pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6871 |
Genomic Coordinates | chr20: 41169023 - 41169078 |
Description | Homo sapiens miR-6871 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6871-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 35| CAGCACCCUGUGGCUCCCACAG |56 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | BTBD9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | dJ322I12.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | BTB domain containing 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001172418 , NM_052893 , NM_152733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on BTBD9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of BTBD9 (miRNA target sites are highlighted) |
>BTBD9|NM_001099272|3'UTR 1 AGGAGGCAGCGGGCCTGGTGTGACTTGGTGGGCTCGGGCAACGGCAGGAAACGGTCTCCTCCCTGAGCAGGGGTCTCTGT 81 TGACTGCCCCCACCTCTGCCCCTTTCCAGGGAGGAGCCGACCTAGCTGCAAAAGCAGACACCGAACAGGTTTTCTCCCAA 161 GGACAGAAAGGGGCTGCTTTGTTCTTCTCAATTTATCCAAATCAGGCAGGTCTCAAGGGGGAGAAAATGGGTCTTCAATC 241 TTCATCAAGTCCACCATTAACACCCTACCTCTCTAATCTAGCCCAGGCGCAGGGAACAGGAGGAAGTCATAGACAGGCCT 321 GTGTTGGAATACAAAAATGGCACGCAAACACTCAGGCGGAGGAGAAAGCCATTGGGCCTTTGCTACCTGGAGGCACCCTT 401 TAGGAATGGGCCTCCATAGAGTGTTCATTCTGCTGGAATACATTGCCCTGGCAACTAAATGATTTTTTATTTGTTTTAGT 481 TATTCTCCACTCAGTGAATCATAGGTGTTCCGGATCTATTTGAAATGCTCAAACAGCAAATCACTAGTTTTAATCCCTTT 561 TGATGCTATAATTTTCCTTCCTTGGTTTTGAACGGTTCAGCTTGCGGGGACAGAGACCCATCGTGCATGTCTCCTAAATG 641 AGACACGGATGCAGCTCATCCTGGCACTTGGGCCACAGAGGAAGTGCCACAAATGCACACAAGCAAATCAACCTGTGGAC 721 ACTGGAGTTAATAGTCACTCGTGTGGCTGAGTTACTCACCTGTCATTCCTGACATGGATCCAGCCTTTAAGCTTGGGAGG 801 CTGACAAGGAAATAGTTACTATGCCCGCTGCTAATTCACTGTTCCGAAGTCCATGTAGATAAACATATACCGAGTTCTGG 881 CGTGGCCAAACCTGCCGGGGACTGCCGTGGCTTAGCTGCCCCTCCAGTTGTGTTTATCGAAGCATTGGAGAGGCAGCCAC 961 CTGCCCATCAGCGTCAGGAACGCAGAACTGGGACTCCGTGCTTCCCCCACACCACAGTACTCAACTGGGGACTGAAAAAT 1041 AGCAGTTCCAAGAAGCTTTTCTCCTAATCCTCATCAAAAGGACCTCATTTGACGATGGTGGCTTGATGTGGCTCCGTCTC 1121 CTACTTAGTGATTTCCATTCCAGTGCTGCCTGCCCTGGGTAACTGCGCACAACATTGCCTGCCCCTCCGCTGTCCCCAGA 1201 GCTCCGGCCTCTGTCGCCATCAGCATCAGCCTGGGAGTCTCCCCAGGACGGCATGGCACGTGAGCAGCACTGCAGTCCTT 1281 GGGTCTTCGGCGCCAACCTGCAACCCTGATCAAAGGAGGGTGAGGGCGTGGGAGTTTCCTTTCAGGTGTGTCAAAGACAT 1361 ATCAGCTGCGCTCTAGAAAGAGCCAACGGGTCAGCCGCTTCCTCCTAGTTTAACTTGATTTTGAGTGATTTGTCCATATG 1441 GAAATAGTAGGGTAGCATCAAACTGCGTGATTAAATTGGAAGACTGTCTTTCCGTGTGAACACAGGATGGCAGACATCAG 1521 AGGGCTACCGGGGCAGGGTGGACACGTTCCTGAGGAGAAGCCAGGGTCTGCAGCTCTCCATCCTCCCCGGTAGCTCCAGC 1601 TGCAGGGCTGAGCTGCTTCCTATCCCCTCAGCTCTGATCTCTGCCACTTCCCTGTTGTGTGGGAGAGTGGAACACTCCTG 1681 GGATGCCAGGCATTTCATAATGGGAGGAGGCTCCTGTAAGGAACGGTGGGCGCCCGCTCACAGTGGGGGGCCCTCCAGCA 1761 TGGTTGCTGACTCTGTCAGCCCCCAGCCCCGGGTTGCCAATTAGCCAGAGAGCTCCTGCACACACAGCACTTCCTTCCCC 1841 AGTGTGTTTTCTACCCAGATGGGGACAAAGGAGCCAGACAGTCATATCAAGGGCAGAGTTCAAACATTTTGAAATGAGCC 1921 ATTCACATGCTTCTTTTTAAACATGGGCATCACCTGCCCAGAGGCCCTTGGCCTGAAGCAGCATGCTGCTGACCTTGGGA 2001 AGAGAGGGTGGGCTGGTGGGGGTGCTGGAGGAGCTGCCCGGCCCTGCATCTGCAACCCTCCAGTCCCCTGCCCACAGAGC 2081 ACGCAGAGCCCTCCTGTGCTCCGGGAACGAGATAGCAGCTTGGCAGCTCGGCCTCGCATCTGAAAAGGAATACGCTGCAA 2161 AGCCTCGGCCCTAGACCCACATCTGCAGCTCCCTGGCCTGTGGCGGTTCTTTCCTTCGGGGCATGCCCTTCCAGATCTCT 2241 GTCCCTCCTGTCTTCTAGCACTTTAAAGATGCCCCTTATCATCAGATAAAGAGAAGTATGGGGACGATGGGGTGGCACTA 2321 ACAGTAGATGTCATTGGTGAGGACTGATGGCAAAGTCTCATTCCCTCACAGCCGCGCTGCCAGCTCGCCTCCCCCTCGCT 2401 TTGCTGGGAGCCTGCCCTGGACTCCAAAAGGACACGGGTTCACCTCCTTTCCCAGGCTGGAGGGGTACTGCCCTTCCCTG 2481 AGGGGCCTTCTGACTGGGGCAGGAACTCTTTTCGTGTGTCCAGCTGGGCCTGGAGGCCAAGTCAAGGTGTGTCACACCAC 2561 ACACCAGGGCAAGGACCTCATCTCCAGGGAACAGGGACAAGTGAGTGGCTACCAGAAAGTCCCCGGGCAGCCTGGAGTTC 2641 CCCAGAGCCTGGCTGGTCCTACAGAGCACTTCTCCCCTGGGCCACCAGGACCAAAGCGACCTAAACACTTGAAGCTAAAA 2721 GCAAGTGCTGATGATGGGATGGGCTGGCACGTGGCTGGGAGGGCTCCTGGGCACCACAGAGCCCTCAGCCCAGCAGAGAG 2801 TGGAGGCTCAGTCCGTGGGGAGCGGGGGTTGTGAAGGAGACATGGCCAAGCCCCTGGTCGGGGAGATAAGCTCCCCCATG 2881 CCCAGGCCAGCCCCAGGGGCAACAAGCCAACATGGAGAGAGGTGGCAGGTGAGGCTGACAGGTGGGTGCCTGTGGCCTGG 2961 GCCCATGAGGGCAATGGTCCTCAGTAACCAATGGAAAGGACACAAGGGCGCCATGGTCACCACCACCCAGGCAAAGAAAT 3041 GGGAGGTGGCCAGCACCCCCACCCTTCACTTTTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTTTTTT 3121 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGTAGAAAGGCAACTTCATTGGAGCTTTTGGGGAAAAAAGCCTTCAAAGTCACCTTCTG 3201 GCAGCTCTGGGGAGGGTCATTTGGGGTGGACTGAGAGTGTAGGGCAGGTAGGGTGTGTGCTGGGCAGCAGCTGTGTCCAT 3281 GCAGCCAGCACCCAGCAGGGCAGTCTCACAGGAGCCGTTGTGAGCACTTTGGACTTGAAGCAGCTATGAACCACCCCCCG 3361 CCCCCACCGTCTCTCCCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCGTTTTACCA 3441 TTTTCTCAGTGCTTTTTCTGCTTTCATTCCTTTGATTTTAGTTAGAAGCACAAGCCATGATGGATGTGGGACTCTTCTCA 3521 ATTGCTCTTTAAATTGTCACTTTTTAAATCCTATTAAATGAAGTGTCGATTCCTGACAAATACATTAAAAGTGTTTTATT 3601 CCTAGAAGAGTTGGGAAAAGAAATTATTTTCAGCAAGAGTAGGATGTTTGTTAAACTGATTCCTTGGCAAAAAAGAGAAA 3681 AAAAGCTTTTGAATTGTGCAAAAAATTGCCCAGTATTATGCTGTCGCCCCAGTTGTCAAACTGCTGTGCAGATGGCTCCA 3761 GCCCAGTCAACTTCACCTTCTTTTTAATTTAGAAGATAACAAAATTGTAATCACTTATCCTTTCCAGAGCCAAGGGGGAA 3841 AAGGAAGGTATAATCTACAATAAAAAGCGAGCGTTCTGTGTACTGAGGCCACTTGGTGATAAAGAGATGGAGCGCTCCCC 3921 TCACAGACTTCAATTAAGAACCTCCCTTTGGACAGGGAAGAAAGGTGTCAAAGAGGAAAAGAAAATTAAATTTGCTTCCT 4001 TCCAGGAGTTTTTCCTCATTAGTGCTTGCTTGTCGGTGTTATTATTTTAATCTTACCTTCTATGTGGTGACCAGCTCCTC 4081 CGAGCGATGCCCAGGTCGGGCACGGCCCGGGCAGGGCAGGTCTGCAGCGATGCCGTGGCAGAGGTGGGCATACTCCATTT 4161 GTTTTGGCAGCTGCAGCCATTGATTCTGCATATTTTTCCTGACAACAGCCCCGGCAGGAGTTCAGTTAGGAATTTAAAGT 4241 GCAGTTCATGGTTCTGTGCCACCGTGGCTTTTATTATTATAATATTAAATTAGAAGTTGTCCTAGTGCCTGGTGTTTGCT 4321 CAGAGTTTCCAGAAGAGAGGGAAGGGCAAGGTTTAAATGGCATGCAGGACAACTGGAATGCCCCCATCTCTCTCGCTGAC 4401 ACGGATCCAGTCATACCTGGGGCTGGACGGGATTTGGAGGCCCTGGTCATTTGCAGAGTGAATGGTGAAGGGCGCGGAAA 4481 AGGTTTGCTTGGAGGAAAGACCGGTTGCAGAGGCGAGGCGGAGGGAGGAGGGGCGGAGGCAGCAGGTCTTTGTTTGTGGT 4561 AGGTCTCTGGCTTCCATCAGGGAGGAGGAAAGAGGCTGTGCCCTTCCTGGCTCTTGGCTGCACCACTGAGGACGCTCCGA 4641 GGGACAGCGTGCTCACCCATCCTTTGCACAGTGCTGGCCCCAAGCCCCACGGCCTTCCAGCTAGGATTTTCTGCTGGGCT 4721 CATGCAGAGGCAGGGGACAGGTGCATGGAAGAGCCGCCCCACCCGACACACCATTGTTTGAAAATCACTGTTCTCTTTAC 4801 TCACTTAAAAAAGTGTACAGGGAACACCTGTTCCTGGCATAATGCTCCAACCTCGCGGAAGGGGCCAGGTGCCCTTCATC 4881 TGGCTCTGGCTGCTTCCGACCTGGGCCCACGTCATCGTTCACGTCCTCTGTGACCACCACTGGTCACGGTGCTCCCTGGC 4961 CCAGCCTCCAACCCACCCAGCACCCTGGCATCTCCCAGGCCAGTCTGCTGCACCCAGCGAGCTTCCAGTCAGAAGCCAGG 5041 CTGAACGGCCCTCCTGCCCCATCAGCTTCGTGTCTTCTTTTTTTTAAAGAACTGAAATAGTCCCCAAGAGGCCTCATGGC 5121 CTGAAGACTCACAATCATCCACCTGTAATTTATGATAAATGTCTGGGAGCATTTACCATTTGCGTCCGTGAGTATTTATA 5201 GCCCTGAATGGGCGGGGGGGAGGGGGGGTGGAGGAGGCCCTGCAGCCAGGAGCTACACACCTGTCCCCACTAGTGTCCCC 5281 TGGTTGACAGAGCCCCCTCAGCCTCCCCAAGGCTGTCACTGCGGCTGTGACAGCTGAGGAGTGCCGCCTTTGAAAGCCAG 5361 TGGACAGTCGCTCCACTAGGGGGAGAGGCCCTGGCCCTGGCGCAGAGGAGGCGTTGCGAGGCGGGACGGGGGCTGGAGGG 5441 GCTGAGCAGCCTTCAGGGCAGGGACTGGGCCCTGGGTCACTGGAGACGTTGATATTAGTCCGTCTGCTGCCAAATTGCTC 5521 CCCACCACATGAGCCCCAGGGGTTTATGTCCCAGGAAGGCGAGGGTGCCCATCTGAGCGGAATTGGGAGGGGACGGCACC 5601 AGCTCATCTCCCTCAGGGCCTTTGCCTCCTGGTGCTGCCCTGGTGGCTGCTCCTGCACCACAGCCCCTGATGGCTGCTGC 5681 TAGTCCTGAGTTGCTGGGTTTACCCCCAGCCCACACTTCCCACCTGGGCCTGAGGGTGCGGCCAGTGCCCTAGTCCTAGC 5761 CACTACAGGAGTCATTCTGAGACCTGCTGGAGGCCATGGGGTCTTCCCAGGCCCCTCAATCAGCTGCTTCCAGGGTCAGC 5841 AGGGCAGGGTGCTGCCAGTAAGGTCCTCAGGGAGCACAGCCCGGCCGCCCAGGCTGGGGGATACTGGGGCAGAGCTTCCA 5921 GGTCTGTGGGGCCTGATCTCTCCCCAAGGCTCTCCAGGCCTTGGTGCGCCCTCCACAGTGACCTTCAGAGAGGCTGCACC 6001 CCCTCAGAAGAACAGTGAGAAATCTCTCCATCACACGCTCCCTGGTCCTTATGTCCCTGAGGCCACCCTTCCCCACCCCC 6081 CAGTGCCTGGAGAAGCGTGAGACTCTGGAGGGGCGCCAGGAGGCCAGGGGTCCTCAGGGCTAGGCCTGGAGCTCGGCCCA 6161 AGAGCTGCTTTTGCGAAGCCTGTCTTGAATCCGGATTCACCAGAGAACAAGAGCCTCCCAGCCTTTGGCGTTTCTGGGCC 6241 TGTAAAGATGTGTGTACCTCCCAGGCCACTCTGATGCAAGGGCAGGGACCATGCCAGGCCTGGGTTGGGAATGGCTCTGT 6321 GACTCCAGAAGCTCCGTCTAAAACTCCAAAGATGCCCAAAAGGCTGTGCTGCTATGTGGAATGTGTATTATTTGTGAGCA 6401 CGATGCGGCTTCTTCCTCATTTTGCAGAGCAACCTAAGCGGGCAGATGTACAAACCGTGTGTTCGAAACCCCTGAGTCCA 6481 TGTGTGTGAAAATGCAGGTTTTCTCTTAGAAATAAAGTGGTGACTTGTGCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
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CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000314100.6 | 3UTR | UGGAGGAGCUGCCCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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88 hsa-miR-6871-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT061678 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT116181 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT150139 | MIDN | midnolin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT197058 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT225108 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT376288 | CALM3 | calmodulin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454810 | NEDD9 | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464228 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT466961 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468219 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472460 | NASP | nuclear autoantigenic sperm protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474203 | LEPRE1 | prolyl 3-hydroxylase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT475836 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478667 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | ![]() |
![]() |
2 | 14 | ||||||
MIRT478707 | CSRNP2 | cysteine and serine rich nuclear protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478982 | COMMD2 | COMM domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479693 | CCNT2 | cyclin T2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488440 | ULBP2 | UL16 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492511 | RAET1L | retinoic acid early transcript 1L | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492975 | NCS1 | neuronal calcium sensor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494158 | COL4A1 | collagen type IV alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT495934 | SLC7A5P2 | solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496210 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496356 | PPY | pancreatic polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496385 | ZC3H6 | zinc finger CCCH-type containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496463 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497642 | GLDN | gliomedin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498496 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501928 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT513286 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514767 | RBM4B | RNA binding motif protein 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514916 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515669 | LRRC27 | leucine rich repeat containing 27 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520367 | UBE2G2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523960 | DYNLT1 | dynein light chain Tctex-type 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526859 | KIFC1 | kinesin family member C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527673 | CASP8 | caspase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527828 | TMEM74B | transmembrane protein 74B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529553 | EI24 | EI24, autophagy associated transmembrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530547 | SYNPO | synaptopodin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531725 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533340 | UNC119B | unc-119 lipid binding chaperone B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533620 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537226 | GAN | gigaxonin | ![]() |
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MIRT544430 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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MIRT546905 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
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MIRT547102 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | ![]() |
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MIRT547820 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | ![]() |
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MIRT548236 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
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MIRT550034 | WWTR1 | WW domain containing transcription regulator 1 | ![]() |
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MIRT554337 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | ![]() |
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MIRT565483 | SPRTN | SprT-like N-terminal domain | ![]() |
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MIRT568200 | CBX6 | chromobox 6 | ![]() |
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MIRT569754 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | ![]() |
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MIRT571369 | ZNF45 | zinc finger protein 45 | ![]() |
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MIRT609886 | CLASP1 | cytoplasmic linker associated protein 1 | ![]() |
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MIRT640543 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
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MIRT640885 | ENTPD1 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 | ![]() |
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MIRT643494 | LRCH3 | leucine rich repeats and calponin homology domain containing 3 | ![]() |
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MIRT643627 | YY2 | YY2 transcription factor | ![]() |
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MIRT644384 | ZNF286A | zinc finger protein 286A | ![]() |
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MIRT646126 | SLC26A9 | solute carrier family 26 member 9 | ![]() |
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MIRT655939 | NDUFA4P1 | NDUFA4, mitochondrial complex associated pseudogene 1 | ![]() |
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MIRT656057 | MYLK4 | myosin light chain kinase family member 4 | ![]() |
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MIRT658767 | EIF4EBP2 | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | ![]() |
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MIRT661583 | EPHX2 | epoxide hydrolase 2 | ![]() |
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MIRT664285 | RNMTL1 | mitochondrial rRNA methyltransferase 3 | ![]() |
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MIRT689391 |