pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-548t |
Genomic Coordinates | chr4: 173268160 - 173268233 |
Description | Homo sapiens miR-548t stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-548t-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 46| AAAAACCACAAUUACUUUUGCACCA |70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GK5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glycerol kinase 5 (putative) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001039547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GK5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GK5 (miRNA target sites are highlighted) |
>GK5|NM_001039547|3'UTR 1 CACTAAATGAAATGATCAAAACCATAGGTAGCTGGTTTATGTGACGTGCAGATGAGATGAAGCTCAGGGATAACCCATAT 81 GACAATGACTAAGAGGAGAAAATTTTAAATAAGCTTCATAACTTAAGAAGCATTGCTTTTAAAAAAACAAAACGGAACAA 161 AAAACTCTTATTTTTTTCCCCTAAACCATGGTAAGGCAGCAATACCTCAAAACTTTATATCTTCTATTTTGTAGCAAATT 241 CCAAAGGACATTAGTCATTTCCAACCACATTTTGACAGTTATGGGTCCTCTTCCTTTTTATACTGGGTCAGTGGTACATA 321 GGAACATAATGATTTACCATCCAAGCTAATAGTTCTGGGTCAAGTACCATGCACATATTGTTCCAAAATTATGTGAAACG 401 TATTTCTTTAATTCTTTAAGTGGGCTATTTGAAGTACATATAGCTAAAAAGAAAGAATAACTGAGAAAATGTGGAATTTT 481 GAAACATTAATATTTTATGTTTAAAGCCATAATTTCCTAATATTATATCCAAATATGAGCTTAATATGTCCCTCTCAGAT 561 AAGCTTATGAGATAGTTAATGCTTTCCTTTACTGGTCTTAAAGACACTGCCTTAATTTTTCCTTGTTCAACCAAAATCTG 641 AGCATTCTTTCTATGTTGAAAACACTGAAAAACTAATTTTAGTTAATGAACTAGAAAGAATATTGATTTTTAAGAAACAG 721 AAAAATACTACTTATTTTCCTTCTCAAATAACGTTTCTTTCAAAAACTTCTGGCTGAAGTATAACATGCTGGTAGTTAAC 801 ATAAATCTTGTCTTTCTCTTGTTCTTTATCTTTCTTTGTTATTTAGATGCTTGTATAAATGTCTTTTGTTTTTATTAAGT 881 GCCTAATTGACAGAGCTTAATTTGAAGAAGTGCCCTAATTTATTGACCACTTAAGAATTGCCTTTATTGGGGTATTTTAT 961 TTGTTCCTGCGTCTTTTTGATGTTTGTTCAGTCTACTCATCCCTGTGAGTATGTGTGGGGGACAGCTGATAGAAGGGAGG 1041 AGAGTGTGTCTATGCTCAGGATTGCCCTTTAGCCACTCAGCCAGAGATCCACAGGGAGCAACAAGGACAGTTTCACATGC 1121 TTAGACTTTCTTGGAAGAAACAGTGAGGAGGAGTAAGTCGTGAGTAGTGTCAAGCTGGATGTAGAATTGTCCTAAGGCAG 1201 TTGACCCCACCTTCCAACATGTTTTCACTTTATTTGCCCCTCCCTACATTTGGGTTAGGTTCCATTTGGATTTGCAGCAA 1281 TAATGACTTTATTTCTCTCTTGGTCAGGATTTGGCACATAAAATCCTTTTATTATAGAACTAGCTATTTTAGTTACATAG 1361 TAATGTAACTAATGGAGAGATTTATAGAGAATTTTGTTTTTGCTGTCATATATGTCCATTTTGGAGACAGATATGATAGA 1441 ACTAGAAATTAAGTTGCATTTCTGCAAGTGCCATTTGAATGAACTTCAAGTATCTTCTTAATTATTAAATTTTCTGATGA 1521 AGGCATTGTAACAAATATATAGTATTATTAAATCTAATTAATATTTGGAAATATTAATAAATAGGTATTTTATTTACTGT 1601 AAAAAGTCAAACTTCATTATGTAGATAAATCTTATTCTTTTCATTCTTTCCCCTGTTTACATCCTTTTTACAAAGCTTAG 1681 TCACCAATTAAAGCTTTCCTATCAAAATCACATGGAAGCTGCTCTGTTGTTTTACTGTTACACATTCTGTTTCTCAGTGG 1761 GTGTAATTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTGTAGAGACAGGGTCTTGCTGTGTTGCCCAGGGTAGTCTTTAATTCCTGGCC 1841 TCAAGTGATCCTCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGCCGTGAACCACTGCACCCAGCCAATGGGTGTAAT 1921 TTCATAGGAAATAATTCTTTTTGTCAGAATGTACTGAATTGTAATATTAATACCTGAAAATTTGTTAGTTCACTTCTTTT 2001 CCACGTTCTTCTTTCCCAACATATAACCACAAAATAAAGGATAAATACTTTGGGCTGTGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAA 2081 TCCCAGCACTTTGGCAGGCTGAAGTGGGCGGATCATTTGAGGTCAGGAGTCCAACCTGGTCAAACACGGTGAAACCCTGT 2161 CTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGATGTGGTGGTGCAAGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG 2241 AATTGCTTGAATCTGGGGGGTGGAAGTTGCAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTGTAGCCTGGGCAACAGAGCGACA 2321 CTGCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGGATCAATACTTTTCAGATAATGTTGGAAAGTAACTTTGAATGTCCCTCATCGGAA 2401 TTGAGCATCTCCTCAAGTGTCAGTGGCTATTTTTTTCTTCTGTGAATCTAAAAACTAATATTTTATTTTTAATATTTGTG 2481 GCCATTTTTAGTGATAAGACTTTAATAAATATTTTTGGACTTAACTAAAATCAGAAACATGACCACATTTGCTTTTGTGG 2561 TTGCAGAAACAGTTGATAAGATCAATTGAGCAACAAAATTGTCCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACATTGTCATG 2641 CTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCCTCTCCTGGGCTCAAGCAGTCCTCCT 2721 GCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTTCAGGTATACGTCACTACGCCCAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGG 2801 GTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGACCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATT 2881 ACAGGCGTGAGCCACCATGCCTGGCTTGTCCTTTCTGTCTTCCAAGTTTGTTTTTCATTTGTATGCTAATATTTGAAGTT 2961 TAGAAAAATTTGTGCTACTTCTCAGCATGTTTTATTTTCCCATTATAGATCTATCAGATATTTTTAGAAGGTCTGCAACT 3041 GTCTGATAAAGGAAGAGAATGTTCCTGTTCAATCTATCTTAAAGTGCTACTAATTGCTTTTATACTATAGACATACTGAT 3121 TTTTTCATCTTTTTTATCCAACCATGGCATGGTTTCCTAATCTCAGCATTGACATTTTGGACTGGATAAATCTTTATTTT 3201 GGGATGCTATGCTGTACTTTATAGGATGTTTAGCAATATCCCTGACCTCTGCCCTCTAGCTACAAGTACCATCCCCCTAG 3281 TTGTTATGGCCAAAAATGTCTTCAAACATTGCCATTCTGAGAGGCAAAATTGCCCCCAGTTGAGAGCCACTGATACAGGC 3361 TGTTAGAAGAAAATCGAAGACTCAGTGAATATAGTGTCATACTCCTTTTCTTTCTGCCTCATTTTACCTTAGGAAATGGT 3441 TGTTAGCAAAAAAATTAGTTAATCGTATCTTGAAATAAATAGGGTATCTATTTTGCTGATTAATAAAGAAAAAATAAATC 3521 TCAGCTGGGCACAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACTTCAGCTCAGGAGT 3601 TTGAGACCAGCCTGGGCAACCTGGCGAATCCCTATCTCTACAAAAAATACACAAATTAGCTGGGTGTGGTGACACACACA 3681 TATAGTCCCAGCTAATTAGGGGGCTGAGGTGGGAAGATCACTTGAGCTCCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGTTG 3761 GTGTCACTGTACTCTAGCCTGGGTGGCAAAGTGAGACCCTGTCTCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATATCTCATG 3841 CTGTAATTGTCTTCTGATGTTTTCATCCACCCAGCCCCACCTCTGCAGCCTTAATTACTGGAGTAGGTCCATGATTTCAG 3921 TGTAGGGTTAATGTATTCTGCAGATCATCTTTGATTTGACCTGCTTTTTTGCTTCCTTTTTATCTCTGAACAAAGGAGAT 4001 CATCATTCTCTTTAATCTGCCTTCTGTGTAAATCTCTACCAGACTGGAAGCTCCCTGAAAGCAGAAACTGTCTGCTTCCC 4081 CAGAACTTAGCACTGTGCTTTCATGTATGTGGGATAAATTTTTACTTTGTTAGTGCAACTTTGTTTGTACACGTTATCCT 4161 TGATATTACATACATTTGTTGATGGGGGCAATTTATATTTGTTGTGAGTAAAATACTTTTTTGTTGGATTAAGAAGAACT 4241 ATACTCTTCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGACGGATTACCTGAGGTTAGTAGCTTGAGACCAGCCTGACCAACATG 4321 GAGAAACCCCATCTCTATTAAAACTACAAAAAAATTAGCTGTGCGTTGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTAGTCAGGA 4401 GGCTGAGGCAGGAGAACCGCTTGAACCCCTGAGGCAGAGGTTGCGGTTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTG 4481 GGCAACAAGAGTTAAACTCCATTTCAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAACAAAAGAAGAACTACTCTGTAG 4561 TGAGAGCTAGAATCCTCATGTTGTTTATTTAAAATTTTTGGCCAAGTACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTG 4641 GGAGGCTGAGGCCAGAGGATCACTTGAAGCCAGGAGTTCAGTTACAGCTTGGGCAGCAAAGTGAGACCTTGTCTCTACAA 4721 AAAAATTTTTTTTAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTATGCCCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAAACCGAAGCAGGAGAATC 4801 GCTTGAACACAGGAGTTTGAGGGTGCTATGAGCTATGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGGGCAAGGCCCT 4881 GTCTTAATAAAATAAAATAAAATTCTTAATATGTTTATATATTTGAAAAACTATTTGTGTAGAGACACATGTCTGTAAAT 4961 ACACATAGATATATTAACTTTTTAAGCTTTAATTGAAGCCTTTCTCTTCACAGGTTTTATATATTTGACTGCAGATGACT 5041 AACAGATTGAATTTTAAGAGTGCGAAACACTCTGGTGCTATAGGGAAGGAACTTCATAAATAGCCCCTCCTGTAAGGGAC 5121 CAGTCTTTAATTTAAAACAGTCCAGCCCAGGAATCTTGCAAGAATTTTGTAATTATTTGAGGAGAGATGTAGATATACCC 5201 TGGAGTTCTTTGACTTTAAGTTATTCTAGAGTCATCCCAGAGATGGCCTAGAAGACTTGAATGTACCCCAAAGGATTCTG 5281 AATCCCTTTGGGAAATTTAGACTATGATTTTCAGTAAGAATTAAAAGCCCCAGGATAAGCGTGGTGGTTCACACCTGTAA 5361 TCCCAGCAATTTGTGAGGCCAAGGCGGGAGGATCGCTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTAGGCAACATAGTGAGAC 5441 CCCACCCATCTCAATTTAAAAAAAGAGAGAAAAAGGCCAGGTGTAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 5521 CCAAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGATCAATATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAAT 5601 ACAAAAATTAGCCAGTCCTGATGGCATGTGCCTGTGGTCCCAGCGACTTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACC 5681 CGGGACGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGGGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGAGAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAA 5761 AAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCCCCAAACATACCTTGGGCCTTTACAACCTACTTGGTCCCAGAAT 5841 CGTCTTATTGTAAACCCAAAGCCAGGTCTTCTGGTTCGAACCAGTCAAAATGGGTAATCTAAAAAAGTTAAATAGATGAT 5921 TCAAAATCGTGTTGGTGGTTTTTTCTTTTTAAATCCCCTTTCCAAGTAAAAGGAATCTTTTTTTTTTTTTTAAGTTTTGA 6001 AGCCTCATAGCCATAAATATTTTGGCACCAGCATCTATTGGCACCTAAGTCATTGGCTGTATCATATTCCCATGGGACCC 6081 TTGTTCCTAGAGGAATGCAGGAATGATCTTGGAGTGGGAAGGACAGAAACAGGTGCTTGCAAAATCAGATATTTCTGAAA 6161 TTCTCTGTTATTCTATTTCTACTGTCTTTCCCCACTTTACTATAAATTTGATCTGTTATAAAATGGCTGTGTTTAGATAG 6241 ATACCCGTGATGTTTAGGAAACAAATGATATAGAGACTCCCATTTAAATGAATCTTATCTTTATAAGAAACAGCCAAACT 6321 GTTTTCCAGACTGGCTATACCATCTTACATTCCCACCAGGAATGTATGAGTGATCCAGTTTCTCTGCATGCTCGCCAGCA 6401 TTTGGTGTTGTCACTATTTCTTATTTCAACCATTCTGTTTATCCTTTTCAGTGAAATATCTGTTCATATCTTTTGCCCAT 6481 TTGCCAATTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCGAGGCTGCAGTGAGATATGATCACTAAATGTTTGCTTAA 6561 TGAGCCATATCTTTAAATATCTTTTTTAAAGTTTTTAAAAGTCAGTCCAGTGGTTTATGTGATTATGTGGGATTTTTTAA 6641 ATCTTTCCAGGCAAAATGTGTATAGCATTTTGAACATATTTACACTGTACTGAGCCCAAGAGTTCTCATATTCTTTCTTT 6721 GCTCATTATAGAGTATGGTACTAATACTGTATAATAGTAAATTTTCAAAGATACCTTTATTTAGAATGTTAGAGTATACA 6801 GATATATACTTTGTACATAGTTATCATAATGTTTCTAACCTTTTTATTTAAAGCAGGCTGATTTGTGTAAAGGTTTCAGA 6881 ATGATTTTGTTAATAAGTTATTAGAAACTTTCCTATTTGTACAAGATGGTAAATGTAGATTCCAATTTGTATGCCTCAGT 6961 AAATTCATAATCTTATTTCTCTGATGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTTCTGTGATGCTCTTAATGAATTTTGCAGTTTTAT 7041 TAAATTGTCATTGAGAACCTCATAAATCATTGTTAAGATCTATACAAAAAATCAAGGATCCACAGTAATAGAATATTTTT 7121 CATCTGCATATGAATTTTTCCCTTCCCTTTTTGTCTACTTTTAGATTTAAAAAAAATTACCAGGACATTCTTATTAAATA 7201 CTATTACCTGTTTTGGTTTCTGCACATTAAGAAAGTCACAGAGAAGCCAGACACAGTGGCATGCTCTTCTATTCCCAGCT 7281 ACTCAGGAGGCTGAGGCTGGAGAATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGATATCCTGGGCAACATGGTGAAACTTGGCAAA 7361 AACAAAAACAAGGCCGGGCATGGTGGCTCACACGTGTAGTCCCAGCACTTTGGGAGGCCACGGCTGGCGGATCACGAGGT 7441 CAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGG 7521 CGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATGGCATGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGC 7601 TGAGATCGCGCCACTGCACTCCTGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAACAAAAACAACAACAAC 7681 AACAACAAAAAACAACCAGAGAAATAGCACTTGTTAACTACAATTGTGACTCTAGGTAAACTTGGGCCTTAATATGGTTA 7761 GACAAGAAGGGTTTTAGGTAACTTGCCTTTTTAGATCCTATTTAGGCTTATTAGTCTATATTCTACATTCTTGCACGATG 7841 GAAATTACTAGAGAAGTGGGATAATTCTTTGTTGTGGGGAAAATAAAATTTGTTGTGAAAATATACTGTATTTTAAAATA 7921 TTTAGAAAGATTATAAATAACTGGAGAAAAGATAATTTCATATACTAATATGATGGAATTAGCCTAGCAGATGTTAAAAA 8001 TCCTTTCTGAAAATTATAATCTAAAATTATTTGGGAAATTACAATGGAACTGAATAATCTGTACGTTGGTATATTAAAGC 8081 CATTTTTATATTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 256356.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000392993.2 | 3UTR | AUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUUACCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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168 hsa-miR-548t-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT059365 | ANP32E | acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT072839 | ARIH1 | ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT076945 | PCGF2 | polycomb group ring finger 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT083941 | TFAP2C | transcription factor AP-2 gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT085401 | ETS2 | ETS proto-oncogene 2, transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT109790 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT114046 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT130165 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT150013 | MIDN | midnolin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT181258 | ASH1L | ASH1 like histone lysine methyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT205594 | NCL | nucleolin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT222253 | ACTB | actin beta |