pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-2115 |
Genomic Coordinates | chr3: 48316360 - 48316459 |
Description | Homo sapiens miR-2115 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-2115-3p | |||||||||
Sequence | 58| CAUCAGAAUUCAUGGAGGCUAG |79 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | 454 | DRVs in miRNA |
|
|||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | RUNX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AML1, AML1-EVI-1, AMLCR1, CBF2alpha, CBFA2, EVI-1, PEBP2aB, PEBP2alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | runt related transcription factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001001890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001122607 , NM_001754 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RUNX1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RUNX1 (miRNA target sites are highlighted) |
>RUNX1|NM_001001890|3'UTR 1 GGCGCCAGGCCTGGCCCGGCTGGGCCCCGCGGGCCGCCGCCTTCGCCTCCGGGCGCGCGGGCCTCCTGTTCGCGACAAGC 81 CCGCCGGGATCCCGGGCCCTGGGCCCGGCCACCGTCCTGGGGCCGAGGGCGCCCGACGGCCAGGATCTCGCTGTAGGTCA 161 GGCCCGCGCAGCCTCCTGCGCCCAGAAGCCCACGCCGCCGCCGTCTGCTGGCGCCCCGGCCCTCGCGGAGGTGTCCGAGG 241 CGACGCACCTCGAGGGTGTCCGCCGGCCCCAGCACCCAGGGGACGCGCTGGAAAGCAAACAGGAAGATTCCCGGAGGGAA 321 ACTGTGAATGCTTCTGATTTAGCAATGCTGTGAATAAAAAGAAAGATTTTATACCCTTGACTTAACTTTTTAACCAAGTT 401 GTTTATTCCAAAGAGTGTGGAATTTTGGTTGGGGTGGGGGGAGAGGAGGGATGCAACTCGCCCTGTTTGGCATCTAATTC 481 TTATTTTTAATTTTTCCGCACCTTATCAATTGCAAAATGCGTATTTGCATTTGGGTGGTTTTTATTTTTATATACGTTTA 561 TATAAATATATATAAATTGAGCTTGCTTCTTTCTTGCTTTGACCATGGAAAGAAATATGATTCCCTTTTCTTTAAGTTTT 641 ATTTAACTTTTCTTTTGGACTTTTGGGTAGTTGTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGAAACAGCTACAGCTTTG 721 GGTCATTTTTAACTACTGTATTCCCACAAGGAATCCCCAGATATTTATGTATCTTGATGTTCAGACATTTATGTGTTGAT 801 AATTTTTTAATTATTTAAATGTACTTATATTAAGAAAAATATCAAGTACTACATTTTCTTTTGTTCTTGATAGTAGCCAA 881 AGTTAAATGTATCACATTGAAGAAGGCTAGAAAAAAAGAATGAGTAATGTGATCGCTTGGTTATCCAGAAGTATTGTTTA 961 CATTAAACTCCCTTTCATGTTAATCAAACAAGTGAGTAGCTCACGCAGCAACGTTTTTAATAGGATTTTTAGACACTGAG 1041 GGTCACTCCAAGGATCAGAAGTATGGAATTTTCTGCCAGGCTCAACAAGGGTCTCATATCTAACTTCCTCCTTAAAACAG 1121 AGAAGGTCAATCTAGTTCCAGAGGGTTGAGGCAGGTGCCAATAATTACATCTTTGGAGAGGATTTGATTTCTGCCCAGGG 1201 ATTTGCTCACCCCAAGGTCATCTGATAATTTCACAGATGCTGTGTAACAGAACACAGCCAAAGTAAACTGTGTAGGGGAG 1281 CCACATTTACATAGGAACCAAATCAATGAATTTAGGGGTTACGATTATAGCAATTTAAGGGCCCACCAGAAGCAGGCCTC 1361 GAGGAGTCAATTTGCCTCTGTGTGCCTCAGTGGAGACAAGTGGGAAAACATGGTCCCACCTGTGCGAGACCCCCTGTCCT 1441 GTGCTGCTCACTCAACAACATCTTTGTGTTGCTTTCACCAGGCTGAGACCCTACCCTATGGGGTATATGGGCTTTTACCT 1521 GTGCACCAGTGTGACAGGAAAGATTCATGTCACTACTGTCCGTGGCTACAATTCAAAGGTATCCAATGTCGCTGTAAATT 1601 TTATGGCACTATTTTTATTGGAGGATTTGGTCAGAATGCAGTTGTTGTACAACTCATAAATACTAACTGCTGATTTTGAC 1681 ACATGTGTGCTCCAAATGATCTGGTGGTTATTTAACGTACCTCTTAAAATTCGTTGAAACGATTTCAGGTCAACTCTGAA 1761 GAGTATTTGAAAGCAGGACTTCAGAACAGTGTTTGATTTTTATTTTATAAATTTAAGCATTCAAATTAGGCAAATCTTTG 1841 GCTGCAGGCAGCAAAAACAGCTGGACTTATTTAAAACAACTTGTTTTTGAGTTTTCTTATATATATATTGATTATTTGTT 1921 TTACACACATGCAGTAGCACTTTGGTAAGAGTTAAAGAGTAAAGCAGCTTATGTTGTCAGGTCGTTCTTATCTAGAGAAG 2001 AGCTATAGCAGATCTCGGACAAACTCAGAATATATTCACTTTCATTTTTGACAGGATTCCCTCCACAACTCAGTTTCATA 2081 TATTATTCCGTATTACATTTTTGCAGCTAAATTACCATAAAATGTCAGCAAATGTAAAAATTTAATTTCTGAAAAGCACC 2161 ATTAGCCCATTTCCCCCAAATTAAACGTAAATGTTTTTTTTCAGCACATGTTACCATGTCTGACCTGCAAAAATGCTGGA 2241 GAAAAATGAAGGAAAAAATTATGTTTTTCAGTTTAATTCTGTTAACTGAAGATATTCCAACTCAAAACCAGCCTCATGCT 2321 CTGATTAGATAATCTTTTACATTGAACCTTTACTCTCAAAGCCATGTGTGGAGGGGGCTTGTCACTATTGTAGGCTCACT 2401 GGATTGGTCATTTAGAGTTTCACAGACTCTTACCAGCATATATAGTATTTAATTGTTTCAAAAAAAATCAAACTGTAGTT 2481 GTTTTGGCGATAGGTCTCACGCAACACATTTTTGTATGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAAAATTGCA 2561 TTCATTGACTTCAGGTAGATTAAGGTATCTTTTTATTCATTGCCCTCAGGAAAGTTAAGGTATCAATGAGACCCTTAAGC 2641 CAATCATGTAATAACTGCATGTGTCTGGTCCAGGAGAAGTATTGAATAAGCCATTTCTACTGCTTACTCATGTCCCTATT 2721 TATGATTTCAACATGGATACATATTTCAGTTCTTTCTTTTTCTCACTATCTGAAAATACATTTCCCTCCCTCTCTTCCCC 2801 CCAATATCTCCCTTTTTTTCTCTCTTCCTCTATCTTCCAAACCCCACTTTCTCCCTCCTCCTTTTCCTGTGTTCTCTTAA 2881 GCAGATAGCACATACCCCCACCCAGTACCAAATTTCAGAACACAAGAAGGTCCAGTTCTTCCCCCTTCACATAAAGGAAC 2961 ATGGTTTGTCAGCCTTTCTCCTGTTTATGGGTTTCTTCCAGCAGAACAGAGACATTGCCAACCATATTGGATCTGCTTGC 3041 TGTCCAAACCAGCAAACTTTCCTGGGCAAATCACAATCAGTGAGTAAATAGACAGCCTTTCTGCTGCCTTGGGTTTCTGT 3121 GCAGATAAACAGAAATGCTCTGATTAGAAAGGAAATGAATGGTTCCACTCAAATGTCCTGCAATTTAGGATTGCAGATTT 3201 CTGCCTTGAAATACCTGTTTCTTTGGGACATTCCGTCCTGATGATTTTTATTTTTGTTGGTTTTTATTTTTGGGGGGAAT 3281 GACATGTTTGGGTCTTTTATACATGAAAATTTGTTTGACAATAATCTCACAAAACATATTTTACATCTGAACAAAATGCC 3361 TTTTTGTTTACCGTAGCGTATACATTTGTTTTGGGATTTTTGTGTGTTTGTTGGGAATTTTGTTTTTAGCCAGGTCAGTA 3441 TTGATGAGGCTGATCATTTGGCTCTTTTTTTCCTTCCAGAAGAGTTGCATCAACAAAGTTAATTGTATTTATGTATGTAA 3521 ATAGATTTTAAGCTTCATTATAAAATATTGTTAATGCCTATAACTTTTTTTCAATTTTTTTGTGTGTGTTTCTAAGGACT 3601 TTTTCTTAGGTTTGCTAAATACTGTAGGGAAAAAAATGCTTCTTTCTACTTTGTTTATTTTAGACTTTAAAATGAGCTAC 3681 TTCTTATTCACTTTTGTAAACAGCTAATAGCATGGTTCCAATTTTTTTTAAGTTCACTTTTTTTGTTCTAGGGGAAATGA 3761 ATGTGCAAAAAAAGAAAAAGAACTGTTGGTTATTTGTGTTATTCTGGATGTATAAAAATCAATGGAAAAAAATAAACTTT 3841 CAAATTGAAATGACGGTATAACACATCTACTGAAAAAGCAACGGGAAATGTGGTCCTATTTAAGCCAGCCCCCACCTAGG 3921 GTCTATTTGTGTGGCAGTTATTGGGTTTGGTCACAAAACATCCTGAAAATTCGTGCGTGGGCTTCTTTCTCCCTGGTACA 4001 AACGTATGGAATGCTTCTTAAAGGGGAACTGTCAAGCTGGTGTCTTCAGCCAGATGACATGAGAGAATATCCCAGAACCC 4081 TCTCTCCAAGGTGTTTCTAGATAGCACAGGAGAGCAGGCACTGCACTGTCCACAGTCCACGGTACACAGTCGGGTGGGCC 4161 GCCTCCCCTCTCCTGGGAGCATTCGTCGTGCCCAGCCTGAGCAGGGCAGCTGGACTGCTGCTGTTCAGGAGCCACCAGAG 4241 CCTTCCTCTCTTTGTACCACAGTTTCTTCTGTAAATCCAGTGTTACAATCAGTGTGAATGGCAAATAAACAGTTTGACAA 4321 GTACATACACCATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | Hela |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048187. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_control
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048187 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_control |
Location of target site | ENST00000344691.4 | 3UTR | AGCAAACAGGAAGAUUCCCGGAGGGAAACUGUGAAUGCUUCUGAUUUAGCAAUGCUGUGAAUAAAAAGAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
80 hsa-miR-2115-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT057089 | DDIT4 | DNA damage inducible transcript 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT071216 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT226901 | RAD23B | RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT235961 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT294569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT321046 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT359666 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT366451 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT405375 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441794 | TCEAL5 | transcription elongation factor A like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443295 | TCEAL3 | transcription elongation factor A like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455275 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458523 | C5orf22 | chromosome 5 open reading frame 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464960 | TWIST1 | twist family bHLH transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466848 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469252 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469825 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT470047 | PTGFRN | prostaglandin F2 receptor inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471420 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472024 | NPM1 | nucleophosmin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484156 | CENPN | centromere protein N | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485490 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490462 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493069 | MTCH1 | mitochondrial carrier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493573 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT494919 | NDUFC2-KCTD14 | NDUFC2-KCTD14 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500439 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500931 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501551 | POC1B-GALNT4 | POC1B-GALNT4 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501809 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT502415 | GALNT4 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506504 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507861 | CCNE2 | cyclin E2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT510511 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT516073 | RAB42 | RAB42, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519030 | KYNU | kynureninase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT521762 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522898 | KCNJ3 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT527370 | MGARP | mitochondria localized glutamic acid rich protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530691 | C8orf46 | chromosome 8 open reading frame 46 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530867 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531832 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT533035 | ZBTB5 | zinc finger and BTB domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533165 | WIPF2 | WAS/WASL interacting protein family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533464 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534331 | SHCBP1 | SHC binding and spindle associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539372 | ADSS | adenylosuccinate synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT545951 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553283 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553532 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT556480 | LIPA | lipase A, lysosomal acid type | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556975 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557697 | GATA6 | GATA binding protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558901 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559224 | BLMH | bleomycin hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559827 | SLPI | secretory leukocyte peptidase inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563435 | SLC3A2 | solute carrier family 3 member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569270 | PCDH11X | protocadherin 11 X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571386 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572567 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610400 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611058 | ZNF621 | zinc finger protein 621 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635118 | TMEM233 | transmembrane protein 233 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641617 | DEFB118 | defensin beta 118 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642146 | CHORDC1 | cysteine and histidine rich domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647295 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648155 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652780 | TENM3 | teneurin transmembrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657356 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658718 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662441 | RALGAPA1 | Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665302 | ZBTB38 | zinc finger and BTB domain containing 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699898 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700921 | PDS5A | PDS5 cohesin associated factor A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700992 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707397 | DCAF4L1 | DDB1 and CUL4 associated factor 4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711895 | INSIG2 | insulin induced gene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712072 | XRCC5 | X-ray repair cross complementing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716121 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT724470 | SMAD2 | SMAD family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|