pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6509 |
Genomic Coordinates | chr7: 135206994 - 135207078 |
Description | Homo sapiens miR-6509 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6509-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 52| UUCCACUGCCACUACCUAAUUU |73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | XIAP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | API3, BIRC4, IAP-3, ILP1, MIHA, XLP2, hIAP-3, hIAP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | X-linked inhibitor of apoptosis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on XIAP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of XIAP (miRNA target sites are highlighted) |
>XIAP|NM_001167|3'UTR 1 TCTAACTCTATAGTAGGCATGTTATGTTGTTCTTATTACCCTGATTGAATGTGTGATGTGAACTGACTTTAAGTAATCAG 81 GATTGAATTCCATTAGCATTTGCTACCAAGTAGGAAAAAAAATGTACATGGCAGTGTTTTAGTTGGCAATATAATCTTTG 161 AATTTCTTGATTTTTCAGGGTATTAGCTGTATTATCCATTTTTTTTACTGTTATTTAATTGAAACCATAGACTAAGAATA 241 AGAAGCATCATACTATAACTGAACACAATGTGTATTCATAGTATACTGATTTAATTTCTAAGTGTAAGTGAATTAATCAT 321 CTGGATTTTTTATTCTTTTCAGATAGGCTTAACAAATGGAGCTTTCTGTATATAAATGTGGAGATTAGAGTTAATCTCCC 401 CAATCACATAATTTGTTTTGTGTGAAAAAGGAATAAATTGTTCCATGCTGGTGGAAAGATAGAGATTGTTTTTAGAGGTT 481 GGTTGTTGTGTTTTAGGATTCTGTCCATTTTCTTTTAAAGTTATAAACACGTACTTGTGCGAATTATTTTTTTAAAGTGA 561 TTTGCCATTTTTGAAAGCGTATTTAATGATAGAATACTATCGAGCCAACATGTACTGACATGGAAAGATGTCAAAGATAT 641 GTTAAGTGTAAAATGCAAGTGGCAAAACACTATGTATAGTCTGAGCCAGATCAAAGTATGTATGTTTTTAATATGCATAG 721 AACAAAAGATTTGGAAAGATATACACCAAACTGTTAAATGTGGTTTCTCTTCGGGGAGGGGGGGATTGGGGGAGGGGCCC 801 CAGAGGGGTTTTATAGGGGCCTTTTCACTTTCTACTTTTTTCATTTTGTTCTGTTCGAATTTTTTATAAGTATGTATTAC 881 TTTTGTAATCAGAATTTTTAGAAAGTATTTTGCTGATTTAAAGGCTTAGGCATGTTCAAACGCCTGCAAAACTACTTATC 961 ACTCAGCTTTAGTTTTTCTAATCCAAGAAGGCAGGGCAGTTAACCTTTTTGGTGCCAATGTGAAATGTAAATGATTTTAT 1041 GTTTTTCCTGCTTTGTGGATGAAAAATATTTCTGAGTGGTAGTTTTTTGACAGGTAGACCATGTCTTATCTTGTTTCAAA 1121 ATAAGTATTTCTGATTTTGTAAAATGAAATATAAAATATGTCTCAGATCTTCCAATTAATTAGTAAGGATTCATCCTTAA 1201 TCCTTGCTAGTTTAAGCCTGCCTAAGTCACTTTACTAAAAGATCTTTGTTAACTCAGTATTTTAAACATCTGTCAGCTTA 1281 TGTAGGTAAAAGTAGAAGCATGTTTGTACACTGCTTGTAGTTATAGTGACAGCTTTCCATGTTGAGATTCTCATATCATC 1361 TTGTATCTTAAAGTTTCATGTGAGTTTTTACCGTTAGGATGATTAAGATGTATATAGGACAAAATGTTAAGTCTTTCCTC 1441 TACCTACATTTGTTTTCTTGGCTAGTAATAGTAGTAGATACTTCTGAAATAAATGTTCTCTCAAGATCCTTAAAACCTCT 1521 TGGAAATTATAAAAATATTGGCAAGAAAAGAAGAATAGTTGTTTAAATATTTTTTAAAAAACACTTGAATAAGAATCAGT 1601 AGGGTATAAACTAGAAGTTTAAAAATGCTTCATAGAACGTCCAGGGTTTACATTACAAGATTCTCACAACAAACCTATTG 1681 TAGAGGTGAGTAAGGCATGTTACTACAGAGGAAAGTTTGAGAGTAAAACTGTAAAAAATTATATTTTTGTTGTACTTTCT 1761 AAGAGAAAGAGTATTGTTATGTTCTCCTAACTTCTGTTGATTACTACTTTAAGTGATATTCATTTAAAACATTGCAAATT 1841 TATTTTATTTATTTAATTTTCTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCTGCT 1921 CACTGCAACCTCCGCCTTCTGGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGCAGGTGCCA 2001 CCATGCCCGACTAATTTTTTTTTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATCAAACTCCTGAC 2081 CTCAAGAGATCCACTCGCCTTGCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCACGCCCGGCTAAAACATTGCA 2161 AATTTAAATGAGAGTTTTAAAAATTAAATAATGACTGCCCTGTTTCTGTTTTAGTATGTAAATCCTCAGTTCTTCACCTT 2241 TGCACTGTCTGCCACTTAGTTTGGTTATATAGTCATTAACTTGAATTTGGTCTGTATAGTCTAGACTTTAAATTTAAAGT 2321 TTTCTACAAGGGGAGAAAAGTGTTAAAATTTTTAAAATATGTTTTCCAGGACACTTCACTTCCAAGTCAGGTAGGTAGTT 2401 CAATCTAGTTGTTAGCCAAGGACTCAAGGACTGAATTGTTTTAACATAAGGCTTTTCCTGTTCTGGGAGCCGCACTTCAT 2481 TAAAATTCTTCTAAAACTTGTATGTTTAGAGTTAAGCAAGACTTTTTTTCTTCCTCTCCATGAGTTGTGAAATTTAATGC 2561 ACAACGCTGATGTGGCTAACAAGTTTATTTTAAGAATTGTTTAGAAATGCTGTTGCTTCAGGTTCTTAAAATCACTCAGC 2641 ACTCCAACTTCTAATCAAATTTTTGGAGACTTAACAGCATTTGTCTGTGTTTGAACTATAAAAAGCACCGGATCTTTTCC 2721 ATCTAATTCCGCAAAAATTGATCATTTGCAAAGTCAAAACTATAGCCATATCCAAATCTTTTCCCCCTCCCAAGAGTTCT 2801 CAGTGTCTACATGTAGACTATTCCTTTTCTGTATAAAGTTCACTCTAGGATTTCAAGTCACCACTTATTTTACATTTTAG 2881 TCATGCAAAGATTCAAGTAGTTTTGCAATAAGTACTTATCTTTATTTGTAATAATTTAGTCTGCTGATCAAAAGCATTGT 2961 CTTAATTTTTGAGAACTGGTTTTAGCATTTACAAACTAAATTCCAGTTAATTAATTAATAGCTTTATATTGCCTTTCCTG 3041 CTACATTTGGTTTTTTCCCCTGTCCCTTTGATTACGGGCTAAGGTAGGGTAGAGTGGGTGTAGTGAGTGTATATAATGTG 3121 ATTTGGCCCTGTGTATTATGATATTTTGTTATTTTTGTTGTTATATTATTTACATTTCAGTAGTTGTTTTTTGTGTTTCC 3201 ATTTTAGTGGATAAAATTTGTATTTTGAACTATGAATGGAGACTACCGCCCCAGCATTAGTTTCACATGATATACCCTTT 3281 AAACCCGAATCATTGTTTTATTTCCTGATTACACAGGTGTTGAATGGGGAAAGGGGCTAGTATATCAGTAGGATATACTA 3361 TGGGATGTATATATATCATTGCTGTTAGAGAAATGAAATAAAATGGGGCTGGGCTCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG 3441 CACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTC 3521 TACTAAAAAACAGAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 3601 GGTGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCTCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTC 3681 TGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAGAAAATGGGAAGCAATATTTGACATAGTTCTTTTTAGTCAAATCTACTTGT 3761 TAAAAAAAGGGTAGCAGTTTATTCATCTGTGAAAGGAAAATAATACTTATCTTACAAGGTTGCAAGAGCTCAAGGAGACC 3841 ATGTATGTAAAGTTCCTGCTGTAAATATGAACTCCCATCCTAATACCCTTTTACCTCTCTGTGGGTTTGTCTTGACCTGG 3921 AAATTTGGGCTAAAACTTAGAAAAAATTCTTACATGATAACTCAGTGATGCTTACTCATAGTTTTTGGTGTTTCTCATAG 4001 ATAAGATATAAATCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACCT 4081 GAGGTCGGGAGGTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGG 4161 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGTGGTG 4241 AGCGAAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAGATATAAATCA 4321 CAATAAATAAATAGGTCAATACAAATGTTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCCATAGTCGCAGCTACTCTGGAGGCAGAG 4401 GCAGGAGGATCACTTGAGCCCATGAATTTGAGGCAGCAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGTACTCCAGTCTGGGTGACAG 4481 AGTGAGACCCCATCTCTAAATAAATAGGTCAAACCCTTAAAAATATTTAAATTCTTAAAAAATTGAAAAGATTATTCTTC 4561 TCAAATTTAGTTGAGCTTTCTAAGAGAAGCAATTGGCTTTTTCCCACTTCAATAATCATTTTCAGTTTGACTCATACAGT 4641 TAACACAATGTGAATTTCTTCCTCAGCATAACAGAGTTATAGAATGACAGGGCTGGAAGTGACCTTAGAGAGTATCCAGT 4721 TCTTTCATTTTACAGGTGAGGCAACTGAGACTCAAAGGTGATGTAATTTGTGCAAAGATTATAGCTAATTAGTAGCAGAG 4801 CCCTGACTGGGACATAGTTTGAAGGTGAAAAACTTCACCAAGCTACCTTTCTTGAAAGGTCCAAATGTTTATGTTTTCAA 4881 CTACTCTTTCCACTGTACCATAACTTTCACTACATATTAAATGACACTTTATAACTAATATAATAGGACAATCATCAATG 4961 CATATATAGCCAGCCCTTCATATCTGTGGGTTTTGCATCCATGGATTCAACCAAGGAGGAATTGAAAACACTGAGAAAAA 5041 AAAAAAAGACCACACAATAAAAAAAAAAAATACAAAATAATACAAAGAAAAAGCCAAAATTGTCATACTGTTGTTAAGCA 5121 ACAGTATAACAACTATTTACATAGCATTAAGGTTGGTGCAAAAATGCAAAAAAAAAAAAAGCAATTATTTTTAAACCAAC 5201 CTAATATATTGTATTAGGTATTAAAGTCATCTGGACATGAATTAAAGTATATGATGCCAGCCTGGACAAAAGGCAAAACC 5281 CTGTCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTGGCTACTCCGGAGCCTGAGGTG 5361 GGAGGATCGCTTGAGTCTGGGAGGCAGAGGCTGCATTGAGCTATGATCATGGCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGTGC 5441 AAGACCTTGTCTCAGAATAAATAAAGTATGTGATGAAGATGTGCATACATTATATGCAAATACTGTTTTTTTTTTTTTTA 5521 ATTTAAACAGTCTCACTGTGTTGCCCAGGATGGAGTGCAATGGCACAATCTTGGCTCATGGCAAACTCTGCCTCGCAAGC 5601 AGCTGGGACTACAGGCATGCTCCACGGTGCCCAGTTAATTTTTTTTGTATTCTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG 5681 GCCAGGCTAGTCTTGAATTTCTGACCTCAAGTGATTCATCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGGCC 5761 GGCTAATTTTTGTATTTTTTAGTAGTGACTGGTTTCGCGGTGTTGACCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCAGGTGAT 5841 CTGCCTGCCTCGGCCTCACAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACTGCTCCCGGCCTTGTGTGATTTTATCTAAGGG 5921 ACTTAAGCGTCCTCAGGTCCTAGGGGGTCGTGAAACCAAAACCCCAGGGATAGCAAGGGACAATTGTATCTTCAAAGTAG 6001 ACAAATGGCGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAGTTTCCGAGGCTGAGGCAGGCGGCTCACCTGAGGTC 6081 AGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAACATGCTGAAACCCTGTCTGTACAAAAATACAAAAATAGCTGGGCATGGTGGCGCA 6161 TGCCTGTAGTCCCAGCTACTAGAGCGACTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGGGAGCCAAG 6241 ATGGCGCCACCGCACTCCAGCCTAGGTGATAGAGTGAGACTCCCTCTCAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAGACAAA 6321 TGCTACATTAATGTTTGGGTGGTCAGATTCTACTTTGAATCTGAAGTTTGCAGATATGCCTATAGATTTTTGGAGTTTAC 6401 CACTTTCTTATTCTGTATCATTAATGTAATATTTTAAATTACTATATATGTTACCATTTTTCTGGATTTAGTAAGAAATT 6481 TGCAGTTTTGGTTTGATGTAACAAGGGTTTTAATGTAATTTATGTTAGATTTTGCATTTTTTTCATTACTGTTATATTTT 6561 AACCTGACTGACTGATCTAATTGTATTAGTATTGTGAATAATCATGTGAAATGTTTTGAGACAGAGTACTATATTTGTGA 6641 ATATAATTTTATGGTTTTTTTCACTTAGAACCTTTCTGTGTGGAAAACTAAGAAAATTGCTTTCTGCTGTATAATCTGGC 6721 ATTCATTGTAGATTAAAGCTTATTTTTCTGTGAATAAAACGTATTCAATAAAATACTATTCTTTAAAATTATATCATAAA 6801 AAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293/HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1067869. RNA binding protein: AGO2. Condition:Ago2 IP-seq (asynchronous cells)
... - Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al., 2013, Genome biology. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al. - Genome biology, 2013
BACKGROUND: In recent years, a variety of small RNAs derived from other RNAs with well-known functions such as tRNAs and snoRNAs, have been identified. The functional relevance of these RNAs is largely unknown. To gain insight into the complexity of snoRNA processing and the functional relevance of snoRNA-derived small RNAs, we sequence long and short RNAs, small RNAs that co-precipitate with the Argonaute 2 protein and RNA fragments obtained in photoreactive nucleotide-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) of core snoRNA-associated proteins. RESULTS: Analysis of these data sets reveals that many loci in the human genome reproducibly give rise to C/D box-like snoRNAs, whose expression and evolutionary conservation are typically less pronounced relative to the snoRNAs that are currently cataloged. We further find that virtually all C/D box snoRNAs are specifically processed inside the regions of terminal complementarity, retaining in the mature form only 4-5 nucleotides upstream of the C box and 2-5 nucleotides downstream of the D box. Sequencing of the total and Argonaute 2-associated populations of small RNAs reveals that despite their cellular abundance, C/D box-derived small RNAs are not efficiently incorporated into the Ago2 protein. CONCLUSIONS: We conclude that the human genome encodes a large number of snoRNAs that are processed along the canonical pathway and expressed at relatively low levels. Generation of snoRNA-derived processing products with alternative, particularly miRNA-like, functions appears to be uncommon.
LinkOut: [PMID: 23706177]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1067869 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293/HeLa / Ago2 IP-seq (asynchronous cells) |
Location of target site | ENST00000371199.3 | 3UTR | CCAGGCUGGAGUGCAGUGGAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23706177 / GSE43666 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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82 hsa-miR-6509-3p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT055374 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT378341 | MARCKS | myristoylated alanine rich protein kinase C substrate | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444668 | CDKL2 | cyclin dependent kinase like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446953 | CD248 | CD248 molecule | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT460332 | CAMK4 | calcium/calmodulin dependent protein kinase IV | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT464078 | VPS4A | vacuolar protein sorting 4 homolog A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464586 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468482 | SESN3 | sestrin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468962 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475455 | HSPA8 | heat shock protein family A (Hsp70) member 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT482403 | ADRB1 | adrenoceptor beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT486992 | ZFAND2B | zinc finger AN1-type containing 2B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT489397 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526319 | UGT2A1 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A1 complex locus | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526560 | UGT2A2 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526732 | ZNF138 | zinc finger protein 138 | ![]() |