pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4464 |
Genomic Coordinates | chr6: 90312742 - 90312833 |
Description | Homo sapiens miR-4464 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 12| AAGGUUUGGAUAGAUGCAAUA |32 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PANK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PANK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pantothenate kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_138316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_148977 , NM_148978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PANK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PANK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PANK1|NM_138316|3'UTR 1 AGACGAGCAGTGGAGGAAACAGCCTCCCAAAAGGACAGAGAACTAAAAAATTGCTGCTGGAGAAGGTGAAAGTCGCTTTG 81 GGACGGAAGCCAAGCCATTATGGCAGATGAACCTGCTGGATTTGTAAATAATTTAAAATCCTTCCAGATGATCTTTTACT 161 CTTAGGTTTTGAGCTAATGATTCAAAACGGGGGAATATAAAAGGTTTTTTTTCTGTATACTGTATTTTTTTAAAAAAATG 241 GTGCAGCGTGGCCAAACCTACCAATTGTATGCATTAACTTTGAAAAGTTGTTTGATGTTTAAGAAGGACCTGATATGTAA 321 GCGCTGGTCATTTTTCTTCTGGGGTTTACTGATCAGTGTGGTGATTTTAACTTCATTTAGTAATTACTCTAGGAGATTTT 401 ACCTTGACTTATATTTTTCATGACGTTTCATGATTTGCTGTTGGTTTCAAATGAAACTACAAATCTGGCATGTTTTACTG 481 TGAACACTTTTGTTATTTGTTTTGTACCCTTTTTTGTCTTGTTTTTCTGTTTTAGTTGTCTTCTGAAAAAAGAGTCGTTC 561 CCTCTGTTTCTGTCCTCAGATGATGTCCCTCCCCCTACCTGTAACCTTTCTTTGACATAATTGTTCATATCAATGAAGGT 641 GCTGACCAGCTCAATACAAAGTTAAGCACAAGATCTAAAGCTCTTGAAAATGCCCGTGAAGAGAAGACTGAATGTGTTAA 721 TGAATTTAATGAGTCTGGCAAAAGTTGCAAATTATATGCAAGTTTGTCCTATCGCTTATAAATGTAGTGTTTCATTGGAT 801 TTATTTTATGCTAGGTTATATTAAGTTGAAATAGTCTGTGATTAAATGTCCTCATCCATGCACAGAATATGAATGGCAGC 881 AAATCTTTGTGCAAGAAATTTGAAACTTATTGGGAAAAGCCTCCCAGTAGATTAATTGTTCATATCAGGAGATTTAGGGT 961 AAGTCATGGGTTGAGGTGTCAGATAGTAATATCTATTTGTTTTGTACATGTATATATCTAGGAACTTTGTAACAACACAT 1041 CTTTAATAATGTTAAAGGTTTTTTCATTTTTAATATTTTAAACTAAAAACTGTACTTCAATCTCAGTTTCTAAAATTAAA 1121 AATAATTTATACTGATCTATATATTTTTTCTTTTTGAAAGATTTCATTAAGACTGATGGGTAACTTTCAAATGAGGGTCA 1201 TGTACAAATATTGGGATGCATGAGATCCCATGATCTTGTGTATTGAGCTTATTGTTGAAAGGGATTTTTGAAGGACAGAA 1281 CAATTACTCCATGATGAATCTTCCTTTCTCTGCCTTCTGAGCACCGTCTTTAATTTCCATATCTTCAAGTCTTGAAGAAG 1361 TTGATGTTAATTGAAGAATTCACTTGTCTGGTTGAAATAAAGCCTGTTTCTGTTGTGATGTTTTTAGTGTATATGTTATT 1441 TTCATTTCTTAATTCTCATGTTTATAGTATCTGCTTTGTACCATGAAATGACTGTCTGTTGTGTTTTTGCTACTCTACAT 1521 TTCAAAATTGGAGGCTTTCCCATGAGTGTGGTATGGTCCAAAACACTGTCTTCAGGTGAAGCTGTAGCCCTATGCATAGA 1601 TTTTTAAAATAGAGCTTTATTGTTTCTATACAAGTGACTCCTTAATGCCAACTACCTCTGCTATATTTGGTAATTCCAAA 1681 GGAGTTTCAAAATTTGGTCATCACAGATACATTTTACCAACTTCTATCTGGCTTTAAAAAAATTCAGACAGCTAAAGTGT 1761 TCTTGAAAAGGATAAGTTAAAAATCTACATATTATTTATAATTAGTGCCTTTTGATGGCCTCTTCTATTCCTATTCTCAT 1841 CTATCAGGTAACAGCAGACCTTGATTCCGCAGATCATGGTTCTACAAAGGAAATCAGGGCAAGTTAGTGTGACTGTATTT 1921 TTTTTAATTATCTGAAATCACTTGATCTCTCATTACAAACATTTAAAATATTGGTGTAGCTGAGAAAATACATTATTCCA 2001 TTATACAAATATCAGTTAAATGTTGACTACATATAGCCAGCCTGTTTTTTACAAAAGAGATCTTGTAGCCTGAGGATTTT 2081 CACATTCACTTGAATTACAGAAACTTTTCTTAGAATCAACATCACAAAGAAACTGGGAAGACTAAAGAATTTTGACCTTG 2161 TGCAATATGAAGTAAGAGCATGGCTTTTTATCGTGAGGCAGCTTCAGTCTGGGTCCAGCTTAGTCAGTTACCAGTTCAAA 2241 GATATGCTAAGCCTCTTTCTAAACCATAGTTTCCTCACCTATAAAATGGGACAAATAATTGTTTTACATACATATTTAAA 2321 GAGCTCAGCACAGGGGTTGACACAAAGTAAATGCTTCATTAATGATAGCTACAATGAAAAAATAAATTATTTAAACTAAT 2401 TTATTAAATCAGTAATTCTTAACTTTCTGGATTGTGGGAAACCCATGTTAGTATGGAGATGTTTCACCAATCTCCGTATG 2481 CTAATACATATCCACAGCTCCTTGTCCACACTTCCAAAATCCCATACTTAAGAAATCTATCTTGACAGCTCACTTGGCAG 2561 CAAAAGCTGACTTGAGCATTATTTCTCACATGTAGTAGGGCTCTTCACATGTTTTGTTGCAAAGCTCGTCATGAGTTAGA 2641 TAACAGGATACTGACTCTGACAGGGGTGTTAAGTAATAAACGATTTTGAATTGGCTGGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAA 2721 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAATACGGTGAAACCC 2801 CGTCTCTACTGAAAATACAAAAAGCTAGGCATGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCGGGAG 2881 AATGGCGTGAACCTGGGAGGCAGAGCTTGCGGTGAGCCGAGATCACACCAATGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGTGAGA 2961 CTGTCTCAAAAAAATAAAATAAATAAATAAATAAATGATTCTGAATTTTGAAACACATCTGATCCCGAGTTTTAGACAAA 3041 GGGATTGTGGAAATATAGTTGTGTTCTTCACCTTATGCAGTATACATGGATTCAGAGTCTCTTTGTTGGGAACAATTGTT 3121 ATAGGTAATGTATACTTGATGTCGTTCAGTCATAGAAGGAATATTAAGAAGTTACTCTGTGCCAGGAAGGAACTGGAGAC 3201 TAAGATGCATAGGATACAGCCCCTGCAGAGAAAGACAGCAAAATCTCAAGCCAACATCAGTCATCAAGTGCCACAAGTGC 3281 CATTCAATCATTTATTCATTCACATTCACAGCAGTAAACAGAACAAAGATCCACCATCACAGAGCTTATATTCTAGAAGG 3361 GAAGACAGGTACATTACTAAATATATAATGTTAGATCAGTACTACAAAGAAAAAGTAAGCTGGTGTAAAGGCTAAATAAG 3441 GGGTAGTTCTATTCAGAAAAATGAGAAGGGGAGGAATATCTCAGGGTGGTCTAAGACAGCCTTTCCTAGGAAGTGACCTT 3521 TGAGCAGAGAGTTGAATGGAGGTGAGAACACATTGTGTAAATGTCTGAGAAAATATTTTTCACTCCTGGCAAATGAAAAT 3601 AGGGATTTGAGGAACTGCAAAGAGGCCAGTGTCTGGAGTTAAAAATAGAAAGTGGTGGGAGATGCAGTGTTGGGAGTAAA 3681 CTTGAGCCAGGTCCTATAAGAAATCTGTGAGGGTAGTGGCCTCTACCCAGAAGAGAGGTTGGTCATTTGTCTTCCAGAAG 3761 GTGCTAGAGAAGGTTTTGTGAAGTCTTAACCAAAGAATAGGAATCACTAAGTGGAGAGGAAGGGAGGGCTTTCCAAGCAG 3841 AGGGAGCTGGGTGAGCAGAAGCGCTGAGGGAAGAAACCACTTGGCTTATTCAGGGACTGGAAGCTCTTTGCTATAGCTGG 3921 AGCCTGGTTCATGAGACAGAAACCAGGTAGTGAGAAAGAGGAAGCTGGCCCAACTGTGGAAGGACTTGTCTTCCATGCTA 4001 ACATTGCGGACTTTTCCGTAGTCACTGTGGAGCCATCAAAGAGTTTCAAGGAAAGTGAAACTAGAAATAATCAGGTTTCA 4081 AAGTGGTAAAGCAAAATGCTCTGTTGAAGTAAATGAGTAAACAAGTTACGTACTTTTGAATACCTAACATTATTCCATTT 4161 TTTTCCCTATTGTGCCAGACCTCATGCAGTAGCTACAGAGTGAACCATGCTTTCGCTGTAAGTAGGATGGCTATAAAAAT 4241 TATTGAGAACTTTCTCAGAGGACACAGGCTACTAATAGCTACAGCCCCACTATGAGTCTATTCATTGAGCAAGAAGGTTT 4321 CAATACTGGGAGCATCGTAAACTATCACTCACAAGAATTGTTAGAAAGCAGTTTTCCTCCCAGTGATCAGAAGATGACGC 4401 CACATTTGTGAAAAAGATTTCATTAGTGTACATCGTTTATTAGGTCTACCAGCTGCCCATTCTTTTGCTCATCTGTTTAA 4481 TTTTTAATAAATATCAATGATCTGAGAGGCATTGGGTAGCACTGAGGATGCAATCCGATGTGAACAAGACTTCAGGAGCT 4561 CTGCTTTCATTAGGCTTACATTTGGTTAATGGAGATAAACTTGAAGCATATAAACCAATAAATAAACAAGAAAATATCAG 4641 GGAGTGACAATTGCTATTAAGGAAAGAAACAGGGTGATAGGATAGAGAGGGAGGAGAGAGACTTCTTCAGTCAGATGATC 4721 ATAAAATGCAAGTATGATTAAGTCATGGCCTCAACTTTTAAGGAATGATGGGCTCACCTTGCTTTCATTCTTGCCACCTC 4801 CTCAATGAAAATGAAAGATGTTTTTGGGAAACTGATAGCTAATTTTCTTTTTCTTAGAATATTTGATTTAGATAATATGT 4881 ATTTAAAATAAAGTTATCACGTAAAATAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
|
|||||||||
Conditions | Hela | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048187. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_control
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
|||||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
|||||||||
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048187 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_control |
Location of target site | ENST00000322191.6 | 3UTR | CUGUAUUUUUUUAAAAAAAUGGUGCAGCGUGGCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
81 hsa-miR-4464 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT056004 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT061568 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT078651 | ICT1 | mitochondrial ribosomal protein L58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT087551 | YWHAH | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein eta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT088139 | SEPT2 | septin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT095089 | SEC24A | SEC24 homolog A, COPII coat complex component | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT099065 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT150194 | MIDN | midnolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT178173 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT178942 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT188776 | SESN2 | sestrin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT267026 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT307213 | ACVR2B | activin A receptor type 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT324750 | ACER2 | alkaline ceramidase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442732 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444087 | C12orf73 | chromosome 12 open reading frame 73 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445527 | KLF9 | Kruppel like factor 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449604 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451129 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452271 | RPL30 | ribosomal protein L30 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452486 | DDX4 | DEAD-box helicase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454868 | DNAJC15 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT455773 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463844 | WRN | Werner syndrome RecQ like helicase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465036 | TTC39C | tetratricopeptide repeat domain 39C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465176 | TRPV2 | transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT465294 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT467931 | SLC16A7 | solute carrier family 16 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471906 | NUAK2 | NUAK family kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472724 | MTUS1 | microtubule associated scaffold protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT479785 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482446 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT485365 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT498399 | KIF6 | kinesin family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503202 | ACTB | actin beta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT503819 | TMEM242 | transmembrane protein 242 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504706 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507802 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509968 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517306 | ELF4 | E74 like ETS transcription factor 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT523900 | ENPP6 | ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT532018 | NOX5 | NADPH oxidase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535334 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536944 | HCN4 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT539322 | AHSA2 | activator of HSP90 ATPase homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540189 | GSTM4 | glutathione S-transferase mu 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545015 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545265 | TRIM36 | tripartite motif containing 36 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547230 | PAG1 | phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548425 | ELOVL5 | ELOVL fatty acid elongase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549910 | ADH4 | alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550185 | TMEM106C | transmembrane protein 106C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550775 | ENOX2 | ecto-NOX disulfide-thiol exchanger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT552401 | ZNF487P | zinc finger protein 487 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT554782 | RHEBP1 | RHEB pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT557311 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558635 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563168 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564886 | YWHAE | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565778 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566480 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567206 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568931 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570698 | FBXO41 | F-box protein 41 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573474 | MTRNR2L9 | MT-RNR2-like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576170 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607555 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608203 | ERBB2 | erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609779 | VWC2L | von Willebrand factor C domain containing protein 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT616312 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617190 | CDH13 | cadherin 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626842 | RPLP1 | ribosomal protein lateral stalk subunit P1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636438 | MARCH1 | membrane associated ring-CH-type finger 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639101 | GLIPR1L2 | GLI pathogenesis related 1 like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691018 | CRTC3 | CREB regulated transcription coactivator 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700008 | RPS21 | ribosomal protein S21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701144 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712691 | NUDT7 | nudix hydrolase 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT715505 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722509 | PTPRC | protein tyrosine phosphatase, receptor type C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724982 | TNS1 | tensin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|