pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-605 |
Genomic Coordinates | chr10: 51299573 - 51299655 |
Synonyms | MIRN605, hsa-mir-605, MIR605 |
Description | Homo sapiens miR-605 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-605-3p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 51| AGAAGGCACUAUGAGAUUUAGA |72 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | AKAP5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AKAP75, AKAP79, H21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | A-kinase anchoring protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on AKAP5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of AKAP5 (miRNA target sites are highlighted) |
>AKAP5|NM_004857|3'UTR 1 CTTACTCTCCAGAGTCACGGCAGAAAAAACAAGCTTAATGAAGAATTCTTTTATACATTTGTGGCATTTCTTACTCAGTA 81 ACAAATGAGAGATTTATCATCTCTAGAACTTAAAAGGTACAATTCCAGCGCAGAAGTGCTAAAGATTAAGTCAAGTTTAT 161 AAAACTCTACCACTGAAATGCAGTCACTTCTGGATTGGAGGAAGTCAGCACAGATTGCAGTGTAAAATGACATAACATAC 241 AGGGAGTTGCTAAAATGGCATATGGAGATTGGAGTGCTTTGGGGGAGGAAGGTGTATTTATTGAGCACTTATGGTATGCC 321 ATAAGCTTTTTAATGACCTCTGATATAACAAAGTCTGGTTTCCTTTTGATAATTCAGCTCTGTGTATAGGCTAACATCAC 401 ATTAAGTTTTTAAAAACTTATTTTTTACAGTGCACATATATGTTTAAAATGGTGAATAAGGTGAGCTACTTTTGTGAATG 481 TGATTTGTAATTGTTACATTCCTAAGCAGCAGGCTTAACTCAAAAAATACATTGCATTTTCCCAATTTCAGCAGATAGTG 561 TGCAGAATATGCATATTGATATTAAACGTGAGTGGTTTCCTAGTCTTAAGTCTCTTATAAGCGCTATTTGGCCAGGGGCA 641 GTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGTGGATCAGCTAAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCT 721 GGCCAATGTGGTGAAACCCCATCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCACGCCTGTAATCCCAGCT 801 ACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGAGAGGTGGAGGTTGCAGGGAGCCAAGATTGCACCACTGCACTC 881 CAGTCTGGGCAACAGAGCGAGACTCCTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAACCATTCACAAATCCTTCAATCAG 961 GCAAATTGTTACTAAGTGCAAAAGTGTAGAAACAGGGAGAGTGGGTTTTTCCCCCGCTTTTCTTTCTGCCTCAACAGATC 1041 TGTATATATCCATTTCTGCATGGATTTATCTGTGAAAAGTTAAAAAATGAAACAGCAAAAACAAAACAAGGGGAATATTA 1121 TTCTTCATCCAGGAGAAGGGAAAATTCCCAAGTAAATTATCACAGATAATATAGGATTCATCTTGCAGAATTACTTCTTT 1201 AAGAGCCATATTCATCAACTTCTCTCCAAAGAGGGGAGAGTAGATTCAAAGCCAGCCTGGTAGTAATGGTCCTGGAAAAT 1281 CCTAATAATCTAGTGCAAATATTTATTCTCGGCCAAAAATGAGCCATGAATGTGGGTGAATAGAAAAGTGAAAAGTTATT 1361 GCTAAAGCACATTATAATTTAAATGTCAGTATTCCTTCATGTCTGTGTGTTGAGACCAGTAAAAAGCATTTTACATGAAT 1441 ATTGAAAGTTAACTTTTTCATCACTATTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGG 1521 CTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACACCATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCA 1601 AGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACTACAACGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTT 1681 AGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCATGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 1761 ACCGCACCCGGCCTTCATCACTATTTTCAATCCAGATATACTTTACAAAAATGAGAAGGGCTTATTTGCATTTTTATTTA 1841 CATATTGAAAGGGAAGCATCTGATCTCATCAATGATTGCCATATTTTTTGAAAAAGTAATCCTATTTCAATCTTTCCTTG 1921 TGTGAAATGGCCATAATACCAGAGTGCACTTCCCTACCTCACAGGTTAGGATTCAAAGTGTGTATTCCCCCATTGTGTAA 2001 ATTGAGTGATTGTGTTACTACTTGAAACAGATGAAGTAATAAAGATGAAGTATGAGATGTAAGGTATTTGTTCAAGAGCT 2081 CCACTTGGAGGAAATAATGCACATTAGATGATTTTAAATGATCTGGGTGAATTCTTGCATTGTGTATGGATTGCATATAG 2161 AAAGTATTTGCTACTTTGTCCTACAGAATCATCTTCATTTCTTTCTGTAAATACATATTGAGACCTCTAACAAAAGAAAC 2241 TAATCTGACTTGGAAATTGAACCAAATCATGGATATTATTAGCAAGATTCTTTGCTGAAGTGCAAAAATATTTCCCCCAG 2321 ATTTTCCTACCTTCATGCTTATAATCCGGGGAGGAGGGTGGAAATCCTGAGCAAGATGAAAAGTGTCATTCAAAACACAT 2401 GACCCAAGAAGTCAATTTCTTTTAATTGTACAACTTTTAAACATTAAAAACAAAAAAGACGAGTCATCTTCTCTGAAAAC 2481 ACTCTTTAACTCACTATATGTGGTGCTAATGGACTTGGACAGCTACCAGCTATCATATTTAAAAGTGAACCATTTTAAAA 2561 ACCTGACTAAGGTTGGTGCATTTTACAGTGTATTGAAGAATCCTGCCCTCATTTACTGCAAGGATGCCTCCAAGCCAATA 2641 CACTTGCATTGTAAATGTTTAGTAATCTCATGAACAAGCAAAAAGTATAGTACTTAGCAGTTATTGGAAATATTTTGGGG 2721 GATTTTTAAAAAAACAGATAAATGGTAAATATGTGCAATGAATTTTTTGGTTAAGAAAGTAAAATTTTATCTAATACTAG 2801 GTTTTTACTTTTTTCACTGTGGTTTGATATATATTTTTGGTTAGAATGTACTGATTGTTTTTATGATAAGATGTATATTT 2881 TACTTGCATTCATTCTTAAGAGGTTTCTGTTTTTCTATTGAGAATATCTGTTGAATTAAGTAGGATTTCAGTTAGAAAAA 2961 GGAATTCCGAAATTAACTGGTCTCAATCTGATTATATGTGCTACATGGCCAAATCCTATTACAGTGAATTCTAAGGTGAT 3041 TCAAATTGTTTTATTGTTATAGAAATATGCAGAAATCAGATGGCTTCAGAGTCATAAAATATTTTTCTTGTAATAGTATT 3121 TAAGCAATTTGACCTTATATGCAAACGTTAAGTGAATATAAATAAGTTCTGTTTCAATTCATGTCCATTTAACAACATTA 3201 AAATAATTATTAGGAACACCACATGAATTTTCTTTACATTTGCTGTGGTATAAATTCTGCTTTTAATGAATGTTTATTTA 3281 TTTATTAGCCAAAATTCAGTTTCTCTTTGAACCCAGAATTTTGCAAAGCTGGGGGTTGGGGAGGGGGATTATTAGCTACT 3361 TGTTAACTTTTTCAGCATATTATCATTCCTCTTTTAAGACTCAAGTATTATTCACTTTGCTTCTTACAACCCAGAGAATG 3441 TGAAAATTCTCCTCTATTTTATGTAGCACTATTCACTTAACATTTTTTCAAAGCACTTTATAGGATATAAAAATAGTACC 3521 CGGTAACATTTAAGTAAAGGTAGCAGAAAACAAAAGAACTTTCAAACAGAAATTATGTTCCCTGCCACCTCCTCCACCTC 3601 AAAGAATAATAAGCATGTGGCATAAATGGAGTTGTTCAGAAAAGCTGTCTGCATAATTTTCCTTCAAGGTAATGTATTTG 3681 ACAGCATGAAGTTTGTGATGATCTTACTTGGTCTACTACTCAGCGGAGTCTTAGAATCTCTTTTATTTACTTCTGAGAGA 3761 TTGTTATTTCACCAGTATATGTGAACAGGCTTGCTAAAGGCATTAAAGATATGGATCATGGAGGCACCAAATTTGGCTTC 3841 TGTATGCAATCCAGCATTAACTTCATCCATACATTTCTAACTTCATCCATAAATTTCTAACTTCAAGTTACCTTATTTTT 3921 TATAGTTAAGAATGTTTTTCGAGGTTTACAACAGAATTTAAAAAATAATTGTTAGGCTTTAGAATCCCACTGTTTGAAAA 4001 GATCCTTTTAATGTCAACTTTATTGAAATATGTAGTCTACTTTCTAATTTCATCTGATAATATAGCAGGATTTGATTTTT 4081 CTGCCTGCCATTTGTGCATTTAAAAAAAAATCCTCATTTAAGATTTAGAGTTCTTTAGGTTCAAATTCCTATGATGTTTT 4161 ATTGGGTAACATGAACTCTCTTATACATAATTCAAAATTTCAATCCATGGTATATTTTATGGTACATTTTGAAAAGAAAA 4241 TTTGTAATGCTCCTTAGTTACAAAAATTAGAAGGAAGCTACATAAAATTCAGGTGTCCTAATTAAATTCAATTTGATTCA 4321 ACACACGTATTAGGCATAACTCATACCTAACACTATTTGATAAGGGAGACAGGCTCCCTGCCATCCAAGAACTCAACCTA 4401 GGGAGCAGTGACAACAGAAACCGGGTTGGGTTAAGGCAAAGAGCCATGGATAATGCTGCAACATGAGTGGCACAGAGGGG 4481 AGTACACAGAGAGAGCAATTAATTTGGTGTGGGGAAGGTGGTGATCTGAATACAGCAGCAGTTTGAAAGTGTTCCGTTTT 4561 TAAATAAACAGTATGCTTATTTTGATTTGTGACTAGGTGTAGAAAAAAGCCTGCATAGTGTTACATATTTATAGTAGTTC 4641 TTTGTAAAAATGTTAAGTGGATGAGCTATTATGAAAGTAAAAGTTTCATTTTTTCTCATTAAAATTAGTACTAAATTACT 4721 ATGGATCAGATGATAATATTAAATAGTACTCTGTAGAAAAAAGGTTTCAAGTTGAATTAATTTATGTACTGATTATTAAT 4801 ACAGAATAAATGTTATATTGACTCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084044. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep3
HITS-CLIP data was present in GSM1084045. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep3
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084044 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000394718.4 | 3UTR | AUUACAGGCAUGAGCCACCGCACCCGGCCUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084045 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000394718.4 | 3UTR | GGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCACCCGGCCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
100 hsa-miR-605-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT061339 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT061584 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT076140 | WDR81 | WD repeat domain 81 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079361 | CCDC137 | coiled-coil domain containing 137 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079547 | VAMP3 | vesicle associated membrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT096242 | CANX | calnexin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT243877 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT249186 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT273604 | SP1 | Sp1 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT316766 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT322410 | PPP2R2A | protein phosphatase 2 regulatory subunit Balpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT370117 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT392725 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT406910 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407440 | CTDSP1 | CTD small phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441887 | RD3 | retinal degeneration 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT444979 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445241 | FOXD4 | forkhead box D4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445500 | FOXD4L5 | forkhead box D4 like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445503 | FOXD4L4 | forkhead box D4 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447025 | FOXD4L1 | forkhead box D4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447743 | TMCC3 | transmembrane and coiled-coil domain family 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448761 | HDX | highly divergent homeobox | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450003 | HAX1 | HCLS1 associated protein X-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452830 | FAM131B | family with sequence similarity 131 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452872 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453506 | ARRB1 | arrestin beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454169 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458742 | CES2 | carboxylesterase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459166 | HSPA6 | heat shock protein family A (Hsp70) member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 21 | ||||||
MIRT460246 | IL17RB | interleukin 17 receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460514 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460698 | RNF157 | ring finger protein 157 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461481 | METTL1 | methyltransferase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462617 | C20orf27 | chromosome 20 open reading frame 27 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463233 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465699 | TNPO2 | transportin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT466304 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468957 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469571 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469685 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470800 | PMP22 | peripheral myelin protein 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471649 | PANK2 | pantothenate kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT471722 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472281 | NFIB | nuclear factor I B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473680 | MAPKBP1 | mitogen-activated protein kinase binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475859 | H6PD | hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477326 | EPHA2 | EPH receptor A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477831 | DYRK3 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478572 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479634 | CD81 | CD81 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481950 | ANKRD11 | ankyrin repeat domain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483696 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488798 | MALT1 | MALT1 paracaspase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489066 | STARD3 | StAR related lipid transfer domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492533 | PSMD11 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492857 | NRARP | NOTCH regulated ankyrin repeat protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496793 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500122 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505359 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506786 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT510692 | SRM | spermidine synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515841 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516448 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528855 | PKP1 | plakophilin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533848 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539025 | ATXN7L1 | ataxin 7 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT542872 | NR6A1 | nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546543 | SATB2 | SATB homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554114 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560796 | EPM2AIP1 | EPM2A interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562836 | GCFC2 | GC-rich sequence DNA-binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563109 | IFRD2 | interferon related developmental regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564177 | MRPL49 | mitochondrial ribosomal protein L49 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564283 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564350 | USP22 | ubiquitin specific peptidase 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565279 | TNFRSF21 | TNF receptor superfamily member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565338 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565905 | SCAMP2 | secretory carrier membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567108 | ITGB1 | integrin subunit beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567601 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567779 | DGAT2 | diacylglycerol O-acyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568075 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624304 | COL12A1 | collagen type XII alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644395 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661547 | ZNF674 | zinc finger protein 674 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT670949 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672951 | AKAP5 | A-kinase anchoring protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697426 | ZFP36 | ZFP36 ring finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700793 | PIAS2 | protein inhibitor of activated STAT 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702657 | ITGA3 | integrin subunit alpha 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708945 | FZR1 | fizzy and cell division cycle 20 related 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713657 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719239 | CYSLTR2 | cysteinyl leukotriene receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719951 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722048 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722201 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724790 | C1D | C1D nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT734347 | CYP2B6 | cytochrome P450 family 2 subfamily B member 6 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|