pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2115 |
Genomic Coordinates | chr3: 48316360 - 48316459 |
Description | Homo sapiens miR-2115 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2115-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 21| AGCUUCCAUGACUCCUGAUGGA |42 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | 454 | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FKTN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CMD1X, FCMD, LGMD2M, MDDGA4, MDDGB4, MDDGC4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | fukutin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001079802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_006731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FKTN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FKTN (miRNA target sites are highlighted) |
>FKTN|NM_001079802|3'UTR 1 GATAGTAGGTTGAAATGGGAGAATTTCTCTTTTGGAAAAAAAGGTAGATAACTGTTTAAAAAATACATGTCTATTTGTCA 81 AACATAAGTGGGAACCAAAGAAAAAATGTGACAAGTTTGAAGACACAGAAAGAGTCATCTGATGTAATTCTCTCACTTAG 161 TACTGAGGAATTTTCATGTGCCACATACAATGCTAGGTTACAGTGGAGAAGCCTAGATGAATGAGACAAATACCTACTTC 241 TTTTATTCCTCCTTTTGGTAAACAACTCAATTTTCCTTTGAGGGAACCCTCCCCCACCCTTTGAAGAGTTCAAGTTCTGT 321 ACAGGTTTTTAAAACGTGAAGTAATGTTTGAACTGGAAGATGAGCTCACCAGGCAAAGCTAAGGAAGGATATACTAGTTG 401 AAAAGAATAACCCACTCCTCTTCTGGGCATTTAAGCTGGTATGTTAGTGCTACTTTTAAGATTGTGGAGTCTGAGTTAAT 481 ATTCAAGTGATCAGACTTTGAGTGACATCAAGAAAAGATGATATCAGGTTCATTTTTCAACTAATCTTATGTGGAATTGA 561 ATTAGAGAACAAGGCATTATTCTTTTAGGGAAGGTGAGAGCTTATTTGTATCAGAGCTTATTACTTGTCAGGATAAGTAA 641 ATTTCTGTACATGTACTGTTTTCATATGTGAAGTGAGAAGAAACTTTATGCTTGTTTAATGCTTAAATTTCCATCCATTG 721 TGAGAATATTTTCACTGACCTCTGATGGCACTTGTTGACAAATCATTCAAGTGAGACCATGTTACTAGACATGATCTTGA 801 AAGAGGCCATGATTTCACAAAACTCATTTTTATTTTATTCTCAGACAGTCTGTTAGGTAAAAATATGAGAAATTCATGTA 881 CATTTTATATTTTCTGAATTTATAATCTGTGCACTCCCAATTTTAATGACACTAAAATATTAATAGAATTTTTTAAATAT 961 ACTCTAATTTTTAAAACATACTCTTTATTATCTTCATTTATCAATTACAGCTTCGTATCTCTAATTTATGGTCTATATAC 1041 CAATTTAAATGGCATGTAAACCTGCCTGTTTCTTCTCCTCTTCTAATATATCAGATCTCCAAAATGGAAGCTAAATGGTG 1121 GACTTGACAACTATTCACCCTACCTCAGATCATAGAGTTTGTAAAGTTTGTGTCCCTCCCCAGTTTTTCAGTCTGTTGAA 1201 TGTCGATGGGGCAAGAACTCAGACTTCTACTTTACCAAGTACCACACACTCTGGAATGCTTTAGTTTCCTTTTCCCCTCA 1281 AGATGTCTGAGTCAGCTAGGATGCTGTTTACCCCATCTCTCTCTTATATCACTTGAATGATATATTGTAAGTGAGAGGTA 1361 AAGGAAAATGTAGGCACAATAAGCACTGCTATTTTTCTCTTTGTCTAGGAAAGGAAGCTGAATCTTATATCTTATCTATG 1441 CTATTTAGGACTACTTTCTGGAGCTTGGCAGATTTTCCTCTGACACCAGAGAACAATAGTAGTCTCAAGAATGGAAACCT 1521 GAATGTCTGAGGGAATGGGCTGGTAGACTTTTTCGAAAACAAATTAGAGAAAGTAACTTACAACCACCCATTCCGGATTT 1601 GTAAAGCAACATGAAAACCTTTGATAAATGATAACCAACAGTCTTCTGTCCTAATTTGCATTCTCAATGCAGAATTATTG 1681 GGTCTTTCATAAATAACATGAGTGGTTTCTGGAGACATTTAAGATTGTCAGCAAACTTGTCCCAAAATGGCACATCATCA 1761 TAATCCATTTTCTCTTTGCTAGAAAATCAGCCCATAGAGTGCATTCCCAAATTCTAAATAGCTGACCCTAAATTCATTTT 1841 TCATGCTTAAAAATAATAGAACAAATAATAATACTATTTTTGGGCAAAATCCACCCTACTTGATGAGGACCATTTGCTTG 1921 TGCTCAGTATTTAGAAATGCATACACTCCACATTTCTCCCCATTTCCAATTGGGACTCCCATTCTTTGCCAGGAGATCTT 2001 ACCCATCCCTTTTCAGATTAATCTTTTATCCTTTCCTGAAGTACAAAGTCTTAAGAGTGTCTGAAATCCAAGACATCTTG 2081 GCCCAATTGACACAGGTTCTATATTCTTCCCTACATAGACCACTGGCTGCTGAAATACTTTTCTTGTCTTCTGGTTTCAC 2161 AGGCTTCAGCTCATGGGTTCCACCCTAACTTGGGGAAACAAAAGCCTTCTCTAGAATCTGAAGGCCAGGCTTACCTCTGA 2241 TTCTGATTCATCCATACTTCATCTTATGTATTTTAACAGTTGGGTTCTGTGGAGTGTCCAGAGACCTTGGGTTAGGTATA 2321 TCCATCTTCAGTACCTCATTGGATCACTTTTCTTTCATCACTTGAGTATTCTAGCAGTCATTCTCCTAATCTGACCACTT 2401 TCAGGTTTAGTTTACCTGGCTTACCTGGGGAAGTTGACAACTTGTTGGTAGTTAGGCACCCATGAATGTCTCCAGAGACA 2481 TCCTGAGAGGCAAGATTCCTCTTAATTGATAACCAGGACAACCAGGTAGTCACCCAGTCCTCTCTAAGCAGGGAGCACTT 2561 GTCCTTCTCTCCTCTGCTGCAGCTACTGATATCTGGCCCCTGGAATAAAACCATAGTTCCTAAAATTGAGCATCCCTAAG 2641 AGTAGCTGCTTGGTGGGACAGCTGATTTCTTTGATTCCCTAGCTGCAAAACCTGAAATTGACCACTAGGTGACAGAATGT 2721 TTGCCAGTATCCCCACAAAACAAGTTAAAACTTAAGTGAAAATCATTCTGCTTTTGAATCTTAAAAGCTAGAAAAACCAT 2801 AATGTAATATTCTTTTTAAACCCTCTTATTTTATAACTAAATAAATAATCACAGAAAAGAATGATCTGAACAAGAACAGC 2881 TGAGGCTAAAACCCAAGACTGCCGTGACTCCTAGTCCAATGTCTGTTTCGCATCACAACACAGTATCTTTAACAGTGCTT 2961 GAGATGCTTAACAGAGAAGGCATCCAGTGCTTCATTGAGGCTAAGTCTCAGGGTGTTTCTGCCGCTTAGTATCTTTTTGT 3041 TCAGATTGAGAACCTAAGGCGACAGAGAGGTCAAGGGGAAGTATTTTCTAGTTCAGAATTCAGAATTCTTAGGCAACCTT 3121 CATACCTTTATCTGGAAAATGCCTTCTCTCCAGACAATAAGACAGTTCACATCTGGAGACATCAGCCTTTGGTACCTAAT 3201 TCTCTAAGCTCAAGATGCATCCCATTGCCACTTTACCATTCTATTTCCCAAGGGAACCATCAGCACCAACCTGCTAAATG 3281 CCTGTATTTGAAGTCTCTCCCCTTCCTGAAGTGACCTTTTATGAGGCTCTTTCCTTCCTAAGGGACCTTTCCCTGGTAGT 3361 AGTGGTCTCATTCACAAAAAAGAATAATAGATGTAACTGGAGTCACTTTGCAGTTTTCAAGATTTTTTTTTTATCTGCTT 3441 GGCTGGAAAGGAGACTAGAGTATCTAGTTTTTAGTATTTAAACTACTTTTAATTATTTATATTGATACTCTCTGATAAAT 3521 GCAGGTAGTTAAGAATAGATTGTACTCATTCCTTTTTGAGTTTGTGACCTCAAACCATTGTTTTTATTCTTACACGACTA 3601 CAGTACTTCAAATGGCACATAGATAGGCAGGATATTACATAGGTAAGCAGGAATTTATACATTGGGTACCAGAGCTAAAT 3681 CTGGAAAACACATTTGGAATGAGCTTCCACACTTCAGTCTAAAATCTCACCCAAACTTATGGCTACATATTTTTCTAAGT 3761 TTCCCCCCTAGTTTCACTTTCTGGAAAGTGAACAGTTTTTTAAATCCTAAATGTTATAAATCCTTAGGAGAAATATTCCC 3841 TCAAAACCTAGTCAAGAAAGTGCCACATTCCCACCTTCTAACAGGTAATTATTAGTTGTAATAGCTTTAATGCATGGAAA 3921 AACTTCAGTTACTGACCAGTCAAGAGAATTTCTCAAGAAAAATCCCAGCAACGTTCCCTCTTTCCTCCTTGTCTTCCACT 4001 ATCATTAAGACCTGGGCTAGATCACCTCTAACATCTCACTCAGGGAAGGCAATGTGTTGCCATAAAAAGACCACAAGCTT 4081 TTGAGTTAGGCCTGAATTTGAATTTCAGCTTAATCATGTGGGATTTATGGTGGGGGCCCTTTCAGTCTCAATTTCCACAT 4161 TAGTGAACTGGGGAAATGATACATACTTCTAAGGGTTTTTAGGGGGATTAAATGAAGTATACAGTTCTTAGCCTCAGGCC 4241 TAGGATTAAGTAAGTACTCAAGAAATGTGCAATTTTCTAGTTCCATGTTTCTTTTCTAATCTTCAAATGGAATTATAGAA 4321 ACCATGGGTCAGAACATATTCCTTTACTCAAAAGATTGCATGACTGAATTTGCTTAAGAAAAAAAAAATTGTATCAAGTC 4401 ATTAATACAATTATACATTAATTATATTACATTAATACAATATATGGTTTGTGAATTCAGAGACATTACCAGTTTGCCTC 4481 CTTCTCTCAATAGAACTTGTATTTTCATTTTCTTGGTTAAGCAGTTGTCTCCTAATATTATCCCATATGCTACCTAGTTT 4561 GCTGGTCCCAAGCAGTTTACTGTACTTCACTAGATTTGGTACCTGCTCTCCCCTGGACTTCTTTTTCAATATTCTAGCCT 4641 TTCCTAGATGTAAATCTTTACCTCCTTGTTAGTGAAATTAGATATAAGCCATGATTTGGAGAGGGAAGAAATCTGGAATA 4721 CTTAATTTCATTTAATTATCTATGCTGATGAATGCCTGTATCATTGTTAATAAAGGAGAATTGAAAATACTCATTTCTAC 4801 TTTCTGCCCTCAAATTTCTGTTTCTATCTCAACTAGGCAAGAATCAGCAGGGTGCATGATGCCATTTTAAGCTGCTTCAC 4881 ATCAGACTGAAATCCTAATTACAGTTCATAAGTGAAACAGACTAATTCAATGGCAATACCTTTTGTATAGGTCCTGTGCT 4961 TAAAGGAGGCAAGTATAAATTTTCTAATAAGAAATCCCTGCTTCTTTTGGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATACCAGCA 5041 GTTTGAGAAGCTAAGGCAGGTGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCGTCTC 5121 TTCTAAAAATACAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGCACGCCTATAGTCCCAGCTACACAGGAGGCTGAGGCAGGAGA 5201 ATCACTTGAACCCGGGAAGCAGAGTCTGCAGTGAGCCAAGATCGCGGCATTGCACTTCAGCCTGGGCGATAGAGCAAGAC 5281 TCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAGAAATCTCTGCTTCCGTACTATCAAAACTTCTACCCTAGAATACCCCC 5361 TGGCACCTTCTAACCCAACCTAATACAGAGATTTTGTAGGGACCCATTAACAAGCTCCTATATAATTATAAGCAGCTCTC 5441 ACAGTAGGGTTGAAAGAGAATATAAGGAAAATTAGAAGTACTGTATTTTTGCTATTGGAAATGAAATATTGTTTCATGCA 5521 CCTTTGAAAAAAATAACAGGATTTTACAGCCTTCTGATGATTCATTCAAAGCATGGGGAATAGTTCATATGTTTGTTAAA 5601 TGAAAATCTTATGTAGCTATTTGTGTGTCCCTCCCACTTCATAACTACAAAAACATATATATGAATTTCTAAACAAAGTG 5681 ATATTTTAAAGATGAATTGATTCAATGTGTACTTACCAGTTTACTGTGTGGTTTTATCTTCAGGTACAGATAGTTTGTGG 5761 TACTACTTGAAAATACCTTTAATATTATTTTCATCAGAATTTGTAATATATAATCCAGTTTGGGATGATGAATAAAATTT 5841 TTCTAATCTCTTGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
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miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084043. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep2
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084043 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep2 |
Location of target site | ENST00000223528.2 | 3UTR | CACAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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84 hsa-miR-2115-5p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT155281 | IFNAR2 | interferon alpha and beta receptor subunit 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT257301 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT441907 | SEPN1 | selenoprotein N | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442300 | ZNF496 | zinc finger protein 496 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468235 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469331 | RGP1 | RGP1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470203 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT475945 | GXYLT1 | glucoside xylosyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT481449 | ARRB2 | arrestin beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497440 | SLC16A10 | solute carrier family 16 member 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498270 | KIAA1644 | KIAA1644 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499225 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501742 | NSD1 | nuclear receptor binding SET domain protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501762 | NRF1 | nuclear respiratory factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT527902 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528559 | DNAAF3 | dynein axonemal assembly factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531252 | peptide deformylase, mitochondrial | ![]() |
![]() |
2 | 2 | |||||||
MIRT539490 | ACTN4 | actinin alpha 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550683 | YARS | tyrosyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573441 | APOPT1 | apoptogenic 1, mitochondrial | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616740 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617626 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620780 | MT1A | metallothionein 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623174 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624880 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625799 | MDC1 | mediator of DNA damage checkpoint 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629790 | CHRFAM7A | CHRNA7 (exons 5-10) and FAM7A (exons A-E) fusion | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630535 | AGO3 | argonaute 3, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630762 | ZNF445 | zinc finger protein 445 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630921 | UNC93A | unc-93 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630949 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT631688 | NQO2 | N-ribosyldihydronicotinamide:quinone reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633898 | FGF10 | fibroblast growth factor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635935 | PLA2G12A | phospholipase A2 group XIIA | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636177 | THBD | thrombomodulin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636730 | AFAP1 | actin filament associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638038 | SHPK | sedoheptulokinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639164 | LAMTOR3 | late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639260 | MANEAL | mannosidase endo-alpha like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639327 | C9orf41 | carnosine N-methyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639849 | YY1 | YY1 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641474 | B4GALNT3 | beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642783 | CHCHD3 | coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643653 | MYOCD | myocardin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645717 | PTPRF | protein tyrosine phosphatase, receptor type F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648018 | SLCO4C1 | solute carrier organic anion transporter family member 4C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648236 | C15orf40 | chromosome 15 open reading frame 40 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT648563 | MEMO1 | mediator of cell motility 1 | ![]() |
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MIRT648731 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | ![]() |
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MIRT650179 | LILRA2 | leukocyte immunoglobulin like receptor A2 | ![]() |
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MIRT650721 | TNFSF8 | TNF superfamily member 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT652179 | TRIM44 | tripartite motif containing 44 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT654272 | RFFL | ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
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MIRT654493 | RAD51L3-RFFL | RAD51L3-RFFL readthrough | ![]() |
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MIRT654861 | PPM1F | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1F | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT656392 | MCU | mitochondrial calcium uniporter | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT656623 | LRRC15 | leucine rich repeat containing 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT657085 | JMY | junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT659793 | CBLB | Cbl proto-oncogene B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT660155 | BRCC3 | BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT662444 | SERPINB5 | serpin family B member 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT663116 | SPTA1 | spectrin alpha, erythrocytic 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT665759 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT666357 | SIKE1 | suppressor of IKBKE 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT668521 | ESRRG | estrogen related receptor gamma | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT677776 | FKTN | fukutin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT678900 | TTLL12 | tubulin tyrosine ligase like 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT702825 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704424 | CTNNBIP1 | catenin beta interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT709470 | KRTAP19-1 | keratin associated protein 19-1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT710939 | MRPL45 | mitochondrial ribosomal protein L45 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT713306 | TYRP1 | tyrosinase related protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT716932 | FAM13A | family with sequence similarity 13 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT717539 | PYGO2 | pygopus family PHD finger 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT718060 | CYP3A5 | cytochrome P450 family 3 subfamily A member 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT718934 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT719770 | ZNF236 | zinc finger protein 236 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720164 | PNPO | pyridoxamine 5'-phosphate oxidase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT721280 | RAD54L2 | RAD54 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT721359 | ENTHD1 | ENTH domain containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT721506 | CARHSP1 | calcium regulated heat stable protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721920 | LINGO2 | leucine rich repeat and Ig domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722791 | FUT4 | fucosyltransferase 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723933 | SVOP | SV2 related protein | ![]() |
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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