pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3160-1 |
Genomic Coordinates | chr11: 46451805 - 46451889 |
Description | Homo sapiens miR-3160-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
pre-miRNA | hsa-mir-3160-2 |
Genomic Coordinates | chr11: 46451807 - 46451887 |
Description | Homo sapiens miR-3160-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3160-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 54| AGAGCUGAGACUAGAAAGCCCA |75 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SPRED1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NFLS, PPP1R147, hSpred1, spred-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | sprouty related EVH1 domain containing 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_152594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SPRED1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SPRED1 (miRNA target sites are highlighted) |
>SPRED1|NM_152594|3'UTR 1 AATGGTCCAGTGCCAAAATGAGCTTAAAATCTTTGTTTCCAGGAATTAGCTAACTTGGATTTGTGGAAGCTTTTGGCAAG 81 CAATATGGAATCTTGCCTGGTATCATTGAGCCCACACATGGAGGAAGCAGAACTCATCAGTTCTTGGCGTTTCACGCCAT 161 GCCTAACTTTTCCCTTGAGTGCATGGCATGTTTTGTTACAGGTTGTAGAGTATTTGCAGAAGGAAACCATTTCTGGTTAT 241 TTGGCTATAAAAAGTCAGCATAAAATATGATCCAACTAAAAGGGATTAATTTTTGGCATTTTTGTATATTTATGCATTAG 321 GTGATGGGACTTTTAAAGGTTTGAATTTATTAGGACACGAACTAAAAATAAAAGTGCACTAGGGGACAGTTGATTTCAAT 401 CTAAGAAAAGTTAACACTTGGGAATTACAAGAAGTAAAACAAGTGCAACTAAATCATTTATTAGTTGTTTTTTGAAAGCA 481 GTTTTATGTATAAATAACAAATGTTTATATTTAACTAAATGTAAGGTACGAATTATTACATATTAAACTTTTCTTCCCCT 561 TCCTAGTTCTGAAGTAGATATATATATATATATATCTACTGTCACATTCCATATATTTTGAATATTTAACTCATCTAGTT 641 AATAATGTTTTTATTCCATGCGAATGATTTGATATTTTCATCCTTATTTCTCTTTGGCTACAATTTATATTGAGTTATAT 721 CTGTACATTCTGGTAATCTAAAATCCTTAAAAATACTCTAATAGCCTTGAGTGACCAACTTTTTTTTTAAAGCACAGATG 801 TAATTGTCTAATGTTCTGATGGGAACGTAACACTTATTTTTATATAAAAAGAGACTGAGTAAACAAACATTATAGAAAAA 881 AAGTGAAGTTTTTTAGTTGTTTTTTGTGGTATTCAACCAGCAAGTTGTTTTCTTTCAGAGTTTCCTCCTTCAAAAAGTTA 961 TATTGCATTTACAAATGTTTTACAAGGCAGAAAGTTTGACTGGATAGTTAGTGTAAAAGCTTCATGTTGAGATCTTCACG 1041 TATCATTCTGCTAAACCAGAATATGTTCAGCTGTGTTACTAATTTTTCAGCTTAATCCTCAGTGCTTATTATTTACATAA 1121 CAATAACTTTTTATCAGTTACATTTTATTTTTATTTAAACTGGCCAAAAGCAAAATTATTTTATGTTAAAATGTGTGCTA 1201 AACTATCCCAGGAAAGTATTTAATCCAACATTGTAAATGAAGTATCTTGTACATATAAATTTATTTCTTTTGCAGAGCAT 1281 TATATTACTGGATGTTTAATTTACAAAATAGTTGGGTAAATGTTCCAACAAACTTTAAAGTACCTTGAAGTCAAATTGTC 1361 TGTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTCTTAAGTGTTACATTAAAACTCTAACCAAGGAAAGGGTTCTTTAAGAA 1441 CATTCCCTTAGAGGGATAAAGTTGAGAAGTGTGCCTTTTTTTTAATGGCTTGAAGTTTCAGAGGTGATAAAAATTAAAAT 1521 CACACTACTATTTGAAGCTCATTTTCTATGCAGGTTTTTAAACGTCATTTATGTATCATTCTTTTTATATATCACACTTA 1601 AGCTTGTGTTAGCTTTTTTCTTTTGCCCCAGATCAAACTGAACAATGTATATAACACTATCTGTCTGTAAAATACTTTTT 1681 TTAAGAAAGCATTTATATTTATATGACAGCTTGAACTGACAACATTGTGTATATAGATCATCTTGAAGTATTATTTCACA 1761 TTGAAAAGAAGAAAATATATTGATAACTATAGATGTTATGAAGAAGAGGGTATTTCTAGTTTTGTACTAAAAATCAATTG 1841 GATGAACTAAATCCAAAACATGACACTGTAGGCAGCAGTTTTAAGTCTTATTTTTACTGTTTATATATTTGAATGCTGCT 1921 ACAACAGATGATCTTCATCCCTGAAGTTTTCAGCTAAACTTGGTTTCCTAGAATAGACTGTTAACTTTCAAAATTTTTAT 2001 TGGTGAAATGGAAATACTGTTTTTCCTTGTGAATGAATTTTCATATTTGTAAGTGCTAAGTTTATAATTCAGGTTTGATC 2081 AAGGTGTGAATAACTGAAGAAAATAACTTGCTGGCTATATAGGAAAATGCTGTGGAAATGAACTGTGTATATACTTCTGG 2161 GAGGAACAAATTTAATCATTTCTTCTGTTAAGCACTAATCAGTATAGTGCAACTCCTGGTTCTGTACTGTATTTTATATG 2241 CAACATATATGCTTTAATATTTTAATGTTTGTGCATTAATATTTTCAATTTGTTTAACCACTTTGCTGCTAAGATTTTGC 2321 CGTCCCATTCCCATTTTTTCCTTTACAATTTTAAACAAGTTTCTTCATTAAAAACTATGGTGATGAAATGGTTTTTATTT 2401 TACCTTGGATCTTTATAGTTAACATACCCAGTTTCTTAATCAGTCTACAAGACTAACTGATGATATAATGTTCTCTGAAT 2481 CCCTATATGGAAATTTTCTTTTGAGTAAATGAGAATTCCTTTGTGAAAGCAAATGGGTAGTTTAAATCACTGATTCTTAA 2561 ACATGTGTATAGGCACCTTCAGGAACATTTTCTCATTCTCTGTACAGATTCGGCACTGCCAATTGGCTTTTCCTCTAAAA 2641 CTTTTCTTTGTTTTTATCTGATATAAGCAGATGGCTCAAGACAACTGCTTGAGTAATAGTATTGAAAATGGAATCATCTA 2721 GACGGCATGACAAGCAAGACTGGTCTGATGAACTTGTTCAGAATTGATAATTCTTAAATATTTCTCTTGGCTTCAAAAGG 2801 GACATCATTTGATTTCTGAAGAAGTATGTCGTGTGGAGCTTCAGCACCACCTACTGGATGATTTCCAGGCCAGAGACATG 2881 AGATGGCAATAGGGATCTGACAGGGTTCATCACTACTACCATTAAAGGGCTATTTATGTGGTGACCACCTCTACCAGGGA 2961 AACCAGGAATAAGAACTGTCTCAAAGGAATTGTAAAATGGTTATTTACCTAATGTGTCTTGTTGGCTTGCTGAAAGATTT 3041 TAAGCACTTTTTTCTTACATATCCTGTTTTAAAATATTTGTTGATATTTGGGACTGGCAATCAAACTTAATGGATGTACT 3121 GAGGCATTTATAGAACCAGTTGCTTTAACTCTCAAAAGCCATTACCAAAATGGTATTTTTTTCCTCCTTCCGCCAGTCAG 3201 GGAGAATTTTTAAAAATAATAATCAAAACATGAAAAAACATAATCACACCTGTATTTTATCATGACAGCTTCAGAGAGTG 3281 TGTGTGTACGTTTTTCTCTCTTTTATTTGAGACGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCTC 3361 AGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCC 3441 ACCACCATGCCCAGCTAAGTTTTGGTATTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTG 3521 ACCTTAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACTGCGCCCAGCCGTGTGTATG 3601 TTTCTGAAATGATGATGGGGTGGGGTTAAAATCTAAAGGGAAAAACTTGAAACTACCTATTTTCATTGGTTATTCAGCAG 3681 TGCCTAAAATGAGCTTTTGAAGTAATGTAAATGCACTTTCAATTCATGTGTATAGTGCCATCTGATATCTTGGGTAAGTC 3761 TTGCTTTTTCTTTTCTTTTTCCTCTCCCCTGCCCCCTTAATTAAATGGCACGGAAATGTTTCTTAATATGCACGTGAGTC 3841 TCCAGAGTACAGGAAATGTGCTTTCCTCTAAATGGTCAATGTAAAGAATCTTAAGGATATTTCTTGTGTTGAAATTTACA 3921 TTCGATTTTGTGATTACACTTGGAAGTATGTGTTAAATTGGGTTTTTAATTGTAGCCCAAAGGTGCATTAAGCAAGTGTA 4001 ACATTTTTTCCACATAAAACTTAGAAAACTTTAGTTACCTGAAAAGCAAGGATTCTTTACTAATTATTATGCTCATTCTT 4081 GATTTGACTTCCATGTTCACACTTCAAAGTGTAAGAGGAAGCACTAGAAACTGGCATTATTGTTGCACTAAAAAAGTCTA 4161 TAAATCATAATAGCACCATGAGGTGTTTTGCAATGAGACAAACATGAAGAATGAATTTCTTTAAGAGAGAAACACAACCG 4241 GAGGTGATTTATATAAACCAAAAGAAAAAAAAAGGCTTTAAGGTATTAGGTACTGTTTGCCTAGCAGCCAGGTGGTTATA 4321 AAAGATTCATATGCTTTGGTACACTGATAAATGTTAGCCATTATTCCTGAAAGCTTCTTAAATTGCATCAGTTGTTTTGA 4401 AATTTTTTCAAGAATAAACTAGTTGAAAAGTCTTTGTATTAAAAATACACATAGATTTTTGTGAACATTTCCAGTGTGTA 4481 GTGTCGTTTGCTTTCTATTTCTGACCTCAAAAGTGCCTCACTTGTATATTATTTCCATTAAAAGCTTGACTGCATTCTTT 4561 CTAATGAACAATGAAAAACTGTTTAACTCATGTCATAATGTGTCTCCTCAGATATAGTTAACTAGCTTGATAGTTTTGAG 4641 TATATAATGTAAATAATACATTATAAGTTTGTAACCATTTCTGTTACTTCATACCCGTGTAATTGGACATAGCAGATGAT 4721 TATCATAAGAATTTGTTTTAATGGTTTTTTTCCCTCCTGGAATTACCTGATTAAACCTGTCATGAATTATAAAAGGACTT 4801 TTTCTTATTCTCCTAGAGCTTATCAAATTATCACATAAGAGATAATTACTGGAGGAGAAAGTAAAAATGGAAGCTTTTGA 4881 TAATTAGCTCTGTTCTTTAAAAGTATACTTTTAAACTGAAAGTTCACATATAGTTCATCTTAATAACATATTTATTCATC 4961 CTTAATTGTATTCAGATTTTTTTTTAAGTCTCTAAGCTAATAATGTTATATTTATTGGTTTGGTAACATGTTGCAGCTAA 5041 GCTAATGACCTTAAGTGGCAATTGTTTAACCCAGGACTACTGATTTTTTTATATTCAAGTCAGTTTCATCGTTTTACTTA 5121 ACTCGCCATATAACCAAAAATAACGAATAATCTAAAGGAAAGGTTATTAGGACAGTAATAAAAAATTATAGTGTATCTCA 5201 ACACTAGAATAAGTTGGATTACTATATTATAGTTTATTTGAAAAATCAAGGAGTAACTGTATCTTTACCATTAATTATGA 5281 AATGTAGTCTCATGTGCTTATTTACAGGTTTTTCAGAATTTGCTTTACATTCTTCACATCAAGTTAATACCCACAAGTAA 5361 GTAGAATAGCTTTTATAACAAGGAAATTGAAACTAGGGTTCTAGCTTGGCTATCAATATAAGTGTCATGCACATAGTGCT 5441 CCTTAAAGAAAAAGACATCGACATCAATGGTATGAAAGCTGTAGTCACTCTTTAAATTGAACTGCTCTAAGATTTGCAGT 5521 TTTAGTGAGATCTGAAATGATGGTTCAAAAAATACATTCATAATAAAAGTCTTAACAAAATCACA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BCBL-1 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1015448. RNA binding protein: AGO2. Condition:BCBL-1 mRNA
... - Haecker I; Gay LA; Yang Y; Hu J; Morse AM; et al., 2012, PLoS pathogens. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Haecker I; Gay LA; Yang Y; Hu J; Morse AM; et al. - PLoS pathogens, 2012
KSHV is the etiological agent of Kaposi's sarcoma (KS), primary effusion lymphoma (PEL), and a subset of multicentricCastleman's disease (MCD). The fact that KSHV-encoded miRNAs are readily detectable in all KSHV-associated tumors suggests a potential role in viral pathogenesis and tumorigenesis. MiRNA-mediated regulation of gene expression is a complex network with each miRNA having many potential targets, and to date only few KSHV miRNA targets have been experimentally determined. A detailed understanding of KSHV miRNA functions requires high-through putribonomics to globally analyze putative miRNA targets in a cell type-specific manner. We performed Ago HITS-CLIP to identify viral and cellular miRNAs and their cognate targets in two latently KSHV-infected PEL cell lines. Ago HITS-CLIP recovered 1170 and 950 cellular KSHV miRNA targets from BCBL-1 and BC-3, respectively. Importantly, enriched clusters contained KSHV miRNA seed matches in the 3'UTRs of numerous well characterized targets, among them THBS1, BACH1, and C/EBPbeta. KSHV miRNA targets were strongly enriched for genes involved in multiple pathways central for KSHV biology, such as apoptosis, cell cycle regulation, lymphocyte proliferation, and immune evasion, thus further supporting a role in KSHV pathogenesis and potentially tumorigenesis. A limited number of viral transcripts were also enriched by HITS-CLIP including vIL-6 expressed only in a subset of PEL cells during latency. Interestingly, Ago HITS-CLIP revealed extremely high levels of Ago-associated KSHV miRNAs especially in BC-3 cells where more than 70% of all miRNAs are of viral origin. This suggests that in addition to seed match-specific targeting of cellular genes, KSHV miRNAs may also function by hijacking RISCs, thereby contributing to a global de-repression of cellular gene expression due to the loss of regulation by human miRNAs. In summary, we provide an extensive list of cellular and viral miRNA targets representing an important resource to decipher KSHV miRNA function.
LinkOut: [PMID: 22927820]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | ACGUUUUUCUCUCUUUUAUUUGAGACGGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACCAUGCCCAGCUAAGUUUUGGUAUUUUAGUAGAGAUGGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | UUUGAGACGGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | AAUCACACCUGUAUUUUAUCAUGACAGCUUCAGAGAGUGUGUGUGUACGUUUUUCUCUCUUUUAUUUGAGACGGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCCACCACCAUGCCCAGCUAAGUUUUGGUAUUUUAGUAGAGAUGGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | CCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | UCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_152594 | 3UTR | UGAGACGGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1015448 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BCBL-1 / BCBL-1 mRNA |
Location of target site | ENST00000299084.4 | 3UTR | AGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22927820 / GSE41357 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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118 hsa-miR-3160-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066658 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT075318 | SF3B3 | splicing factor 3b subunit 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT077083 | EIF1 | eukaryotic translation initiation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT100381 | HSPA1B | heat shock protein family A (Hsp70) member 1B | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT135259 | TMBIM6 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT184913 | ZNF268 | zinc finger protein 268 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT218862 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446580 | FPR2 | formyl peptide receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448834 | FGD4 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT449455 | RNF13 | ring finger protein 13 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452284 | CARD8 | caspase recruitment domain family member 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452628 | FAM162A | family with sequence similarity 162 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453454 | GLG1 | golgi glycoprotein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454188 | AP1S3 | adaptor related protein complex 1 sigma 3 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT454434 | GTF2F1 | general transcription factor IIF subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454575 | NT5DC3 | 5'-nucleotidase domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455555 | TRAF1 | TNF receptor associated factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT455841 | MPL | MPL proto-oncogene, thrombopoietin receptor | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT455969 | BCAS4 | breast carcinoma amplified sequence 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT456805 | SIGLEC14 | sialic acid binding Ig like lectin 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457320 | DUSP19 | dual specificity phosphatase 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457366 | POFUT2 | protein O-fucosyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT457684 | ZNF587 | zinc finger protein 587 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458158 | LYRM4 | LYR motif containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT458641 | SGPP2 | sphingosine-1-phosphate phosphatase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459134 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459153 | NARF | nuclear prelamin A recognition factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460460 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460974 | STK17B | serine/threonine kinase 17b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461439 | ACSBG1 | acyl-CoA synthetase bubblegum family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461507 | NEDD4L | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462490 | GSR | glutathione-disulfide reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462638 | PHF5A | PHD finger protein 5A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463279 | ZFX | zinc finger protein, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463360 | ZFAND4 | zinc finger AN1-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465777 | TMOD3 | tropomodulin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466143 | TMEM120B | transmembrane protein 120B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468401 | SETD3 | SET domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468998 | RNPS1 | RNA binding protein with serine rich domain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471574 | PARD6B | par-6 family cell polarity regulator beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472108 | NME2 | NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472125 | NME1-NME2 | NME1-NME2 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473020 | MRPS14 | mitochondrial ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473083 | MORN4 | MORN repeat containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475598 | HMGB2 | high mobility group box 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT475937 | GXYLT2 | glucoside xylosyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT476117 | GPR157 | G protein-coupled receptor 157 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476406 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478003 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487969 | IQSEC2 | IQ motif and Sec7 domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489418 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491522 | IL10RA | interleukin 10 receptor subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492673 | PLEC | plectin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493545 | ICOSLG | inducible T-cell costimulator ligand | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT513085 | USP9X | ubiquitin specific peptidase 9, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514009 | CECR2 | CECR2, histone acetyl-lysine reader | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516683 | ZNF860 | zinc finger protein 860 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT518392 | ZNF250 | zinc finger protein 250 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT522683 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT524488 | CEP97 | centrosomal protein 97 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527457 | CLEC12B | C-type lectin domain family 12 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527705 | IL17REL | interleukin 17 receptor E like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531647 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532381 | UMPS | uridine monophosphate synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532588 | MTHFD1 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, cyclohydrolase and formyltetrahydrofolate synthetase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533555 | TPM4 | tropomyosin 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548371 | ENTPD5 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT550250 | PVR | poliovirus receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552555 | ZFP36L2 | ZFP36 ring finger protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT554113 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554131 | SMARCA5 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561344 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561638 | RUNX3 | runt related transcription factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566497 | PBX2P1 | PBX homeobox 2 pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570583 | OTUD7B | OTU deubiquitinase 7B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572731 | MCTS1 | MCTS1, re-initiation and release factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574041 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575231 | Fut1 | fucosyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT606811 | BICD2 | BICD cargo adaptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621016 | CLSTN3 | calsyntenin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637852 | PDCL3 | phosducin like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT640477 | ZNF557 | zinc finger protein 557 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642827 | LINC00346 | long intergenic non-protein coding RNA 346 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643887 | IMP4 | IMP4, U3 small nucleolar ribonucleoprotein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT664874 | PCNXL2 | pecanex homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680528 | PRIM2 | DNA primase subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680648 | KIAA1456 | KIAA1456 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680807 | ZNF578 | zinc finger protein 578 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT680921 | STX2 | syntaxin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681112 | CEP57L1 | centrosomal protein 57 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681147 | INTS7 | integrator complex subunit 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT681966 | TFCP2 | transcription factor CP2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684316 | GTF3C4 | general transcription factor IIIC subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684906 | GSG2 | histone H3 associated protein kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT685499 | MED16 | mediator complex subunit 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT685929 | MOCS3 | molybdenum cofactor synthesis 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT686875 | SLC25A32 | solute carrier family 25 member 32 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT688204 | FNIP1 | folliculin interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT688791 | CCNB1 | cyclin B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689227 | RPS19 | ribosomal protein S19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690470 | ZNF33A | zinc finger protein 33A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT691982 | PLCXD1 | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694006 | PPIL4 | peptidylprolyl isomerase like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694529 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695420 | ADH5 | alcohol dehydrogenase 5 (class III), chi polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695784 | HSD17B12 | hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697799 | UBXN2A | UBX domain protein 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698275 | TMEM2 | transmembrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698317 | TMEM136 | transmembrane protein 136 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699971 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700717 | PNO1 | partner of NOB1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701721 | MTMR12 | myotubularin related protein 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701879 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702959 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706178 | ZNF716 | zinc finger protein 716 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706463 | SPRED1 | sprouty related EVH1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718154 | TTC33 | tetratricopeptide repeat domain 33 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718711 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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