pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2355 |
Genomic Coordinates | chr2: 207109987 - 207110073 |
Description | Homo sapiens miR-2355 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2355-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 11| AUCCCCAGAUACAAUGGACAA |31 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TFCP2L1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CRTR1, LBP-9, LBP9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transcription factor CP2 like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TFCP2L1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TFCP2L1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TFCP2L1|NM_014553|3'UTR 1 GCAGCAGTGGACCTCATACCTGTCTCCAGCTCCCAGCCCTGTGGATCCCCGTGGATGTAGACATTGCCCCACTGTAAGCT 81 GTGGCCTCACCAGGCAAGCTGAGGCCAGGAGGGACCCTGCCCAGTCTGTGAAAGCTACAGAGCACCAACCAGCAGAAGCC 161 TGTGGACACCAAGTACGGTGTACAGAAAGCCAGTGGCTCCTTTCTCCCTTCCTCTTGGCCTCCAGATTTTGAATGGTTCC 241 TTGTTCTTTTCTATTGGTCCAACCCTGACGTTCTAAAAGGGCAAACAGTGGAGACGTCTGCTCTGAAATCCCTCATCCCT 321 TAGTTGGAAGCTGATTGGGTATCTTGGTGCTGCCTGTATTGGTCCCTTCTGACCACTCTCCTGCCTCCAGAGAAAGCTCT 401 GCTTCACCCTGGAAGCTGGTACCTTTACCTCCTCCTCTGGGAGTTGGCTGCATGGCCAGCACTGCCGACTTGATGGGAGC 481 AGTTTGCCCTCATTCTCCTGTTTCAGGTTTGCTTCCCTTCTCAGTGACCCTGGTGAGCATCCGCCTTTCCTGTTCTTGGA 561 TGAATTGATGGGAGTGGGGCTATTCTGTGCCTTCTACCTCTTTCTTCTCTACGTTGTTTCTAAGGATCTGCTGCTGCGGA 641 ACCCAAAGATGTGCTCCTGTCTCTGCACTGGCGCATTGGCATGGTAGATGCCACAATGTATGTGCACGGCCTTTCTCAGA 721 GACATTAGTTCTGAGGCCCTTTGTGGGGAGGTTAGGGGGATGGTAATAGAAAAAGACTATTTTATTTCCTGGCAATCACG 801 GGTAAGGAGGATTAGGAATGAGTATTCCATTCCTAGGTGTCATCAGATGACCTTGACCACCACAATACCAGGCCCTCTTG 881 GATGGACTTATAGAAAGTTAGAGAAGACCTTGTTGAACCGCTGCTAAACTTGCCACAGGAGCGATGTGTTTTCTCTGAGT 961 GCCCCTCACTTACATGTTTATCTTTGTTTGTAGAGGCTATGTTTAGGATATTTTGCCTGCATCAGAATGGGTGCATCATC 1041 TTTCTTAATGGCCTAACTATCGGGAAATTTGAGTGTCAGTAACTGTGGTAGACTCAGAAATTCGTCTTTGTCTTGCCTCT 1121 GGTTCCTGGGATCCAGTGATCTCTACTGGCCCAGGGCTTCAGCTCTTGGTTAATTTAGGTTCATGGGGAACCCTCTGACC 1201 ACCTGAATGGGATGTCATAGCTTCTAAATGGAGCTTCTGTGGAATGAAGTGCTAGACTGAAGGACTACCAGAATAAAACA 1281 GGGTCTACAATGGGGAGAACTTGTTTTATAGATGAGGAAACCAAGGCTCAGAGGGGCAAAGTCACCTGCATGGTAGCACA 1361 TAGTGATAGGGTAGCGATATAAATTTATCATATAAACCAGGACATCTCGGAATAAAAGGGGCTCTGTTAGTCATTATGTT 1441 GGGTAATAGCCGTGGCATTCCTACAGAACAGAGTGAGGACAGGCTCCTGATTCCTCTTCCTTCTTTAGAGGAGAAGCGGG 1521 GAGTGGGTTAACTAACAGCTTTATTGAGATGTCATTCACATGCCATTCAGTTTACCCATTGCTAGTGTCCAATTGTATTC 1601 ACAGAACCACCATCAATTCACAGAATTACAGTCAACGTTGGTACATTTTCATCACCCCCAGTAAAACCCCGTACCCTTGG 1681 TCTGTCACTCCTGCTTTCCTAACTCCTGCAGTCCAAGGCAGCCATGAATCTACTTTCTATGTAAGATTAACCTACTCTGG 1761 ACATTTCATATATCTGGAATCATGTGATATCTCTTTTGTGACTGGCTTCTTCCACTGAATGTTTTCTAGGGCCGTCCAAG 1841 TTGAGGATGTATCAGTACTTCATTCTTTTGTATTGCTGAATAATACTTCATTGTATAGATAGACCACATTTGTTTATTGA 1921 TTCATCAGTTGATGGACATTTGTGTGTTTTTACTTTTTGGCTACTCTGAATGATGCTGCTATGAACATATTTCTACAAGA 2001 TTTTGTGTGGACATATGTTTTCATTTCTTTTAGCAATATACATAGGAGTGGAATTGCTAGGTCTTACAGTAACTCCGTGT 2081 TTTAACTTTTTGAGAAACTGCCAGACTGTTTTCTATAGCAGCTGTACCATTTTACATTCCCACCAGCAATGTATCCAGGT 2161 TTCAATTTGTCTACATCCTCATCAACACTTGCTATTATCTGTCTTTTTGCTTTTAGCATCCTAATGAGTATGAAATGCTA 2241 TCTTGTGGTTTTGATTTGCATTCCCCTGATGGCAACTGATGCTGAGTGTCTTTTCCTGTGCTTACGGGCCATGCGTATTT 2321 CTTTGGAGAAAGGTCTATCCAGGTCCTTTGCCTATTTTTAATTGAGTTGTCTTTTTTTTTTTAAGTTTTCTGTTTTCCTA 2401 ACCACTAGACTACCAGGGATGAGCCTTCTTTTTATTATTGAGTTGGGTGAGCTATTTGTATATTCTAGACGCCAGTCTTT 2481 TATCAGGTATATGACTGGTAAAAATGTTCTCCCCTTCTGTGGATTGTTTTCAGTTTCTTGTTGGTGTCCTTTGAGACACA 2561 AAACTTTTTAACTTTGATGATTTCCAAGATACGTATTTTTTTTCTATTGTCACTTGTGCTTTTGGTGCCATATCTAGAAA 2641 ACCATTGCCTAATCCAAGGTCAAGAAGATTAATGCCTGTGTTTTCTTCTAAGAACTATACTTTTAGTTCTCACAATGGTC 2721 TTTGATCCATTTCGAGTATATTTTTATATATGATGTGATGTAGGGGTCCAGCTTCATTCTTTTGCTTGTGGATCTCCACT 2801 TGTCCCACTGCTGATTATTGAGAAAAATATCCTTTCTCCACGGAATTGTCTTGGCATCCTTGCTAAAGGCCTCTGCTTCT 2881 TACTGGATCTTCTTTCCTGGGACATGGTGTCGTTGGGAAGCTTACCTTTTTTTTTTTTTTACTTAGTCTGTGTTTGGTTC 2961 CACCAGTTTTATGCTGCCTTTCTACTCTGTTCTTGCTGTCTCCCTCTTTACCTGAGTCAACGGTACTGAGTCCTATCTCT 3041 CTCTGATGTTCCCCAGTCTTCCTTGGTGCATGTTCTAGCTCCACACACTAGTCCTTGGAGGAAGGTTGAGACCAATGATT 3121 TCCTGTTATGAGTCATGAGGAAACTGAATCACCTAGAAGTGGAATAATGTGCTCAGGGTCACCATAGCCCATTAGTGGAA 3201 GGACCAGGACTAGACCTTTAGTCTTCTGAGGTCCAGCCCCTTAGGCTGTCTGTCATCACTGTACCCAAGTGATGTCACTA 3281 CCAAGGCCAAATGATGGTGGGCTAAATTTTAATTCTCAAAAGTGTAGGAGGCTAATATTGTCTTCTAAGTTCCAAAAGAA 3361 GATGTAATAAAAGTCTGTTACCTTAAGTGTGCTATTAGTAGAGTCTTCCATTTTTCTGGCATGCCCCTGGCATCTGCTCT 3441 TCTTACCTTCTCGTGGTTGTAGTTAAAGCTTATAGCTTATGAAAGAATAGAAAATAATAAATACCAAAAAAAAGTACACA 3521 TGGTAATTTGGTACCAAAATATCTCAGCTGCCTAATTTAGCAGCTCATCCCTTCCACAGGGGTCAGATGAGCTAAAGCTC 3601 CAGGTTTTATTTTTCATTTGATTGACATACAGAAAAGCCATAGCCCTTCCCACAGCTGTCCAGGGTCTTTCCTGTGAGTC 3681 CGGAGGTGCTGGCCTATTGAGCAGGACAGCTCTTCCCAGGGCATTCCCACCAACCTGTGGCTTCTGAACTGTAGCTTCTT 3761 TTTACAGTGAACCCCAGAGGGAAATAAGACAGACACATGTGCTCAGGCCACCATCTTGAACTGGAAGCCCAAAGCTGAGT 3841 TCCTTACTCTTAGGTCGTCACGGTTTTTGCGGGGTATCTGCAAGGTTGAGATAAACCCTTTCCTGTTTACCAGGTTGTCC 3921 TTTCTGGATGAAGGGACAGAGGCTGTTGAATGGAGGAATAATAGGTTTGCTGGAGGAGGGGCATGGTATGCCTGTGGAAA 4001 GGACAGGATGGGGTGGGGAGGTCGAGGCTTTGACTTGGGGTCCTAAACAAAGGTCAGGTGTTGCCCTAGTGACCTCTTGC 4081 CCAGACAGCCCAGAGCCCCTTACACAGAGCTATTAACCTAGGGAAGGCTTTACCAGCAGTGGACTGGAGCCAGCCAGGGT 4161 CACAAGTTTCCAAGTCCAGCATTGCTTCAGGGGCTGGCCTGAGTAACTGAAGATCTGAAAATCATTAACAAGTCGATGAA 4241 ATAAACGGAAAAGCCTCTTAGGCTGTTGTCAGTGGAGCAGAGGGAGAAAGTCCCTAGGCGCTCAGAGGGGGTGAGAAAGC 4321 AGTGGATGATTGGGCGGGGGTGGGGGATTAGATGTTGACACTGCCTGGGGTGTAGGAAGAGGAACAGAGAACCCAGAGTC 4401 AGGGTCCTAGATCCCAGACCCTCGCTCAGTATGAGTCTCTTTGCCTCTCTGGGTCTCTATCTCCTCCTCTTACAAATACA 4481 GGCTTGGTGATCTCTGAAGATGGCACCAACCTGCCATGAAATGAATCTGAGGGGTTTTCCCATTTTTCCCTCCATCAAAA 4561 TCGTACAAAAAGCTGGACGTGGTGGCCCATGCCTCTAATCCTAGCATTTTGGGAGGCCGAGGTGGGAGAATCACTTGACG 4641 CCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCATCGTAGTGAGACTCCATCTCTGTCTTTTTGAAAATAAAAAATCTTTGAAAATTG 4721 CACAACAGGCAGGAGACCTTTACGTGTGCCCATCCTGGTTGTACACAGTGCCACCAGTGCTCCTGCAGTGCAAGGCGGCA 4801 TGCTTCTTGACATGGGTCAGATTGTGTCCATCGTGTCTTTGGGAATCAGCCCTAGCTCCTAACTGGGCTGACTACTTCCT 4881 CCGCAAACTTATGGGGGCTCCCAGATATTCCTTGCCAGCCAGGGGCCAGACACAGTGCAGGCACAGTCTGTGTCATTGGT 4961 GCACATGTGCGTGTTTACATGTGTACCTGGGTTCCTTCCCTTGCCCATGAATTTGCCATGAGCACAGCCAGAAGCAGCCT 5041 CAGCTTGGCAAGGTGTGGAGATGACTGCTGTTCCCTTCGCATTTGGGGAAAACAGGCTCCCTCGGTAGCTCGATGATCCT 5121 CTTTTGATCTTGTGTGACCTCCTGGAGAGTGGATGAAGCTGGTGGCCTTAGCTTTTCTAGACAGTGTAAGTGGCACTGGG 5201 CAAGGCCCCCAGAGCAGGGCAAGGTCTCTAGAGCGGGTCTCCCACATGACTGGCTTCACACAGGCACTTCCGCTCGGGTT 5281 GCATGCTCTGTGTCATCTTACCGGTCCAGGGTTGCAGGTAGGAAATGTTTGTACCCTCTTCTGATTGCCACCTCCTTCCC 5361 ATCGCCCCTTAGGGACAGGGCTTGAGGGCCAGTGAGGCGCTGGTCAGGCACCCCAGGCCTCCTTGGGACCTGCCCAGGGG 5441 CACCCTGAGAGCTCCTGAAACCCCCACTTAGCTTCCAGACCTTTCTGCAAAAGCTCCTCCTGGCTTTCCTCCCTCCCCCA 5521 ATCTATGGGTCACAGCTAACAGATCTGAGGGCAACTGCTGTGCTAGTGGCCAGGGCTGCACCTGCCATCCCCGGCTCTGC 5601 CACTTTAGGGCCTTCTAGAGGCAGTGTCCTTAGGAAGTAGCTCTGAGGCATGGGTTTTCTGCTCCTGTGCAGGGCAGCTG 5681 ATGGGATAAGGTGGGGAAGGACGGTCAGTGCTTGGGCCCCAGCTGGCCAGCCTGGCGATGGGGAAACCAAACCATGTCCC 5761 CCAGCGAAGGGCCAGAGTGGGAACCTGTCCTCATGCCCTTCGTCCTGAGGAGCCCTGAGGTGGGCAGCAGGGGCCAGGGG 5841 AAGTTTTCAGGCCTTCATCAAAGAGAACAACATCCTCAGCTCCGCACCCCTCATCCTGTATCAGCACTTACCGGTGTGTG 5921 ACTGCCCTTGTCAGCTAGCATACGGTGGGCCCACCTGGCCCACTGGCTGTTTATGCCACTGATTTATGATAGGGAATATT 6001 ATCTTTGAACCCAATGAAGTGTTTTCTCCCCCATCACAAAAAAAAAAATTCTTATTTTTAGTAGACATGTATTTACCAAA 6081 AATATGTACTCAATTATTGTATTTTGGATTTTATCAATTTAAAAATTGTGGAAATTTGTTTGCTCTTACGCCAACATAAT 6161 ATTGATTTTGCCTCTTGGCTCTGAAAGCCCAAAATATTTACCGTCTAGCCCGTTACAGAAAAAGTCTGCTGACTACTGAG 6241 CCAGACCTCCATTACCTCCATCCCTGTTGGATTATTTAAAGAAAGCCTCAGACAGTAAGGGCTTTTTTAAAAGAATAAAA 6321 TGACTTGGTTTGCGCTTGGAAGCAGGGGAAGCATTCAGATGAGCGGTTTCTGCATTAACCCTGCCTATCACGCATCTCGT 6401 GTCCTGTGTGGCTGGCGAGCCCCCCTTGGAAGGTTCTGGTGCTTCAGCTGGCTCCTGCAGAGTCCACCCCGCCTCGTGGT 6481 GGGAATGCAGAGCCCTTTGCTTTCCTTCTTGCCGCCTGCTTCCTGTTCCTGGGGACCCGCTGGGCCTTTGGTCTGCATCC 6561 CCTGGCCAGGTCCCTCAGGGTTGATGCGTGGAGAAGGACTTTGAGCAGTGGTGGGCAGCAGTGGCCTCCTGGCCAGCTCA 6641 CACTCTTGTCCTGGGAGGGGCAGCCTGATCTCACCTCCACCTAGTACCTTGGGGACTGAGGACCTTTTGGCTTCTCTGGA 6721 GCCTGCAAGCCTCTTCCCATGTGTCCAGCTGCTCTTCCTGCTACAAAGGGGACTGCTCACAGTGGCCTCAGCTTGGTGGT 6801 TTTGAGGGGCCGCCCCCCGGCCCTCCATAAGGGTATCCTGGGCCTGAGAATTCTGCATCTGCCATTGGAGGATGGACAGC 6881 CTCAAATGGAAGGAGTCCCACGGGAGATGGGTCCGAGGTCCGGCTGTGGCCATCCAGCCCCCTGTGGCTTGTCCAGCCTC 6961 TGTGCACCCCTGGTGTCTTCACTCCAGGGGCAGACAGCAGCCACTGCAGTTCCTTTCTTCGTGAGTAACAGTAGTGATAG 7041 CAGCTGGGGCTAACAGGCTAGGCTTTGTGTTCTGCGCATTTGGTCAGCTTCTCACTCGATCCTCCCTAAAGCAATGGGGA 7121 GGCCCCCACTAGCCCAGTTTTCAGGAAGTCAACTGGGAGGTTAGATGGGGGCCAGGGTCCCACAGCTACTGATGGCCCGA 7201 GCCAGGTTGAGCTTCCTGGTGTCCAGTCCGGATCCCACTTGCAGATCTCATGCTCTCAGATAGGTGGGACAAGTTCTTTT 7281 GTCACAGTGCTGGCTCTGTCCTGAGGCCTCATTGCTGGCTGGGTGTGCTCTGCTGGGAAAAGCTTTGCGGGGCTTGCTTG 7361 GTTAACCACAGAAGAGAAGGGGACTGTTTGGGGTGCCTCTCTGCAGCCTCCCCGTGCTGGGTGGAAGCACGGTTACTGTG 7441 TTCTCTAATGTTCATGTATTTAAAATGATTTCTTTCTAAAGATGTAACCTCCACACCTTTCTCCAGATTGGGTGACTCTT 7521 TTCTAAAGGTGGTGGGAGTATCTGTCGGGGTGGTGTGGCCCTTGGATGGGTCAGGTGGGTGTGAGAGGTCCTGGGGAGGT 7601 GGGCGTTGAGCTCAAAGTTGTCCTACTGCCATGTTTTTGTACCTGAAATAAAGCATATTTTGCACTTGTTACTGTACCAT 7681 AGTGCGGACGAGAAGTCTGTATGTGGGATCTGTGCTTGGGTTAGAATGCAAATAAAACTCACATTTGTAAGAAAAAAAAA 7761 AAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
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CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000263707.5 | 3UTR | CUGGGGACCCGCUGGGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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164 hsa-miR-2355-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT190653 | PABPN1 | poly(A) binding protein nuclear 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT286477 | TAOK1 | TAO kinase 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT318993 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT345622 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT442513 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT444247 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444780 | ECE1 | endothelin converting enzyme 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT456525 | TMEM63A | transmembrane protein 63A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468960 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469834 | R3HDM4 | R3H domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470027 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471167 | PHB2 | prohibitin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475819 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479389 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT481747 | APH1A | aph-1 homolog A, gamma-secretase subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485220 | PRICKLE1 | prickle planar cell polarity protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487259 | CCNF | cyclin F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489971 | MCC | mutated in colorectal cancers | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT491399 | C1D | C1D nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494959 | CCDC144A | coiled-coil domain containing 144A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT494979 | PPP5D1 | PPP5 tetratricopeptide repeat domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495225 | CHST14 | carbohydrate sulfotransferase 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496550 | TBX15 | T-box 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501612 | PISD | phosphatidylserine decarboxylase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT509393 | TRIM24 | tripartite motif containing 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519616 | ZNF788 | zinc finger family member 788 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT519738 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT521230 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT521801 | POM121C | POM121 transmembrane nucleoporin C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526233 | C2orf15 | chromosome 2 open reading frame 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526932 | CMSS1 | cms1 ribosomal small subunit homolog (yeast) | ![]() |
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MIRT529189 | ACBD7 | acyl-CoA binding domain containing 7 | ![]() |
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MIRT529329 | ZNF649 | zinc finger protein 649 | ![]() |
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MIRT529698 | MRPL30 | mitochondrial ribosomal protein L30 | ![]() |
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MIRT529921 | TOP1MT | DNA topoisomerase I mitochondrial | ![]() |
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MIRT530032 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | ![]() |
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MIRT530898 | C9orf3 | chromosome 9 open reading frame 3 | ![]() |
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