pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4486 |
Genomic Coordinates | chr11: 19575310 - 19575372 |
Description | Homo sapiens miR-4486 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4486 | ||||||||||||
Sequence | 5| GCUGGGCGAGGCUGGCA |21 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RBM23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CAPERbeta, PP239, RNPC4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RNA binding motif protein 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001077351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001077352 , NM_018107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RBM23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RBM23 (miRNA target sites are highlighted) |
>RBM23|NM_001077351|3'UTR 1 ATCAGTGGCACAGTATACTGCCTCCTTGTGCCTCTGGATCCTGCCACTTCACATCTACTCTTCCATGGCCCCATTTCTCC 81 ATTTTGTGGACCAAGCCATCCTGAGGGCATGGACATTGTCTCTGAGGAAATTGGGGCCACCCTTAAGATACCAAGAAAAG 161 CTCCTGCCCATGGTCCCACTGGAAATGGACTCTGCTGAGCAAAGCCACCAGTTGAAGAGAACAGAATCCACACCTGCATT 241 GAATACCTGTTTCTCCATGTGTATCGTCTCTGAGATTACCTTCTTGCCCTTTCCAACACCTTAGTGATTCCTCAATTTCT 321 CCCCCATTGGGAAGGCCATAGGGCATACTGAAGGAACTGACCTCTCTCCTTTTCCTGTACCTTTAACCTTTAGTCTGTCA 401 AGGAAAACCCTTAGGACCTCTGAATCAAGAGGACTGAGTTTGTGGGTGAACCTTGAAGGTGCTCTTTCTGCTACAAGGGC 481 CCTGGGAGATAGCATGGACGTGCATTGAGAAGCCAGCCTCAGACCTTAGCTTGAAGCAGCTTGAGGCCAGACCTACTGTA 561 GCCTCAGCATCTTGCTAGGAGGCATGGAAGTGATCTATCCTGCCAGGAGGCCTCAGAGTGATCTGTCCTGCCAGGAGGTG 641 TGAGAGTGATCTGTCCTGTGAGGCATTTAGGGGCTTTCAGGAATTTAGTAAAAGGTGGAGTATGCCTTTCCAGTATCTTC 721 CATCTTCCTTTGTATACTTGTCCTTCCTCCCATTTCCTCCCTTTGGCCCGAGGTAGGAGGATGGAGGGAGGCTGCTACTC 801 TACCACTTCCTGTGTGCCTCTACTGTGGCCTCAACCCTGGCAATTATAGCTACTCCCATCCCTTACCTGGGCATGTGTGA 881 GCCCTTCTCACTGGATTTTATACCCTTGTGTCTGTGTACATAAATATATATACATATATATATACATAAAAACTTTGTAC 961 AAAAGGCAAGCCTCCTCCTTGTGGCAGCTGTTGCCCATTTGTGTGTGGTCTTTGTTGTGTGTCTGACAACTTCTCATTAG 1041 CCCAACTTATGATGTTTCTAGGGATATAAAACATTAGTAACATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | Hela | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1048187. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_control
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | Prostate Tissue | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRX1760631. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-22RV1_B
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048187 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_control |
Location of target site | ENST00000555209.1 | 3UTR | GCUUUGUCGCCCAGGCUGGAGUGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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108 hsa-miR-4486 Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT254654 | NF2 | neurofibromin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT458684 | MRI1 | methylthioribose-1-phosphate isomerase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT470845 | PLXND1 | plexin D1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT493011 | NANOS1 | nanos C2HC-type zinc finger 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT497264 | GRK6 | G protein-coupled receptor kinase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT497675 | SYNGR1 | synaptogyrin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT498219 | TLN2 | talin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT498310 | BCL11B | B-cell CLL/lymphoma 11B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT504048 | TOMM5 | translocase of outer mitochondrial membrane 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT519959 | ZCCHC8 | zinc finger CCHC-type containing 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531521 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533144 | WNT10A | Wnt family member 10A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533541 | TPR | translocated promoter region, nuclear basket protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533681 | TMEM86A | transmembrane protein 86A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540321 | PIGR | polymeric immunoglobulin receptor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT540719 | GUF1 | GUF1 homolog, GTPase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541566 | ZNF43 | zinc finger protein 43 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT541787 | TBCCD1 | TBCC domain containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT541925 | ORC1 | origin recognition complex subunit 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT542232 | FUT9 | fucosyltransferase 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT542285 | POLR3K | RNA polymerase III subunit K | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT542299 | QTRTD1 | queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT542368 | PAICS | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase | ![]() |