pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4301 |
Genomic Coordinates | chr11: 113450023 - 113450088 |
Description | Homo sapiens miR-4301 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4301 | ||||||||||||||||||
Sequence | 11| UCCCACUACUUCACUUGUGA |30 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RBM41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RNA binding motif protein 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_018301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001171080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RBM41 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RBM41 (miRNA target sites are highlighted) |
>RBM41|NM_018301|3'UTR 1 AATATATATAAATTGTGGGTCCTGGATGGTCTTTCTTGAATTGGAATCTTGGATCTAGGATTTATGTATAGACACCAGTT 81 TGTTTGGAGTTGAAGAGGAAAAACTAACTGAGGGAGGGGAAAAAAGTAATTTCAGCTTTTGGAGAGAACTGGTAGAAAAC 161 ATTTTCTATTATATAATTGAAGACTATATAGGACAGATGATATGCTGAGTATGAAGGGTAAAGTGCAAAGAGTATTATTT 241 TCTCAGGATGAATTACAACGGATTATTCCTAAGGATTTTTAAAAATCTTTATAATTTTTCTGGGGTCCTCAATATTTGTC 321 TCTAGAGATAACATTCTTTCTTAGACTGCTTCGTATACACAGAAATAAAAAACTAATTAAATGTTGAAATATTTCTTTAC 401 TAGAGCCCATTTGCCATATTTCATCCACCTAGTAAATAAAAGAGTAGGACCCCCAGGCCTAAGCATCAACAAATGCTATT 481 AAGTCAGAACTATCAGCAGTAATAGTAGGTAGTTTCATAAGTCAGTTGACTTATTTAATGAATGCTTCCTCCACAAGTTA 561 TCAGTCTTCAAAAAGCTATATATTTTTCTAGTGAAATATTTTAGATCAAAATGTTGGTGTTCTCACAGCCATTTAAGCTA 641 GCAACCATTGAGTATCATTGAATTCATAGCAATAAACATTGATTAAGTGTCTAATATATGTTAAATATTAGGCATATGAA 721 TTTTAGAAGAGGAACATACAAGCAAAGAATGCCAAACGGAAATGGAAATAAAGCGTTCTCTAGAAAAGAGGATGCCAGTC 801 ACAAATCCCCCAGTTGTTTGTTTATGGTTGCTGGAAAATAAAAAAACAATATACAGAGAGGAAGTAGTACAAACTGGAGT 881 CAGACCTGTACAGCCACACTTAACATTCTATGACCTTGGCAAGTCACTTAATCTGAGCCTCACATTTTTCATCTATAAAG 961 TGAGGATAATAATGCTACTTACCTCACTGGGTTGTGAAGATGAACTGAGATATTATCCAGGCTGAAGAACAGAAAGGAAA 1041 ACAATGAATAAAATTGAACAAGAGTATAGAACCTGTGTGACACCATTAAGCATTCCTACATATTTCTAATGGGAGTACAG 1121 GAAAAAAGGAAAAGAAATGAAGGAGCAGAAAAATATTCTAAGAAATAATGGCTATAAATACCCCCGATTTGATGAGAGAC 1201 ATTAACCTATACATCCCAGAAGAAAAAGAAATTACAGACAGATACATCATAAGAAAAATGCTAAAACCCAAAAACGAAAA 1281 GAAAATCTTAACAGCAATACGAGAAAAATGAGCCATCACTTACCAAGGAACCCAAATAAAATTAGTAGTTGACTTCCCCT 1361 CAGAAACAATGGCAGTGGCAGTGGAATAACACATTCAAAGTGTTCAAAGAAAATAACTGTCAACCAATAATCCTATATAC 1441 AATAAAACTATTTTTCAAAAATGAACGTGAAATAAAACATCTCACATAATCAAAAACCAAGAGAATTTGTTGCTGGCAGA 1521 CCTGACTTGCTGGAAATACAAAAGGAAGTTCTTCAGCCTGAAAGCAAGTGACCACAGACAGTAATCTGAATCTACACACA 1601 TGCAGAAAAAGAGCACAGGCAAAAATAATTATGTAATTATCAGAAACAATCTATGCATTTTTCTTTTTTCTCTTAACTAA 1681 TGTAAAACACAGTTGTATAAAACAATATGTATATAGTTGCATCGTTTGGCCTATAACGTATAAAATATAATATATTTGCC 1761 GATAACAGGTTGAAGAAGCTGAGTGGAAGCAAAACTGTCTTGTACTAAAGAACTGACTCCAGATGGTAAGACAAATCCAC 1841 AGGAACAAATGGAGAGAACGTGAAATAGGAAATAAGTTTAATATAAAAAAACTATAAACATATACTTACTCTTCTCTCAG 1921 CTTCTTTTAAAGATGTAAAATTATATTAAGTAATTATAATAATGTGTGTTGGGTTTGTAATGTATAGGAATAACATATAT 2001 AACAATAATACCACAAAGCGGGGGATGGGTTTATATAGGAATAGGGTTGTTACATTGGAATTAAGTTAGTGTTTATCTGA 2081 AGCCTATTCTGTTTAGTTAAGATGTGTATGGTAAGCCCTAGAGCAACCACTGAGGAAATAACTTTTAAAAAATCAAAAAT 2161 ATTATTAAATGTAAATATCACATTATGAAATAATGCAAAAGAAGGAATGGAGAAGCAAAAAGCTTGAGGCATATCAAAAA 2241 CAATAAAATGGCAGTCATAAGTCTTCCTATATCAAAATAACAATGTGCATGGATTAAGCAATACTATAAAAGGCAGAGAT 2321 GTCAGAAACAAGTCTGATTCCACTTCATGCCATCTATTTGAGACACACTTTAGAAGATAGAAAGAGATTAAAGGTAAAAG 2401 GATGGAAAACAAATATATCACACAGACAACAGCCATAAGAAAGCTGGAGTGGCTATTCTAATACCAGACAAAATAGACTT 2481 AAAAAAATGTTACTGGAGATAAAGAGTAAAATGTTACAATGATAAAAGGGTCAATACATCAGGAAGATGTAACAACTATA 2561 AATATATATGCATCTAACAGTAGAGCCCAAAATACATGAAGCAAAAACTGAAAGGAAAGGAGAAACAGATAAGTCCATAA 2641 AAAGAGTTGGAATATTCAATACCCCTTTTTCAATAATAGAGCACCTAGACAGAAGATAAACCAGGAAATAGAAGACTTGA 2721 ACAACATTATAAGGCAAATTGACCTAAAAGACATCTATAGAACTTTCCACCCAACATCAGAATACATATTCTTCTCGAGT 2801 GCATATGAAACATCTCCAAAATAGGTCATAAGTTAAAGCATAAAACAAGCCTTAATAAATATAAGTAGACTGAAATCATG 2881 CAAAGCATGCCCTCTGACCACATGGGATGAAGTTAGAAAACAATGAAAAGTTGGGAAACTCACAAATATGTGGAAATCAG 2961 ACACACTTGTAAGTGACTGGCTGGGTGCAGTAGCTCACGCCTGAAATCTCAGCACTTTGGTAGGCCGAAGTGGGAGGATT 3041 CCTTGGATCCCTTGAGACCAGGAATTCAAGACCAGCCTGGGCAACACAGCAAGACCCTGTCATTACCAAAAAAAAAAAAA 3121 AATGTGTCAAAGAAAAAAATCATAAGGGAAATTACAAAACCCTTTGAGATGAGTGATAATGAAGACACAACAAACCAAAA 3201 CTTACAAGATGCAGCTAAAGCAGTGTTTACAGGGAAATCTATAGGTACAAATGCCTGTACTTAAGAAGAAAAAAGACCAG 3281 GCACAGTGGCTTACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGGGGCGGGTGGAGATCATGGGGTCAGGAGATCGAGACC 3361 ATTCTGGGTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTCGTGGGCACCTGTAGTC 3441 CCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACCACT 3521 GCACTCCAGCCTGGGCAGCAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAGACCATAGCACTAACCT 3601 CACTTTACACCTTAAGACCCTGGAAAAAGAAGAGCAAACTAAACCTAGAGCCAGGAGAAAGAAGGAAATATAAAAGATTA 3681 GATGAGAATAAATGAAATAGAGTGAAGAAAAGTAGAGAAAAATCAATGCAACCAAAAGTTGATTCTATAAAAAGATCAGT 3761 AAAACTGACACACCTTCTGCTAGACTGACCAGGAAAAAAGGAGAATCAAATTACTAAAATCAGAAATGAAGGAGGGAACA 3841 TTTCAACTGAACTTGTAGAAATAAAAAAGATTATGAAGGCATATTATGAATAATTTTATGTCAATAAATTATCAATGAAG 3921 TGGACAAATTCCTAGGAAGACACAAACTACCAAAACCAACTCAGAAGTAGAAAACTTGAATAAACCTATATCAAGTAAAT 4001 AGGTTAAATGAGTTTTTGAAAAGATACCCACAAAGAAGAGCCCAGGCTGAAATAGCTTCTTAAATGAATTCTACAAAACT 4081 TTTAATGAAAAATTAATACAAATTCTTCACAAACTTTTTCAAAAAGTAGAAGAGTGGTGAACACTTCTGACACATACTAC 4161 AACATGGAAGAACTCAGAATATGCTCAGTGCAAGAAGCCAGTCACAAAAGACTACATATTATATGATACTATTTATATGA 4241 AGTGTCCAGAATTGGCAAATATATAGAGATAGAAAGTGGATTAGTGGTTGCTTAGGGCTAGCACAGAGTTGGGGGGAATG 4321 GGAAGGGCTGGGGGTAACAGTTGAAGTGTATGAAGTTTCTTTAGAGGTTGATGAAAGTGTTCTAAAATTGGTCGTGGTGG 4401 TGATTTCACAACTCTGAATATACTAAAAACCAGGAATTGTACACGTTAAATGGGTGAATTGTGTGGTGTATGAATTATAT 4481 CTCAATAAAACTCACAAAAGTAGGGGTGTCCATCAATAGGAAAATGGGTAAATAACTTATGGTACATCTATTTAGTACAA 4561 TACTATGCAGCCATTAAAATAGTGAAGTGTATCTATGAATATATTATGACCTATACTCATGTCCAAGGTTGTGTATTAAG 4641 TTAATAAACAAGATGCAGAAATATGTATAGTATGAATACATTTTTATGCAAAAGCATTCATTTATGTATAGTATGTATGT 4721 ATATAGATATTTCTGAATAAATTTAAGAAAAAGCTGGGAAATAGACATAGAAAGTTATAAACCTTTGGAAGTGGGATTGA 4801 ATAGGCTGAAGGAGGACTTTCACTTTGTAAAATTTTTAAAGTGGTGTGATTTTGGGGTGATTTTTACTTTTTTCATTTTT 4881 TTTTTTAACTAAAAAATTTTTTAAAAAATATTCTGCCAATGGCATGGCTTCCAGAATATTTGTCAGGCCTACTCTGGGGA 4961 TATCATCTGACTATACTCAGGACAAACTCCTATTCCTTTGATATACTGCTCACTTAGGATTAACACTCTAATTTCAGACA 5041 TAGTTAAGTGACAAGGAATAAATTATCCTGATATAGCCTCTGATACATGTTACCAGGGGCATACTTCTAAGCTGGACTTT 5121 TTAGAAGGAAGTGCTTCCTGTTAGGTAGAAAATTTCACCTCTGCTTTTTACTAGACCTACAGACCACTGCAATTGAGGAA 5201 CATAAAAATGAAGGATATCCTTCAACTGGTGCATAGATAAACCGTAGTATATCCATGCAATGGAATCCTACTCAGCAATA 5281 AACTAATGAAATACACATGCAACCACTTGGATGAATCTTAAATGCATTTTACTAAGTAAAAGAAGCCAAACTCAAAAGGC 5361 TGCTTACTGTTTGATTCCATTCATATTATTTTCTCAAAAAGCAAAACAATAGGGATGGAGAAAAAACTTCAGTGGATGTC 5441 AGGGGTTAAGGTTGGAATGCTCCTTGACTACAAAGTGGTAGCATGAGGAATTTGTCTTAATAATTGAAATTTTCCGTGTC 5521 TTTATTGTAGTTACATAAGTATATGCATTTGTCAAAACCCATAGGCTTGTACACTAAAAAGGATGAATTTTACTGTGTGT 5601 AATTTTTTTAAATAAATGTTATTTTTATGGAGGAAAGAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
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CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000372487.1 | 3UTR | GGCCGAAGUGGGAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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83 hsa-miR-4301 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT081134 | LDLR | low density lipoprotein receptor | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT090911 | ARHGEF26 | Rho guanine nucleotide exchange factor 26 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT229436 | MECP2 | methyl-CpG binding protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT274717 | CPSF6 | cleavage and polyadenylation specific factor 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT350957 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT386722 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446022 | PEX3 | peroxisomal biogenesis factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481303 | ATP5G3 | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C3 (subunit 9) | ![]() |
![]() |
2 | 14 | ||||||
MIRT483959 | ZNF354B | zinc finger protein 354B | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT495667 | TUBAL3 | tubulin alpha like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496554 | TBX15 | T-box 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497702 | ARL6IP6 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498105 | RMND5A | required for meiotic nuclear division 5 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT512535 | SEMA4D | semaphorin 4D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT512556 | MFN2 | mitofusin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT521465 | RABGAP1 | RAB GTPase activating protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT526236 | C2orf15 | chromosome 2 open reading frame 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526743 | HLA-DOB | major histocompatibility complex, class II, DO beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527578 | BRD7 | bromodomain containing 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528038 | WT1 | Wilms tumor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528267 | GPRIN2 | G protein regulated inducer of neurite outgrowth 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528505 | HTR7 | 5-hydroxytryptamine receptor 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528758 | RPS27 | ribosomal protein S27 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT528999 | IPO9 | importin 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529701 | MRPL30 | mitochondrial ribosomal protein L30 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529781 | C17orf82 | chromosome 17 open reading frame 82 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533797 | TMEM119 | transmembrane protein 119 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT535308 | PHF12 | PHD finger protein 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535917 | MKL2 | MKL1/myocardin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544892 | OSBPL1A | oxysterol binding protein like 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555423 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562068 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565623 | SLC31A1 | solute carrier family 31 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565661 | SIX1 | SIX homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570138 | IL1RL2 | interleukin 1 receptor like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571045 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT621232 | LMAN1 | lectin, mannose binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT622272 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623844 | GAN | gigaxonin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626158 | NFYA | nuclear transcription factor Y subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626464 | CMKLR1 | chemerin chemokine-like receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT632087 | ALDH1A2 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637243 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642710 | FGFR1OP2 | FGFR1 oncogene partner 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643611 | KANSL3 | KAT8 regulatory NSL complex subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644270 | PAFAH1B1 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT645470 | SPIN3 | spindlin family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649193 | DNPEP | aspartyl aminopeptidase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650776 | POP4 | POP4 homolog, ribonuclease P/MRP subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT651345 | ZC2HC1C | zinc finger C2HC-type containing 1C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652237 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652587 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654591 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT654649 | PTAFR | platelet activating factor receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656842 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657209 | IKZF2 | IKAROS family zinc finger 2 | ![]() |
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MIRT658513 | ETV3 | ETS variant 3 | ![]() |
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MIRT659448 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
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MIRT668816 | CYLD | CYLD lysine 63 deubiquitinase | ![]() |
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MIRT669067 | CELSR3 | cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 3 | ![]() |
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MIRT677711 | ELOF1 | elongation factor 1 homolog | ![]() |
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MIRT687146 | PTPN12 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 12 | ![]() |
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MIRT698498 | THOC2 | THO complex 2 | ![]() |
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MIRT707930 | PPP1R3D | protein phosphatase 1 regulatory subunit 3D | ![]() |
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MIRT708737 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
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MIRT710031 | POLL | DNA polymerase lambda | ![]() |
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MIRT712175 | STK4 | serine/threonine kinase 4 | ![]() |
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MIRT715297 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | ![]() |
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MIRT716892 | AGPAT6 | glycerol-3-phosphate acyltransferase 4 | ![]() |
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MIRT717378 | RBM41 | RNA binding motif protein 41 | ![]() |
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MIRT718082 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | ![]() |
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MIRT718721 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | ![]() |
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MIRT719152 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | ![]() |
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MIRT719224 | CAMK4 | calcium/calmodulin dependent protein kinase IV | ![]() |
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MIRT719528 | SRCIN1 | SRC kinase signaling inhibitor 1 | ![]() |
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MIRT719861 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | ![]() |
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MIRT720326 | CAMK2G | calcium/calmodulin dependent protein kinase II gamma | ![]() |
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MIRT721596 | SREBF1 | sterol regulatory element binding transcription factor 1 | ![]() |
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MIRT722020 | NEBL | nebulette | ![]() |
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MIRT722484 | QSOX1 | quiescin sulfhydryl oxidase 1 | ![]() |
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MIRT722614 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723664 | RPTN | repetin | ![]() |
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MIRT723939 | SVOP | SV2 related protein | ![]() |
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miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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