTACATGCCAGCAAGGGAGAAAGGGGAAGGAGGGGCAAAGTTTTGAAATTTCATGTAAATTTATG 4161 CTGTTCAAAACGACGAGTTCATGACTTTGTGTATAGAGTAAGAAATGCCTTTTCTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGT 4241 CACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTGGGCTCACTACAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAG 4321 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 4401 CATCATGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTAGTAATCCACCTGCCTCCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCG 4481 TGAGCCACTGCACCCAGCCAGAAATGCCTTCTAATCTTTGGTTTATCTTAATTAGCCAGGACACTTGGAGTGCATCCCGA 4561 AGTACCTGATCAGTGGCCCCTTTGGAATGTGTAAAACTCAGCTCACTTATATCCCTGCATCCGCTACAGAGACAGAATCC 4641 AAGCTCATATGTTCCATCTTCTCTGGCTGTATAGTTTAAGGAATGGAAGGCACCAGAACAGATTTATTGAAATGTTTATT 4721 AGCTGAAGATTTATTTAGACAGTTGAGGAAAACATCAGCACCCAGCAGTAAAATTGGCTCTCAAAGATTTTCTTCTCCTG 4801 TGGAAAGTCAGACCTCTGAGGCCCCATCCAGGTAGAAGTACTAGTGCAAGAAGGGCCTCTGCTGTCCACTTGTGTTTCTG 4881 TGATCTGTGGGAACATTGTTAACGCCACATCTTGACCTCAAATTGTTTAGCTCCTGGCCAGACACGGTGGCTCACACCTG 4961 TAATCCCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTAGGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCAACATGGTAA 5041 AACCCCGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGCCGTAGTGGCGCACGCCTGTTATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA 5121 GGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTACACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACA 5201 AGAGGGAAACTCCATTAAAAAAATGTAATTCCCGTGTCTGCCATCTTAAGTGTAAAGGTGGCTAAATTATATAGAAAAAT 5281 AAGACAATATCATTTCCCAATTACATTCCTTTCCTACCGCACTCTATGATGCTAGCTGAGATTTTTCCAAAAGAAAATGG 5361 CTTAAATAAAACCCTAAGAGAAAGAAAAACTTTAAATCCCTCCAAAGCTCAAAAGTAATAGAAACAGATGAGTTTGGAGT 5441 CAGGATTTCTCTGTAAGATTGCCTAGGCTGTGTACTGCACATCTCCAGGTGCCACTGTTGACAGAGATTATAACTACAAT 5521 GTGAAGTGAATGGTGCCACTGACAGTTATGCAAACCGTCCAGAGCATAGCCACCTGATCCTGCTGGGATTCCTCTTGCCA 5601 GTCCATCAGCAGTTCCCCTTGAAAGTTTCACCAAACATCCCTTAAATCTGCCCTCTCCTGCCCGTCCCCAGTGGAGGTCC 5681 TCATCATTTTTCACCTGCATTTTTGCAGGAGCTTTCTTATATCCACCTTCCTCCTTTTCTCTCAGCCCATCATCTAGCTA 5761 CACAGTCTCCAGGGTAAGCTTTCAGAAAGGCAATCTCTTGTCTGTAAAACCTAAGCAGGACCAAGGCCAAGTTTCTTAGC 5841 CTGAAAAATGTGCTTTTCTGACTGAACTGTTCAGGCACTGACTCTACATATAATTATGCTTTTCTACCCCCTCACACTCA 5921 ACACTTTGACTCCAGCAATCCCAAATCCCCAGATCCCTAAGTGTGCTGTGCTATTTTCACGTGGCTCTCAGACTTGGCCA 6001 GTGCTGTTTCCATTTTGGTCTTTATTCCCCACATCTCTGCCTGGGGGGTAGATTCTACCCTGAAAAATGTTCTTGGCACA 6081 GCCTTGCAAACTCCTCCTCCACTCAGCCTCTGCCTGGATGCCCTTGATTGTTCCATGTCCTCAGCATACCATGTTTGTCT 6161 TTCCCAGCACTGACCTACCATGTGTCACCCCTGCTTGGCTGTACCTTCCATGAGGCTAGGACTATGTGTCTCCTTTGTTG 6241 ACTGCTGTTGCCCTAGCATCTTGCACAGTTCCTTGCACACAATTAGAGCTCTATAAATGTCAAATAAATGTGTTATAATT 6321 ATATGTTTAAGATAGTTGTTCAAATAAACTCTAAATAACCCCAAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084040. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep1
HITS-CLIP data was present in GSM1084042. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep2
HITS-CLIP data was present in GSM1084045. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep3
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084040 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep1 |
Location of target site | ENST00000396366.2 | 3UTR | AGGCCAAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084042 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep2 |
Location of target site | ENST00000396366.2 | 3UTR | CAAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084045 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000396366.2 | 3UTR | GUGUAUCACCUGAGGUCAGGAGUUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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133 hsa-miR-4680-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT378771 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT393867 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT446684 | C2CD2 | C2 calcium dependent domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT447600 | MRPL3 | mitochondrial ribosomal protein L3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450708 | RNF152 | ring finger protein 152 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450784 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454623 | COL23A1 | collagen type XXIII alpha 1 chain | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT461620 | PTCD3 | pentatricopeptide repeat domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462695 | SNRPD3 | small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475530 | HOXA3 | homeobox A3 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT475739 | HERPUD1 | homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT489676 | CYP1A1 | cytochrome P450 family 1 subfamily A member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490610 | SLC47A1 | solute carrier family 47 member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT493628 | HIC2 | HIC ZBTB transcriptional repressor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496152 | RPS15A | ribosomal protein S15a | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT499232 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501496 | PRICKLE2 | prickle planar cell polarity protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT507163 | GAS2L3 | growth arrest specific 2 like 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT512389 | MTRNR2L1 | MT-RNR2-like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT514626 | MTRNR2L7 | MT-RNR2-like 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT517474 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525332 | CNGB1 | cyclic nucleotide gated channel beta 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526685 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527317 | CCR2 | C-C motif chemokine receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527608 | EYS | eyes shut homolog (Drosophila) | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT528794 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531048 | TIPARP | TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532254 | TBPL2 | TATA-box binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533801 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT535887 | MLEC | malectin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540704 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544645 | PHF8 | PHD finger protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT545760 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555310 | PPP2R5C | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555877 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT559507 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560448 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561262 | ZIK1 | zinc finger protein interacting with K protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561795 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567007 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569298 | SURF6 | surfeit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570606 | MTRNR2L11 | MT-RNR2-like 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572888 | ADCY2 | adenylate cyclase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573119 | ADAMTS18 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608332 | ZNF670 | zinc finger protein 670 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT614942 | KCNK5 | potassium two pore domain channel subfamily K member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615324 | ERN1 | endoplasmic reticulum to nucleus signaling 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618441 | ZNF800 | zinc finger protein 800 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620110 | HARBI1 | harbinger transposase derived 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626008 | ZNF517 | zinc finger protein 517 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626626 | SLC30A6 | solute carrier family 30 member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627842 | POU3F1 | POU class 3 homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628386 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629305 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT629864 | GATAD1 | GATA zinc finger domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630444 | IDE | insulin degrading enzyme | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT631854 | PIGG | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class G | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633173 | AGO3 | argonaute 3, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633477 | ZNF724P | zinc finger protein 724 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634395 | PLSCR1 | phospholipid scramblase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635538 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635821 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636169 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636797 | CYB5D1 | cytochrome b5 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637952 | IVD | isovaleryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645136 | HES2 | hes family bHLH transcription factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645667 | ADK | adenosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646148 | FLVCR1 | feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647004 | NCR3LG1 | natural killer cell cytotoxicity receptor 3 ligand 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648187 | C2orf68 | chromosome 2 open reading frame 68 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650090 | TERF2 | telomeric repeat binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650329 | RTN2 | reticulon 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654224 | RNF165 | ring finger protein 165 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654545 | RAB1A | RAB1A, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656457 | MAPK14 | mitogen-activated protein kinase 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656828 | KLF8 | Kruppel like factor 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657112 | ITPRIPL2 | inositol 1,4,5-trisphosphate receptor interacting protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657930 | GATSL2 | cytosolic arginine sensor for mTORC1 subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT659375 | CREG2 | cellular repressor of E1A stimulated genes 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT659833 | CARHSP1 | calcium regulated heat stable protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662108 | LACTB | lactamase beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT662789 | TBC1D25 | TBC1 domain family member 25 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669501 | ARL3 | ADP ribosylation factor like GTPase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT669759 | ZNF101 | zinc finger protein 101 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT669800 | GAN | gigaxonin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670050 | RPP14 | ribonuclease P/MRP subunit p14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670299 | RBBP4 | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670388 | EMP2 | epithelial membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672862 | C22orf29 | retrotransposon Gag like 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672890 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673210 | C10orf76 | chromosome 10 open reading frame 76 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674001 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674163 | BLOC1S3 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674502 | TIRAP | TIR domain containing adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT675470 | NUBPL | nucleotide binding protein like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT675671 | TMOD2 | tropomodulin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676006 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676074 | TIMM50 | translocase of inner mitochondrial membrane 50 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676386 | SEC24D | SEC24 homolog D, COPII coat complex component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676764 | SNX2 | sorting nexin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676896 | GABPB1 | GA binding protein transcription factor beta subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676978 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677236 | C15orf40 | chromosome 15 open reading frame 40 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677369 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT677464 | PDLIM3 | PDZ and LIM domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678081 | EIF2A | eukaryotic translation initiation factor 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678093 | ATCAY | ATCAY, caytaxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678324 | FBLIM1 | filamin binding LIM protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678417 | ANKRD36 | ankyrin repeat domain 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678521 | ZNF347 | zinc finger protein 347 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678700 | TRIP11 | thyroid hormone receptor interactor 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678829 | PDE6A | phosphodiesterase 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679991 | RUNDC1 | RUN domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680751 | PSD4 | pleckstrin and Sec7 domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681249 | ZNF383 | zinc finger protein 383 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681422 | GTF3C6 | general transcription factor IIIC subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681948 | SLC19A3 | solute carrier family 19 member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689278 | C5AR2 | complement component 5a receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690389 | PARP15 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691845 | OSCAR | osteoclast associated, immunoglobulin-like receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693863 | IYD | iodotyrosine deiodinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696002 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701930 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702341 | KLHL7 | kelch like family member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT703557 | FKBP14 | FK506 binding protein 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705033 | CACUL1 | CDK2 associated cullin domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706341 | STAC2 | SH3 and cysteine rich domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709671 | RGP1 | RGP1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711212 | EFHB | EF-hand domain family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718342 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722755 | SIRPB2 | signal regulatory protein beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT723535 | NFATC2IP | nuclear factor of activated T-cells 2 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724498 | BFAR | bifunctional apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 |