pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4707 |
Genomic Coordinates | chr14: 22956950 - 22957029 |
Description | Homo sapiens miR-4707 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4707-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 52| AGCCCGCCCCAGCCGAGGUUCU |73 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | SZT2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C1orf84, EIEE18, KIAA0467, SZT2A, SZT2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | SZT2, KICSTOR complex subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SZT2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SZT2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SZT2|NM_015284|3'UTR 1 GGGAGTGGACTGGACCACTGAATGTCACTGTTCCTTGAATCATGGGCCTACCAGATTGCCTGCCAGAGGCAGGACTGACC 81 AGCCCTTCTGGGCCCCAGGGCAAGCCAGACACTGAGTGACACCAAAGGCTTTGTAACTATGTCTTGAGGGTCTGCTGCCC 161 CAGCCTGGCAGCAGGAACCGCCCTCCCCAAACACCCACAGCCACTGACCCATCCAGGACTCCAGAGAGTCAGGTCAACCC 241 CGAGGACCCCTTGGGCCCTTCTGGGGTACTCCTTTCGGCCCCCCTGGTAGAGTCTCGGGAGTTCACACAGGGTGGCAAAC 321 ACCCCCTAGAGCTCCTCTGCCTGAATCCTGCCCCCTAGCCTTTGACCACTGTCAGCCACCTGTGTCCCTTGAGCCTTCGG 401 GTCTTCACTTCCCACTTGGACATCACTGCTGGACATTCCCATCGAGATGACACCTGGGTTCCAATCCCAGCTCTGCCTTT 481 GAAGCACTTGTGGCCACCGTCAAGTCCCTTTGCTCTCGGACCCTGGGTTTCTCATCCTTTAATGAGGTGGGTTCAGAAGC 561 TCTCCCATCTTCACAGCAACCCTGGCACTGGCTTCTCAATGGGAGGGAAGCAGCAGAGAAACTGAAGTGTTAGACACTAT 641 GTGTCCCACCACCCCATTACAGAGACATATGACAATGTTCAGCAGGTCATCTTTAATGCAGAGGAGGAGATGGGATGTCA 721 CTCGCTGTCTGGAGGCACGTGGGTGGTGTGCGGGCCCTCACTGGCCAGCCTCTGGGTGGCCCCGCCTATCCCAGTATGAA 801 CGTAGCCAACTCAAGCCCTCTACTGTGTCTCCTGCAGGGAGAGGGAGGCCTCGGCACCTCAGCCCACAAGGAGAAAACAG 881 CCCCTGTCCGGGTCCCTCCAGAGCTCCCTTCCCCAGGGCCACGCCTCACCTCGAGGCTGATACTCACAGCCCACGAAGCC 961 TTTGTAGCCTTCATCTTCCAGCAGTTGAAACAGATAGGGGAAATTCAGCTCTCCGGGGCTGCTGGGCTCCCCTCGGCCTG 1041 GGACCTGTGCCACCTGCACATGCCCTGGGGACAGATGTGGACAAATGTGGGGTCCAGGCTCCTGCCAGGGCCTGAAGGAC 1121 AGATGTGGGGATTGAAAGGGTGGGAGGGCAAAGGAAGGTCCTCTCACCAACAATGGGCAGGAACTCCCGGATGTTTCCTG 1201 TCAGGTTCCCATCCATGATCTGCCAGTGGAATATGTCCTAGGGAAGAGGATACTACATTCCGAGACCCCGCAGGCCCCGC 1281 CCTCCTTCCGATCTGCGAAGTACCCCCTTCCACTTACCATTTGTAATTGGAGGTTGGGTCTTCCTACCTTCTGTAAGATG 1361 GCTGCCGCTGTAAGAGAAGCCAGGGAGGGGACCGTGAGCCTCAAGAGCACAGGAATCAAAAGGGACAGAAGGAGAGACAG 1441 GGCTGGGGTCGTACCCTGCTGGGGCGTGTCCAGGAAGTACTGGGGGTCAGTGATGCGGGTGTTGATGGGCTCCAGCAGTC 1521 CCACGAGGTCCTCCTAGCAGCATGTCGGGTGCTGTGAATAGAGCTCCTTCCCAAGTTTGTCCCCCATCAGTCAGTCACTG 1601 GTCAAGGCCCTCACCTGTTCCTCTGACCTAGGCTGGCAGCCTCACGTGCTGTCCCCACTGTGCACCCCCTTCTCCGCACA 1681 CCCACAGAGACATGTAAGTACGTGTGTGTTTCCACCTTTCTCACCTGAGCCAAAACCCCAGCTGCATGCCTCAGGTTCTC 1761 CAGAAAAACGGCCTCCATCTCAGCCTTGACTGCTATTCGATCAGCTCCCTGGGGTACTCGGCCAGCCATCAGGTGGATCC 1841 TGTGGGGAAGATGGACTGGAGGCCTTGCCTCCCTTGGCTCTCTCTGCACCTCTTCCAGGATTCCCTGACTGTGCCAGCCC 1921 TCGTCCGTCTCCCCAGGTCTCCAGTCCATGGCACCTGGGTCACGATGCCCAGGTATCCCAGCACTTTCAGAGACACTTCA 2001 GTGATGGCTGAGGGGCAAGCCCTTTCCCAGACATCTCAGTGTCCACCCACCGCCTCCTGCCTCCAGTACTTTCCAAAACC 2081 TTTCCTTCCCTCGGTCCTTCTCCGCAACCTGTAACCTGCTAAATTCTCACCTTTAAAAATTGTCCTGACCTTTGCTTGCC 2161 CTTCTCAGGTATTCCATGCTGCTGTCTCTACTTCCTCTCCTCGCATCTACTTAGCCTTTTCCCATCTGTTTTCTGCCCCC 2241 ACCATTGACCAGTAGTGATCCCCTCTTGCCAGTTCCTTCTGAGCCTGTTTGGCCTCTGCAGGATTTGACATTTGAATCAG 2321 CCCCACTTTGAGCCGTCCACCTCCTCCCATCATCCCCTGATCTTAGCCACATCCAGCTCCAAGCAGACATTCCAGGCCTC 2401 CCCATCCCAACAGGCTACATACATGTCCAGCCTCAGGAACGCTGCCAAATACACCAGGCCTCCTCTTGCCACAGCACCCT 2481 TGCAAGGAACACTCAACTTCCTGCCCATCAAGCAATGCCCACTCCTTGAAGACAGTCCAAGCATCACTACCTGTAAGCAG 2561 CTTTCTCTGATCCAGACAGGGTTAGGTGCCTACCCTGCTCCCACAGCTTCCTGGAATAGGCCTGTCCTCAAATGCATCAC 2641 TGTATATATTTACTCTCCTATCTGCCTAGGCAGACTGAGCTCCCAGCATGGGATCCCAGCATGGGGTGAGCATGAAAGAG 2721 TGGCAAACAGAGTGGCATAAGACAGATAAAATACAAAAGGCAATTTACAAAGGACCAGGACCGCAGAGGCAGAGATAAAC 2801 CAGTGGGCTCAGACTTCTGAGCGTCTCAGATCTGGCGTCCTCGACTCCCTGAACCTGCATCAGGGTCATGGGTCACAGGG 2881 GTGGGGGTGGGGTGGAGCGGGGTACCTGGGACAGCCCAGGGCTTTGGCATACCGCACGGCCTGCTCCAGTCCCTCTCGGA 2961 AGGCCGCCTGTCTCCCGGGGACGGCCCCCAGCCCCATTTCCCCCTTCTCTTGGTCTCCTGCAGAGAGAACGGGCCTCAGC 3041 CCCCGGCTCGGACACTCCCCTGCCCGCGCCCCGGCACCCCCCAGCCCTCCCAGCCCTCCCGGCCCGCGACGCACCCGGGG 3121 GCGTGTTGATCAGTACAAGCCGCAGCCCCGCTTCTCGCGCGGCGCGCGCCAGCGCCTCAGGCGTCTCCGCGTACGGCCAG 3201 GCCACCTCGACGGCCTCGAAGCCCGAGCTGCCCGCGGCCCGCACCCGCGCGGGGAGGCCGGAGAGCTCGGGGAATAGCCA 3281 GGACAGATTGGCGGAGAAGCGCAGCGGCGCCATGCCTGGGGAGGCCGGGCCGGGCGGAGTCCGCGGGATCCAAAGGCGGC 3361 GGGCGGCGGGCGGCGGGCGGCGGGCGGGGGCGGGGCTCTCCTTGCTGGCCCTGCGAACGAACGAGCACTGTTCGTGGTTA 3441 GAAAAGCGAAGTGCTGTAAAAACCCGGGCCTTCACGAAAAGCGCCTACGGTTAGCGAGAGAGGGATCACGGGGAGAGGCG 3521 AAGGGGCGGAGCGAGGGCGGCCGGAAAAGGAGCAGGACCCGCGCCTGGAGAAGGTAGGGAGGCCGAGCTCCAGGGCCTGA 3601 GAGCCGGACGCGAAGCAAGAGAGAGCTGGCTGCCCGAGGGCCCGGTTGCAATGATGGGACGCGCACTTTAATACTGAGTC 3681 TTTCCTCTGATTATAAAAATGCTATCTGTTCGTTAAGCAACATTTGAAAGCTGTATGACCAAATAAAGAAGCACTTTTAT 3761 ACCGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
|
|||||||||
Conditions | HEK293/HeLa | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1067870. RNA binding protein: AGO2. Condition:Ago2 IP-seq (mitotic cells)
... - Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al., 2013, Genome biology. |
|||||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
|||||||||
Article |
- Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al. - Genome biology, 2013
BACKGROUND: In recent years, a variety of small RNAs derived from other RNAs with well-known functions such as tRNAs and snoRNAs, have been identified. The functional relevance of these RNAs is largely unknown. To gain insight into the complexity of snoRNA processing and the functional relevance of snoRNA-derived small RNAs, we sequence long and short RNAs, small RNAs that co-precipitate with the Argonaute 2 protein and RNA fragments obtained in photoreactive nucleotide-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) of core snoRNA-associated proteins. RESULTS: Analysis of these data sets reveals that many loci in the human genome reproducibly give rise to C/D box-like snoRNAs, whose expression and evolutionary conservation are typically less pronounced relative to the snoRNAs that are currently cataloged. We further find that virtually all C/D box snoRNAs are specifically processed inside the regions of terminal complementarity, retaining in the mature form only 4-5 nucleotides upstream of the C box and 2-5 nucleotides downstream of the D box. Sequencing of the total and Argonaute 2-associated populations of small RNAs reveals that despite their cellular abundance, C/D box-derived small RNAs are not efficiently incorporated into the Ago2 protein. CONCLUSIONS: We conclude that the human genome encodes a large number of snoRNAs that are processed along the canonical pathway and expressed at relatively low levels. Generation of snoRNA-derived processing products with alternative, particularly miRNA-like, functions appears to be uncommon.
LinkOut: [PMID: 23706177]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1067870 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293/HeLa / Ago2 IP-seq (mitotic cells) |
Location of target site | ENST00000562955.1 | 3UTR | GGCGGCGGGCGGCGGGCGGCGGGCGGCGGGCGGGGGCGGGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23706177 / GSE43666 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
91 hsa-miR-4707-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT442514 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT457799 | NQO2 | N-ribosyldihydronicotinamide:quinone reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466318 | THRA | thyroid hormone receptor, alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486129 | TRAF3 | TNF receptor associated factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492341 | SEPT8 | septin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495690 | KCNC3 | potassium voltage-gated channel subfamily C member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496928 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT499518 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501367 | REXO1 | RNA exonuclease 1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501636 | PIAS4 | protein inhibitor of activated STAT 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT521071 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525700 | PCYT2 | phosphate cytidylyltransferase 2, ethanolamine | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532722 | DDTL | D-dopachrome tautomerase like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533137 | WWC1 | WW and C2 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT537288 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT570555 | PHF21B | PHD finger protein 21B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573469 | MTRNR2L9 | MT-RNR2-like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576750 | Tmem127 | transmembrane protein 127 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609342 | DAAM2 | dishevelled associated activator of morphogenesis 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610638 | PIGM | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class M | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612591 | RANGAP1 | Ran GTPase activating protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614237 | WDR53 | WD repeat domain 53 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT622784 | PGK1 | phosphoglycerate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628880 | MED16 | mediator complex subunit 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629550 | SPN | sialophorin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634714 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634932 | GTF2H2C | GTF2H2 family member C | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT635341 | RBL1 | RB transcriptional corepressor like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637838 | CPT1A | carnitine palmitoyltransferase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644311 | NFKBID | NFKB inhibitor delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649206 | KIAA1715 | lunapark, ER junction formation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657262 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658919 | DPY19L4 | dpy-19 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT663608 | SEC23B | Sec23 homolog B, coat complex II component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667425 | MFAP2 | microfibril associated protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667667 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668144 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668540 | ERGIC1 | endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670039 | NFRKB | nuclear factor related to kappaB binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670875 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672694 | ZNF677 | zinc finger protein 677 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673107 | MFSD2A | major facilitator superfamily domain containing 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673508 | TNFAIP8L1 | TNF alpha induced protein 8 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT674244 | NUP62 | nucleoporin 62 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT676541 | IRGQ | immunity related GTPase Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676787 | CXorf38 | chromosome X open reading frame 38 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT677600 | PRKX | protein kinase, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678607 | MRPL17 | mitochondrial ribosomal protein L17 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT678940 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679104 | CD99 | CD99 molecule (Xg blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679196 | WNT2B | Wnt family member 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679325 | ZMYM4 | zinc finger MYM-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679634 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679819 | TMEM106B | transmembrane protein 106B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679898 | FBXO48 | F-box protein 48 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680579 | ZNF784 | zinc finger protein 784 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680600 | SZT2 | SZT2, KICSTOR complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT682991 | RNF40 | ring finger protein 40 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT683483 | ZNF7 | zinc finger protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT683681 | MICA | MHC class I polypeptide-related sequence A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684122 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684774 | MYO1F | myosin IF | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT685698 | BHMT2 | betaine--homocysteine S-methyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT686471 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687940 | HMGB1 | high mobility group box 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT688627 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689110 | ZBTB25 | zinc finger and BTB domain containing 25 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690063 | MBD1 | methyl-CpG binding domain protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691067 | NUGGC | nuclear GTPase, germinal center associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691317 | KIAA1841 | KIAA1841 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692778 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694087 | KIAA0930 | KIAA0930 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696148 | WDR59 | WD repeat domain 59 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696176 | GNB5 | G protein subunit beta 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT696434 | SUGP1 | SURP and G-patch domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697974 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698917 | SPEM1 | spermatid maturation 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699312 | SLC35F5 | solute carrier family 35 member F5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT700500 | PTPN4 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700557 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701817 | MRPL37 | mitochondrial ribosomal protein L37 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702045 | METTL21A | methyltransferase like 21A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702215 | LPCAT1 | lysophosphatidylcholine acyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702337 | KLHL7 | kelch like family member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704139 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704189 | LDHD | lactate dehydrogenase D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705344 | ATP1B3 | ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706097 | ENTPD4 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709068 | FAHD1 | fumarylacetoacetate hydrolase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717579 | VTA1 | vesicle trafficking 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722440 | ZBTB7B | zinc finger and BTB domain containing 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|