pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4281 |
Genomic Coordinates | chr5: 176629439 - 176629500 |
Description | Homo sapiens miR-4281 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4281 | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 35| GGGUCCCGGGGAGGGGGG |52 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | MLEC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KIAA0152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | malectin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MLEC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MLEC (miRNA target sites are highlighted) |
>MLEC|NM_014730|3'UTR 1 GAACAAATGACTATCCTGAACAGGGTGGAGGGGTGTGGGAAAGAAACCAGCCATATTGGTTTTGGTTTCTGTATTTTTCA 81 CAATGATTAATGAACAAAAACAAAGAGAAAAAAACACACATCAATTAAAGGAGACAAAAAGAGGCAGAGCGAGTAGAGAG 161 CAGCCCTCATTCACCACCTGGTCCCAGACGTGCTTCAGTCCTCGTCCTCTCTTTGTGGCTGGCTCCCAGCCTTCTCTTTC 241 CTCTTGAGGATACTTAGGGTAAACTGGATCCTTCCTGCTCAAGGATCCTCATTTGTATACCTAGTGGAAAGGACTCTGAA 321 CTCAGAGGAGTCACTGTTCCTTTTTTTAGGTTAGAAATTAACAGCAGGGAAATGCCATCTTATTACCTGAGACGACCAGC 401 ACTGGGAGTTAGGTACGGTCTGAAGTTATGTCTAGATAAGACTTCAGACGTCCTGGGATTGAAAGAATGTGTGTGAAGGG 481 GTAGAATTTGTGCGGTAAAGACTTAAAAAAAAAAGTAGGGAGATTAAAAAAAAAGAAAGAAAATGCTTCCTTATCTGGAA 561 GCCTTTCTGGATTAATCCAGTGATGGTCCCACCTTTAGTGTTTGAGCTTTGTCATTGCTTGTCTCCCTGGCATGTGCCAG 641 TTATAGACTGTCCAGCATCCAAGACGTTTCGGTTATGTCGGGTCCTCAGATCGCCTCTGACTTGTTACCACAACAAATCA 721 TTTTGATTTCAGTGCCTGTTGGGGACTTGATTTCTTCTCAGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCCTTAATCTGGCTCATTTG 801 AAATTTCTTCTCCCTCTCAACCATCCCACTAAGTTATAGCCAAGAAGGGAAGGAGACACGGGGATTTGGGGTTCTCTGCT 881 TGAATGTCTTCTCCTTTACCACCTCACCTTGTTGGTACCTCCCTCCCTGGATCTCTGAGCCAGCAGCCAGGAGGACCTGA 961 CCCAGCAGTTCTTTACTGGCCCCTTTGTAGGGCCTTGCTGCCAGGGGGCAGGGATGCTTTCCAGCCTGCAGCAACAGAAC 1041 ACTTGACCTTAAAAGTCTCTTCTGGTCTTTGGATTAGAAAAGGCTTATGTTAGCATAGCTTAAGAGCAACCTCAGAGATT 1121 TGAGCCCTACTAAGTGACTGACCACTGTTTAGAGTGTCTGGTATCTGATGTTCATTTATTCCCATGTTCTTGTGTGTCAC 1201 AGTTCAGCCAGTTTTGGTTTATGCCTAGAGCTACTTCAAGGAACTAGACTAATTAGCTATATAGGCCCAGCGATGCTTCT 1281 TATTGATCTTAATAGTATGCCCCTCCTTCCCCTGTCCTTTCATTTCTCTATCCAAGTAGCAGTCAGGTTCTTGGTGTGAT 1361 GGGACTGAAAGAATTCCAGTCAGCCAGAGCCTTGGCAGCTCTGAAGCTAACCTTAGCATCTAAGTGTCGATCTTGAATTC 1441 CCTGAAAAAATTTCTATAGGAAATGAAGCTTCCCTGGTCCCCTCCTTTCTGGCCATTGTCATCCATTTCCCAGTTAGGGC 1521 AACAATGAAGGAGGACCCAGCCAAGCTAGAAGGAATTTTGTGGATGGGAGACAGCAGGATTAGCTTCAGCTTGGGCTGGA 1601 GCAGTCAATATAGGATCTCAGGCCAGGCCCGCTTTTCTAGAATGTGTTTAATTTTGAGTTTGCTTTATTAGATATGTTTT 1681 TTAAGAGCTCTGTATATTTGAACTGCTCCTTATGTGACAAAATAGGTAGCTCTTGGGCTCATGTCCTGGGTTTTGGCTCT 1761 TTAATGATTACTCCAGGCCAGCATTTAGTCGTTTGAGAATTGTAGCCTGTTGTTTTCGCTGTGACTTGGGTCTCAGTGCT 1841 AGGGTATTGAGTCAGGCAGCTGGAGGGTTGTGGCCCGAGGCTGCAGTCAGAGGTATACTTCCCATAGTGCTTCACACAGC 1921 TCCCCTGCTTCTAAAGGATAAGGTACTGTAGCCTTGGTCCTGGGGACCACCTGCCTGGGGCAGTGGACATCCTAACTAAA 2001 CAGGCTTCTGGCAGTAGCTTTGGTTCCTATCCCATCGAAATTCCCCAAAGCCCTGGGCCACTGCCATTGGGTTAGTCAAG 2081 ATGAAGGAGGAGGACTGGCTGCCTCCATTTTGCCTTGTTTGTTAGTTTGCCTGGGTCTGTCTGAGGAAGGAGGGGGTCCC 2161 GCCTTCCACCTCAACACATCCCTTCAGTGACTCAGAGTCTCAGAAGGAAACCCTGACTCCTGGGGCCATTTCCTAATGGT 2241 ACTGTAAGCCAAGCAGCTTTGCTTCTGCCTCTGTTTCCAAGCCCACCCTTTTCCCCTGAGCTCAGGGTTAGGGATGGGCG 2321 CTTTCCTCTCTGGTTGTGAACGAAAGGAAGGAACATCTTTCTATGGCTAACAAAAACTAAAGGGGAAGTGAGGAAACAGG 2401 AAGAAGTATGGTGGGGGCTGGGGTAGACTCCCCTGGAGCCAAGCCTATCCAGCTAACAAGAGCTCCCTGGGGCTGGTCAC 2481 AGCTGGCTCATGATGCTGAACTTGAAAGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGTGGCTCCTCCAAGATATAGGTACATGA 2561 AGTTTAGGTTAAAGGGGTGGGATTCTTTATTTTTATTTTTGTATTGTATGTGTCAAGAATTACTCTGTTGTTCACCTTTT 2641 GCTTTTTGCACTGTTTGTTCTCTTATCTGTATTTTGAGCTTAGTGCTAGGACTGAGAGGCTGCACCATAGGGAATGTATG 2721 GGAGATGGTGAGGGGTGCCAGTGAGGGGTGCGTGGAGGAGAGGCCTGGGCTCCTCTACTGGATCTACACTCTGTCCCAGG 2801 TTTTTAGATCCCACTGAGCCCAGCTGACTGAAAACAAGGACAGTCAGGGTGAAACTTCTTTTGCCAGAAGTGTGGCCTGA 2881 GTTGAATTTCTGGGAGGATGACGCAGATGTCTGCTGCAGAGCTGGGCTGAGAGTTCTGCAGTCTAGCTCTGACTTAGGTC 2961 AGGGGCCTGTTGGTCTCTCATTGGACGTTTTTGGGTCTCACTCATGCTTACTGAAACATTGTGCCAAGAAACTCTGTGGG 3041 ATTTGTGTCCCTTAAACCAGACTCACTTTTCTGAAAAATCTCCATTGTTGAGGAGAGGCTGCTCAATCGACACCCCGAGT 3121 TCTCATGACTGGGAAGATAGTTTTCTTCAGGTGTCAATGGCGTTAGACTCCCAGGAAGACTAGCCCTGCCCACAGGGCCA 3201 CCTGTTGGTTTGAGAGCGTGTTCGTGTTCTCTTGCCCTCCCTGCCTAAGAGCTACTGGGATCACGTTAGCGGGCATTTAG 3281 GCTTTGATGAGAGGGCACAGTTTGAGTTAGGTTTACCTCCCCCTTTCTGTGCCTGGGAACTGTTTGGTCCAGCTTTAGAA 3361 CTGTGGTTTTGACTTCCTTATCTCTTGGGAGAAGCTTCTGTTTTAAGGAATTTCTCTTCCTTCTTCTCCTGCCTCTAGCC 3441 TCTCCTGGAAAGGCCTGGATATGGTTTCTAAAATCTCAGCTGAGAACTTCAGAAAACAGCAGCAGTATTTTCCTTTTCCT 3521 AGTGCTAAAATCCCTTTCCCTAGAAATTGGCTCACCTTGGGAAACCCAGGGAAAGAATCAGCAGGTTCTCTGCCCTCCCT 3601 AGGGGTTGGGGAAGGACCCACCCCGGTCAGCACAGTGCCTTTTCCTCTCCTGCTCTGAGCCAGGGTGGGGCATTCCCTCT 3681 AGATTCAGGTTTGGGCAGGGGTCCTATAGTCCCTGCCATGGGGCTGCTTCCCTGTCCCTTCCCTCCCCTTTGCTGGCCTA 3761 CTCTGGCATAATTCAAGTGTCTTCTTGCCTTGGGGATCCTTAGTGGCATCAAATGGCAACATGGAATATTGTCCTCCATG 3841 CCCCTCCAGAAGGACCTAGGAGAGTAGGTGAGCTTTCCAAAGTGAGAGACGAATCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTAAAGGG 3921 CAGGATGGGTATGCTTTGGGCTTTCTCCTTCTGTGGCCCCGGAGGAAGGAGAGACTGAGGCAAGGCAAAGTGATAGTACA 4001 CGGAAGCAGAACCGGAAACACCCAGGAACTGTTCAGAAATCTCAGAAGAAATCTGCTTCTCTTCGATGGAAAGATATAAT 4081 TAACGATCAAAGAGCTCTAAGAAAATTGCAAAGAAGCCTTAATGTTCAAGCTTTAGAAAGATCAGAGCAATTTTTCTCTT 4161 TCAGTCCAAACTAAGACTCTCTGTATTTAAATCTCTCTGGGGCAAGAGGGCTAGATTTCCTCATTTTGTTATGAGACTAG 4241 ATTGGTACCAGTAGATCAGCTGCCTAGCGAGGGCAGGTTTCTTCTTTGCATCTGTGTGGCTTGCTTCCAGTCTGGCCTGT 4321 CCTTTCCAGCTGCCTTTTGTCTAGCCTGCTATGGGGGGCCAGATTATCTTGATAAGAGCAGGTGATTTGGGGACTAGCTG 4401 GGTTGGCAGGAAAAGAGCAGGATGGATCTCTTGGGACAGGTTCCCCCAGGAGTATAAACACAAGGAGCCAGGATTGTGCT 4481 GGCAGCCAAGGAAACAGTAGTGCCTGTTTGAGTTGGCAGAGAGGGCCTTGGCACCTCTTGCATCCAGGCAGTCTTGTGAG 4561 ATGGGGGCACATAGCACTGGGGAAAGCAGAACTCCATTCTCACCTCTATTTTGAGCTTCAGTGCTTTATTTCAGTATGAG 4641 GAAAAACAACAACAAACTGAAGTGCGCTTTCCGTCCTTTCAAAGGACAACTGTCGGGAAGGGAGAGCCGAGTTGCGAGGT 4721 AGGAGGGGAGCACTGGCAGGGAGAGACATTCTTGACTCCTCTCTTCCCTGGTGTGTTGTGATCCAGGGAATGAAAAGAAA 4801 TTTGACCCTGGATTGGTTCTCTCCTTGGACTTAAGGAATCTTACCTTTTCCTTCCACAAAGTTCTCCCAGGCAAGGACCA 4881 GCTGCCCATTCTGAGCCCAGGGCAGCCTCTTCAACCATTATTGGTCTAACCTGGCTTGTCAGGAAACCAAGCCCACCCTT 4961 CCACATTGGGCCTGGCTGCTCTATTCTGTACCAAGTACTGGAGAAAAAGCATCAAGTTCTTAGCCCTTGTAGCTTCTACC 5041 CTAGTTTCCCATCCTCTCTCTGTGGAGGCCAAACCAACTCTTTGCCAGCAGCCACAACATGCATTGACAGCGGCACAGTG 5121 AGATATAACTGATGGGCTTTGAACCTGGTTGGCCGGGGAAGCTGTAGGGGTGGATAGAGCTGGCTTTCCTTCTGGGCTGT 5201 CTCCATCTGACCCTACCCCTTCCATGTCCCACCCCACTCCCACCAAAAAGTACAAAATCAGGATGTTTTTCACTGTCCAT 5281 TGCTTTGTGTTTTAATAAACAATTTGCAGTGACACTCTGAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
|
|||||||||
Conditions | Hela | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048188. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
|||||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
|||||||||
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048188 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown |
Location of target site | ENST00000228506.3 | 3UTR | AGGUACUGUAGCCUUGGUCCUGGGGACCACCUGCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
29 hsa-miR-4281 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT218864 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT248841 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452803 | PACS2 | phosphofurin acidic cluster sorting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462825 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467812 | SLC29A2 | solute carrier family 29 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477707 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490047 | PRRT2 | proline rich transmembrane protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491813 | ZBTB7B | zinc finger and BTB domain containing 7B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528905 | THBS2 | thrombospondin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534124 | SNX33 | sorting nexin 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550881 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551263 | PSMG1 | proteasome assembly chaperone 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551984 | UGT2B10 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member B10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608916 | NCDN | neurochondrin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT637226 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644445 | ALDOC | aldolase, fructose-bisphosphate C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657162 | IP6K1 | inositol hexakisphosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658754 | ELAVL3 | ELAV like RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668304 | FOSL2 | FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687548 | MLEC | malectin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690860 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697063 | PSMC4 | proteasome 26S subunit, ATPase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700860 | PER2 | period circadian clock 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705073 | C4orf29 | abhydrolase domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713930 | PIGR | polymeric immunoglobulin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715904 | MFRP | membrane frizzled-related protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716060 | SFTPB | surfactant protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716729 | APOL6 | apolipoprotein L6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723382 | NFAM1 | NFAT activating protein with ITAM motif 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|