pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4419b |
Genomic Coordinates | chr12: 128244506 - 128244573 |
Description | Homo sapiens miR-4419b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |
---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4419b |
Sequence | 42| GAGGCUGAAGGAAGAUGG |59 |
Evidence | Experimental |
Experiments | Illumina |
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | GLUL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLNS, GS, PIG43, PIG59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glutamate-ammonia ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001033044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001033056 , NM_002065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GLUL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GLUL (miRNA target sites are highlighted) |
>GLUL|NM_001033044|3'UTR 1 GTGGACTAGACCTCCAGCTGTTGAGCCCCTCCTAGTTCTTCATCCCACTCCAACTCTTCCCCCTCTCCCAGTTGTCCCGA 81 TTGTAACTCAAAGGGTGGAATATCAAGGTCGTTTTTTTCATTCCATGTGCCCAGTTAATCTTGCTTTCTTTGTTTGGCTG 161 GGATAGAGGGGTCAAGTTATTAATTTCTTCACACCTACCCTCCTTTTTTTCCCTATCACTGAAGCTTTTTAGTGCATTAG 241 TGGGGAGGAGGGTGGGGAGACATAACCACTGCTTCCATTTAATGGGGTGCACCTGTCCAATAGGCGTAGCTATCCGGACA 321 GAGCACGTTTGCAGAAGGGGGTCTCTTCTTCCAGGTAGCTGAAAGGGGAAGACCTGACGTACTCTGGTTAGGTTAGGACT 401 TGCCCTCGTGGTGGAAACTTTTCTTAAAAAGTTATAACCAACTTTTCTATTAAAAGTGGGAATTAGGAGAGAAGGTAGGG 481 GTTGGGAATCAGAGAGAATGGCTTTGGTCTCTTGCTTGTGGGACTAGCCTGGCTTGGGACTAAATGCCCTGCTCTGAACA 561 CGAAGCTTAGTATAAACTGATGGATATCCCTACCTTGAAAGAAGAAAAGGTTCTTACTGCTTGGTCCTTGATTTATCACA 641 CAAAGCAGAATAGTATTTTTATATTTAAATGTAAAGACAAAAAACTATATGTATGGTTTTGTGGATTATGTGTGTTTTGC 721 TAAAGGAAAAAACCATCCAGGTCACGGGGCACCAAATTTGAGACAAATAGTCGGATTAGAAATAAAGCATCTCATTTTGA 801 GTAGAGAGCAAGGGAAGTGGTTCTTAGATGGTGATCTGGGATTAGGCCCTCAAGACCCTTTTGGGTTTCTGCCCTGCCCA 881 CCCTCTGGAGAAGGTGGGCACTGGATTAGTTAACAGACAACACGTTACTAGCAGTCACTTGATCTCCGTGGCTTTGGTTT 961 AAAAGACACACTTGTCCACATAGGTTTAGAGATAAGAGTTGGCTGGTCAACTTGAGCATGTTACTGACAGAGGGGGTATT 1041 GGGGTTATTTTCTGGTAGGAATAGCATGTCACTAAAGCAGGCCTTTTGATATTAAATTTTTTAAAAAGCAAAATTATAGA 1121 AGTTTAGATTTTAATCAAATTTGTAGGGTTTCTAGGTAATTTTTACAGAATTGCTTGTTTGCTTCAACTGTCTCCTACCT 1201 CTGCTCTTGGAGGAGATGGGGACAGGGCTGGAGTCAAAACACTTGTAATTTTGTATCTTGATGTCTTTGTTAAGACTGCT 1281 GAAGAATTATTTTTTTTCTTTTATAATAAGGAATAAACCCCACCTTTATTCCTTCATTTCATCTACCATTTTCTGGTTCT 1361 TGTGTTGGCTGTGGCAGGCCAGCTGTGGTTTTCTTTTGCCATGACAACTTCTAATTGCCATGTACAGTATGTTCAAAGTC 1441 AAATAACTCCTCATTGTAAACAAACTGTGTAACTGCCCAAAGCAGCACTTATAAATCAGCCTAACATAAGATCTCTCTGA 1521 TGTGTTTGTGATTCTTTCAAATCCCTATGTGCCATTATATTTCTTTATTTCCTAAAACAGGCAAAATAAGCTCAAGTTTA 1601 TGTACTCTGAGTTTTTAAAACACTGGAGTGATGTTGCTGACCAGCCGTTTCCTGTACCTCTCTAAGTTGGGTATTTGGGA 1681 CTTAAGGGATTAAGTTTTTCACCTAGACTTAGTTACACACAATCTTGGCATTTCCTAGCCTAGAGGTTTGTAGCAGGGTA 1761 CAAGCCCCACTCCTCCCCCTTCCTTTGCTCCCCTGAGTTTGGTTTTGGCTTACCATAACATTGTTTTGACCATTCCTAGC 1841 CTAATACAATAGCCTAACATAATGTAAGATTAACTGGCTTTACGATTTCTATTCTCTGCTCTCAGTGATAAGAAACAAAT 1921 ATTAGCTACCCTGCTACCCTGGTTGAAGCCTTCCAAGGCTGGCTATGCCCTAGGCATGGGCTCATCCTTGGGTGTATCTT 2001 GCCTTGCAGGAAGACCAGTGGACCGATTGTGATTCTCAAAAGCTCTGTGTTGTCACCTGTGCCCTTGCCCCTTGCTCTTA 2081 TCTTGGTCCGTGTATCTGGGAGTTCTTCCACCTTATCTTGGCCAATTCCTACCTTCGTTCATTCCTCATGAGGTTGGGTA 2161 AAAGCTCCCTCCGGCTCCCATGATGCTGTGCATATACCTAGCAAAAAGCAATTATTGGACACATTGGAGTGCAATATTAT 2241 TAATAGCATTAATACTACTAATAATGTGGGCAATAGTGATTGTTTTTAAAAGGCAGTATACTCTTACCAGTGCGAGGTAG 2321 CTGGGGCCTGTGATAGTTTTTAGAGATAAGTTCTTCAGGCAACTGTGTATTTTACACTAGTCAAGTAATCCTAGATATCC 2401 GTGGTTTTTCTTAAGAAAGTTGGCTCGTAATATGATTTAATATTCAAAGTAGAGTCATCTACCTATTAGCTTGCTGGCGT 2481 GGTCCTAGTTTATGCCTGTTTCAGCATGATTGTTGAGTACCCTGTTTCATCCTTAGCATTTTCTTGATTTTGTTGTTAAA 2561 TGATGTATACCCTTATTTCCATTGAATCTGTGCTTCCACCCCCCCAACTGAAGTTGTCTTCCCTTTGCTTGGCCACCCTT 2641 ACAGCCTCTTGGATGGTGTATCCTACAGTGTAAGCACTAAACTGAAGAGGCAGTGACCTGAGCACTTTGGATTTTGTTCA 2721 TTGTAATCAATTCCATGACAAAATGATTGCATGAGAAGGAATTTTAAATTCATAGGATCAGAATTTAGGTGAAAACAACC 2801 AGCATATTTGTTTCTTCACCCTCTCACCTAGAATTAGCTTTGACCTACAGGTCACAGTGCAATCCCCTTGTATTTCTAAG 2881 GTGTTTTTTATAGTTCATTTGCAGACAATGGGTTATGTGATAACTTTTATCAGTGATAGATTAAACAGAATAATGACCAA 2961 GCTTTCAACCTTAAGGAGTCAGGCCAGTATTTACAAAAGGAGGTCTCCATGAACTCCTTAAATATGAGTTCCCCTAATAT 3041 CATCTTGCCAGGTACTAAATAACAACTGATAGCACAAGCTATAGGGAATTTGAAAGAATTCCATGGATGGGTGTTGTCTA 3121 GGGCCTTTTGTTGTTTTTGAGACGGGGTCTGACTCTCACCCAGGCTGGAGTATAGTGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCA 3201 ACTTCTGCCTCCCAGATTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTACAGGTGTGCACCACCATGCT 3281 CAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCCCAAAG 3361 TGAGGTCTTGAACTGGTCTTGAACTCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTAG 3441 GGCCATGTAAAAAGCCAGATCTGTGCTGCTGTCTGTGTAGAAGGGTAGACAAGTGGATGAGAAGTTCCTGAACTATTCTT 3521 GGCCCTTTTACCACTAAGTGAAAGTAACTTGCTGCCCCAAAGAAAGATGTCTCATCATTCGACAGGACTTTCTAGTTGAA 3601 CTTCATGAAAGCAAGAGATCCTGTTTTTCTTGCTCACCACTGTATCTTGAGACCTGTTGTAGTGCCTGCAATACTTATTT 3681 AATAAGTTATTTTTAAGTATCAGTTTTGTGAGCTTTAACTCTATGAGGTCTTTGTTGTTTGACTGTATTTTAACTCTGGC 3761 CATGACAGCAAGACAAAGTTCCATTTTTATTGAGCTTAAAAAGAATCAAGGCCAGGTGAAGTGGCTTACGCCTGTGATCC 3841 CAACACTTTGTGAGGCTGCAGCAGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCGTTCTAGGCAATGTAGTGAGGTCCA 3921 GACTCCACAAAATAATTTTTTTTTAAATTGCACGCCTGTAGTCTCAGCTATCAGGAGGCTGAGATGGGAGGATGACTTGA 4001 GCCCAGGAAATTGAAGCTGCAGTGAATTGTGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCAAGACCTTGCCTAA 4081 ACAAAACAAAACAAACAAAACCCCAAAAAACAAATTGAAAATGTTGATTCTTTTTACTACAAACATTATGGCAGCACTAA 4161 AAACTTCGTGGGAGTGTACTGTGGAAAATAGTGTACTTAATTAATTCTCATTGTAATCAGGCTACCAAGAGCCTTGTGTT 4241 GCTTTAAGAGTTATAACTGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACCTTGAGAGGCCGAGGCAGGTGGATCA 4321 CCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAATATGGTGAAACAAGCTGTGTCTCTACTAAATACAAAAAATTAGCCG 4401 GGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGACTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGAAGGCGGAGGT 4481 TGCAGTGAGCTGAGATTGCAACATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGGGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGT 4561 TGTAACTGAGGCTGGGCATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGAAAAGCCGAGGCAGGTAGATCACTTGAGCT 4641 CAGAAGTTCGAGACTAGCCTGGGCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAATACGAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGG 4721 CATGCACCTGTAGTCCTAGCTACCTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGATTACTTGAAGCTGCAGTGAGCCATGGTTGTGCCAC 4801 TGCCCTCCAGTCTGGGCAACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAAAAATTATAACTGATGTAAACTGGCAGTT 4881 TAGGCTGGGTGTGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGT 4961 TCGAGACCAGCGTGGCCAACATGGTGAAACCTTGTCTCTATTAAAAATACCAAAATTAGCAAGATGTGGTGGTGGGTGCC 5041 TATAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTGGAGCCAGGGAGGCAGAGGTTACAGTAAGCAAAGATCA 5121 CTCCACTTCACTCCAGCCTGGGCAAAAGAGTGAGACATATCAAAAAATAAACAAATAAATAAATAAATAAGTGGCAGTTC 5201 ATCATTTAACTCCAAAGACTTTGCGTACATTTCTACTGAAAACAATCTGAGCTGATTAGAACCCTGCCATTTTATAGCCT 5281 TTAGCTCGATCTCCGACCGTTCATTTAAAAAAATTCTACTTCAGGCCGGGCATGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCATCAC 5361 TGTAGGAGGCCAAAGTGGGCAGATCACTTAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCACCATGGTGAAACCCCATCTCT 5441 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGAGCACCTGTAATCCCACCCTGCCGAGTGGCAGGCTGAGGCAGGAG 5521 AATCGCTTGAGCCCAAGAGCCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGCTTGCACCATTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGTGTGA 5601 CTCCATCTCAAGAAAAAAAAAATTCTATTTCATTTTACAATATGCAGATATATGTCCATACACATGCATAATATAAATGT 5681 ATACCATATTTGTGAGAATATGCATATATGTACACATTAGATACACAATACAAGCACAATACATATGTCTTTTGCCCAAG 5761 ATACAGCATTTTGTAAAGGAGACAGGAATTTAGTAATATATGTTCCAGAAACAGTACACAAGAGAATTCGCCGAGATGAG 5841 AAAGTTGTCACTAGGAATGGGGAGTGGTAAGATGTAGAAGGTATAATTGTTCTTAAAGTTCTACTGCCAACTCTTTCCAA 5921 TTAATTACCCACTCTGCCATGCTTTATGGACAGGAGGTTGTCGGACACTGTCAATTAATAAATATTTGAGCATGATACAC 6001 TGCTTGGAGCTCCTCTAATATAGGAGAGTGATATCCTAGTGCATGTTACAGAGGGAGTGTCCACACAGTTCCTATTGTCA 6081 TTTGATGAGTTACTTTTCAGGGGCCTTGTACCTGAGCAAGTTGTCCTCTTTTTGATGGATTTCAGATTGAGTTACCTGCA 6161 TTGTCTTGAGATTGCAGCGTGTTTCCTCCACTGTACGGCGTAGTCAGCAGATCTATTAGTTAAACTCCAGTGGGCCCTCA 6241 GTCACTAAATCTATCCTCTGTGTTGAAGGCTTTCTGCATTTGCCTTTCAATAAAGGTTTAGAATAACTCCTTAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
|
|||||||||
Conditions | Hela | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048188. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
|||||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
|||||||||
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048188 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown |
Location of target site | ENST00000331872.6 | 3UTR | ACUUCUGCCUCCCAGAUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
390 hsa-miR-4419b Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT061343 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT072743 | GLCE | glucuronic acid epimerase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT180549 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT186147 | ALG10B | ALG10B, alpha-1,2-glucosyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT271044 | PGAM5 | PGAM family member 5, mitochondrial serine/threonine protein phosphatase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT334761 | PPP1R15B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT443279 | TSPAN15 | tetraspanin 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447047 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447351 | KIF6 | kinesin family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448925 | CKS1B | CDC28 protein kinase regulatory subunit 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452899 | PSD4 | pleckstrin and Sec7 domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453087 | SUMF2 | sulfatase modifying factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454071 | SLC35E3 | solute carrier family 35 member E3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456216 | LIX1L | limb and CNS expressed 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT456951 | LRP10 | LDL receptor related protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458025 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459999 | RFT1 | RFT1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460046 | CDCP1 | CUB domain containing protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460982 | STK17B | serine/threonine kinase 17b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464405 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466256 | TMBIM6 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466536 | TBXA2R | thromboxane A2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470922 | PLD5 | phospholipase D family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT472835 | MTMR10 | myotubularin related protein 10 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT473352 | MEMO1 | mediator of cell motility 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475504 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478862 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480898 | BCL9L | B-cell CLL/lymphoma 9 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482686 | NXN | nucleoredoxin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT484128 | C14orf142 | GON7, KEOPS complex subunit homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486172 | TLE3 | transducin like enhancer of split 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT486539 | CLCN7 | chloride voltage-gated channel 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486588 | ZNF619 | zinc finger protein 619 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495475 | ALDOA | aldolase, fructose-bisphosphate A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495536 | TXNRD2 | thioredoxin reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495566 | UNC5C | unc-5 netrin receptor C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495719 | PADI1 | peptidyl arginine deiminase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495890 | CLOCK | clock circadian regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495932 | SLC7A5P2 | solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496026 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496216 | PAX6 | paired box 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496349 | VAMP1 | vesicle associated membrane protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496354 | PPY | pancreatic polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496400 | ZSCAN16 | zinc finger and SCAN domain containing 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496416 | PARVB | parvin beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496458 | N6AMT1 | N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496519 | GINS2 | GINS complex subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496562 | SLC39A9 | solute carrier family 39 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498605 | KRT8 | keratin 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503434 | SLC25A45 | solute carrier family 25 member 45 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT503573 | AGAP9 | ArfGAP with GTPase domain, ankyrin repeat and PH domain 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503847 | ATP13A4 | ATPase 13A4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT504247 | LHPP | phospholysine phosphohistidine inorganic pyrophosphate phosphatase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505606 | SLC35F1 | solute carrier family 35 member F1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507749 | CERS2 | ceramide synthase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT508411 | C1orf210 | chromosome 1 open reading frame 210 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508508 | RSRC1 | arginine and serine rich coiled-coil 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508944 | AK4 | adenylate kinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT509460 | ZNF587 | zinc finger protein 587 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT509862 | ZNF641 | zinc finger protein 641 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511397 | IKZF3 | IKAROS family zinc finger 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT512517 | BTBD19 | BTB domain containing 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513507 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT514155 | TMEM145 | transmembrane protein 145 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT514486 | SLPI | secretory leukocyte peptidase inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT514521 | SHISA9 | shisa family member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514970 | KLLN | killin, p53-regulated DNA replication inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT515030 | IRAK4 | interleukin 1 receptor associated kinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515963 | C9orf156 | tRNA methyltransferase O | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516092 | ZBTB8OS | zinc finger and BTB domain containing 8 opposite strand | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517223 | PRIM1 | DNA primase subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517459 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517790 | EFCAB11 | EF-hand calcium binding domain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517979 | DSCR3 | DSCR3 arrestin fold containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519458 | CSTF1 | cleavage stimulation factor subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519599 | ZNF805 | zinc finger protein 805 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520339 | UBXN2A | UBX domain protein 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT521345 | RPP14 | ribonuclease P/MRP subunit p14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT521571 | PTPLB | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT523382 | GSG2 | histone H3 associated protein kinase | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT524106 | DNA2 | DNA replication helicase/nuclease 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524886 | ARHGAP11A | Rho GTPase activating protein 11A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528772 | CD1D | CD1d molecule | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530665 | TRIM56 | tripartite motif containing 56 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531107 | PEX13 | peroxisomal biogenesis factor 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531575 | ILDR1 | immunoglobulin like domain containing receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535173 | PLEKHB2 | pleckstrin homology domain containing B2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544168 | HEYL | hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif-like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550582 | SLC2A5 | solute carrier family 2 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551039 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT551295 | MCF2L2 | MCF.2 cell line derived transforming sequence-like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT551339 | MRE11A | MRE11 homolog, double strand break repair nuclease | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552092 | SLFN12L | schlafen family member 12 like |