pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1273h |
Genomic Coordinates | chr16: 24203116 - 24203231 |
Description | Homo sapiens miR-1273h stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1273h-5p | |||||||||
Sequence | 33| CUGGGAGGUCAAGGCUGCAGU |53 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GLUL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLNS, GS, PIG43, PIG59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glutamate-ammonia ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001033044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001033056 , NM_002065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GLUL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GLUL (miRNA target sites are highlighted) |
>GLUL|NM_001033044|3'UTR 1 GTGGACTAGACCTCCAGCTGTTGAGCCCCTCCTAGTTCTTCATCCCACTCCAACTCTTCCCCCTCTCCCAGTTGTCCCGA 81 TTGTAACTCAAAGGGTGGAATATCAAGGTCGTTTTTTTCATTCCATGTGCCCAGTTAATCTTGCTTTCTTTGTTTGGCTG 161 GGATAGAGGGGTCAAGTTATTAATTTCTTCACACCTACCCTCCTTTTTTTCCCTATCACTGAAGCTTTTTAGTGCATTAG 241 TGGGGAGGAGGGTGGGGAGACATAACCACTGCTTCCATTTAATGGGGTGCACCTGTCCAATAGGCGTAGCTATCCGGACA 321 GAGCACGTTTGCAGAAGGGGGTCTCTTCTTCCAGGTAGCTGAAAGGGGAAGACCTGACGTACTCTGGTTAGGTTAGGACT 401 TGCCCTCGTGGTGGAAACTTTTCTTAAAAAGTTATAACCAACTTTTCTATTAAAAGTGGGAATTAGGAGAGAAGGTAGGG 481 GTTGGGAATCAGAGAGAATGGCTTTGGTCTCTTGCTTGTGGGACTAGCCTGGCTTGGGACTAAATGCCCTGCTCTGAACA 561 CGAAGCTTAGTATAAACTGATGGATATCCCTACCTTGAAAGAAGAAAAGGTTCTTACTGCTTGGTCCTTGATTTATCACA 641 CAAAGCAGAATAGTATTTTTATATTTAAATGTAAAGACAAAAAACTATATGTATGGTTTTGTGGATTATGTGTGTTTTGC 721 TAAAGGAAAAAACCATCCAGGTCACGGGGCACCAAATTTGAGACAAATAGTCGGATTAGAAATAAAGCATCTCATTTTGA 801 GTAGAGAGCAAGGGAAGTGGTTCTTAGATGGTGATCTGGGATTAGGCCCTCAAGACCCTTTTGGGTTTCTGCCCTGCCCA 881 CCCTCTGGAGAAGGTGGGCACTGGATTAGTTAACAGACAACACGTTACTAGCAGTCACTTGATCTCCGTGGCTTTGGTTT 961 AAAAGACACACTTGTCCACATAGGTTTAGAGATAAGAGTTGGCTGGTCAACTTGAGCATGTTACTGACAGAGGGGGTATT 1041 GGGGTTATTTTCTGGTAGGAATAGCATGTCACTAAAGCAGGCCTTTTGATATTAAATTTTTTAAAAAGCAAAATTATAGA 1121 AGTTTAGATTTTAATCAAATTTGTAGGGTTTCTAGGTAATTTTTACAGAATTGCTTGTTTGCTTCAACTGTCTCCTACCT 1201 CTGCTCTTGGAGGAGATGGGGACAGGGCTGGAGTCAAAACACTTGTAATTTTGTATCTTGATGTCTTTGTTAAGACTGCT 1281 GAAGAATTATTTTTTTTCTTTTATAATAAGGAATAAACCCCACCTTTATTCCTTCATTTCATCTACCATTTTCTGGTTCT 1361 TGTGTTGGCTGTGGCAGGCCAGCTGTGGTTTTCTTTTGCCATGACAACTTCTAATTGCCATGTACAGTATGTTCAAAGTC 1441 AAATAACTCCTCATTGTAAACAAACTGTGTAACTGCCCAAAGCAGCACTTATAAATCAGCCTAACATAAGATCTCTCTGA 1521 TGTGTTTGTGATTCTTTCAAATCCCTATGTGCCATTATATTTCTTTATTTCCTAAAACAGGCAAAATAAGCTCAAGTTTA 1601 TGTACTCTGAGTTTTTAAAACACTGGAGTGATGTTGCTGACCAGCCGTTTCCTGTACCTCTCTAAGTTGGGTATTTGGGA 1681 CTTAAGGGATTAAGTTTTTCACCTAGACTTAGTTACACACAATCTTGGCATTTCCTAGCCTAGAGGTTTGTAGCAGGGTA 1761 CAAGCCCCACTCCTCCCCCTTCCTTTGCTCCCCTGAGTTTGGTTTTGGCTTACCATAACATTGTTTTGACCATTCCTAGC 1841 CTAATACAATAGCCTAACATAATGTAAGATTAACTGGCTTTACGATTTCTATTCTCTGCTCTCAGTGATAAGAAACAAAT 1921 ATTAGCTACCCTGCTACCCTGGTTGAAGCCTTCCAAGGCTGGCTATGCCCTAGGCATGGGCTCATCCTTGGGTGTATCTT 2001 GCCTTGCAGGAAGACCAGTGGACCGATTGTGATTCTCAAAAGCTCTGTGTTGTCACCTGTGCCCTTGCCCCTTGCTCTTA 2081 TCTTGGTCCGTGTATCTGGGAGTTCTTCCACCTTATCTTGGCCAATTCCTACCTTCGTTCATTCCTCATGAGGTTGGGTA 2161 AAAGCTCCCTCCGGCTCCCATGATGCTGTGCATATACCTAGCAAAAAGCAATTATTGGACACATTGGAGTGCAATATTAT 2241 TAATAGCATTAATACTACTAATAATGTGGGCAATAGTGATTGTTTTTAAAAGGCAGTATACTCTTACCAGTGCGAGGTAG 2321 CTGGGGCCTGTGATAGTTTTTAGAGATAAGTTCTTCAGGCAACTGTGTATTTTACACTAGTCAAGTAATCCTAGATATCC 2401 GTGGTTTTTCTTAAGAAAGTTGGCTCGTAATATGATTTAATATTCAAAGTAGAGTCATCTACCTATTAGCTTGCTGGCGT 2481 GGTCCTAGTTTATGCCTGTTTCAGCATGATTGTTGAGTACCCTGTTTCATCCTTAGCATTTTCTTGATTTTGTTGTTAAA 2561 TGATGTATACCCTTATTTCCATTGAATCTGTGCTTCCACCCCCCCAACTGAAGTTGTCTTCCCTTTGCTTGGCCACCCTT 2641 ACAGCCTCTTGGATGGTGTATCCTACAGTGTAAGCACTAAACTGAAGAGGCAGTGACCTGAGCACTTTGGATTTTGTTCA 2721 TTGTAATCAATTCCATGACAAAATGATTGCATGAGAAGGAATTTTAAATTCATAGGATCAGAATTTAGGTGAAAACAACC 2801 AGCATATTTGTTTCTTCACCCTCTCACCTAGAATTAGCTTTGACCTACAGGTCACAGTGCAATCCCCTTGTATTTCTAAG 2881 GTGTTTTTTATAGTTCATTTGCAGACAATGGGTTATGTGATAACTTTTATCAGTGATAGATTAAACAGAATAATGACCAA 2961 GCTTTCAACCTTAAGGAGTCAGGCCAGTATTTACAAAAGGAGGTCTCCATGAACTCCTTAAATATGAGTTCCCCTAATAT 3041 CATCTTGCCAGGTACTAAATAACAACTGATAGCACAAGCTATAGGGAATTTGAAAGAATTCCATGGATGGGTGTTGTCTA 3121 GGGCCTTTTGTTGTTTTTGAGACGGGGTCTGACTCTCACCCAGGCTGGAGTATAGTGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCA 3201 ACTTCTGCCTCCCAGATTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTACAGGTGTGCACCACCATGCT 3281 CAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCCCAAAG 3361 TGAGGTCTTGAACTGGTCTTGAACTCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTAG 3441 GGCCATGTAAAAAGCCAGATCTGTGCTGCTGTCTGTGTAGAAGGGTAGACAAGTGGATGAGAAGTTCCTGAACTATTCTT 3521 GGCCCTTTTACCACTAAGTGAAAGTAACTTGCTGCCCCAAAGAAAGATGTCTCATCATTCGACAGGACTTTCTAGTTGAA 3601 CTTCATGAAAGCAAGAGATCCTGTTTTTCTTGCTCACCACTGTATCTTGAGACCTGTTGTAGTGCCTGCAATACTTATTT 3681 AATAAGTTATTTTTAAGTATCAGTTTTGTGAGCTTTAACTCTATGAGGTCTTTGTTGTTTGACTGTATTTTAACTCTGGC 3761 CATGACAGCAAGACAAAGTTCCATTTTTATTGAGCTTAAAAAGAATCAAGGCCAGGTGAAGTGGCTTACGCCTGTGATCC 3841 CAACACTTTGTGAGGCTGCAGCAGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCGTTCTAGGCAATGTAGTGAGGTCCA 3921 GACTCCACAAAATAATTTTTTTTTAAATTGCACGCCTGTAGTCTCAGCTATCAGGAGGCTGAGATGGGAGGATGACTTGA 4001 GCCCAGGAAATTGAAGCTGCAGTGAATTGTGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCAAGACCTTGCCTAA 4081 ACAAAACAAAACAAACAAAACCCCAAAAAACAAATTGAAAATGTTGATTCTTTTTACTACAAACATTATGGCAGCACTAA 4161 AAACTTCGTGGGAGTGTACTGTGGAAAATAGTGTACTTAATTAATTCTCATTGTAATCAGGCTACCAAGAGCCTTGTGTT 4241 GCTTTAAGAGTTATAACTGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACCTTGAGAGGCCGAGGCAGGTGGATCA 4321 CCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAATATGGTGAAACAAGCTGTGTCTCTACTAAATACAAAAAATTAGCCG 4401 GGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGACTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGAAGGCGGAGGT 4481 TGCAGTGAGCTGAGATTGCAACATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGGGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGT 4561 TGTAACTGAGGCTGGGCATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGAAAAGCCGAGGCAGGTAGATCACTTGAGCT 4641 CAGAAGTTCGAGACTAGCCTGGGCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAATACGAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGG 4721 CATGCACCTGTAGTCCTAGCTACCTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGATTACTTGAAGCTGCAGTGAGCCATGGTTGTGCCAC 4801 TGCCCTCCAGTCTGGGCAACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAAAAATTATAACTGATGTAAACTGGCAGTT 4881 TAGGCTGGGTGTGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGT 4961 TCGAGACCAGCGTGGCCAACATGGTGAAACCTTGTCTCTATTAAAAATACCAAAATTAGCAAGATGTGGTGGTGGGTGCC 5041 TATAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTGGAGCCAGGGAGGCAGAGGTTACAGTAAGCAAAGATCA 5121 CTCCACTTCACTCCAGCCTGGGCAAAAGAGTGAGACATATCAAAAAATAAACAAATAAATAAATAAATAAGTGGCAGTTC 5201 ATCATTTAACTCCAAAGACTTTGCGTACATTTCTACTGAAAACAATCTGAGCTGATTAGAACCCTGCCATTTTATAGCCT 5281 TTAGCTCGATCTCCGACCGTTCATTTAAAAAAATTCTACTTCAGGCCGGGCATGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCATCAC 5361 TGTAGGAGGCCAAAGTGGGCAGATCACTTAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCACCATGGTGAAACCCCATCTCT 5441 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGAGCACCTGTAATCCCACCCTGCCGAGTGGCAGGCTGAGGCAGGAG 5521 AATCGCTTGAGCCCAAGAGCCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGCTTGCACCATTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGTGTGA 5601 CTCCATCTCAAGAAAAAAAAAATTCTATTTCATTTTACAATATGCAGATATATGTCCATACACATGCATAATATAAATGT 5681 ATACCATATTTGTGAGAATATGCATATATGTACACATTAGATACACAATACAAGCACAATACATATGTCTTTTGCCCAAG 5761 ATACAGCATTTTGTAAAGGAGACAGGAATTTAGTAATATATGTTCCAGAAACAGTACACAAGAGAATTCGCCGAGATGAG 5841 AAAGTTGTCACTAGGAATGGGGAGTGGTAAGATGTAGAAGGTATAATTGTTCTTAAAGTTCTACTGCCAACTCTTTCCAA 5921 TTAATTACCCACTCTGCCATGCTTTATGGACAGGAGGTTGTCGGACACTGTCAATTAATAAATATTTGAGCATGATACAC 6001 TGCTTGGAGCTCCTCTAATATAGGAGAGTGATATCCTAGTGCATGTTACAGAGGGAGTGTCCACACAGTTCCTATTGTCA 6081 TTTGATGAGTTACTTTTCAGGGGCCTTGTACCTGAGCAAGTTGTCCTCTTTTTGATGGATTTCAGATTGAGTTACCTGCA 6161 TTGTCTTGAGATTGCAGCGTGTTTCCTCCACTGTACGGCGTAGTCAGCAGATCTATTAGTTAAACTCCAGTGGGCCCTCA 6241 GTCACTAAATCTATCCTCTGTGTTGAAGGCTTTCTGCATTTGCCTTTCAATAAAGGTTTAGAATAACTCCTTAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | Hela | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048188. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048188 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown |
Location of target site | ENST00000331872.6 | 3UTR | ACUUCUGCCUCCCAGAUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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494 hsa-miR-1273h-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT074355 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT100721 | TJAP1 | tight junction associated protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT115545 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT124982 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT139911 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT177183 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT187994 | MBD6 | methyl-CpG binding domain protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT207410 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT241928 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT260110 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT260358 | XRCC6 | X-ray repair cross complementing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT266428 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT294663 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT351039 | PLEKHB2 | pleckstrin homology domain containing B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT379943 | PRRG4 | proline rich and Gla domain 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT398983 | KAT7 | lysine acetyltransferase 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441465 | BEST3 | bestrophin 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446750 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449224 | RAD51B | RAD51 paralog B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450623 | AQR | aquarius intron-binding spliceosomal factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451090 | ZNF584 | zinc finger protein 584 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451558 | CIAPIN1 | cytokine induced apoptosis inhibitor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451736 | CES3 | carboxylesterase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452411 | QDPR | quinoid dihydropteridine reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452559 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452851 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452922 | DISC1 | disrupted in schizophrenia 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453043 | TANGO2 | transport and golgi organization 2 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT453097 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453297 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453593 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453787 | KBTBD12 | kelch repeat and BTB domain containing 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453987 | CECR1 | adenosine deaminase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454083 | TMEM209 | transmembrane protein 209 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454652 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454753 | PFKFB3 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455311 | TTLL9 | tubulin tyrosine ligase like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456468 | SERAC1 | serine active site containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456554 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456716 | TMEM239 | transmembrane protein 239 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT456796 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457487 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT457999 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458130 | TLCD2 | TLC domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459027 | ZNF490 | zinc finger protein 490 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT459119 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459315 | HAVCR2 | hepatitis A virus cellular receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459385 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459412 | FAM83B | family with sequence similarity 83 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459974 | RFT1 | RFT1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460480 | FAM105A | family with sequence similarity 105 member A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT460586 | FEM1A | fem-1 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460920 | NOA1 | nitric oxide associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT461072 | OPA3 | OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461590 | DPH2 | DPH2 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461854 | ZNF317 | zinc finger protein 317 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462176 | ACADL | acyl-CoA dehydrogenase, long chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462446 | GCDH | glutaryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463854 | WNT7B | Wnt family member 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464310 | UST | uronyl 2-sulfotransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464815 | UBE2B | ubiquitin conjugating enzyme E2 B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465453 | TOR2A | torsin family 2 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466073 | TMEM184C | transmembrane protein 184C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466514 | TBXA2R | thromboxane A2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467072 | SRRD | SRR1 domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469551 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469741 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470759 | PNPLA6 | patatin like phospholipase domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470875 | PLXND1 | plexin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470976 | PITPNA | phosphatidylinositol transfer protein alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471048 | PIM3 | Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471215 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471246 | PGM2L1 | phosphoglucomutase 2 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471286 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471467 | PDE7B | phosphodiesterase 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473069 | MORN4 | MORN repeat containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473989 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474518 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474990 | KANSL1 | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475547 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476350 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477298 | EPHB2 | EPH receptor B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477933 | DPM2 | dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 2, regulatory | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478282 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478472 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478559 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478618 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478834 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479007 | COL5A1 | collagen type V alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479166 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482454 | ADAR | adenosine deaminase, RNA specific | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483019 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483798 | CYP2W1 | cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT486087 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT486304 | SIPA1 | signal-induced proliferation-associated 1 | ![]() |