pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-8067 |
Genomic Coordinates | chr15: 62304658 - 62304734 |
Description | Homo sapiens miR-8067 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-8067 | |||||||||||||||
Sequence | 11| CCUAGAAACUGUAAACUUAGUC |32 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RAP2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RAP2B, member of RAS oncogene family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002886 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RAP2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RAP2B (miRNA target sites are highlighted) |
>RAP2B|NM_002886|3'UTR 1 GGCGGCCACCGCGCGCCGGCCGCGCTCTGCGCACAAAAGCCAAACGCATCCGACTCTCTAAATGTGATTTATTTCTTGCT 81 TTGAGATTGGAGACCACTTTGCATTGGCCAGGGTGTCTTGGGAGCCCGGCTGGCCTCCGCGGCCGGCGTCCCCTGCCTCC 161 ACCCTGTGCCCGAGGGGGTGTCCGGTCCTGCCCATCCGATACTCTGGTGGAAATGTGGCTCTTTGCAGCATGTACGTTTC 241 TCCCTGATTTTGGTTGATGCATATTTCCCCGTTTAAGTAGCCGTTAGGGCGCAGTATCGGCAGCTTGACACCCACCAAGC 321 AAAAGTTTCAGCCTGGAAAAAAAATGGGGGGGAAGGGTGGATGAAAAGGAGGGAGAGAAGGTGGAAATGGTTTTTTTTTT 401 TTTTTTTCTATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCAACAGCCGTTTTTCTAGTTCCAAGTTTTAAATACAT 481 GGAAGGAAGTCCGGGAGAACCATATGAAGGAGCAGGAGGAGAGGAAGAAACTTTTTTTCCTTCTTTTCCAGGAGTAGCTG 561 GAAATTAAGATCGGGTTCCTTTTCTGCCAGCTTGGAAGGGCAACCCCATGACTGATTGCGATTCTGAGGATGTCTATGCA 641 AAGTTGGATTCTTGTTACAGTGTATCCAATCTGAAGTATTGCACATCTGAACTGGGACTGTTAACACTGATGCCAATACA 721 GTGTGGGGTGCCAGAAAGTGTCTGCTGATATTTGTGGAAAAAAAATCTATTTTGTTTACCTACTGTATCAAAGGGGAGTC 801 TGGGGGAGAATGGTAGTATTTTTTTTTTTTATCAGCTGTGAAAAAAATGTTACAGATCTGCACATTTTCGTGTGTACTAT 881 GGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGGTGTGTGTGTGTTTTAAGTTTAGCCTTTTGTTTTTGTTTTTTGGTTGGCAGTAACCGA 961 TTTTAATGACTAGCTTTTAAAAATACAGTACAAAGACTTTGTAAATGTGATTCAGGGCCCCCAGCACCCCTGTGTCTGCA 1041 GAGTGCCTTCAAAACTCAGCTGTTCCAGCCGGTGCCAACCTGTGAACTTCCCACCATATCCCAGAATCTGCTATTCCCCA 1121 AACCACTTCCCAGTTTCCTTTCAGTAATCTTTCTGAAGGAGCCAGGACAATAGGGCCTGTTGTTTAGTGAATTTCTTTAT 1201 TATTTTCAGCCTTTAAAATGTAATTTCCATCTCTTGCAATGAATTTGTTTCCCTTTTTTTTGCTTCATTTTGTTTAAATT 1281 TTCAGGTATTTAGCTCCCCTTTCATATTATTTTTAAATTTTTTAATTACCTGTTGTAGGGTGTTCCTCCAGAAGCAAAGA 1361 GCAAAATTTTACTGTTGTGATGTACCAATTCTAACTAATTGTAATTTTTAATTTCATGCGTTTAATCATTGTCTCTTCAT 1441 TTTAAGACTTTTAATACAAATGTCATTTTTAAAGAAACAAACCCAAAACTATTGTTTGTGTTTCTGTGTTTCATATTCAG 1521 TGATTTAATACAGTATCATGGCTGAGGTGGATGGGGCAGGTGCATGATACTCTTCAGAGCTATTTGTGAAATTTTAAAGA 1601 CAGAAGTGTCTCAGTGACAAGTTGGATGACACTACTCCCAACTTTTTAAATTTGGAGAAAACCATCAAGGTCGAGGAAGC 1681 CCTGGGTATGGCCATTACCATCTGATTAGAAGATGAACAGGTATTTTGAATCTGATCTGACATGGAACAGTTTACCTCAT 1761 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AAGTACTGTCTGGAGGGTTTTTTTAAGAAAAGGCATTTGGCATTTAACTGTCTCTTGTTTTATTTTTAAGTTTTTGGAAA 2721 CCTTTTGACATAAAATGCTGCCAAGTATCTAAGAAATGTATATACTGACAGAAGATATTTGAAAGTGGAAAATTGGAAAT 2801 GAAATATGTTGCTGGGTGCGTTAATCACCTCCGCCCAGGATTTAGTCACTTGCAGGACCTCTTTATAGTCTAGGATGGCA 2881 GAGCAGAAGATTTTAATATGCTTTTATTAAGTGATGTAAAATAAATGCTTTTTGGATTATCAATGAAAGCAATTTTATGT 2961 GTGCCTGAAGCAAGAAAATAGCGTTTTTGGTTTTATCTCATATTTTCTTGGCAAAATTGAGAGAAATTAGGAACACTGCT 3041 ATTTTTTTCTTAAAAATGTTTTTAAGAATATGTTCGTTTCTTTGACTATTAAGAACCCCTTGTGGTATTAGTGTGTGAAG 3121 AGATAAGGGCATTTGTTTCAATGAAAAAGTTAGTGTTAAAGGAAGTGAGTCAGGGAGGGCGGAGTTTGTTGTAAGGCAAT 3201 CACCTGTCAAAACAGAAATTGGGTGGGAAAGGAGTCTTTATCTTGGGGAGCAAAAGCTGACTTTTAAACTTGACCCCTGC 3281 TGTTTTTAAACAGCTTTTCCTTTTGGTCTCTGACAGTCAATCCAGGTTTTATGTTATTTCAAAAGGGTTATTTTTGTCCT 3361 CCTTTTTTAATAGCTTCAGGAAAGTTAAAGGTATCATCTTAGGTCTAACACTCTAGTCTTTGAGAGTTACGGTTCTTTCG 3441 TAGAACAATTTCCATGTTGTTAACTGTTGTAGACTTAATTGAATCACATTTTGGGACCAGATGTATTTGGGGATAGAATT 3521 CTTTAAATGTATGGGACTTCATGCTTCCTGATTATGTAATATTTCCTGTGGTTGGGAATCCTAGAATGCCTGATCTATTT 3601 TATCTGTTCAGGTAGTTTTGTTATTGTACCCTCTTTTGGGTCATATTCTAGTATTTCTCACAGGGGGTATGAGAAACAGA 3681 AAGCTATATGTAGCAGCTGGTCTTGAGAAGTAGAAGCATCTTAACTGTCATAAGAGCATAGATTTTTTGTTTTTCACAAC 3761 AGCTGGAATAAGTTCCTGCATTATAAGTATAAAGGGAACCGAGATTTAATTTGGAGATCATCACTGTTAAAACGATACCA 3841 GACATTTGTCACAGTGTCTTATTTGGGGAAAGTTTGCTAATATACATTTTGTCTGTGAAAATATAGTAAATTTTAAAATA 3921 CTAATATAATGTGGTATTCTTGATTACAGTATTTTATGCAGACTATTAGGAATGATTCAGTGCATTTAACTGAACACAGA 4001 GCTAGTTCTAGGTGAGTGAGATCTTTATCTATTAACTGGATTTTGAAGGTTTGAGAAGGCTATGGGGATCATCTGGTTGA 4081 AAGGTTCTCAAACTTGACCATATATCAAAATCACCTGGAGCTTAAAACATGTACTGCTGGGACCCTCCTCCAGTTTCTTA 4161 CCCAGTGGGTCTCGGGTAGGGTCTCAATTTTCATTTCTAACAAGTTTCCAAGTGATTGTGTTATTGCTGTTCCAGGGACC 4241 ACACTTTGAAAACCAGTGATCTAGACTGAACTCCAAATGAGTACTATACTGACAGCCACCTAGATATTGAGAGACACAGA 4321 CTTCAGACTCATGTCACACATTTTGGAGTGCTGTCTACTACAGTTAGAGAATAATCTCTATTGAAATCTAAGCTAAAGAG 4401 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AGTCTACAGCTCTCTATAGTAGCTTAATAGCTATTTGCTGAATGAATGGAACATGGAGTGTTACATCTGAAACTATTCTA 5361 TTAGAAGGTGAAAAGTGTTGATTGAAGAATGGTAGGATTTTATCTTCCCTACCCATGATAGATTTATTAAGATTGTCTTT 5441 GGAGCTATGTCTTCCATTCCAACTATACAGAAATAAACTTTTTTAAAGTTTAGTTTGCCCATCTGATAAAGGAACATTCC 5521 TGTATGCTATTCTAAGGTTCATTTTCAACAAAAGTTACAGACATTTATGGTTGATAGTTTGAGATCTATGACAGTTTTAG 5601 GGAGCTCCATATTCAAAAGGCTATTGCTGGTGATAGTACAATGAAACACTGACTTCAGTATATTTTTATCTTGGCTTTCA 5681 TTTTACGGTTATTTCTACTACTGTTAATATGGACTAATACTTGATTTTGTGAACCTGTTTTAATTTTAGGGTTATATTTA 5761 TGTTGGAATAATATATTTTAAAAGTGTCCTATACTATGAATTTATTTGCCATATATAAGACAATCAGAATTATCTGGTAG 5841 TTTATTCTAATCCTGGTTAATAATCATTAGGACTAAACTATTTACATTAAAGAAGGAAAAAACAATGAGATGATAATTTT 5921 TTTTTTCTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGGCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACTTCCGC 6001 TTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTTCCAGTAGCTGGGACTACGGGCGCCCTCCACCACTCCCGGCTAAT 6081 TTTTGTATTTTTCATAGAGACAGCATTTCACCATACTGGCCAGGCTGGTCGTGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCCACC 6161 TTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCACCCAGCCTTTTTTTTGAAATGGAGTCTGGCTCTGTCG 6241 CCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTAGCCTGCCTCATC 6321 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCACCACGCCCGCCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACT 6401 ACGTTGGTCAGGATGGTCTTGAACTTCTGACCTTGTGCTCCACCCACCTCAGCCTCCCAAGAGTTGGGATTACAGGCGTG 6481 AGCCACTGCACCCGGCTGAGATGATAATTTTATTTAAAAAAAAAATTGTAGAGATAGGGTCTTGCCGTGTTGCCCAGGCT 6561 GGTCTCAAATTCCTGGGCTCAGGAGATCTTCCCTCCTCAGCCCCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCCTGAGCCACTGCAT 6641 CCAGCCAGGAGTGACAATTTCTAAAGCCTTAATTAGTGAAATGGTTTGTTTTGAGAAGCAGAAATGACTAAGTGGTATAG 6721 ACATGCAGGAAAAGCAAAATGGGCCTTATGGCTATTGAAATTATGAGTGTTGATCTGTTCTATAAATTGGAGGAGACAGC 6801 TATTTGCATTCTTTCTTATCCAGTTGACTAAACTTACTCATTTTAAAATGAATTATCTTGCAAAATTATGTGAGGTTAAG 6881 TTTGTCAGAGGATTGAAAACGTGGTTGGTTTATTTGTGGTAATTGTGAAAAATTGCAAAGGTAGCAAAATTTTTTAAAAA 6961 ATGGAAAAGAGAAAGATTATTGATGCCTTGTGAATACAGGTGTCCCCAAAAGGCCTGAGACCAACCTTAATTATCAAGAA 7041 TATGGTTGCAGTGGAAATTGGTAAACAGCTGAAATTGATTCATTGATTATTCAACACTTATTGAGCACATACTACTATTA 7121 TTAATAGCTGTACTGCGAGCGCTAATACTTAAAAGAGGAAGTCAGGTGAAGGCGCAACAGCTTTATGCTCTTTTTCACTA 7201 TAATCTGTGAAATAGTGTATATTAAACAATAATAGTATATGGAAAAGCACATCTACATGTGTCATCAGTTATAATACTGT 7281 GGGGCTGTTTGGCAGACAATAGAGTAGATAAATTTATTGAACATTGGGCCTTTGAAAGGTATGTGGAAATTGTAAATAAA 7361 AATGGATTCCATGAATTTC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Hela |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048187. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_control
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048187 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |