pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4446 |
Genomic Coordinates | chr3: 113594876 - 113594942 |
Description | Homo sapiens miR-4446 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4446-5p | ||||||
Sequence | 8| AUUUCCCUGCCAUUCCCUUGGC |29 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | RNF150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ring finger protein 150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RNF150 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RNF150 (miRNA target sites are highlighted) |
>RNF150|NM_020724|3'UTR 1 AACGACAAATCCAGAAGCAAAGAGATAGTAGGACCCAAGGGAAAGGAAGGGAAGAGTGCTCCAAGACTTGGACCAGGCAC 81 ACACACACCTCCAGATCACCTTGGCAACTCCAGGGCGCTCCGTTCAAGAATGCTGACGAAAAGCAATATCCAAAGTCTTG 161 TCAATCAGGATGCAGTTTCTCCATCGGTATGGCAGTCTGTGGCCTTGGCAGCTGGGAAGTTGAAAGCTGATTTCCACTCC 241 TATGTCCATGTAGACATACACTTCAGAAGCTCCTAAAACAGAGACTGAAAGGCCACCTTTAGGATTTCTTAGTTTCATTT 321 CAATTCTTTCCATGTCTCATCATTCTTGTTTTTGGCATGTTGTTTGATTTCTTTGGCAATTTTTTTAAAGATTATTTGTA 401 GTTTACTTTCCATCTATTCCTTTGTTTTTCCTTTGATGCACTCCAGCTTTTGTATAGGTTTCTGTTTAGAAGCACCAGTT 481 CCTGCTATGATCAGTTTGTATTCCATCTCTGAGATATGTGGTCTTGACCTCCCAGCATGAAGTGTGCATGGCTTTGAGAA 561 GTGCCTCAGCACCCTGAAATGGACTAAGGCCAGCTTTCATTAAGAATCTAAGTTCTTCTAAGTGGGCCTTTAAAAACCCC 641 AGCTGCCAGAGACCCCAACACTAAGCCCTAAATCTGCTGAGGCCACTGCTGGTTATTTTAAGCCACATCACACTTGCTTC 721 CACTTGCCGGGCTTGATTAAGGGCCCACGTGACATGAGAAGGGAGCTCTAGGGAAGCCGTTTCATTCTTCTGGGTCTTAC 801 AGTCTTTGGCTGAAATTCTGAACTCAGAAGTCCCCTCCAAGGCATCCAGTCTTTGGTGGTTGTAGGGCTGGTTTTAAAAC 881 CAGATACCACATTTTCTTCCTATTGAAAACAAAATGCCAGTTGCATTGGTTTCCCCTGGGCTAGAACAGTTTTTTTCTTA 961 CCTCTGTAAGTGGGTTCTGTAAAAAATGGAGGCTTTAGAGAAAAGCCAATCATTTTTAAGTCCAATGGCAAACATAGTGG 1041 GGGCTGCAGTAGCACCTAGCTTTTACCTTAATTTCGACACACTTCTGTTGAATCTCACCAGACCATGTGGGAGGATTTAG 1121 GTGAATCCCTAGCAGATTGCTTCCCAGGGCTCCCTGAGTGTGTCCAGATACCAAGTGAGGAATGAGGTGTGATTTGCTGT 1201 ATCATTTGAACCAAAAAGTATGCAGCATGAGAATTTGCTAGATCGTTTATCCTGACTGAAATAGACAAAGTAAGAGGGAA 1281 AGGAAAAGAGGTATCAAGTAAATACTGAAACCCAATGGTGTTTTTAAACTGTTTCTGTTTTTATTCATCTTTTGTAACTA 1361 TGACAGAAATGTGCTATTTTTTCAGTGGGCAATTTTGTAATATATTCAGACTATCCAGATACAGAGATGACTAAGGTCAT 1441 TGATAGCGTCTCTGAACAATCAGACGGATCACCTTATCTCTACACAGCTGGCAAACACCAGGCTGCGGCTTGGATTAACC 1521 AGGAAAGAAAGCTTTTCTCACTGAGTTGTTTTTATGTATTGATGGGGACTTTTCCACCTCATTAGACTAATACTCATTCA 1601 AAAAGAGTTTGGTTCTGCTGTAAATCCTTGCCGCCTGCTGAAACATGGTGTGCAGGTCAACGGAGAATACTAGCTGCTCC 1681 TTTTTCACCACCTTTACCAATTTCCTATTTGATGGTTTGTAAGTAGACAGTAAGGCAAGGCAGATGATTATTACCCTCAG 1761 AAAGGTTGCATCTCCCTAGGAGTCCAATGCTTCCTGTAATGAAATCCACTCTCTATGTGTGGGAAAAGAGGCAGGGAGGA 1841 ATGAAGAGAGCTCTGAATCGAGAATCCTAGATGAACCACACGCTTTACTAAGCCTCGGCTTCTTCATCTATAATGTGAAG 1921 GGTTTAATAACATGAGTCCCCAAGCTCCTCTGGCTGTGGGACCACAGATGAGTCTTTCAGAGGCAGGATCCATTTTTGCA 2001 GATAGCTATGACTTGTGGCAATCAGGCTTCGTAGCTTGGGGAGGTAGAGTTACTTGACATGTATCATGTAATAACAGCCT 2081 TTGAGACTTGGCACAACTATGGTGCTGAGAATGAAAATCTAAATGATTGAAGTTTTAAGTCCAAGTAGGAGTTGGTTTGT 2161 TTTGCCTTGTTTAAAAATTGCTGTTAGTCACAGAGTTTGCAATCTCTGGATACCTTCAAATCCTAGCTCTCACTGTGGGA 2241 TTCTTGATCTCAGAGGTGTTTATTTTTCACAGTCAGCATAGGCTTGCGCCACTGACTCCTCCTTCAGTCGGCTTTGCCCA 2321 AAACAAATTTTAGTATTACTGGTATTAAGTTTAGTCCAGTGGAATTAGAAGGATAATTCAATAGCAACAGAAATATAAAT 2401 TATATTCCATTCCCAGAGAGAGAATGCGCTTTGGATTGTTTAGTCCTCTGATTAACGAGTATTTTCTCTTCCTGCCAAGA 2481 ACTAGGTGAATCAGGAATTGATTGCATATGCAAGCCCTGGCCACAGCTGCACTTACAGGATGCCTCATAGACGATGAGGG 2561 GTCTGAAAGGCCAACCCGAGGCTGGCAGATCTGACCCCAAGGAGGTCCTGCTGCAAACCCCCTGAGCCTTTGCCATTCAC 2641 TACTTACCAAAGTTTGTTTCTGGAGGATTTTCCTGTAGCTTTGATAGTTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000515673.2 | 3UTR | AAAAGAGGCAGGGAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
223 hsa-miR-4446-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT078060 | PCTP | phosphatidylcholine transfer protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT099072 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT130186 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT148786 | NARS | asparaginyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT261965 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT345867 | SRSF2 | serine and arginine rich splicing factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT409087 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451883 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT469236 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469435 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483055 | FOXB1 | forkhead box B1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT484640 | TBC1D5 | TBC1 domain family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT493106 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT497307 | TMEFF2 | transmembrane protein with EGF like and two follistatin like domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497798 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501273 | SCARB2 | scavenger receptor class B member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506756 | KMT2D | lysine methyltransferase 2D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT511986 | EEF2 | eukaryotic translation elongation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT513126 | ZNF431 | zinc finger protein 431 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519733 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520351 | UBE2K | ubiquitin conjugating enzyme E2 K | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520542 | TPPP | tubulin polymerization promoting protein | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT530782 | HDHD2 | haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531112 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532144 | GALNT8 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533208 | WAPAL | WAPL cohesin release factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533419 | TWF1 | twinfilin actin binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534063 | SRSF10 | serine and arginine rich splicing factor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534288 | SLAIN2 | SLAIN motif family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537796 | EFNB2 | ephrin B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538017 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538058 | DMD | dystrophin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538132 | DDI2 | DNA damage inducible 1 homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538680 | CCDC80 | coiled-coil domain containing 80 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538788 | C3orf52 | chromosome 3 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542762 | PPAP2B | phospholipid phosphatase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546861 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547418 | MED4 | mediator complex subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT551633 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT552329 | ZNF704 | zinc finger protein 704 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556124 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT559290 | ATXN1 | ataxin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562125 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563777 | HUWE1 | HECT, UBA and WWE domain containing 1, E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564430 | EIF2S3 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566102 | RBPJ | recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567126 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571213 | RRS1 | ribosome biogenesis regulator homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571939 | LCLAT1 | lysocardiolipin acyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571967 | KIF21A | kinesin family member 21A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT606792 | IL1RAPL1 | interleukin 1 receptor accessory protein like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT607351 | TNS1 | tensin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT609416 | GJB7 | gap junction protein beta 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT609522 | AZI2 | 5-azacytidine induced 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT611218 | FAM174B | family with sequence similarity 174 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611385 | TRIP10 | thyroid hormone receptor interactor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612053 | KLB | klotho beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT612102 | CHRM3 | cholinergic receptor muscarinic 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612146 | SIX1 | SIX homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT612488 | SIX3 | SIX homeobox 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT613685 | QPRT | quinolinate phosphoribosyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613763 | TTC38 | tetratricopeptide repeat domain 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613876 | FGD1 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613965 | PPP1R3D | protein phosphatase 1 regulatory subunit 3D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT614894 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614912 | NFIA | nuclear factor I A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615013 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615106 | BCL7A | BCL tumor suppressor 7A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615242 | FAM227A | family with sequence similarity 227 member A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT615695 | NEGR1 | neuronal growth regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615956 | ERBB3 | erb-b2 receptor tyrosine kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT615979 | FSTL4 | follistatin like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616053 | PTPRE | protein tyrosine phosphatase, receptor type E | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT616073 | TBX2 | T-box 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT616234 | NPAS3 | neuronal PAS domain protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616306 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616474 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616662 | ST3GAL1 | ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616887 | ATP5E | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616902 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617025 | SYT6 | synaptotagmin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617162 | SLC16A5 | solute carrier family 16 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617318 | DPF3 | double PHD fingers 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617792 | CHRM2 | cholinergic receptor muscarinic 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618418 | DNAJC30 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C30 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618663 | RPP40 | ribonuclease P/MRP subunit p40 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620212 | VN1R1 | vomeronasal 1 receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620413 | TFDP3 | transcription factor Dp family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620667 | BBS5 | Bardet-Biedl syndrome 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620709 | ASB16 | ankyrin repeat and SOCS box containing 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620956 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621225 | LMAN1 | lectin, mannose binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621333 | SLC11A1 | solute carrier family 11 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621696 | TSKU | tsukushi, small leucine rich proteoglycan | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623484 | KCTD11 | potassium channel tetramerization domain containing 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623777 | GOSR1 | golgi SNAP receptor complex member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624215 | DCAF5 | DDB1 and CUL4 associated factor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624675 | ARAP2 | ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627369 | PRICKLE4 | prickle planar cell polarity protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628252 | EFCAB14 | EF-hand calcium binding domain 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630790 | TGIF2 | TGFB induced factor homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635631 | PRR15L | proline rich 15 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636425 | MARCH1 | membrane associated ring-CH-type finger 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637295 | ACTN2 | actinin alpha 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637345 | PIGP | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class P | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637842 | SLC2A9 | solute carrier family 2 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638327 | RCAN1 | regulator of calcineurin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638375 | RABL3 | RAB, member of RAS oncogene family like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638751 | EPHA4 | EPH receptor A4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT638965 | ARHGAP6 | Rho GTPase activating protein 6< |