pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4708 |
Genomic Coordinates | chr14: 65335117 - 65335183 |
Description | Homo sapiens miR-4708 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4708-5p | ||||||||||||
Sequence | 9| AGAGAUGCCGCCUUGCUCCUU |29 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RRP7A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BK126B4.3, CGI-96, Rrp7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ribosomal RNA processing 7 homolog A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RRP7A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RRP7A (miRNA target sites are highlighted) |
>RRP7A|NM_015703|3'UTR 1 GCTGTGAGAGCCGCAGTGAATGGCTGGAGGTGCAGGGCCAGGAGGAGGCGAGGCAGGGCCTGCAGCGGTCTCTGAGAGGC 81 CGAGCTCTGGCCAACGGGCCCCAGGTTGAAGGCCACCGCGTCCAACAGCCCCATCAGAGTCCACACAGGCCAGGAGGGAA 161 GGACCAGGCCACCCCTCGGGTCTTGTGCTTCAGCAGTCCTGGGGACCCAGGCGTGCCGAGAGGAGGACTTGTCCTTCCTG 241 CTTCTTGCCTCCACACCCTCCTCTCCAGGACCCTGGATGAATCCGTTCTGTGCTTCCTTTTCCCTCAATGCAAAAGCCCT 321 TGCTGGCAACGAAAAAGCCTCAAAAGCAGTGAGAATACAAGAACCTTTTATTTTCCATCCAGTTGGGCAGCAGGGAAAGG 401 CTAGGTGGGCCCAGCCCGCCCTTCCTTCCTCCAGCTGGCTGGAGATTATTAGCCAGGAGACAGCAGCCCTGGAACCCAGA 481 CTCTGTCTCCCCCTTGAGGTCACAGATGTTGAAGTTGGAATCTCGCTCCTTCCCCTGACTACCATCCTAGGCTGGGCCTC 561 AAGACTAGTGAGGCCTGTCCCCACCATCCCTGGCCTTGTTGTGGGGCTCAGGAACTCAGAGTCCCAGTGTTGAGTCTGGG 641 AGCACTAGGTCTTCATAGTTCCAGGCCCAGAGCTACAGCTGGGCTGGGAGCGTGTGTGTGCACTGTAAGAAGGAGCTGAT 721 GATACTGGCCACGTGCTGGGGTTCGCTCATGTGGACACAGTGATTGCCTGGGACTTCCACAAACTGGAACCGCTGGAGAG 801 GGGAGGGGGTGGGTAGTGAGATGTGGCCAGAGGAGCCTAGGGAGCTCCATGGGCCCCGGGGTCAGGGCCCTCCCACAGCA 881 TTCCAGCTCCCTGCAGGTCAGGAGCGCCTCCCACAGTGAGTTTCCCCCACACTCGGCTCCTTGGAGCCCCGACAGTCCAT 961 AGCACCCCAGGAGATGTCTAACCTTAGGGACTTGGAGGCCTCCCAGGGGTCTAGGCCAGCTGAGTTGTGAAGTTGCATGG 1041 CAGGGACAGGGCAGGGCCGAGGCCAGGGTTGCTGTGATTGTATCCGAAGTAGTCCTCGTGAGAAAAGATAATGAGATGAC 1121 GTGAGCAGCCTGCAGACTTGTGTCTGCCTTCAAGAAGCCAGACAGGAAGGCCCTGCCTGCCTTGGCTCTGACCTGGCGGC 1201 CAGCCAGCCAGCCACAGGTGGGCTTCTTCCTTTTGTGGTGACAACGCCAAGAAAACTGCAGAGGCCCCAGGGTCAGGTGT 1281 AAGTGGGTAGGTGACCATAAAACACCAGGTGCTCCCAGGAACCCGGGCAAAGGCCATCCCCACCTACAGCCAGCATGCCC 1361 ACTGGCGTGATGGGTGCAGAGGGATGAGGCAGCCAGGTGTTCTGCTGTGGTTTGGGAGCCTATAAAGTGAGACTAGGCTG 1441 GGCATGGTGGCTCCCATCTGCAAAACCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGGATCGCCTGAGGTCAGGAGTTTGAGAC 1521 CAGCCTGGCCAACATGGTGAACCCCCATCTCTTAAAAATATAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCC 1601 AGCTACTCAGGAGGCTGAGGCACGAGAGTCGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTACAGTAAGCTGAGATCTTCCCACTGC 1681 ACTCCAGCCTGAGCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGTGTGACTATTAGCTGGGCATGATGGCATG 1761 CGCCTGTAGTGCCACCTACTCAGGTGGCTGAGGTGGGAGGATCATTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTATG 1841 ACTGAGCCTGAGCAACAGAATGAGACCCTGTCTCTCAAAAAATGTGGGACTGTCTCTGGCAGTTGGGTCACCTAATTGTG 1921 CCTGGCCCCAAGAAGGAGGGGTGGGTACTTGAGGATGGTAAAGAACCTCCCCACCAAAGGTCTCTGTTTCTTAAATTCTG 2001 ATTACATGTGTCCCCAGGCCTCTAGGGACTGATCACTGGAGCATGAGGCCTGATAGATCCTGGTGGTCACTTGTTGGGCC 2081 TGGGGGCAGACCAGGGGTCTTTCCCAGTGCATGAGAAGAGATGGGTGAGGTGGGACCAGAGTGGGCGACAGTGGCTGGAC 2161 ACCAGCTGCCTGAGCCCCGCCTTACCTCTTTGAGGGTGGATTTCATTGTGTCTATCATGAACGACAGGGACTCCTTGTCA 2241 GAGTAATTCTCTCTTGGATCAAAATATCCGTGGACTGCTCTGGAAAGTGAGGAGTTGGGGGTTGTTGGGGTTCATCTTAG 2321 AACCGCCTCCCAGCGGTGCCCCCATCCTGCCCTGGGTTCAGGCCTCTGAGGAGAAACCAAAGCCTGGGCTACCCCAACTC 2401 CCACAGCTGGGTCCCTTGACCCTGGGTTGGATTTGAGGCTCAGTTAATCTCAGCTCACGCTCAGCTGGCACAAGCCAGGC 2481 GCAAGCAAGTGCTGAAGGCACAGCCTTGCTGGGGCGCAGGGAGTTCAGGACTTGGTCACAGTCAGCCCTGAACAGCAGAG 2561 CTGGGATCTGAACAGGCGCTGGAGCCCACACTTGCTCTGAGAGAGAATTTATGTCTTCACAATCCTCCCATTGAAAGTCT 2641 ACAATCCTGGCCGGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAG 2721 GAGATGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTGTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGGGT 2801 GCCTGTAGTCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGACCTTGCAGTGAGCTGAGA 2881 TTGCACCACTACACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTACAATCCCGTG 2961 GTTTTTAATACATTGAGTTGTGAGACCATCGTCACAATTACATTTTCATCACCCCCAAAGAAATCGCAAACCTCTGAGCT 3041 TACACACACACACACACACCCCACCCCCCCACCCCCAACAGGCTTCCGGTCCTGAGCAACCATGACCTGGCTTTGTCTCT 3121 GCCGTGTGTCCTATTTGGACTTGAACGTGAATGCAGCCATACAACACGTAGACGGTTGTGTCTGACTTCATCCACTTAGT 3201 GCGATGTTTTCAAGGCTCATCCATGCTGGAGCCCATGTCAGTGCTTCGTTTCTTTTTATGGCTTAAAAATCGTCTATGGT 3281 GGGCCACGCACGGTGGCTCTCGCCTGTAATCCCAACACTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCATGAGGTCAGGAGATGGAG 3361 AGCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATAAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAG 3441 TCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGTCGAGACTGGGCTC 3521 ACTGGTTATGGAGCCTTACCTGGGCATGCCCCCCGCTGACACCTGTGGAAAGGCATGGGACAGCCCCGGCCCATCCCCTG 3601 CTGCCTGAGCCCTCCCCTCCTCTGACCTTCCTCCTTCCATGACCCTGCTGCCAGGGGGGCTTCCCAAAAAAGATCTTGAG 3681 TCTTAGCGATGTGGTCGACACGCAGAGAACTTGGAGCCTCATGCCAGGGCCCCCTCCCAGAGATTCCTGGCGCCCATGTC 3761 TCCTTGGGGGGTGACTGAAGGGGATGGGTCCAGACTCACTTGATCAACAGGACATGGGCCTGCAGCTTCCTGATGGAATG 3841 CGCACACAGCTCCCTGCTGACGAAGTCAATGCTGTTCTCTGCCTGCAGAGACAAAAACATGGTGAATTCTCGTCACAAGG 3921 CACAGGCACTCTCGTGGGCACGAAACCCATCTCTGTTGGGGTGGCTAAGCCCTGGCGAGGGCACCTTAGCCACCCACCCT 4001 GGGTCTGAGCCCAGGACCCCACATCACTGCCTCATCGAAGGCTCTTTAGCCCCTGGTGGCCAGAGACTCCTGCCCTCTCC 4081 AAGTCTGTTCTCCCCTCTTCCTGGGCTCGTGGCTACCCAGCCTGACTCCATTTCCAATACTCCTTTGCCACCAGGTATGG 4161 CTGTGTGATTAAAGTCAGAGAAGTGAGTTGGGCCACTTTTGGGCCTGGATTTTAGGACTTAGGTGTGGCCCTTCCACACC 4241 CCTTTCCCAGTCCATAGGCTGCACCTCACGCTGTCCCCTGCCAGCCTGGGACAGGCTTCTTGCCAGGAGAAAGAAACTTG 4321 CTGGGACCACAGTGCAGGATGGGCACTCCGTGATGGCCCCAGCCAGCCTCCTCCGCGGCCCTGCCTGCCCTGTCTTGTGA 4401 CTGTTTTACGTCTGGATGGCGGGGATGTGGCCAGCTTGAGTGAGATGTGCTGTAGGTGTGACACGAAGCTGGATTTGGAA 4481 AACAGCATGCAAAATAATGCAATCAAGCTTTATGTTGATTACATCTTAAATCACATTGTGGATGTTAAATAAAAATATGA 4561 GAAGAATTTATAGAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 27341.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | Cardiac Tissues | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM2202476. RNA binding protein: AGO2. Condition:S1_LV_54yo_Male_AGO2_bound_RNA
... - Spengler RM; Zhang X; Cheng C; McLendon JM; et al., 2016, Nucleic acids research. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
Elucidation of transcriptome-wide microRNA binding sites in human cardiac tissues by Ago2 HITS-CLIP.
- Spengler RM; Zhang X; Cheng C; McLendon JM; et al.- Nucleic acids research, 2016
MicroRNAs (miRs) have emerged as key biological effectors in human health and disease. These small noncoding RNAs are incorporated into Argonaute (Ago) proteins, where they direct post-transcriptional gene silencing via base-pairing with target transcripts. Although miRs have become intriguing biological entities and attractive therapeutic targets, the translational impacts of miR research remain limited by a paucity of empirical miR targeting data, particularly in human primary tissues. Here, to improve our understanding of the diverse roles miRs play in cardiovascular function and disease, we applied high-throughput methods to globally profile miR:target interactions in human heart tissues. We deciphered Ago2:RNA interactions using crosslinking immunoprecipitation coupled with high-throughput sequencing (HITS-CLIP) to generate the first transcriptome-wide map of miR targeting events in human myocardium, detecting 4000 cardiac Ago2 binding sites across >2200 target transcripts. Our initial exploration of this interactome revealed an abundance of miR target sites in gene coding regions, including several sites pointing to new miR-29 functions in regulating cardiomyocyte calcium, growth and metabolism. Also, we uncovered several clinically-relevant interactions involving common genetic variants that alter miR targeting events in cardiomyopathy-associated genes. Overall, these data provide a critical resource for bolstering translational miR research in heart, and likely beyond.
LinkOut: [PMID: 27418678]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903829 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_a |
Location of target site | NM_015703 | 3UTR | CGACAGAGCCAGACUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903830 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_b |
Location of target site | NM_015703 | 3UTR | CACCACUACACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCCAGACUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903831 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_a |
Location of target site | NM_015703 | 3UTR | CUCCAGCCUGGGCGACAGAGCCAGACUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_015703 | 3UTR | GAUUGCACCACUACACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCCAGACUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_015703 | 3UTR | UGAGCUGAGAUUGCACCACUACACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCCAGACUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000323013.6 | 3UTR | GACAGAGCCAGACUCCAUCUCAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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94 hsa-miR-4708-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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![]() |
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MIRT095681 | RBM27 | RNA binding motif protein 27 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT104033 | USP42 | ubiquitin specific peptidase 42 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT114773 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT246923 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT392569 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443949 | LRIT3 | leucine rich repeat, Ig-like and transmembrane domains 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446695 | PAPPA | pappalysin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447383 | VOPP1 | vesicular, overexpressed in cancer, prosurvival protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449321 | FAM120AOS | family with sequence similarity 120A opposite strand | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449717 | C1orf61 | chromosome 1 open reading frame 61 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449738 | TAB2 | TGF-beta activated kinase 1/MAP3K7 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450531 | PGLS | 6-phosphogluconolactonase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455650 | YARS | tyrosyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458036 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463468 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466677 | TAF1D | TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT467789 | SLC2A14 | solute carrier family 2 member 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468167 | SGPL1 | sphingosine-1-phosphate lyase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468652 | SECISBP2L | SECIS binding protein 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469380 | RER1 | retention in endoplasmic reticulum sorting receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470346 | PPP2R5E | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472418 | NCKAP1 | NCK associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474612 | KLF3 | Kruppel like factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478703 | CSRNP2 | cysteine and serine rich nuclear protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481008 | BBC3 | BCL2 binding component 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483098 | TFPI | tissue factor pathway inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485113 | SHISA6 | shisa family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497533 | ZNF607 | zinc finger protein 607 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500644 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT500890 | STRN | striatin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501900 | MED13 | mediator complex subunit 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506646 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512675 | ENO4 | enolase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516977 | OR7D2 | olfactory receptor family 7 subfamily D member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528754 | RPS27 | ribosomal protein S27 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT539670 | ZBTB44 | zinc finger and BTB domain containing 44 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544129 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546382 | STOX2 | storkhead box 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT562143 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568713 | TMEM30B | transmembrane protein 30B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571029 | CENPP | centromere protein P | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT572781 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT573162 | SLC30A9 | solute carrier family 30 member 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT609126 | NUDT3 | nudix hydrolase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT609284 | OAS3 | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613430 | GALNT6 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613770 | TTC38 | tetratricopeptide repeat domain 38 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT616645 | LRAT | lecithin retinol acyltransferase | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT630892 | SLC25A33 | solute carrier family 25 member 33 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT636526 | FAXC | failed axon connections homolog | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT641394 | NUBPL | nucleotide binding protein like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT641412 | SCN2B | sodium voltage-gated channel beta subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT642528 | CERS4 | ceramide synthase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643186 | HYPK | huntingtin interacting protein K | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT647800 | FRMD8 | FERM domain containing 8 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT652150 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT652602 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT661606 | C2orf15 | chromosome 2 open reading frame 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT666339 | SKAP2 | src kinase associated phosphoprotein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT670414 | ELP2 | elongator acetyltransferase complex subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT671122 | ZNF573 | zinc finger protein 573 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT671155 | ANKRD9 | ankyrin repeat domain 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT671338 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT671869 | ZNF429 | zinc finger protein 429 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT671974 | IKZF3 | IKAROS family zinc finger 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672064 | KIAA0930 | KIAA0930 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672654 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT672673 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672771 | UBE2V2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672929 | LRRC2 | leucine rich repeat containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673159 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673272 | RUNDC1 | RUN domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673332 | THAP1 | THAP domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673351 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673667 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT673904 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT674096 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT674401 | MYCBP | MYC binding protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT674525 | PRR23A | proline rich 23A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT674793 | NPR1 | natriuretic peptide receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT674833 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT675066 | FGD6 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT675080 | CCR6 | C-C motif chemokine receptor 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT675126 | FSD2 | fibronectin type III and SPRY domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT679401 | IL10RB | interleukin 10 receptor subunit beta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT689229 | RPS19 | ribosomal protein S19 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT694008 | PPIL4 | peptidylprolyl isomerase like 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT699671 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT706213 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT706548 | GJD2 | gap junction protein delta 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT707418 | RRP7A | ribosomal RNA processing 7 homolog A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT710648 | GLUL | glutamate-ammonia ligase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT719393 | NPCA1 | Nasopharyngeal carcinoma 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT720166 | PNPO | pyridoxamine 5'-phosphate oxidase | ![]() |
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2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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